가. 청구인은 2009.2.26. 개업하여 OOOO라는 상호로 기타석유 제조업을 영위한 사업자로서, 2009.4.30. OOOO OOO OOO OOO OOO 잡종지 1,573㎡ 및 같은 리 415-1 주유소용지 402㎡를, 위 2필지 지상의 건물 95.49㎡를, 2009.9.7. 위 2필지 지상의 신축건물 940.61㎡를, 2010.5.28. 같은 리 412-1 답 929㎡(위 부동산 전부를 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 각 취득하고 「조세특례제한법」 제119조 제3항 및 같은 법 제120조 제3항에 의거 창업중소기업이 취득한 사업용 재산으로 보아 취득세 등을 면제받은 후, 2010.7.2. 주식회사 OOOO(OO OOOOOOO OO)에 이 건 부동산을 매각하였다.

나. 처분청은 청구인이 이 건 부동산을 그 취득·등록일부터 2년 이내 매각함으로써 「조세특례제한법」 제119조 제3항 및 같은 법 제120조 제3항의 추징 사유에 해당하는 것으로 보고, 그 취득가액 763,181,818원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 15,433,050원, 농어촌특별세 1,543,280원, 등록세 8,057,900원, 지방교육세 1,611,560원, 합계 26,645,790원을 2010.9.10. 청구인에게 부과고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.10.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

개인사업자에서 법인사업자로 전환시 현물출자 또는 사업양수도에 의한 방법이 있음을 알지 못하여 매매에 의한 방법으로 법인으로 전환함으로써 취득세 등이 추징되었으나, 형식상 매매에 의한 법인 설립이지, 사실상 매매는 이루어지지 않았으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 부당하다. 또, 이 건 부동산의 거래에 관한 부동산거래신고필증에 계약일과 잔금지급일이 같은 날짜이고 거래대금으로 650,000,000원의 돈이 오갔음에도 불구하고 통장이체 및 거래내역이 없으며 법인주주명부에도 청구인과 청구인의 처(OOO) 앞으로 지분이 되어있고, OOOO와 OOOO가 같은 장소에서 사업을 영위하였으며 그 대표자가 청구인으로 동일한 바, 이 건 부동산은 사실상 법인전환에 의한 것이므로 이 건 취득세 등 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 이 건 부동산을 매수한 OOOO의 대표이사가 청구인이고 그 업종도 OOOO와 같다고 주장하고 있으나, OOOO의 대표이사는 OOO이고, 업종은 해양플랜트 제조업으로 청구인의 주장과 상이함을 알 수 있고, 「조세특례제한법」 제119조 제3항 및 같은 법 제120조 제3항에서 창업벤처중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여 취득세와 등록세를 면제하지만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있으며, 동 규정에서 “정당한 사유” 라 함은 당초의 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인 바, 청구인이 이 건 부동산을 취득한 후 2년 이내인 2010.7.1. OOOO에 매각한 것이 확인되며, 개인사업에서 법인으로의 전환시 현물출자 또는 사업양수도에 의한 방법이 있음에도 이를 알지 못하여 매매의 형식으로 법인을 창업하였다는 것은 정당한 사유로 인정할 수 없으므로 이 건 취득세 등 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 부동산의 매각에 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법룰

조세특례제한법

제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 2009년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제6조제1항의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

②제1항은 새로 설립되는 법인의자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

제119조(등록세의 면제 등)③ 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다.다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는면제받은 세액을 추징한다.

1. 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업(수도권과밀억제권역내에 소재하는 고용창출형창업기업을 제외한다. 이하 이 조, 제120조 및 제121조에서 같다)이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기

④ 제32조에 따른 현물출자 또는 사업양수·양도에 따라 취득하는 사업용 재산에 관한 등기에 대해서는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

제120조(취득세의 면제 등) ③ 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 4년이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

⑤ 제32조에 따른 현물출자 또는 사업양수·양도에 따라 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 처분청 및 청구법인이 제출한 과세자료, 사업자등록증, 법인등기부등본, 주주명부 등의 심리자료에 의하면 이 건 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구인은 2009.2.26. 개업하여 OOOO라는 상호로 기타석유 제조업을 영위한 사업자로서, 2009.4.30.～2010.5.28. 이 건 부동산을 취득하고 창업중소기업이 취득한 사업용 재산으로 보아 취득세 등을 면제받은 후, 2010.7.2. OOOO에 이 건 부동산을 매각하였고, 처분청은 청구인이 이 건 부동산을 그 취득일·등록일부터 2년 이내 매각함으로써 「조세특례제한법」 제119조 제3항 및 같은 법 제120조 제3항의 추징 사유에 해당하는 것으로 보고 취득세 등 26,645,790원을 2010.9.10. 청구인에게 부과고지하였다.

(나) 청구인은 상호는 OOOO, 업종은 기타석유 제조업, 사업장은 이 건 부동산으로 하여 2009.2.26. 개인 명의로 사업자등록하였고, OOOO는 목적사업은 고체연료를 만드는 기계생산 및 판매업 등, 대표이사는 청구인, 본점은 이 건 부동산으로 하여 2010.6.7. 법인설립등기하였다가 2010.6.28. 대표이사를 OOO으로 변경하였으며, 그 지분은 청구인 및 청구인의 배우자 OOO이 각 50%를 소유하고 있다.

(2) 다음으로, 이 건 부동산의 매각에 정당한 사유가 있다는 청구인의 주장에 관하여 살펴본다.

(가) 「조세특례제한법」 제119조 제3항 및 제120조 제3항에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득·등기하는 사업용재산에 대해서는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하면서, 단서규정에서 취득·등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제119조 제4항 및 제120조 제5항에서 제32조에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득·등기하는 사업용재산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하고 있는 바, 같은 법 제32조의 현물출자 또는 사업양수도에 따른 재산 이전은 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영형태만을 바꾸는 것에 불과하여 취득세 등을 부과할 필요가 적음과 더불어 개인사업자의 법인전환을 장려하는 취지 등을 감안할 때 같은 법 제32조에 따른 현물출자 또는 사업양수도 방식으로 개인사업자가 법인으로 전환한 경우에도 같은 법 제119조 제3항 및 제120조 제3항 단서규정의 정당한 사유에 해당한다 할 것이다.

(나) 살피건대, 청구인은 이 건 부동산을 취득하여 「조세특례제한법」 제119조 제3항 및 제120조 제3항에 따라 취득세 등을 면제받은 후 그 취득·등기일부터 2년 이내에 매각하였고, 동 매각은 같은 법 제32조에 따른 현물출자 또는 사업양수도 방식으로 개인사업자가 법인전환한 경우에 해당하지 아니하므로 이 건 부동산을 유예기간 이내에 매각한데 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다 할 것이다.

따라서 청구인이 정당한 사유 없이 이 건 부동산을 그 취득·등록일부터 2년 이내에 매각한 것으로 보고, 처분청이 기 면제세액을 추징한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.