가. 청구인들(김OOO를 “청구인①”이라 하고, 전OOO을 “청구인②”라 한다)은 공장용지를 개발하여 실수요자(공장건축허가자)에게 매매하는 업을 영위하고 있고, 청구인①은 안OOO와 함께 1/2씩 공동지분으로 2004.5.7. OOO 산76번지 임야 10,347㎡와 같은 곳 산79번지 11,702㎡, 합계 임야 22,049㎡를 여OOO으로부터취득하여 같은 곳 1228-1 외 9필지로 지번변경 및 분할·정비하였다.

2006.5.19. 안OOO는 그의 지분을 청구인②에게 양도하였고, 청구인들은 2008.5.16. 같은 곳 1223-2 임야 3,004㎡ 등 총 3,403.5㎡를 주식회사 OOO에게 OOO원에, 2008.7.22. 같은 곳 1228-2 임야 7,440㎡(청구인① 및 청구인②의 지분 각각 1/2, 이하 “쟁점토지”라 한다) 등 총 7,807.5㎡를 OOO산업 대표 조OOO에게 OOO원에 양도한 후, 청구인들 각 지분에 대한 수입금액OOO원에 단순경비율을 적용하여 2008년 7월과 9월 부동산매매차익예정신고를 거쳐 2009년 5월 종합소득세 확정신고를 하였다.

한편, 2008.7.22. 조OOO이 쟁점토지를 취득하여 2008.8.7. 건축허가를 받아 2008.8.19. 공장건물을 착공(공부상 착공일)하였고, 2008.11.21. 사용승인 받았음이 건축물대장에 나타난다.

나. 처분청은 「소득세법 시행규칙」 제83조의5 제1항 제5호에서 “지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간 동안은 비사업용 토지에서 제외한다”라고 규정하고 있는바, 청구인들은 공사착공일(2008.8.19.) 전에 쟁점토지를 양도(2008.7.22.)하였기에 이는 건축물을 착공하기 전 나대지 상태로 양도한 것으로서 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다고 보아 2011.4.27. 청구인들 각 지분에 대한 양도가액을 실지거래가액 OOO원으로 하면서 필요경비를 OOO원으로 하여 청구인① 및 청구인②에게 2008년 귀속 종합소득세 OOO원 및 2008년 귀속 종합소득세 OOO원을 각각 경정·고지하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2011.5.11. 이의신청을 거쳐 2011.6.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) (주위적 청구) 건물신축을 위한 선행공사로서 실질적인 토목공사가 개시되었다면 업무에 사용한 날은 건물착공일이 아닌 토목공사를 시작한 날로 보는 것이 타당하고, 쟁점토지에 시행한 토목공사는 제조업을 영위하기 위한 공장건축에 필수적인 선행공사이므로 OOO(주) 대표 박OOO이 작업복 제조업을 영위하기 위하여 공장을 신축하기로 계획하고 승인을 받은 2004.4.10.이 공사착공일이다. 최소한 청구인들이 강OOO·전OOO에게 쟁점토지에 대한 석축공사 대금 중 중간기성금으로 OOO원을 지급한 사실이 2006.5.29.로 확인되므로 이 날을 사실상 공사착공일로 보아야 하는바, 처분청이 OOO산업의 공부상 착공일자인 2008.8.19.을 공사착공일로 보아 쟁점토지를 비사업용 토지로 판단한 것은 사실관계를 오해한 위법·부당한 처분이다.

(2) (예비적 청구) 「소득세법」제24조에 거주자의 사업소득에 대한 총수입금액의 계산에 관하여 규정하면서 행정해석으로 사업용 고정자산을 양도함으로써 발생하는 차손익은 부동산임대소득ㆍ사업소득의 계산에 있어서 총수입금액이나 필요경비에 산입하지 아니한다(소득세법 기본통칙 24…9, 2008.7.30.로 개정된 것)라고 명시하고 있는바, 청구인들은 산업단지(공장용토지)를 개발하여 분양하는 부동산매매업자로 토지와 구분되는 사업용 고정자산인 구축물(석축ㆍ교량)을 함께 양도하였으므로 총수입금액에 포함된 구축물의 가액, 즉 「소득세법」 제100조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 제6항의 규정에 의거하여 안분계산한 OOO원을 「소득세법」제24조의 규정에 의거 총수입금액에 불산입하여 종합소득금액을 산정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) (주위적 청구) 청구인들은 쟁점토지 취득일부터 양도일까지 건물착공을 위한 건축허가를 신청하거나 착공신고서를 제출한 사실이 없고, 2006년 6월 쟁점토지 관할 시청에서 촬영한 항공사진을 보면 단지 임야에서 나대지로 형질변경하는 부지조성공사만 했음을 알 수 있고(2007년은 촬영이력이 없음), 2008년 11월 항공사진에서는 건물이 있는바, 이는 후취득자 조OOO이 청구인들과 관련 없이 전적으로 공사를 하였음을 알 수 있고 청구인들은 쟁점토지 보유기간 중 어떠한 착공신청도 한 사실이 없으므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당한다.

(2) (예비적 청구) 토지의 가치를 상승시키는 정지작업 및 석축공사는 토지에 대한 자본적지출이고, 청구인들이 2006년에 쟁점토지 위에 강OOO이 석축공사를 하였다고 하면서 제출한 공사대금 OOO원의 영수증에 대하여 거래사실을 확인하고자 2011.7.11. 관할세무서인 OOO세무서에 자료통보하여 그 처리결과를 2011.10.12. 수보받은바, 강OOO 본인은 공사를 한 사실이 없고 영수증 및 신분증 사본은 본인이 제출한 것이 아니고 윤OOO(청구인①의 배우자)과 김OOO는 전혀 모르는 사람이라고 회신이 왔으며, 또한 2007년에 다른 석축공사업자 천성개발 하OOO에게 받은 공사대금 영수증 OOO원에 대하여 검토한 바, 인적사항이 없고 공사에 대한 내역이 없어 신뢰하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① (주위적) 쟁점토지가 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제5호의 “지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지”로서 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지에 해당하는지 여부

② (예비적) 청구인들이 쟁점토지와 석축·교량(구축물)을 함께 양도한 경우 석축 등 해당분을 총수입금액에 불산입할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 일부개정되기 전의 것)

제64조【부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례】① 부동산매매업을 영위하는 거주자(이하 "부동산매매업자"라 한다)로서 종합소득금액에 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의7까지의 어느 하나에 해당하는 주택 또는 토지의 매매차익(이하 이 조에서 "주택등매매차익"이라 한다)이 있는 자의 종합소득산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것에 의한다.

1. 제55조 제1항의 규정에 의한 종합소득산출세액

2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액

가. 주택 등 매매차익에 제104조의 규정에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액

나. 종합소득과세표준에서 주택 등 매매차익의 당해 연도분 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조의 규정에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액

② 제1항의 부동산매매업을 영위하는 거주자에 대한 주택 등 매매차익의 계산 그 밖의 종합소득산출세액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 당해년도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

2의7. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지

양도소득과세표준의 100분의 60

제104조의3【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 "비사업용 토지"라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)를 말한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다.

나. 대통령령이 정하는 바에 의하여 임야소재지에 거주하는 자가 소유한 임야

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21195호로 일부개정되기 전의 것)

제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제168조의7【토지지목의 판정】법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.

제168조의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 법 제104조의3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

3. 그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령이 정하는 기간

(3) 소득세법 시행규칙(2009.4.14. 기획재정부령 제71호로 일부개정되기 전의 것)

제83조의5【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 영 제168조의14 제1항 제3호의 규정에 따라 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. (단서 생략)

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 주위적 청구(쟁점①)에 대하여 본다.

(가) 처분청은 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다고 하면서, 부동산매매업자의 비교과세 검토서(비사업용 토지, 2011년 1월), 종합소득세 경정결의서, 쟁점토지에 대한 2006년 및 2008년 항공사진OOO, 쟁점토지에 대한 일반건축물대장(허가일자 2008.8.7., 착공일자 2008.8.19., 사용승인일자 2008.11.21.), 쟁점토지에 대한 토지(임야)대장 및 등기부등본, 공장 창업사업계획을 OOO(주)에서 OOO산업(김OOO)으로 변경하는 승인 통보서(2007.7.30., OOO), 공장 창업사업계획을 OOO산업(김OOO)에서 OOO산업(조OOO)으로 변경하는 승인 통보서(2008.7.14., OOO), OOO(주)의 공장건립부지조성공사 설계도(2004년 3월), 석축공사 관련 강OOO 공사부인 확인서(2011.10.12.), 조세심판례(조심 2009전1654, 2009.5.26.), 질의회신문(법인세과-416, 2009.4.8., 서면인터넷방문상담1팀-1460, 2007.10.25.) 등을 제출하였다.

(나) 청구인들은 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 하면서, OOO(주) 공장 창업사업계획 승인 통보서(2004.4.10., OOO군), 석축공사 관련 강OOO 영수증 및 OOO원의 자기앞 수표(OOO, 바가66326OOO, 이서내용 확인되지 아니함), 석축공사 관련 녹취록(김OOO, 전OOO), 석축공사 관련 김OOO 및 윤OOO의 지급보증서, 석축공사 관련 하OOO(OOO개발) 영수증 및 무통장 입금증, 석축공사 사진 5매, 교량공사 관련 도급계약서 및 무통장입금증, 허가권 양도대금 관련 지불각서 및 무통장입금증, 공사진행 사실확인서(지역주민), 이의신청결정문, 쟁점토지 관련 공사내역(진입로공사, 토목공사, 석축공사, 교량공사, 지하수개발공사), OOO산업의 공장신축공사 도급계약서(2008.7.20.), OOO산업의 공장석축공사 도급계약서(2008.7.15.), OOO산업 공사비 지출내역[총공사비 OOO원 중 2008.7.2. ㈜OOO종합건설에 송금한 OOO원(송금영수증 없으나 도급계약서에 7.2. 4시30분경에 OOO원을 송금한 것으로 기록), 2008.7.10. 같은 곳에 송금한 OOO원(금융증빙)], 쟁점토지 형질변경 및 공장신축 진행 상황표, 석축·교량 취득가액 명세서, 조세심판례(조심 2011중1240, 2012.4.25., 국심 1996서1192, 1996.9.5.), 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하고 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우에는 착공주체에 관계없이 「소득세법 시행규칙」 제83조의 5 제1항 제5호가 적용된다는 질의회신문(기획재정부 재산세제과-541, 2009.3.20.) 등의 증거자료 제출과 함께 아래와 같이 주장하였다.

1) 쟁점토지에 대한 창업사업계획 인·허가 승인조건 제4조 마호에서 사업계획승인일로부터 1년이 경과할 때까지 공장의 착공을 하지 아니하거나, 공사 착공 후 1년 이상 공사를 중단하면 승인취소사유에 해당한다고 명시하고 있는데, 이 조건에 의해 공장창업사업계획승인이 취소되지 않고 당초 계획대로 제조공장이 착공되어 준공되었으므로 쟁점토지의 공사착공일을 OOO(주)의 사업계획승인신청서 및 설계도면에서 확인되는 토목공사 착공일인 2004.4.10.로 적용하여야 한다.

2) 공장 창업사업계획승인서(별지의 의제처리 되는 인·허가 및 승인조건 3. 마. 건축법 관련)에 의하면, “석축은 「건축법」 제30조 및 같은 법 시행규칙 제25조 및 별표6의 옹벽에 관한 기술적 기준에 적합하게 설치하여야 한다”라고 규정하여 석축공사가 「건축법」의 적용을 받는 시설물임을 알 수 있다.

3) 쟁점토지 위에 있는 총길이 510m, 높이 최고 8m 및 최저 5m의 석축은 건물을 신축하는데 필수불가결한 시설물일 뿐만 아니라 건물과 별도로 업무용 감가상각자산인 구축물이 명백하므로 석축공사 중간기성금을 지급한 2006.5.29.을 공사착공일로 판단함이 사실에 부합되고, 석축공사는 공장을 신축하기 위한 필수불가결한 공사이다.

4) 2008.7.7. OOO산업과 ㈜OOO종합건설간 체결한 건축공사 표준도급계약서(2008.7.20.～2008.10.30.)에 의하면 공사착공일이 2008.7.20.로나타나고, OOO산업과 ㈜OOO종합건설간에 2008.7.15. 체결된OOO산업 공장 석축공사 도급계약서에 의하면 공사착공일이 2008.7.15.로 나타난다.

5) 조OOO이 쟁점토지에 대한 매수대금이 부족하여 융자를 받기 위해 2008.7.22. 쟁점토지에 대한 소유권을 이전하였고, 잔금 OOO만중OOO원은 2008.12.31. 수령하였으나, 융자금액 부족으로 아직까지잔금 OOO원을 받지 못한 상태로 사실상 소유권 이전일이 2008.12.31.이므로 쟁점토지가 양도되기 전에 공사가 착공되었다.

6) OOO산업 대표 조OOO이 2008.7.5. 쟁점토지를 사업장으로 하여 자동차부품 제조업으로 사업자등록을 하였다.

(다) 청구인들과 그 불복대리인이 2012.6.13. 이 건 심리시 조세심판관 회의에 참석하여 “쟁점토지에 대한 석축공사는 공장신축을 위한 선행공사 성격이고, 청구인들은 OOO산업 조OOO의 대출문제로 편의상 쟁점토지에 대한 등기를 먼저 이전해 주었으나 사실상 잔금 청산은 공사 착공 후에 이루어졌으며, 처분청의 필요경비 인정금액이 너무 작아 소득율이 99.4%에 이르고 있어 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다”라는 취지의 의견진술을 하였다.

(라) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위해서 건설에 착공한 경우에는 해당 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간은 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제5호에 따라 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 토지로 보는 것이며, 동 규정은 지목에 관한 제한규정이 없으므로 건축물의 신축을 위한 토지의 형질변경이 가능한 경우에는 신축목적에 해당된다고 보아야 하는바, 동 규정의 취지는 토지의 취득 즉시 사업에 즉시 사용할 수 없는 현실적인 제약이 있기 때문에 건축물을 신축하기 위하여 준비하는 기간에 대해서도 사업용 사용기간으로 의제하고자 하는 것으로서 취득 후 2년간에 대해서는 건설공사에 착공한 경우를 전제로 사업용 기간으로 의제하도록 하는 것이고, 비사업용 토지 판정시 건축물 신축을 위한 필수적인 선행공사로서 실질적인 토목공사를 개시한 경우 그 시점을 건설에 착공한 시점으로 할 수 있으며, 실제 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하였는지 여부는 사실판단할 사항인바(조심 2011중1240, 2012.4.25. 같은 뜻),

이 건의 경우 청구인들이 실사업주 명의로 공장신축허가를 득하여 실질적인 토목공사(형질변경) 및 석축공사 등을 한 사실을 인정할 수 있는 점, 청구인들이 석축공사 중간기성금을 지급한 2006.5.29. 이전에 적어도 사실상 공사착공을 한 것으로 보이는 점, OOO산업 대표 조OOO이 2008.7.5. 쟁점토지를 사업장으로 하여 자동차부품 제조업으로 사업자등록을 하였던 점, 청구인들이 쟁점토지를 양도(2008.7.22.) 하기 전 조OOO과 ㈜OOO종합건설간 공장신축 도급계약 사실이 나타나고 있는 점, 청구인들이 쟁점토지를 매수인의 사정으로 소유권 이전등기를 먼저 해 주었지만 실제 잔금 청산은 공장이 착공된 후 이루어진 점 등 일련의 과정에 비추어 쟁점토지를 비사업용 토지로 보는 것은 무리가 있어 보인다.

또한 석축공사 등이 진행될 당시(2006년)에는 비사업용 토지에 대한 중과세 규정이 시행되지 않았던 시기이고, 처분청의 의견대로 부지판매가 목적이었다면 법정부담금, 설계비ㆍ컨설팅비용 및 많은 비용이 들어가는 석축공사 등을 하지 않고 도로만 개설하여 임야를 양도하였을 것이라는 청구주장이 설득력이 있어 보이는 점 등을 고려하여 볼 때 석축공사를 이행할 당시에 이미 쟁점토지를 사업용으로 사용하기 위하여 공장 신축을 위한 선행공사를 착공한 것으로 볼 수 있다 할 것이어서, 처분청이 쟁점토지를 건설에 착공하지 아니한 비사업용 토지로 하여 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 보여지나, 강OOO이 공사사실을 부인하고 있으므로 청구인들이 공사대금으로 제시한 OOO원의 자기앞수표(OOO, 바가6632OOO)의 이서내용 등을 처분청이 재조사하여 강OOO 등이 석축공사업자로 밝혀질 경우 2006.5.29.을 쟁점토지에 대한 실제 공사착공일로 보아 비사업용 토지 여부를 판정하는 것이 타당하다고 판단된다.

한편 비사업용 토지 판정에 있어 유권해석(기획재정부 재산세제과-541, 2009.3.20.)으로 타인 착공이 인정되고 있는 점, OOO산업과 ㈜OO종합건설간 체결된 공장건축공사 도급계약서(2008.7.20.～2008.10.30.) 및 OOO산업의 공사대금 지급내역이 금융증빙을 통해 나타나고 있는 점 등을 고려하여 볼 때, 설령 수표이서 내역이 석축공사와 무관한 사람으로 밝혀지더라도 적어도 2008.7.20.을 쟁점토지에 대한 실제 공사착공일로 인정할 수 있으므로 이 날을 기준으로 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판단하여야 할 것이다.

(2)쟁점①에서 청구인들의 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 재조사 결정되어 예비적 청구(쟁점②)는 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.