처분청은 1990.6.30. 설립된 청구법인이 1991.8.21, 1992.4.28. 및 1994.1.28, 3회에 걸쳐 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지상에 건축물(767.56㎡, 이하 “이건 건물”이라 한다)을 증축·등기하였으므로 이건 건물을 대도시내에서 분사무소 설치후 5년 이내에 취득·등기한 부동산으로 보아 그 취득가액(253,845,060원)에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 등록세 11,239,140원, 교육세 2,060,500원, 합계 13,299,640원(가산세포함)을 1995.11.12. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구법인은 축산물의 수급조절과 가격안정을 위한 정부위촉사업 대행법인으로서 수입 및 수매축산물의 보관·판매업무 등을 목적사업으로 하는 바, 지방세법 제138조제1항 단서 및 같은법시행령 제101조제1항제9호에서 정한 유통산업근대화촉진법에 의한 유통산업에 해당되어 등록세 등 중과대상이 아니며, 구유통산업근대화촉진법(1995.12.29. 법률 제5090호로 개정되기 전의 것) 제8조 및 같은법시행령 제4조제6호에서 공공단체는 유통산업의 근대화 및 유통구조의 개선시책을 우선적으로 추진하도록 규정하고 있으므로 청구법인의 경우와 같은 공공단체가 자체적으로 추진한 유통산업에 대하여는 등록세 등을 중과세할 수 없는데도 이건 건물을 대도시내에서 분사무소 설치후 5년 이내에 취득·등기한 부동산으로 보아 등록세 등을 중과세한 처분은 부당할 뿐만 아니라, 설령 청구법인이 등록세 중과대상에 해당된다 하더라도 ㅇㅇ조합중앙회가 구판사업에 직접 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대하여는 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것) 제128조의3제2항제1호의 규정에 의거 등록세 산출세액의 100분의 75를 경감하여야 함에도 등록세를 중과세하면서 경감되어야 할 부분까지 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소 또는 경정을 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 ㅇㅇ조합중앙회 ㅇㅇ사업소가 관리사무실 등으로 사용하기 위하여 취득·등기한 부동산을 유통산업근대화촉진법에 의한 유통산업용 부동산으로 볼 수 있는지 여부와 등록세 경감대상인 구판사업용 부동산에 해당하는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

지방세법 제138조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 5배로 한다. 다만, 대통령령이 정하는 업종 ... 에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니한다”라고 규정하고, 그 제3호에서 “대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 ... 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라고 규정한 다음, 같은법시행령 제101조제1항에서 “법 제138조제1항 단서의 규정에서 ‘대통령령으로 정하는 업종’이라 함은 다음 각호와 같다”라고 규정하고, 그 제9호(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것)에서 “유통산업근대화촉진법의 규정에 의한 유통산업(단서생략)”이라고 규정한 다음, 같은법시행령 제102조제2항에서 “법 제138조제1항제3호에서 ... ‘그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다(이하생략)”라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제128조제2항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 제131조의 세율에 의하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감한다(단서생략)”라고 규정하고, 제1호에서 “제110조의4제1항제12호 내지 제14호의 법인이 구판사업 등 당해 지방자치단체의 조례가 정하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 등기. 이 경우 당해 지방자치단체의 장이 필요하다고 인정하는 때에는 당해 지방자치단체의 조례로 그 경감률을 100분의 50을 초과하여 정할 수 있다”라고 규정하고, 구서울특별시세조례 제25조에서 “제128조의3제2항제1호에 의한 ‘구판사업 등’에 대한 경감범위와 경감률을 제18조의 규정을 준용한다”라고 규정한 다음, 구같은조례 제18조제1항에서 “법 제110조의4제2항제3호에서 ‘구판사업 등 당해 지방자치단체의 조례가 정하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’이라 함은 다음의 것을 말한다”라고 규정하고, 그 제1호 및 제2호에서 “구매·판매 및 그 부속사업용 토지와 건축물, 보관가공·무역 및 그 부속사업용 토지와 건축물”이라고 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서는 “제1항의 규정에 의한 사업용 토지 및 건축물에 대한 경감률은 100분의 75로 한다”라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면

청구법인은 축산물의 수급조절과 가격안정을 위한 정부위촉사업대행 법인으로서 이건 건물을 취득·등기하였으므로 처분청에서 이건 건물을 대도시내에서 분사무소 설치후 5년 이내에 취득·등기한 부동산으로 보아 등록세 등을 중과세한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구법인은 대도시내에서 분사무소 설치후 5년 이내에 부동산을 취득·등기하더라도 공공단체는 유통산업의 근대화 및 유통구조의 개선시책을 우선적으로 추진하고 있으므로 등록세 등을 중과세할 수 없으며, 설령 등록세 중과대상업종에 해당되더라도 구판사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대하여는 등록세의 100분의 75를 경감하여야 함에도 경감되어야 할 부분까지 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

살피건대, 지방세법 제138조제3항 및 같은법시행령 제101조제1항제9호에서 정한 등록세 중과대상에서 제외되는 “유통산업근대화촉진법에 의한 유통산업”이라 함은 유통산업근대화촉진법 제2조제1호의 규정에 의한 농·수산물 및 공산품의 도매·소매·수송·보관·포장 및 기타 이와 관련된 정보 및 용역제공 등을 목적으로 하는 사업을 의미하고 있으며, 구유통산업근대화촉진법 제4조, 제5조, 제7조 및 제9조의 규정에 의하면 재정경제원장관은 유통산업의 근대화를 위하여 관계부처가 제출한 계획 등을 종합조정하여 유통산업근대화 기본계획을 수립하고, 그 계획에 따라 관계부처는 연차별 시행계획을 수립하며, 위의 기본계획 및 시행계획이 수립된 때에는 시장·군수는 그 계획에 따라 유통단지의 지정에 관한 도시계획을 입안하여 건설교통부장관에게 결정신청을 하고, 그 결정에 따라 단지조성사업을 하도록 규정하고 있으므로, 시장·군수가 조성한 유통단지안의 유통산업에 한하여 중과세대상에서 제외되어야 할 것인 바, 청구법인의 경우 유통산업을 추진하였다고 하더라도 위 계획에 의하여 추진하지 아니하였으므로 등록세 중과세제외 업종인 “유통산업근대화촉진법에 의한 유통산업”에 해당되지 않으므로 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다고 하겠으나, 구지방세법 제128조의3제2항제1호에서 ㅇㅇ조합중앙회가 구판사업 등 당해 지방자치단체의 조례가 정하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 등록세의 100분의 50을 경감하되, 자치단체의 장이 필요하다고 인정할 때에는 100분의 50을 초과하여 경감율을 정할 수 있도록 규정하고 있고, 구서울특별시세조례 제18조 및 제25조에서 구판사업 등 당해 지방자치단체의 조례가 정하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이라 함은 구매·판매 및 그 부속사업용 토지와 건축물, 보관·가공·무역 및 그 부속사업용토지와 건축물 등을 말한다고 규정하고 있는 바, 청구법인이 축산물 판매·보관(저장) 등에 사용해 오고 있는 축산물 냉동창고(7,734.78㎡)와 기계실(741.99㎡) 등(기존 건축물)은 구판사업 등에 사용되는 부동산에 해당하며, 또한 3회에 걸쳐 증축(신축)한 이건 건물을 관리사무실·회의실 및 후생복지시설(휴게실·대기실 등)로 사용하더라도, 구판사업 등에 공여되고 있는 부속시설로 보아야 하므로 구판사업 등에 사용되고 있는 건축물로 보아 등록세액의 100분의 75를 경감하여야 할 것인 바, 비록 이건 건물이 대도시내에서 분사무소 설치후 5년 이내에 취득·등기한 부동산에 해당되어 등록세가 중과세되더라도 경감받은 부분에 대하여는 등록세를 중과세할 수 없다 하겠으므로 처분청에서 경감되어야 할 부분까지 등록세 등을 중과세한 처분은 위법하다고 하겠다.

따라서 청구법인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1996. 4. 25.

내 무 부 장 관