1. 원심판결 이유에 의하면 원심은, 원고의 피소송수계인 주식회사 충북은행(1999. 5. 3. 원고에 흡수합병되었다. 이하 충북은행이라 한다)은 은행업과 신탁업을 겸영하는 법인으로서 충북은행의 논현동지점과 서울지점은 소외 신용관리기금(이하 소외 기금이라 한다)과 특정금전신탁계약을 체결하고 소외 기금으로부터 금전을 수탁받아 신탁재산을 운용한 후 그로부터 발생한 신탁소득을 소외 기금에게 지급하였는데, 피고들은, 위 지점들이 1994 사업연도에 소외 기금에게 지급한 신탁소득 중 그 원천이 채권·증권의 이자에 해당하는 부분(채권·증권의 인수·보유의 방법으로 운용하여 발생한 소득에 해당하는 부분, 이하 이 사건 신탁소득이라 한다)에 대하여 소외 기금으로부터 법인세를 원천징수하여야 함에도 이를 이행하지 아니하였다 하여 원천징수불성실 가산세를 부과한 사실을 인정한 다음, 원고의 주장 즉, 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항, 구 법인세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조의4 제1항 제3호 규정에 의하면 이자소득금액 등 원천징수 대상에 속하는 소득이라 하더라도 소외 기금과 같이 금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액은 원천징수 대상에서 제외하되, 다만 채권 또는 증권의 이자와 할인액은 예외로 하도록 되어 있는데, 이 사건 신탁소득은 금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액에 해당하고, 비록 그 원천이 채권·증권의 이자에 해당하는 것이라 하더라도 충북은행이 이를 소외 기금에 지급하는 단계에서는 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항 제5호에서 정하는 '신탁의 이익'에 속하는 것이므로 이에 대하여는 원천징수의무가 없다는 주장에 대하여, 신탁소득과 원천징수에 관한 구 법인세법 제4조, 제39조 제1항, 제2항, 구 법인세법시행령 제100조의4 제1항 제2호, 제3호, 제100조의5의 각 규정과 과세표준의 계산에 관한 규정은 실질내용에 따라 적용한다는 국세기본법 제14조 제2항 등의 규정들에 비추어 볼 때, 신탁재산의 운용방법을 수탁자가 전적으로 결정하고 불특정 다수 위탁자의 신탁재산을 합동으로 운용하는 불특정금전신탁(합동운용신탁)과는 달리 신탁재산의 운용방법을 위탁자가 지정하고 당해 신탁재산을 다른 신탁재산과 구분하여 관리·운용하는 특정금전신탁의 경우에는 신탁재산에서 발생한 수익을 그 원천에 따라 이자·배당·부동산소득 등으로 구분하여 과세함이 타당하고, 따라서 특정금전신탁에서 신탁재산의 운용방법을 채권·증권의 인수·보유로 지정하였을 경우 그로부터 발생한 소득은 채권 등의 발행법인이 신탁재산에 지급할 때에나 신탁회사가 수익자에게 지급할 때에나 모두 원천에 따라 '채권 또는 증권의 이자와 할인액'으로 보아야 할 것이며, 구 소득세법 제17조 제1항 제5호에 규정하는 '신탁의 이익'은 불특정금전신탁에 기한 신탁소득만을 가리키는 것이라고 볼 것이므로 특정금전신탁에 기한 이 사건 신탁소득은 충북은행이 소외 기금에 지급할 때에도 채권·증권의 이자에 해당한다고 보아야 하고, 이는 원천징수면제 대상의 예외에 해당한다는 이유로 원고의 주장을 배척하였다.

2. 법인세법상 원천징수에 관한 규정인 구 법인세법 제39조 제1항은 구 소득세법 제142조 제1항 제1호의 이자소득금액(대통령령이 정하는 금융보험업의 수입금액을 포함한다), 같은 법 제18조 제1항 제6호의 증권투자신탁수익의 분배금 …을 내국법인에게 지급하는 자가 그 금액을 지급하는 때에는 그 지급하는 금액에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 징수하여 … 납부하여야 한다고 규정하고, 구 법인세법시행령 제100조의4 제1항은 법 제39조 제1항에 규정하는 이자소득금액, 증권투자신탁수익의 분배금 …에는 다음 각 호의 소득은 포함되지 아니하는 것으로 한다고 규정하면서 제3호에서 재무부령이 정하는 금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액을 들고 다만, 구 소득세법 제17조 제1항에 규정하는 채권 또는 증권(…)의 이자와 할인액을 제외한다고 규정하고 있다.

그런데 신탁소득에 관한 규정인 구 법인세법 제4조 제1항은 신탁재산에 귀속되는 소득은 그 신탁의 이익을 받을 수익자(수익자가 특정되지 아니하거나 존재하지 아니하는 경우에는 그 신탁의 위탁자 또는 그 상속인)가 그 신탁재산을 가진 것으로 보고 이 법을 적용한다고 규정하고, 제2항은 신탁업법 및 증권투자신탁업법의 적용을 받는 법인(이하 '신탁회사'라 한다)의 신탁재산에 귀속되는 수입과 지출은 그 법인에 귀속되는 수입과 지출로 보지 아니한다고 규정하고 있으나, 신탁재산 귀속 채권이자금액의 원천징수에 관한 규정인 구 법인세법 제39조 제2항은 신탁회사의 신탁재산에 귀속되는 이자소득금액으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여는 제4조의 규정에 불구하고 당해 신탁재산을 내국법인으로 보아 제1항의 규정을 적용한다고 규정하고, 이에 따른 구 법인세법시행령 제100조의5 제1항은 법 제39조 제2항에서 '대통령령이 정하는 것'이라 함은 소득세법 제17조 제1항에 규정하는 채권 또는 증권(…)의 이자·할인액 및 상환익을 말한다고 규정하고 있으며, 구 법인세법시행령 제100조의5 제2항은 신탁회사는 매월별로 소득세법 제17조 제1항 제5호의 규정에 의한 신탁의 이익 및 동법 제18조 제1항 제6호의 규정에 의한 증권투자신탁수익의 분배금을 지급함에 따라 원천징수하여 납부할 세액에서 법 제39조 제2항의 규정에 의한 원천징수세액 중 제91조의3 제1항의 규정을 준용하여 계산한 당해 채권 또는 증권의 신탁재산 귀속기간 상당 세액을 차감하여 이를 납부한다고 규정하고 있는바, 이와 같은 규정을 종합하여 보면, 신탁소득 중 구 법인세법 제4조가 적용되는 소득은 수익자에게 지급될 때에 그 신탁재산의 운용 내용 즉, 원천에 따라 소득을 구분하여야 할 것이나, 구 법인세법 제4조의 적용이 배제되는 신탁소득으로 규정된 채권 또는 증권의 이자·할인액 및 상환익은 그 소득이 내국법인으로 보는 신탁재산에 대하여 지급된 이후에는 구 소득세법 제17조 제1항 제5호의 규정에 의한 신탁의 이익 및 같은 법 제18조 제1항 제6호의 규정에 의한 증권투자신탁수익의 분배금으로 구성되어 수익자에게 지급되는 것으로 보아야 할 것이다[이 경우 원천징수가 중복되는 것을 방지하기 위한 규정인 구 법인세법시행령 제100조의5 제2항은 '신탁회사는 소득세법 제17조 제1항 제5호의 규정에 의한 신탁의 이익 및 동법 제18조 제1항 제6호의 규정에 의한 증권투자신탁수익의 분배금을 지급함에 따라 …'라고 규정함으로써 이 점을 분명히 하고 있다] .

그렇다면 이 사건 신탁소득은 그 원천이 채권 또는 증권의 이자라 하더라도 신탁회사인 충북은행이 수익자인 소외 기금에 지급할 때에는 구 소득세법 제17조 제1항 제5호의 규정에 의한 '신탁의 이익'에 해당된다고 보아야 할 것이고, 이는 금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액으로서 원천징수 면제대상에 해당하고, 그 예외에 해당하지는 아니한다 할 것임에도, 이와 달리 판단한 원심판결에는 원천징수 내지는 신탁소득에 관한 법리오해의 위법이 있다 할 것이므로, 이 점에 관한 상고이유의 논지는 이유가 있다.

3. 그러므로 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고 그 부분 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.