2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 주식회사 ○○○○(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)은 2009년경 □□시의 △△도시계획에 따라 본사 및 제조공장이 위치한 □□시 토지 및 건물 등이 수용되자, 본사 및 제조공장을 ◇◇시로 이전하였고, 한국토지공사로부터 수령한 수용보상금 144억 원(이하 ‘이 사건 수용보상금’이라 한다)과 위 토지 및 건물 등 유형자산의 장부가액 간 차액인 104억 원을 유형자산처분이익으로 장부에 계상하였다.

나. 이 사건 회사는 2009사업연도 법인세 신고 시 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제85조의7 제1항 제1호에 따라 위 양도차익 104억 원을 2009사업연도의 익금에 산입하지 않았고, 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 2012사업연도부터 2014사업연도까지 약 34억 7,000만 원씩(이하 ‘이 사건 이연익금’이라 한다)으로 분할하여 각 사업연도의 익금에 산입하였다.

다. 한편 원고는 2015. 3. 3. 부친 □□□(이하 ‘망인’이라 한다)이 사망하자 2015. 9. 30. 총 상속재산가액을 약 141억 2,100만 원으로 하여 그에 대한 상속세 4,156,317,430원을 신고·납부하였다. 위 상속재산 중에는 비상장주식인 이 사건 회사 주식 147,105주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)가 포함되어 있고, 원고는 구 상속세 및 증여세법 시행령(2015. 6. 1. 대통령령 제26302호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제56조 제1항에서 정한 계산방법(이하 ‘과거손익 가중평균 방법’이라 한다)에 따라 산출된 순손익액을 기준으로 이 사건 주식을 합계 10,126,561,095원(1주당 평가액 68,839원)으로 평가하였다.

라. 서울지방국세청장은 망인에 대한 상속세 조사를 실시한 결과, 사전증여재산 1억 7,000만 원이 상속재산가액에서 누락되었다고 보아 그와 관련한 과세자료를 피고에게 통보하였고, 피고는 2016. 7. 7. 원고에 대하여 상속세 99,755,200원을 추가로 결정·고지하였다.

마. 그런데 원고는 2018. 9. 13. 피고에게, ‘이 사건 주식의 순손익액 계산 시 이 사건 이연익금은 각 사업연도 소득금액에 익금으로 산입되어서는 아니 되고, 반면 공장건물에 대한 감가상각 시인부족액, 회생계획인가를 받은 외상매출금 상당액은 각 손금으로 산입되어야 한다.’는 이유로 기 납부 상속세 2,998,661,873원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였다.

바. 이에 피고는 2018. 11. 15. ‘공장건물에 대한 감가상각 시인부족액, 외상매출금 상당액’ 관련 주장을 받아들여 상속세 389,431,642원을 감액경정한 후 같은 금액을 원고에게 환급하였으나, ‘이 사건 이연익금’과 관련된 상속세 2,324,185,448원(계산 근거는 별지 1 기재와 같다)의 경정청구는 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

사. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2019. 1. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2019. 9. 26. 기각 결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 이연익금의 실질은 2009사업연도에 발생한 양도차익이고, 단지 구 조세특례 제한법 제85조의7 제1항 제1호의 과세특례 규정에 따라 과세이연의 혜택을 받기 위한 세무조정의 일환으로 당해 사업연도의 익금에 산입하지 않고 대신 2012~2014사업연도의 익금에 분할하여 가산한 것이다. 구 상증세법 시행령 제56조 제4항의 입법 취지가 조세정책상의 이유 등으로 법인세 산출을 위한 사업연도 소득금액 계산 시 익금불산입 또는 손금불산입된 금액이라도 당해 법인의 순자산을 증감시키는 익금 또는 손금이라면 순손익액 계산 시 반영함으로써 평가기준일 현재의 주식가치를 보다 정확히 파악하기 위한 데 있음에 비추어 보면, 이 사건 회사가 이 사건 수용보상금을 실제 수령한 것이 평가대상 사업연도(2012~2014사업연도)에 속하지 않는 이상, 이 사건 이연익금은 이 사건 주식의 순손익가치 계산 시 고려되어서는 아니 되고 위 각 사업연도 소득금액에서 차감되어야 한다. 그럼에도 피고는 구 상증세법 시행령 제56조 제4항 제2호 각 목에 명시적인 규정이 없다는 이유만으로 이 사건 주식의 순손익가치 계산 시 이 사건 이연익금이 산입되어야 한다는 전제에서 이 사건 거부처분을 하였는바, 이는 위법하다

[한편 원고는 2015. 5. 18. 국세청에 ‘만일 이 사건 이연익금을 최근 3년간 순손익액 산정 시 익금에서 차감할 수 없다면, 구 상증세법 시행령 제56조 제2항 제1호, 구 상속세 및 증여세법 시행규칙(2015. 3. 13. 기획재정부령 제481호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 상증세법 시행규칙‘이라 한다) 제17조의3 제1항 제6호(“기업회계기준상 유가 증권·유형자산의 처분손익과 자산수증이익 등의 합계액에 대한 최근 3년간 가중평균액이 법인세 차감전 손익에 대한 최근 3년간 가중평균액의 50%를 초과하는 경우”)에 해당하는 것으로 보아 구 상증세법 시행령 제56조 제2항에서 정한 계산방법(이하 ‘추정이익 방법’이라 한다)에 따라 산출된 순손익액을 기준으로 이 사건 주식의 손손익가치를 평가할 수 있는지’ 여부를 질의하였으나, 그 후 국세청으로부터 이 사건 주식의 경우 추정이익 방법에 따라 가액을 평가할 수 없다는 회신을 받아 추정이익 방법을 취할 기회도 잃게 되었는바, 추정이익 방법으로 계산할 수 없다고 하면서도 이 사건 이연익금을 순손익액 산정 시 차감할 수 없다고 하는 것은 부당하다].

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 판단

조세법률주의 원칙과 관계 법령의 내용 및 앞서 인정한 사실을 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 주식의 순손익가치를 계산함에 있어 구 조세특례제한법 제85조의7 제1항 제1호에 따라 2012~2014사업연도 익금에 산입한 이 사건 이연익금 상당액을 해당 사업연도 소득금액에서 차감할 수는 없다고 봄이 타당하다. 그렇다면 이와 같은 전제에 선 이 사건 거부처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

1) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항은 내국법인의 각 사업연도 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 뺀 금액으로 하도록 정하고 있고, 구 상증세법 시행령 제56조 제4항은 이와 같이 계산한 사업연도 소득에서 제1호의 금액을 더하고 제2호의 금액을 뺀 금액을 순손익액으로 보아 1주당 순손익가치의 기준으로 삼고 있다.

2) 원고는 이 사건 이연익금이 순손익가치 평가기간인 2012~2014사업연도의 기업회계상 당기순이익이 아니라 과세특례 규정 적용에 따른 세무조정을 거친 세무회계상의 소득금액이라는 점을 근거로 위 이연익금 상당액이 순손익액 계산 시 사업연도 소득금액에서 당연히 차감되어야 한다고 주장한다. 그러나 구 상증세법 시행령(제56조 제4항 각 호)은 세무조정항목이라고 하여 그 모두를 순손익액 계산에서 배제하고 있지 않으며, 구 상증세법 시행령상 순손익액이 반드시 기업회계상 손익 개념과 동일한 것이라고 단정할 수도 없다. 따라서 세무조정의 내용 등이 이를 그대로 반영할 경우 주주에게 실제 귀속되는 경제적 이익과 지나치게 괴리되어 객관적이고 합리적인 평가를 그르칠 정도에 이른다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 이상, 이에 대하여 별도의 규정도 없는 이 사건 이연익금이 세무조정항목에 해당한다고 하여 곧 순손익액 산정 시 차감되어야 한다고는 볼 수 없다.

3) 대법원은 구 상증세법 시행령 제56조 제4항 제2호 각 목에 열거된 것이 아닌 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제4조의 중소기업투자준비금이나 제9조의 연구 및 인력개발준비금의 환입액과 관련하여, ‘일정한 정책적 목적을 달성하기 위해 먼저 설정 사업연도의 소득금액 계산 시 이를 가공의 손금으로 산입하였다가 나중에 환입되는 사업연도에 그 환입액을 가공의 익금으로 산입하는 방법으로 일정 기간 동안 조세부과를 유예해 주기 위한 것에 불과하므로, 그 설정과 환입에 따른 손금이나 익금은 당해 법인의 손익이나 그 주식의 가치에 아무런 영향을 미칠 수 없음이 분명하다.’는 이유로, 이를 비상장주식의 순손익가치 산정 시 가산하는 것은 허용되지 않는다고 판시한 바 있다(대법원 2013. 11. 14. 선고 2011두22280 판결 참조).

그러나 위와 같은 판례 법리는, 실제 지출 여부와 상관없이 가공의 손금을 산입하였다가 다시 이후 사업연도에 그 환입액을 가공̇ ̇ 의 익금으로 산입한 경우와 같이 사실상 순손익액에 영향을 줄 수 없는 경우에 적용 가능한 것으로 보이고, 이 사건 이연익금처럼 가공의 이익이 아니라 실제로 발생하여 법인에 귀속된 이익인 것이 분명하며, 다만 과세이연의 혜택을 받기 위해 당해 사업연도가 아닌 이후 사업연도로 나누어 익금산입의 시기를 선택·조정한 경우에까지 적용 가능한 것이라고 볼 수 없다.

4) 원고의 주장대로라면, 만일 2010년에 상속이 개시되어 이 사건 수용보상금이 실제로 귀속된 2009사업연도가 평가대상 사업연도가 되었다면, 이 사건 주식의 순손익가치 평가를 위하여는 2012~2014사업연도의 각 사업연도 소득금액에서 차감한 이 사건 이연익금을 부인하고 동액 상당액을 실제 양도차익이 발생한 2009사업연도 소득금액에 반드시 가산하여야 한다는 결론이 되는데, 과세이연으로 해당 사업연도 소득금액에 익금산입되지 않은 양도차익 상당액을 부인하여 새삼 해당 사업연도 소득에 가산하여야 한다고 볼 만한 마땅한 근거 역시 찾을 수 없다.

5) 또한 원고는 이 경우 이 사건 주식의 가치를 추정이익 방법으로 산정할 기회조차 잃게 되어 매우 부당하다는 취지로도 주장하나, 이는 과세특례의 적용을 받기 위하여 자산처분이익의 익금 산입시기를 조정하는 것을 선택한 데 따른 것이고, 자산처분이익 역시 실제 주식가치에 충분히 기여할 수 있는 요소인 점 등을 함께 고려하면, 순손익액 산정 시 이 사건 이연익금을 차감하지 아니하였다 하더라도 시가주의 원칙, 보충적 평가방법의 객관성·합리성 원칙에 반하여 현저히 불합리하다고 볼 수 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.