2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 1. 6. 원고에게 한 양도소득세 119,739,660원의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 2003. 2. 10. OO시 OO읍 OO리 OO 답 3,544㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 취득하여 보유하다가 2015. 3. 19. 이OO, 김CC, 김DD에게 723,000,000원에 매도한 후, 피고에게 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조에 따른 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 신청하였다.

나. 피고는 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 원고가 이 사건 토지를 보유한기간 약 12년 1개월 중 2005년, 2006년, 2007년, 2009년, 2010년 총 5년의 각 과세기간의 연간 총급여액이 3,700만 원 이상인 사실을 확인하고, 구 조세특례제한법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제14항(이하'이 사건 쟁점조항'이라 한다)에 따라 이 사건 토지 보유 기간에서 총 급여액이 3,700만 원 이상인 기간을 제외하면 8년 이상 자경 요건을 충족하지 못한다는 이유로 자경감면신청을 배제하여, 2017. 1. 6. 원고에게 양도소득세 119,739,660원(가산세 포함)을 경정‧고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2017. 3. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2017. 6. 30. 기각되었다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 쟁점조항은 2014. 2. 21. 신설되어 2014. 7. 1.부터 시행되었는데, 위쟁점조항이 신설되기 전에는 자경농지에 대한 양도소득세의 감면요건은 거주자 요건과자경요건만 규정되어 있었지, 농업인의 소득에 관한 요건은 규정되어 있지 않았다. 원고는 이 사건 쟁점조항의 신설 및 시행일 전에 이미 이 사건 토지를 12년 이상 보유하면서 8년 이상 자경함으로써 양도소득세 감면요건을 충족하였으므로, 그 이후에는 언제 이 사건 토지를 양도하더라도 확정적으로 양도소득세가 감면되어야 하고, 이러한 권리는 법령을 개정하여 박탈할 수 없다. 그런데 이 사건 쟁점조항은 이미 양도소득세 감면조건을 충족한 사람에게도 소급적용하여 양도소득세를 부과할 수 있도록 규정하였으므로, 이는 헌법 제13조 제2항의 소급입법금지 원칙이나 국세기본법 제18조의 소급과세의 금지 조항에 위배되어 무효이다. 따라서 이 사건 쟁점조항에 근거한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2) 설령 이 사건 쟁점조항이유효하더라도, 이 사건 쟁점조항의 시행일(2014. 7.1.) 이후 총급여액이 3,700만 원 이상인 기간만을 경작기간에서 제외하여야 함에도 이사건 처분은 시행일 이전 기간을 경작기간에서 제외한 위법이 있다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 쟁점조항의 무효 여부

가) 구 조세특례제한법 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제1, 4항에 따르면, 양도소득세의 감면을 받기 위해서는 8년 이상 해당농지가 소재하는 시・군・구, 해당농지 소재지와 연접하는 시・군・구 안의 지역 또는 해당농지로부터 직선거리 30㎞ 이내의 지역에 거주하면서 해당농지를 직접 경작하여야 한다. 이 사건 쟁점조항은 2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되어, '제4항・제6항・제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업・임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다'고 규정하였다. 이 사건 쟁점조항의 시행 및 적용에 관하여 부칙(제25211호, 2014. 2. 21.) 제1조는 '이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만 제66조 제14항은 2014. 7. 1.부터 시행한다'고 규정하고, 제2조 제3항은 '이영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다'고 규정하여, 이 사건 쟁점조항은 2014. 7. 1.부터 양도하는 분부터 적용된다.

나) 헌법 제13조의 소급입법금지 원칙의 조세법상 구현인 조세법령불소급의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙이란, 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니다(대법원 1996. 10. 29. 선고 96누9423 판결, 대법원 2009. 10. 29. 선고 2008두2736 판결 등 참조). 그리고 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결, 대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조).

다) 이 사건의 경우, 이 사건 쟁점조항의 신설 이전에 농지의 취득・보유・경작이라는 과세요건 사실은 이미 충족되었다고 하더라도, 이 사건 토지의 양도라는 과세요건은 아직 완성되지 않았으므로, 과세요건의 완성시 과세요건을 강화하는 방향으로 개정된 법령을 적용하도록 이 사건 쟁점조항을 제정하였다고 하여 그것이 소급입법금지의 원칙에 반한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 쟁점조항이 무효라고 볼 수 없으므로 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

2) 이 사건 쟁점조항 시행일 이후 총급여액이 3,700만 원 이상인 기간만을 경작기간에서 제외하여야 하는지(부가적 판단)

이 사건 쟁점조항은 구 조세특례제한법 제66조 제4항에 따른 경작한 기간 중 거주자의 총급여액의 합계액이 3,700만 원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간을 제외하도록 규정하고 있고, 위 제66조 제4항은 경작 기간을 '취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상'으로 규정하고 있으므로 이 사건 쟁점조항에 따라 경작기간에서 제외되어야 하는 기간은 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 경작기간 중 총급여액이 3,700만 원 이상인 기간으로 해석될 뿐이고, 원고의 주장과 같이 이 사건 쟁점조항 시행일 이후의 기간만을 경작기간에서 제외하여야 한다고 볼 아무런 근거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.