2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1998. 8. 19. BB시 CC면 DD리 808 답 2,907㎡(이하 '이 사건 농지'라 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 2007. 12. 26. 이 사건 농지를 양도한 후 이를 사업용토지로 보고 일반세 율(36%)을 적용하여, 피고에게 양도소득세 20,840,490원을 신고 ・ 납부하였으나, 피고는 이 사건 농지를 비사업용토지로 보고 중과세율(60%)을 적용하여 2009. 9. 16. 원고에게 2007년 귀속 양도소득세 52,914,540원을 경정・고지하였다.

다. 그 후 원고는 2009. 9. 23. 피고에게, "원고가 이 사건 농지를 8년 이상 자경하였다"고 하면서 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조에 제1항에 의하여 양도소득세를 감면해 달라고 경정청구를 하였으나, 피고는 2009. 11. 17. 원고에 대하여 "원고가 이 사건 농지를 8년 이상 자경하였다고 볼 수 없다"는 이유로 위 경정청구를 거부(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호종, 을 제1, 2, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

"원고는 1998. 4. 1.부터 이 사건 농지의 양도 시까지 이 사건 농지와 인접한 BB시 CC면 FF리 978-8 또는 BB시 CC면 DD리 820(이하 위 각 주소지의 주택을이 사건 주택'이라 한다)에 실제로 거주하면서 8년 이상 이 사건 농지를 자경하였고, 원고가 서울 GG구 HH동 360-12 1층 202호로 주민등록을 옮긴 것은 자녀의 학교 문제로 편의상 이전해 놓은 것에 불과하다.",따라서 구 조세특례제한법 제69조 제1항을 적용하여 양도소득세를 감면하여야 할 것임에도 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 구 조세특례제한법 제69조 제1항 및 같은 법 시행령(2010. 2. 18 대통령령 제 22037호로 개정되기 전의 것) 제66조 제1항 제1호에 의하면, 농지가 소재하는 시・군・구 안의 지역에 거주하는 자가 8년 이상 당해 농지를 직접 경작한 경우에는 양도 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있고, 한편 토지가 농지로 경작된 사실이 인정된다고 하더라도 그 소유자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니고, 토지를 농지로 자경한 사실은 그와 같은 사실을 주장하는 양도자가 입증하여야 한다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결, 대법원 1994. 10. 21. 선고 94누 996 판결 등 참조)

(2) 이 사건에서 원고가 8년 이상 이 사건 농지를 자경하였는지에 관하여 보건대, 위 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1998. 4. 1.부터 BB시 CC면 FF리 978-8에 주민등록을 하였다가 2004. 8. 26. 서울 GG구 HH동 381-31 JJJJ 오피스텔 902호로 주민등록을 옮긴 사실, 그 후 2005. 7. 8. BB시 CC면 DD리 820 으로 다시 주민등록을 옮겨 이 사건 주택에서 약 6년 2개월 동안 주민등록이 되어 있었던 사실을 인정할 수 있으나, 위 증거들 및 갑 제15 내지 18호증, 을 제4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 원고는 위 기간 동안 다른 사업을 하면서 소득을 얻고 있었고, 원고의 처가 외국인이며, 그 자녀도 초등학생으로서 원고의 주민등록도 처 및 자녀와 함께 되어 있는 점, 원고가 외국인인 처 및 초등학생인 자녀와 따로 거주할 만한 특별한 사정도 보이지 않는 점 등에 비추어, 위 인정사실 및 갑 제4 내지 14, 22 때지 27호증의 각 기재만으로는 원고가 이 사건 주택에 거주하면서 8년 이상 이 사건 농지를 자경하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(3) 따라서 원고는 구 조세특례제한법 제69조 제1항의 적용요건을 충족하지 못하였다 할 것이므로, 이와 같이 보고 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.