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쟁점토지가 일시적인 휴경으로 양도일 현재 자경농지에 해당한다는 청구주장의 당부

조세심판원 조세심판 | 조심2020부1011 | 양도 | 2021-02-05

[청구번호]

조심 2020부1011 (2021.02.05)

[세 목]

양도

[결정유형]

경정

[결정요지]

쟁점토지가 「조세특례제한법」 제69조에 따른 감면요건 중 재촌・자경요건을 충족한 사실에는 처분청과 다툼이 없는 점, 쟁점토지가 농지 상태로 원상 복구되었음이 확인되는 점 등에 비추어 쟁점토지는 양도일 현재 농지에 해당하는 것으로 보이므로 처분청이 쟁점토지가 양도일 현재 농지가 아닌 것으로 보아 자경농지에 대한 감면의 적용을 배제하고 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있음

[주 문]

OOO세무서장이 2020.1.15. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO의 양도에 대하여 「조세특례제한법」 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 1996.5.23. 상속으로 취득한 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 경작해오다 OOO의 요청으로 2016.5.13.~2018.10.20. 기간 동안 쟁점토지를 OOO 하수처리 지선관로 부설사업(이하 “쟁점공사”라 한다)과 관련한 현장 사무실 및 자재보관창고로 일시 사용하는 것을 허용하였다. 이후 청구인은 2019.5.13. OOO(이하 “매수법인”이라 한다)에 쟁점토지를 양도하고 같은 날 소유권이전등기를 경료한 다음 2019.6.13. 쟁점토지의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하고 8년 이상의 자경농지에 대한 감면을 적용하여 해당 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 2019.9.18.∼2019.10.7. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세를 실시한 결과, 쟁점토지가 「농지법」상 농지로 원상 복구하는 허가조건을 이행하지 아니하였고 이는 일시적인 휴경상태에 해당하지 아니하므로 양도일 현재 농지가 아닌 것으로 보아 위 감면의 적용을 배제하여 2020.1.15. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.2.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지는 일시적인 휴경상태에서 양도되어 농지의 양도에 해당하므로 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용함에도 이를 배제한 이 건 처분은 부당하다.

(가) 청구인은 1996.5.23. 쟁점토지를 상속받고 1999.9.1. OOO협동조합에 조합원으로 가입하여 현재까지 자격을 유지하고 있으며, 쟁점토지를 양도계약일 당시까지 경작을 하였다.

(나) 청구인은 2016.5.13.~2018.4.30. 기간 동안 OOO의 협조 요청을 받아서 OOO에서 발주한 ‘OOO하수처리구역(상동, 상북) 지선관로 부설사업(1공구) 공사’의 하도급을 받은 OOO(이하 “공사법인”이라 한다)와 ‘현장사무실 및 자재보관창고’ 사용 목적으로 쟁점토지의 타 용도로의 일시 사용에 동의하였으며, 해당 기간의 임차료로 OOO원, 농지 원상복구비용 OOO원을 현금예치 또는 보증보험증권 가입조건으로 임대하였다.

(다) 청구인은 2016년 5월부터 경작을 시작할 예정이었으나, 2016년 9월 태풍 ‘차바’의 영향으로 쟁점토지상 사무실이 침수되고 공사구간이 유실되어 설계 변경 등으로 2차례 공사기간 연장이 되었고 부득이 쟁점토지의 사용 기간도 2018.10.20.까지 연장하게 되었다. 이에 따라 당초 계획과 달리 2018년 쟁점토지에 경작이 불가능하게 되었다.

OOO

(라) 청구인은 2018.10.20. 임대기간 종료 후 2019.1.8. OOO 담당공무원의 출장복명서(이하 “출장복명서”라 한다)와 같이 면사무소를 통하여 쟁점토지가 농지로 원상복구됨을 확인한 다음 2019년 1월부터 쟁점토지에 농작물을 경작하기 위한 준비(자갈 및 폐석 골라내기, 비료 구매 등)를 하였다.

(마) 청구인은 2019.2.25. 매수법인에게 농지전용을 완료하는 조건으로 OOO원에 매매하기로 계약하고 2019.5.13. 소유권이전을 완료하였다.

OOO

(바) 1월과 2월은 계절적인 휴경기간이고, 쟁점토지의 매매계약시 매수자인 매수법인에서 사옥을 건설하기 위해 농지전용 및 건물 신축을 위한 건축허가를 완료하는 조건으로 잔금을 지급하기로 하였기에 허가시점에서 농작물의 경작에 따른 수확의 애로가 있을 것으로 예상되어 지속적인 영농 활동을 하지 못하게 되었고 이에 따라 쟁점토지는 일시적인 휴경 상태에서 양도되었다.

(2) 아울러 청구인은 양도소득세 신고를 하면서 매매계약서는 토지이전 등기 담당하던 법무사 사무실에서 임의로 작성된 매매계약서(계약금, 잔금일 모두 2019.5.13.로 표기됨, 이하 “검인계약서”라 한다)를 제출하였다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지는 양도 시점에 쟁점공사의 폐자재 등이 치워진 것 외에 달라진 것이 없어 농지로 복구되었다고는 보기 어렵다.

(가) 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 서류로는 쟁점토지가 양도일 현재 농지임을 확인할 수 없다.

(나) 출장복명서에 첨부된 쟁점토지의 원상복구 전후 사진을 보면, 복구 후 사진에서는 평탄화 작업을 거쳤으나 농지개량을 위한 객토 및 성토 등 지력을 높이는 작업과 고랑 및 이랑작업이 완료된 모습은 아닌 것으로 확인된다.

(다) 세무조사 과정에서 공사법인은 당초 쟁점공사 완료 이후 쟁점토지가 원상복구되었음을 근거로 사진을 제출하였으며, 사진에서의 쟁점토지는 고랑과 이랑이 뚜렷한 밭 형태를 갖추고 있다.

(라) 그러나 쟁점토지에 대한 로드뷰 및 도로상황을 종합적으로 검토한 결과 해당 사진이 원상복구 이후 사진이 아닌 가설사무실 설치 전인 2016년 사진으로 판단하였고, 공사법인의 대표이사도 이를 시인하였다.

(마) 처분청이 매수법인으로부터 받은 쟁점토지의 양도 직후(2019년 5월) 촬영된 다음의 사진을 보면, 평탄한 상태의 나대지로 곳곳에 잡풀이 자라있는 모습이다.

(바) 청구인은 추가적으로 매수법인에서 쟁점토지에 대한 표층면의 제거 공사시점에 촬영한 사진을 제출하면서 표층면 제거이후 황토가 잘 보이는 상태이므로 언제라도 농사가 가능한 상태의 지력이 계속 유지되고 있었다고 주장하나, 해당 사진은 청구인이 2019.10.29. 촬영하여 제출한 사진으로 양도 시점(2019.5.13.)과 상당한 차이가 있어 양도 당시에 농지에 해당한다는 근거가 될 수는 없다.

(사) 청구인은 비료 구매 내역을 제출하여 쟁점토지가 농지였음을 주장하나, 해당 비료가 쟁점토지를 위한 것인지 청구인이 소유한 다른 토지를 위한 것인지는 알 수 없다.

(2) 청구인이 매수법인과 2019년 2월에 양도계약을 체결하여 수확상 문제로 경작을 하지 아니하였다는 것은 법령상 장애사유 등이 아닌 청구인의 내부사정으로서 청구인이 쟁점토지에 계속 경작을 하기 위한 정상적인 노력을 기울인 것으로 보기 어렵다. 아울러 청구인은 검인계약서가 아닌 2019.2.25. 매수법인과 작성한 매매계약서가 실제 계약서라 주장하나, 그 계약서에는 작성일자 외에 중도금, 잔금, 인도일자 부분이 각각 비어 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 일시적인 휴경으로 양도일 현재 자경농지에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (이하 생략)

(2) 조세특례제한법 시행령

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우 : 매매계약일 현재의 농지 기준

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제27조(농지의 범위 등) ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.

(4) 농지법

제36조(농지의 타용도 일시사용허가 등) ① 농지를 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용도로 일시 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 일정 기간 사용한 후 농지로 복구한다는 조건으로 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 국가나 지방자치단체의 경우에는 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장과 협의하여야 한다.

2. 주(主)목적사업(해당 농지에서 허용되는 사업만 해당한다)을 위하여 현장 사무소나 부대시설, 그 밖에 이에 준하는 시설을 설치하거나 물건을 적치(積置)하거나 매설(埋設)하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인이 2019.5.13. 매수법인과 체결한 검인계약서에 의하면, 매매대금은 OOO원으로 계약금 없이 2019.5.13. 잔금을 모두 지급하는 것으로 기재되어 있다.

(나) 청구인이 2019.2.25. 매수법인과 체결한 부동산매매계약서 등에 의하면, 매매대금은 OOO원으로 검인계약서와 동일하나 계약금은 OOO원으로 계약일에 지급하고 잔금 OOO원은 매수법인의 건축허가 완료 이후에 지불한다고 기재되어 있으며, 2019.5.10. OOO의 건축허가 이후인 2019.5.13.에 잔금이 청구인의 OOO 계좌로 입금되었다.

(다) 쟁점토지의 등기사항전부증명서를 보면, 청구인은 1996.3.31. 쟁점토지를 상속을 원인으로 1996.5.23. 취득한 다음 2019.5.13. 매매를 원인으로 같은 날 매수법인에게 양도하였음이 나타난다.

(라) OOO농업협동조합장이 2019.10.30. 발급한 조합원 증명서에 의하면, 청구인은 해당 농협의 조합원인 것으로 나타난다.

(마) OOO지점에서 2019.6.13. 작성한 거래자별 매출내역을 보면, 청구인은 2014.1.3.~2019.4.29.(2019.1.17. 포함) 기간 동안 비료 등을 구매한 것으로 나타난다.

(바) OOO이 2016.5.13. 공사법인에게 시행한 공문 등을 보면, 공사법인이 쟁점토지 상에 가설건축물(현장사무소 및 자재보관창고)의 설치 목적으로 농지의 타용도 일시사용을 허가신청한 사항에 대하여 OOO은 2014.5.13.~2018.10.20. 기간 동안 허가한 사실이 나타난다.

(사) 청구인이 2016.4.25. 공사법인과 체결한 부동산임대차계약서에 의하면, 청구인은 2016.4.25.~2018.10.25. 기간 동안 쟁점토지를 공사법인에게 임대하고 30개월간 사용하는 대가로 OOO원을 계약일에 일시불로 지급받는 것으로 기재되어 있다.

(아) OOO이 2019.1.8. 작성한 출장복명서와 2019.11.15. 작성한 농지사실확인서에 의하면, OOO면사무소 산업담당 공무원은 2019.1.8. 농지의 타용도 일시사용 후 원상복구 여부를 현지 확인하기 위해 쟁점토지에 출장한 결과 원상복구 후 폐석 등도 가장자리로 치워지고, 각종 작은 노끈, 플라스틱 및 이물질 등이 깨끗이 치워졌으며, 바로 밭으로 사용가능하다는 이유로 쟁점토지가 농지 상태로 원상복구되었음을 보고하였다.

(자) 청구인은 2018년 11월경 쟁점토지를 농지로 원상복구하였음을 확인하는 OOO 사촌마을 이장의 확인서(2019.11.5. 작성), 2018년 11월 쟁점토지를 농사에 사용할 수 있도록 포크레인을 이용하여 땅을 골고루 뒤집어 놓았다는 공사법인 대표의 확인서(2019.11.12. 작성) 및 관련 사진 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지의 양도 시점에 쟁점공사의 폐자재 등이 치워진 것 외에 달라진 것이 없어 쟁점토지가 농지로 복구되었다고는 보기 어렵다는 의견이나, 농경의 장애원인이 제거된다면 또다시 농경지로 이용될 수 있었다고 보여지는 경우에는 이는 일시적 휴경상태라고 보아야 할 것이고 그와 같은 휴경상태 하에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도라고 보아야 할 것인바(대법원 1998.9.22. 선고 97누706 판결 참조), 쟁점토지가 「조세특례제한법」 제69조에 따른 감면요건 중 재촌・자경요건을 충족한 사실에는 처분청과 다툼이 없는 점, OOO면사무소 산업담당 공무원이 2019.1.8. 쟁점토지에 출장하여 쟁점토지가 농지 상태로 원상 복구되었음을 확인한 점, 2019년 5월 곧 매각될 쟁점토지에 타 용도로 사용한 기간이 경과한 2018.10.21.부터 경작을 하여도 수확물을 보장받을 근거가 없어 쟁점토지를 일시적으로 휴경한 데 특별한 사정이 있었다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점토지는 양도일 현재 농지에 해당하는 것으로 보인다.

따라서 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 「조세특례제한법」 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.