가. 청구인은 OOOOOOOOO 경기도 OO군 OO면 OO리 4-2번지 전 1,438㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대해 국가를 상대로 한 수원지방법원 OOOOOOOOO 소유권말소등기 소송에서 승소(이 건 토지에 관하여 수원지방법원 OO지원 OOOOOOOOOO 접수 제OOOO호로 마친 소유권보존등기의 말소등기절차를 이행하라.)한 다음, 청구인 외 4인은 2008.9.3. 이 건 토지에 대한 보존등기를 하기위하여 1996년도 개별공시지가(6,500원)에 면적(1,438㎡)을 곱하여 산정한 가액 9,347,000원을 과세표준액으로 하고 「지방세법」제131조 제1항 제4호의 세율을 적용하여 산출한 등록세 74,770원, 지방교육세 14,950원, 합계 89,720원을 신고납부하고 같은 날 소유권보존등기를 경료하였다.

나.처분청은 청구인 등이 신고한 과세표준은 지방세법 제130조에서 정한 과세표준에 미달하므로 인근 유사토지의 가액을 기준으로 국토해양부 장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 산정한 이 건 토지의 2008년도 개별공시지가 36,000원에 면적 1,438㎡을 곱하여 산정한 가액 51,768,000원을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제131조 제1항 제4호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 407,940원, 지방교육세 74,790원, 합계 482,730원을 2008.9.10. 청구인 외 4인에게 부과고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2008.10.17. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)수원지방법원 OOOOOOOOO 소유권말소등기 소송에서 “경기도 OO군 OO면 OO리 4번지 토지와 이 건 토지는 동일한 토지로서 청구인과 국가가 중복하여 소유권보존등기를 하였고, 청구인보다 뒤에 이루어진 국가의 소유권보존등기는 무효이므로 국가는 이 건 토지에 관한 소유권보존등기의 말소등기절차를 이행할 의무가 있다.”고 판결한 바가 있다.

(2) 이 건 토지에 대한 국가 명의의 소유권보존등기는 등기등록공무원의 잘못으로 인해 발생한 것이므로 청구인의 이 건 토지에 대한 보존등기는 「지방세법」제128조 제4호의 규정에 의한 형식적인 소유권의 취득등기에 해당하므로 이 건 등록세 등의 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 경기도지사 의견

(1) 지방세법 제128조 제4호에서 “등기ㆍ등록 담당공무원의 착오 및 이와 유사한 사유로 인한 등기ㆍ등록으로서 주소, 성명, 주민등록번호, 지번, 계량단위등의 단순한 표시변경ㆍ회복 또는 경정등기ㆍ등록”이라 함은 등기·등록을 담당하는 공무원이 등기권리자의 성명이나, 토지의 면적 등을 등기권리자가 제출된 신청서 또는 관련 공부와 다르게 잘못 기장함에 따라 이를 회복하는 등기에 한하는 것이라 할 것이다.

(2) 청구인의 경우는 국가가 「국유재산법」 등 관련 규정에 의거 국가명의로 보존등기한 토지에 대해 국가를 상대로 소송을 진행하여 승소함에 따라 청구인 명의로 소유권보존등기를 경료한 것이므로 위 규정에 의한 비과세 대상에 해당하지 아니하며, 청구인의 이 건 토지에 대한 보존등기 당시에는 국가소유 토지로서 개별공시지가를 공시하지 아니하였으므로 국토해양부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 산정한 가액을 과세표준으로 하여 산출한 이 건 등록세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

중복등기에 대한 소유권말소등기 소송 판결에 따라 새로운 소유권보존등기를 하는 경우, 지방세법 제128조 제4호에서 정한 등록세 비과세 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제128조 (형식적인 소유권의 취득등기등에 대한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.

4. 행정구역의 변경, 주민등록번호의 변경, 지적소관청의 지번변경, 계량단위의 변경, 등기·등록 담당공무원의 착오 및 이와 유사한 사유로 인한 등기·등록으로서 주소, 성명, 주민등록번호, 지번, 계량단위등의 단순한 표시변경·회복 또는 경정등기·등록

다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계에 대하여 본다.

(가) 경기도 OO군 OO면 OO리 4번지 575평의 토지는 1953.6.24.청구인의 부 황OO 명의로 등기(등기목적 : 회복에 인한 이전, 접수 : 불명 제?호, 등기원인 : 1949.1.15. 매매)되어 있었고, 그 후 국가는 OOOOOOOOOO 이 건 토지(OO리 4-2번지 1,438㎡)에 대하여 소유권 보존등기(접수번호 제OOOO호)를 하였다.

(나) 이에 대하여 청구인은 국가를 상대로 소송을 제기하고 그 소송(OOOOOOOOOO. 수원지방법원 OO지원 OOOOOOOOOO 소유권말소등기 판결 선고)에서 황OO(청구인의 부) 명의의 OO리 4번지 575평의 토지와 이 건 토지(OO리 4-2번지 1,438㎡)는 매매과정, 분할경위, 점유경작 등에 비추어 볼 때 면적이 다소 상이하더라도 동일한 토지라 할 것이고, 종전 등기의 접수일자, 접수번호 및 원인일자 등이 “불명”으로 기재된 멸실회복등기라 하더라도 특별한 사정이 없는 한 등기공무원이 적법하게 처리한 것이라 추정되고, 먼저 이루어진 소유권보존등기가 원인무효가 되지 않는 한 뒤에 된 소유권보존등기는 무효라는 사유로 국가의 이 건 토지(OO리 4-2번지 1,438㎡)에 대한 소유권보존등기(수원지방법원 OO지원 OOOOOOOOOO OO OOOOOO)의 말소등기절차를 이행하라는 승소판결을 받고, 수원지방법원 OOOOOOOOO 소유권말소등기 판결에서는 국가의 항소를 기각하는 것으로 판결되어 OOOOOOOOO 확정되었다.

(다) 청구인이 2008.9.3. 이 건 토지(OO리 4-2번지)에 대한 1996년도 개별공시지가를 과세표준으로 하여 등록세를 신고납부하고 이 건 토지에 대한 소유권보존등기를 경료한데 대하여 처분청은 등록세의 과세표준은 등기당시의 가액이 과세표준이 되므로 2008.9.10. 2008년도 개별공시지가를 산정한 다음, 이를 과세표준으로 하여 이 건 등록세등을 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점에 대하여 본다.

(가) 지방세법 제128조 제4호에서는 “행정구역의 변경, 주민등록번호의 변경, 지적소관청의 지번변경, 계량단위의 변경, 등기·등록 담당공무원의 착오 및 이와 유사한 사유로 인한 등기·등록으로서 주소, 성명, 주민등록번호, 지번, 계량단위등의 단순한 표시변경·회복 또는 경정등기·등록”에 대하여 등록세를 부과하지 아니하는 것으로 규정하고 있는바, 위 규정에서 등기·등록 담당공무원의 착오 등으로 등록세 비과세대상으로 하는 것은 등기공무원이 등기권리자가 제출한 신청서 또는 관련 공부와 다르게 등기부에 잘못 기장함에 따라 이를 회복하거나 경정하는 경우를 말한다 할 것이다.

(나)수원지방법원 OO지원에서 OOOOOOOOOOO 선고한 판결(OOOOOOOOOO 소유권말소등기)에서는 종전 등기의 접수일자, 접수번호 및 원인일자 등이 “불명”으로 기재된 멸실회복등기라도 특별한 사정이 없는 한, 멸실회복등기의 실시요강에 따라 등기공무원이 적법하게 처리한 것으로 추정하고 있고, 청구인은 국가가 「국유재산법」 등 관련 규정에 의거 국가명의로 소유권보존등기한 이 건 토지에 대해 국가를 상대로 한 소송에서 승소함에 따라 청구인의 부 황OO 명의로 된 소유권보존등기(1953.6.24. 등기, 등기원인 : 1949.1.15. 매매)는 그대로 두고, 국가 명의의 소유권보존등기(접수 OOOOOOOOOO OOOOOO)에 관하여 2008.8.13. 말소등기 절차가 이행됨에 따라 이 건 토지에 관하여 청구인 명의로 소유권보존등기를 경료하였으므로 이는 이 건 토지에 대한 새로운 보존등기를 한 경우로서 지방세법 제128조 제4호에서 정한 등록세의 비과세 사유에 해당되지 않는다 할 것이다.

(3) 따라서, 처분청이 청구인의 이 건 토지에 대한 보존등기를 새로운 보존등기로 보아 이 건 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.