가. 청구법인은 분할전 주식회사 OOO의 건설사업부문이 2008.3.3. 「상법」 제530조의2 내지 12에 따라 물적분할하여 신설되었고, 분할전 주식회사 OOO은 주식회사 OOO(분할전 주식회사 OOO과 분할후 주식회사 OOO를 이하 OOO”라 한다)로 법인명을 변경하였으며,주식회사 OOO(이하 OOO”이라 한다)은 분할전 주식회사OOO의 건설사업부문이 2008.3.3. 「상법」 제530조의2 내지 12에 따라물적분할하여 신설되었고, 분할전 주식회사 OOO은 주식회사OOO(분할전 주식회사 OOO과 분할후 주식회사 OOO를이하 OOO”라 한다)로 법인명을 변경하였으며,OOO는 청구법인의 100% 주주였으나, OOO가 「독점규제 및공정거래에 관한 법률」상 지주회사로의 전환을 위하여 2008.10.6. OOO를 흡수합병함에 따라 OOO가 청구법인의 100% 주주가 되었다.

나. 청구법인은 2009.3.29. 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 하고, 같은 법 시행령을 이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제7조에 규정된 중소기업에 대한 특별세액감면 OOO원을 적용하여 2008사업연도 법인세를 신고‧납부하였다.

다. 처분청은 2007사업연도말 현재 OOO의 자산총액이 OOO원을 초과하므로 청구법인은 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호에서규정한 독립성 기준을 충족하지 못하고 있어 중소기업에 해당하지않는다는 국세청장의 감사결과 처분지시에 따라 중소기업특별세액감면을 배제하여 2011.7.20. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO원을 경정‧고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.9.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청에서는 직전사업연도말 현재 자산총액을 기준으로 하도록 규정하고 있을 뿐 합병에 대하여는 별도로 규정하고 있지 않다는 의견이나, 조특법에서 중소기업 여부의 판단과 관련하여 「중소기업기본법」(이하 “중기법”이라 하고, 같은 법 시행령을 이하 “중기법 시행령”이라 한다)의 일부 규정을 준용하면서 기준 사업연도 등특정사항에 대하여는 고유의 규정(조특법 시행령제2조 제4항 및 같은 법시행규칙 제2조)을 두어 그 판단을달리 하고 있으므로 조특법상 중소기업의 판단을 오로지 중기법에 의하여야 하는 것은 아닌 점,

조특법 제2조제2항 제3호에서 독립성 기준 판단시 중기법 시행령 제3조 제2호를 준용하고 있으나, 조특법에서는 자산총액 판단 시점에 대하여 명확하게 규정하고 있지않으며, 세법에서는 기업의 원활한 구조조정을 지원하기 위하여 분할 또는 합병 거래에 대하여 특례 규정을 두고 있으나, 중기법에서는 분할 또는 합병시의 자산총액 적용과 관련하여 불명확하던 부분을 2011.12.28. 중기법 시행령 제7조의2를 신설함으로써 분할과 합병 거래의 경우 당해 사업연도 기준으로 자산총액을 산정하도록 명확화한 점,

당초 중소기업이었던 청구법인이 실질적 지배구조의 변동없이 정부가 장려하는 지주회사로 전환하는 과정에서 중소기업으로 판정받지 못한다면 과세형평 및 정부가 장려하는 지주회사 정책에 부합하지 않는 점,

처분청의 의견대로 분할과 합병거래를 고려하지 아니하고 직전사업연도말 현재 자산총액을 기준으로 판단하더라도 청구법인은 2008.3.3. 반도종합건설홀딩스로부터 물적분할하여 신설된 법인으로서 OOO가 모법인이므로 OOO의 자산총액으로 판단하여야 하고, 그렇지 않는다면 합병결과 청구법인의 모법인이었던 OOO가 합병법인이 되는지, 피합병법인이 되는지에 따라 청구법인의 독립성 기준 충족여부가 다르게 결정되는 모순이 발생하는 문제점이 있는 점으로 볼 때, 합병이 발생한 경우에는 실질과세 원칙에 따라 조특법의 중소기업 판단의 일반 원칙에 따라 다른 기준(상시 인원수, 매출액, 자본금, 졸업기준 판단을 위한 자산총액)과 동일하게 직전사업연도가 아닌 당해 합병등기일이 속하는 사업연도의 자산총액을 기준으로 판단하여야 한다.

(2) 처분청의 의견대로 분할과 합병거래를 고려하지 아니하고 OOO의 직전사업연도말 현재 자산총액을 기준으로 독립성 요건 충족여부를 판단하더라도 OOO는 청구법인의 최대주주가 되기 전에 분할로 인하여 분할 전과 비교하여 목적사업[건설부문 + 기타부문 ⇒ 기타부문(지주회사)], 인적구성, 자산규모(OOO원 ⇒OOO원) 등이전혀 다른 기업실체로 변경되었는바,2007사업연도말 현재 OOO의 자산총액으로 청구법인의 독립성 요건을 판단할 경우 전혀 다른 기업실체의 자산총액을 적용하게 되는 문제점이 있으므로 분할로 이관된 건설부문을 제외한 잔여부문의 자산총액으로 판단하는 것이 실질과세 원칙에 부합하고,

처분청에서는 권OOO 등이 OOO 등을 직‧간접적으로 지배하고 있으므로 OOO의 자산총액을 합산하여 판단하는 것이 실질과세 원칙에 부합된다는 의견이나, 최대주주의 자산총액을 산정함에 있어 최대주주가 직‧간접적으로 지배하고 있는 자회사 자산총액을 합산하여야 한다는 규정은 없고, OOO의 자산총액을 산정함에 있어서 OOO 자산총액 합산의 가능성이 있는 부분은 관계회사 합산규정이나, 동 규정은 조특법상 2012년부터 시행되고 실질적 독립성 판단을위한 자산총액 OOO원에는 관계회사 합산 규정도 없으므로 처분청의 의견은 조세법률주의에 위반되는 의견이다.

(3) 중소기업청의 인터넷 해석사례(2008.2.27.)에 의하면 2005.12.27. 이후 지분관계가 형성된다고 하더라도 2008.12.27.(유예기간 3년)까지는 중소기업으로 본다고 되어 있어 위 해석사례에 따라 중소기업 독립성 훼손이 발생하지 않는 것으로 믿고 2008.10.6. OOO와 OOO 간에 합병을 하였던바, 중기법에서 규정하는 독립성 요건에 의해서만세법상 독립성 훼손 여부를판단하는 경우라 하더라도 신의성실의 원칙에 따라 중소기업에 해당되고, 처분청에서는 개정 시행령의 시행일인 2005.12.27.당시 중소기업에 해당하는 출자 모회사인 경우에 위 해석사례가 적용되므로 청구법인에게는 해당되지 않는다는 의견이나, 위 해석사례에서 부칙의 경과조치와 관련하여 형평성을 고려하여 2005.12.27.당시 모자관계가 형성된 경우 뿐만 아니라 이후에 그 관계가 성립된다고 하더라도 2008.12.27.까지 중소기업에 해당된다고 해석하고 있고, 처분청의 의견은 2005.12.27. 개정된 부칙을 좁은 의미에서 해석한 것이어서 타당하지 않다. 즉 위 해석사례는 동 부칙을 해석함에 있어 형평 및 갑작스런 중소기업 탈피에 따른 급격한 부담의 완화 등을 위해서 ① 이 영 시행일(2005.12.27.) 당시 출자 모기업이 OOO원 미만이었으나 그 후 자산증가로 OOO원을 초과하는 경우 ② 이 영 시행일(2005.12.27.)이후 설립된 법인 ③ 이 영 시행일 이후 출자관계가 성립된 법인에 대해서도 동일하게 3년간의 유예기간을 부여하도록 회신한 것에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1)직전사업연도가 아닌 합병등기일이 속한 당해 사업연도의 자산총액을 기준으로 판단하여야 한다는 청구주장은 조특법 및 중기법에 그 근거가 없고, 중기법 시행령 제3조 제1호 나목에서 자산총액 OOO원 이상인 법인인지 판단시 자산총액은 직전사업연도말 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다고 규정하고 있으며, 중기법 시행령제5조 제2항 제2호와 제6조 제2항 및 제7조 제2항 제2호에서 당해 사업연도에 창업이나 합병이 있는 경우 상시 근로자 수, 자본금, 매출액은 당해 사업연도를 기준으로 하도록 규정하고 있으나, 자산총액은 직전사업연도말 현재를 기준으로 하도록 명확하게 규정하고 있는 점,

해당 사업연도에 창업하거나 합병 또는 분할한 경우 창업일이나 합병일 또는 분할일 현재의 자산총액으로 하도록 2011.12.28. 중기법 시행령 제7조의2 제2항이 신설되었으나, 동 개정 부칙 제1조에서 2012.1.1.부터 시행하도록 하고 있는 점,

2008.3.3. 청구법인의 신설당시 청구법인의 모법인은OOO였으나, OOO가 2008.10.6. OOO에 흡수합병되어 소멸한 이후에는 OOO가 청구법인의 모법인이 되었으므로 제2조 제1항 제3호 및 중기법 시행령 별표2의 제1호 “직전사업연도 말일 현재 자산총액이 OOO원 이상인 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업”에 해당되는 때가 속하는 2008사업연도에 청구법인은 중소기업에 해당하지 않게 되고, 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제3호의 규정에 따라 유예기간을 적용하지 아니하는 점으로 볼 때, 2007사업연도말 현재 OOO의 대차대조표에 표시된 자산총액을 기준으로 독립성 여부를 판정한 데 잘못이 없다.

(2)건설사업 부문을 제외한 기타부문 자산총액만으로 독립성을 판단하여야 한다는 청구주장은 조특법 및 중기법에 그 근거가 없고, OOO가 2008년에 건설부문을 반도건설에 물적분할하였으므로 OOO의 물적분할 후의 자산총액을 기준으로 독립성 기준을 판단하여야 한다는 청구법인의 주장은 분할신설법인이 조특법 시행령 제2조 제1항 제1호의 ‘규모기준’을 초과한 경우라 하더라도 분할당시의 분할법인의 잔존 유예기간 내에 종료하는 사업연도까지는 중소기업으로 본다는 예규(기획재정부 조세특례제도과-145, 2008.5.9.)를 지나치게 확대해석한 주장이며, 중기법 시행령 제3조 제1호 나목에서 자산총액이 OOO원 이상인 법인인지 판단시 자산총액은 ‘직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다’라고 규정되어 있을 뿐 물적분할로 포괄양도한 자산상당액을 자산총액에서 차감하라는 규정은 없고, 권OOO와 유성애(권OOO의 배우자) 및 권OOO(권OOO의 형제)이 OOO의 발행주식의 100%를 소유하고 있으며,OOO의 발행주식의 100%를 OOO가 소유하고 있어OOO와 OOO은 권OOO 등이 직‧간접적으로 지배하고 있는 법인이고, OOO와 청구법인도 권OOO 등이 실질적으로 지배하고 있어 청구법인은 당초부터 지주회사의 체제에 속하였어야 하는 것이 마땅하므로 오히려 OOO와 그 자회사인 OOO의 자산총액을 합산하여 판단하는 것이 실질과세 원칙에 더 부합한다.

(3) 중소기업청의 인터넷 해석사례는 2005.12.27. 중기법 시행령이 개정되면서 동 시행령의 시행일인 2005.12.27. 당시 중소기업에 해당하는 출자 모회사인 경우에 한하여 적용되는 것인데 2008.3.3. 분할로설립된 청구법인은 2008.10.6. 합병으로 인하여 OOO와 모자회사 관계가 성립되어 위 개정 시행령 부칙의 적용대상에 해당되지않으므로 청구법인과 관련 없는 중소기업청의 해석사례를 근거로 신의성실의 원칙의 적용대상에 해당한다는 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

ⓛ 청구법인이 OOO로부터 물적분할로 신설된 후 OOO가 분할일이 속한 사업연도에 OOO에 흡수합병되어 소멸된 경우, OOO의 직전사업연도말 현재 자산총액을적용하여 청구법인이 독립성 기준을 충족하지 못한다고 보아 중소기업특별세액감면을 배제한 처분의 당부

② 직전사업연도말 현재 OOO의 자산총액을 기준으로 하더라도 물적분할에 따라 양도된 건설부문을 제외한 기타부문의 자산총액으로 판단하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 신의성실의 원칙을 적용하여 청구법인을 중소기업으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제7조 [중소기업에 대한 특별세액감면] ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2011년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 적용하여 산출한 세액상당액을 감면한다. (단서 생략)

1. 감면 업종

사. 건설업

2. 감면 비율

바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 15

(2)조세특례제한법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것)제2조 [중소기업의 범위] ① 「조세특례제한법」제5조 제1항각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 …, 건설업, …을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수‧자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다)이내일 것

2. 삭제(2000.12.29.)

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호의 규정에 적합할 것.

(3)조세특례제한법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정된 것) 제2조 [중소기업의 범위] ① 「조세특례제한법」제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 …, 건설업, …을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수‧자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다)이내일 것

2. 삭제(2000.12.29.)

3.실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호의 규정에 적합할 것.이 경우 같은 영 별표 2 제1호에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유를 포함한다.

(4) 조세특례제한법 시행규칙 제2조 [중소기업의 범위] ⑤ 영 제2조 제1항 각호외의 부분 단서에서 "자산총액"이라 함은 과세연도 종료일 현재 대차대조표상의 자산총액을 말한다.

(5) 중소기업기본법 제2조 [중소기업자의 범위] ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

가. 업종의 특성

나. 상시 근로자 수

다. 자산규모

라. 매출액 등

2.소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

(6) 중소기업기본법 시행령(2007.9.10. 대통령령 제20260호로 개정된 것) 제3조 [중소기업의 범위] 「중소기업기본법」제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나.자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인

2.소유와 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 맞는 기업

[별표2] 중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준(제3조 제2호 관련)

1.제3조 제1호 나목에 따른 법인이 발행주식( 「상법」 제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다)총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것

2.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것

(7) 중소기업기본법시행령(2005.12.27. 대통령령 제19189호로 개정된 것) 제3조 [중소기업의 범위] 「중소기업기본법」제2조 제1항에 의한 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 당해 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 당해 기업의 상시근로자수‧자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 적합한 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업을 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나.자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인

2.소유 및 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 적합한 기업

[별표 2] 중소기업의 소유 및 경영의 실질적인 독립성 기준(제3조제2호관련)

1.제3조제1호 나목의 규정에 의한 법인이 발행주식( 「상법」 제370조의 규정에 의한 의결권 없는 주식을 제외한다)총수의 100분의 30이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것

2. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항의 규정에 의한 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것

(8)중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것) 제7조의2 [자산총액] ① 제3조제1항제1호에 따른 자산총액은 회계관행에 따라 작성한 직전사업연도 말일 현재 재무상태표상의 자산총계로 한다.

②해당 사업연도에 창업하거나 합병 또는 분할한 기업의 자산총액은 제1항에도 불구하고 창업일이나 합병일 또는 분할일 현재의 자산총액으로한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구이유서와 심판청구에 대한 답변서 및 과세전적부심사결정서 등 심리자료에 의하면, 청구법인은 2008.3.3. 분할전 OOO의 건설사업부문이 「상법」 제530조의2 내지 12에 따라 물적분할하여 신설되었고, 분할전 OOO은 OOO로 법인명을 변경하였으며, OOO은 2008.3.3. 분할전 OOO의 건설사업부문이 「상법」 제530조의2 내지 12에 따라 물적분할하여 신설되었고,분할전 OOO은 OOO로 법인명을 변경하였으며,OOO는 물적분할 후인 2008.10.6. 「독점규제 및 공정거래에 관한법률」상 지주회사로의 전환을 위하여 OOO를 흡수합병한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인과 OOO 및 OOO와 OOO의 각 사업연도별 자산총액은 아래 <표>와 같다.

<표> 각 사업연도별 자산총액

OOO

(3) 금융감독원의 전자공시시스템 조회자료에 의하면, 청구법인과OOO 및 OOO와 OOO은 모두 12월말 법인이나, 물적분할에 의하여 신설된 청구법인과 OOO의 최초 사업연도는2008.3.3.~2008.12.31.이고, 흡수합병에 의하여 소멸된OOO의 최종 사업연도는 2008.1.1.~2008.10.6.인 것으로 나타난다.

(4)공정거래위원회의 홈페이지 조회자료에 의하면, OOO는 2008.3.3. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조 및 같은 법 시행령 제15조의 규정에 의하여 지주회사로 전환 신고를 한 것으로 나타나나, 2012.9.30. 현재까지 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단으로 지정된 사실은 없는 것으로 나타난다.

(5) 2011.12.28. 신설된 중기법 시행령 제7조의2 제2항에서는해당사업연도에 창업하거나 합병 또는 분할한 기업의 자산총액은 제1항에도불구하고 창업일이나 합병일 또는 분할일 현재의 자산총액으로 하도록 규정하고 있고, 동 개정 부칙 제1조에서는 2012.1.1.부터 시행하도록 규정하고 있는바, 위 시행령의 개정과 관련된 중소기업청의 입법예고(중소기업청 공고 제2011-222호, 2011.10.10.) 내용에는 위 개정법령과관련된 내용이 수록되어 있지 않은 것으로 나타나고, 당시 중소기업청정책총괄과의 법안 개정 담당자는 관련 기관 등에서 개정 건의가 있었던 것은 아니고, 동 시행령 개정전에 관련 사례에 대해 해석한 사례도 없었으며, 창업이나 합병 및 분할이 있었던 경우 상시근로자수나 자본금 및 매출액에 대하여는 창업일 등을 기준으로 판단하도록 규정하고 있었으나, 자산총액에 대하여는 위와 같은 규정이 없었으므로 불합리하다고 판단하여 개정한 것이라는 내용으로 답변하였다.

(6) 쟁점ⓛ에 대하여 살펴본다.

중소기업의 요건 중 독립성 기준에 대하여 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호에서는 “실질적인 독립성이 중기법 시행령 제3조 제2호의 규정에 적합할 것”으로 규정하고 있고, 2007.9.10. 개정된 중기법 시행령 제3조 제2호에서는 “소유와 경영의 실질적인 독립성이 별표2의 기준에 맞는 기업”으로 규정하고 있으며, 별표2 제1호에서는 “제3조 제1호 나목에 따른 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것”으로 규정하고 있는바, 중기법 시행령 제3조 제1호 나목에서 “자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 OOO원 이상인 법인”이라고 규정함으로써 직전사업연도 말일 현재 자산총액을 기준으로 독립성 기준 충족 여부를 판정하도록 명시하고 있는 점, 자산총액의 기준시점과 관련하여해당 사업연도에 창업하거나 합병 또는 분할한 기업의 자산총액은 제1항에도 불구하고 창업일이나 합병일 또는 분할일 현재의 자산총액으로 하도록 2011.12.28. 중기법 시행령 제7조의2가 개정되기는 하였으나, 동 부칙에서 2012.1.1.부터 개정법령을 시행하도록 규정하고 있으므로 법적 안정성을 고려할 때 동 개정법령을 이 건에 적용하기는 어려워 보이는 점에 비추어, 해당 사업연도에 합병 등이 발생한 경우에는 직전사업연도가 현재가 아니라 당해 합병 등이 발생한 날이 속하는 사업연도를 기준으로 독립성 기준 충족 여부를 판단하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

또한,독립성기준을 중소기업의 요건 중 하나로 규정한 것은 중소기업이라 하더라도대기업의 지배하에 있어서 소유와 경영의 실질적인 독립성이 인정되지 않는다면 중소기업으로 보지 않겠다는 취지인바, 청구법인은 2008.3.3. OOO로부터 물적분할하여 설립되었으므로 2008사업연도말 현재 청구법인의 모법인이 OOO라고 하더라도 2007사업연도말 현재 청구법인과 OOO 간에는 직접적인 출자관계가 없어 OOO의 자산총액을 적용하는 것은 불합리하고, 청구법인의모법인이었던 OOO가 합병법인이 되는지, 피합병법인이 되는지에 따라 독립성 기준 충족 여부가 다르게 결정되는 문제점이 있는 점, 청구법인은 중소기업인 OOO의 건설사업부문이 물적분할하여 설립되었고, 신설 후 현재까지 동 사업을 계속하여 영위하고 있음에도 실질적인 지배구조의 변동없이 지주회사로 전환하는 과정에서 청구법인이 중소기업으로 판정받지 못하게 되는 것은 불합리한 점에 비추어, 2008.10.6. OOO가 OOO에 흡수합병되어 청구법인의 모법인이OOO로 변경되었으므로 2007사업연도말 현재 OOO의 자산총액을 기준으로 독립성 기준 충족 여부를 판단하여야 한다는 처분청의 의견도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

따라서 자산총액의 기준시점은직전사업연도말인 2007사업연도말 현재로 하되, 2007사업연도말 현재 청구법인을 실질적으로 지배하고 있던 OOO의 자산총액을 기준으로 독립성 기준 충족 여부를 판정하는 것이 타당하다 할 것인바, OOO의 2007사업연도말 현재 자산총액은 OOO원으로 OOO원에 미달하여청구법인은 2008사업연도에 중소기업의 요건을 충족하고 있으므로 처분청에서 중소기업특별세액감면을 배제하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

(7) 쟁점②와 쟁점③은 쟁점ⓛ이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.