청구인은 경기도 OO시 원미구 중동 1151-3번지에 소재하는 OOOO(주) (이하“청구외법인”이라 함)의 대표이사이고, 청구외법인은 2002. 1기～2004.1기 과세기간중 자료상 OO종합건설(주)외 6개 업체로부터 가공매입세금계산서 4,007,826,000원(이하 “쟁점세금계산서”라 함)를 수취하여 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하고 법인세 신고시 손금에 산입하였다.

처분청은 쟁점세금계산서상의 매입세액을 부가치세 매출

세액에서 불공제하고, 쟁점세금계산서상의 매입액을 청구외법인의 각 사업연도 소득금액 계산시 손금불산입한 후, 동 금액에 부가가치세를 포함한 금액(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 2002년～2004년 귀속 대표자 상여로 소득처분하여 2006.1.6 청구인에게 2002년 귀속 종합소득세 1,112,310,120원, 2003년 귀속 종합소득세 661,376,670원, 2004년 귀속 종합소득세 298,346,870원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.4.3 이의신청을 거쳐 2006.7.

13 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 가공매입세금계산서의 공급대가에 상응하는 금액이 청구외법인의 장부에 계상되지 아니한 채 각 공사현장의 목수, 재하청업자들에게 노무비 등 명목으로 실제 지급된 사실이 공사계약서, 법인계좌의 출금내역 등에 의해 입증되는 바, 이 금액은 청구인이 인출해 간 금액이 아니므로 청구인의 상여처분 금액에서 제외되어야 하고,

또한, 가공매입세금계산서상의 금액은 외상대금을 지출한 것으로 회계처리하고 법인통장에서 인출하여 가공자료를 발행한 회사와 청구인통장에 입금하였다가 전액 법인통장에 다시 입금하여 장부에 계상된 공사비와 장부에 계상되지 않은 재하도급비용등으로 지출되었고, 청구외법인 통장의 입·출금 내역 등을 보면, 자료상에게 지급된 금액과 청구인에게 지급된 금액의 합계액보다 더 많은 금액을 청구인이 청구외법인의 계좌에 입금하였음이 확인되며, 청구외법인의 자금사정이 어려워 10억원 정도를 청구인이 법인에 입금시켜 운영자금으로 사용해왔으므로 청구인이 자료상으로부터 받은 쟁점세금계산서의 공급대가 상당액을 개인적으로 인출하여 사용한 것으로 보아 상여로 소득처분하는 것은 부당하다.

(2)대법원 판례(OOO OOOOOO, OOOOOOOOOO OO) 등에 의하면, “법인세와 근로소득세는 별개의 처분으로서 법인세 부과처분에 대하여는 불복기간이 경과하여 더 이상 다툴 수 없게 되었더라도 그와는 별개의 처분인 근로소득세 부과처분의 불복에서까지 근로소득세 처분의 원인이 된 법인세에 대하여 다툴 수 없는 것은 아니므로, 이 건의 경우 근로소득세에 대하여 불복하면서 근로소득세 과세처분의 원인이 된 법인소득금액이 적정하게 산정되었는지의 여부를 심리하는 것은 가능하다고 판단된다”는 판례에 비추어 볼 때, 청구인에 대한 상여처분의 원인이 된 청구외법인의 소득금액결정에 관하여 추계결정요구를 포함한 심리를 요구할 수 있다고 보아야 하고,

전문공사업이 주업인 청구외법인의 각 사업연도 소득금액을 계산함에 있어서청구외법인이 지급한노무비 등 주요경비의 상당부분이 누락되고재하도급 경비가 인정되지 않는다면 골조공사를 전문으로 하는 전문건설업의 특성상 노무비가 전체비용의 70～80%에 달하는 현실에 반하며, 예컨대 2002사업연도의 경우 청구외법인의 매출액이 3,970백만원임에 비해 법인소득은 무려 2,233백만원에 달하게 되는 바, 이는 추계경정 사유인 소득금액 계산에 있어서 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당되므로 청구외법인의 소득금액을 추계결정하여야 하며 이에 따른 청구인에 대한 소득처분 금액도 수정되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 각 공사현장의 팀장에게 노무비 등으로 4,762,511천원을 실제 지급하였으나 잡급 등에 해당되어 공사원가로 계상하지 못하여 자료상으로부터 4,007,826천원 상당의 가공세금계산서(쟁점세금계산서)를 수취하여 공사원가에 계상하였다고 주장하나,

청구외법인의 2002년～2004년 사업연도의공사원가명세서상 일용급여 명목으로2002년에 981,356천원, 2003년에 5,375,666천원, 2004년에 3,470,608천원 합계 9,827,631천원이 계상되어 있음에 비추어 볼 때, 잡급에 해당되어 회계처리를 못하였다는 청구인의 주장은 신빙성이 없고,

또한, 청구인이 제출한 영수증 및 청구외법인의 계좌에서 공사현장의 팀장들에게 계좌이체된 사실만으로는계좌이체된 금액을부외원가 및 자료상으로부터 수취한 가공매입세금계산서에대응하는 원가로 인정하기 어렵다.

(2) 청구외법인의 각 사업연도 소득금액 계산에 있어 비치·기장한 장부의 중요한 부분이 미비 또는 허위로 보아 추계로 결정하여야 한다는 주장은 본 건 상여처분에 선행한 법인세 부과처분의 당부에서 다툴 사항이므로 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 쟁점금액에 상응하는 금액이 사업과 관련하여 부외경비로 지출되었고 쟁점금액은 법인통장에서 인출하였다가 다시 재입금처리하였으며, 청구인이 쟁점금액보다 많은 금액을 법인에 입금시켜 운영자금으로 사용한 사실이 있으므로 쟁점금액을 상여로 소득처분하는 것은 부당하다는 주장의 당부

(2) 청구외법인의 각 사업연도 소득금액 계산에 필요한 장부또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우로 보아 상여로 소득처분한 금액을 추계로 경정하여야 한다는 주장의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

(2) 법인세법 시행령 제104조【추계결정 및 경정】① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 1의 방법에 의한다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

가.∼다.(생략)

3. 「조세특례제한법」 제7조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 소기업이 폐업한 때에는 「소득세법 시행령」 제143조 제3항 제1호의 2의 규정을 준용하는 방법 등 합리적인 방법으로 인정되어 국세청장이 정하는 방법

(3) 법인세법 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고， 조세특례제한법 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

② 제104조 제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세 상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다.

(4) 소득세법시행령 제143조 【추계결정 및 경정】① 법 제80조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모ㆍ종업원수ㆍ원자재ㆍ상품 또는 제품의 시가ㆍ각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 과세표준을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 제3항의 규정에 의하여 산출한 소득금액에서 법 제50조 내지 제52조의 규정에 의한 인적공제와 특별공제를 하여 과세표준을 계산한다.

③ 법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 방법에 의한다. 다만, 제1호의 2의 규정은 단순경비율 적용대상자에 한하여 적용한다.

1. 수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

가. 매입경비(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

나. 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

다. 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액

1의 2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1, 대표이사에게 상여로 소득처분하는 것이 부당하다는 주장에 대하여 본다.

(가) 청구인은 쟁점금액 상당액이 각 공사현장의 목수, 재하청업자들에게 노무비 등으로 사업과 관련하여 부외경비로 지출되었고, 법인통장에서 인출된 금액은 다시 법인에 입금되었으며, 청구외법인의 자금사정이 어려워 쟁점금액보다 많은 금액을 청구인이 법인에 입금시켜 운영자금으로 사용한 사실이 있으므로 쟁점금액을 상여처분하는 것은 부당하다는 주장이다.

(나) 먼저 쟁점금액이 부외 노무비등으로 지급되었는지를 보면,청구외법인의 2002～2004사업연도의공사원가명세서상 에 일용급여로2002사업연도에 981,356천원, 2003사업연도에 5,375,666천원, 2004사업연도에 3,470,608천원 합계 9,827,631천원이 계상되어 있는데 이에 대해 청구인은 장부에 계상된 급여는 직영공사의 인건비이고 재하도급 공사의 팀장에게 지급한 인건비는 포함되어 있지 않다는 것이나, 청구인이 직영공사의 인건비라고 하는 일용 노무비명세서에는 근로자의 성명이 기재되어 있으나 재하도급공사의 인건비라는재하도급 현장 계약내용 및 노무분야 재하청내역서에는 팀장의 성명만 나타날 뿐 노무비를 수령한 근로자의 성명이 밝혀지지 않고 있으므로 상호 관계와 중복여부등도 확인할 수 없고 또한 공사현장에서 특정 인건비만을 손금에 산입하지 않았다는 것과 대금 지급사실이 입증되는 인건비를 누락시키고 대신 가공세금계산서를 받아서 제출하였다는 것도 납득하기 어려우며, 특히 2003사업연도의 경우 직영공사의 노무비라는공사원가명세서상의 금액과재하도급공사의 인건비라는 이 건 주장금액을 합하면 청구외법인의 매출액(8,125백만원)보다도 노무비(8,193백만원)가 더 많이 산출되는 점으로 미루어 볼때에도이 부분 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(다) 다음으로 법인통장에서 인출된 금액을 다시 법인통장에 입금하여장부에 계상된 공사비와 장부에 계상되지 않은 재하도급비용 등으로 사용하였고청구인이 쟁점금액 이상을 법인에 입금하였고 별도로 10억원에 가까운 금액을 입금하여 법인의 운영자금으로 사용하였으므로 상여처분이 부당하다는 주장에 대하여 보면, 청구인이 제시하는 자료에 나타난 바와 같이 법인에서 인출된 금액과 법인에 재입금된 금액이 서로 같지 아니하고 또한 대금결제에 사용하였다는 금액과도 다르므로 청구주장사실이 확인되지 아니하며, 청구인이 법인에 입금하였다는 금액의 회계처리여부와 어떻게 회계처리가 되었는지가 분명하지는 않지만 이 금액을장부에 계상된 공사비와 장부에 계상되지 않은 재하도급비용 등으로 사용하였다는 주장은 그 회계처리에 있어서 납득하기 어렵고, 법인에 입금한 금액과 사외유출 금액의 상여처분은 별개의 문제이므로 단순히 법인에 추가 입금액이 있다고 하여상여처분이 잘못된 것이라고 할 수는 없는 것이다.

(2) 쟁점2, 장부의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우로 보아 상여로 소득처분한 금액을 추계로 경정할 수 있는지에 대하여 본다.

(가) 처분청은 이에 대하여 장부의 중요한 부분이 미비 또는 허위로 보아 추계로 결정하여야 한다는 주장은 본 건 상여처분에 선행한 법인세 부과처분의 당부에서 다툴 사항이므로 청구주장은 이유없다는 것이나, “추계조사결정의 방법으로 결정된 소득금액에 터잡아 법인에 대하여 법인세부과처분을 하는 한편, 그 소득금액을 법인의 대표자에 대한 상여로 보고 대표자에 대하여 종합소득세부과처분을 한 경우에, 법인세부과처분에 대하여는 심사청구 등을 제기한 바 없어 더 이상 추계요건의 위법사유를 다툴 수 없게 되었다고 하더라도 그와는 별도의 처분인 개인에 대한 종합소득세부과처분취소 청구소송에서까지 이를 다툴 수 없는 것은 아니라고 할 것”이므로 (OO O, OOO OOOOOO, OOOOOOOOOO OO) 상여처분에 대한 불복에 의하여 불복청구기간이 도과된 법인세 부과처분의 당부를 심리하여 법인세를 경정하도록 할 수는 없으나, 청구인에 대한 상여처분의 원인이 된 청구외법인의 소득금액을 추계조사결정하는 것으로 하여 소득처분금액을 경정할 것인지는 심리할 수 있다고 판단된다.

(나) 이 건의 경우 청구외법인의 매입부분 허위기장율이 2002사업연도의 경우 49.5%이고 2003사업연도의 경우 54.1%이고 건설업의 경우 공사가 사업연도별로 끝나지 아니하고 각사업연도에 걸쳐서 이루어지고 있는 실정을 감안하여 2002사업연도 2003사업연도의 허위기장율을 산출하면 52.1%에 이르고 있고,골조공사를 전문으로 하는 전문건설업을 영위하는 청구외법인의 매출액대비 노무비 비율이2002사업연도에 24.7%인데 2003사업연도에 66.1%나 되는 등 그 차이가 커서 청구외법인의 장부의 신빙성이 의심스럽고 중요한 부분이 미비또는 허위인 경우에 해당되는 것으로 보이므로 청구외법인의 2002사업연도와 2003사업연도의 소득금액을 추계결정방법에 의하여 산출하여 이 건 소득처분하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007년 9월 13일

주심국세심판관 박 동 식

배석국세심판관 김 홍 기

허 병 우

장 인 태