가. 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)은 2009.12.30. 주택사업과 해외사업을 물적분할(이하 “쟁점분할”이라 한다)하여 청구법인을 설립하면서 청구법인의 지분 100%를 취득하였고, 청구법인은 분할대상 사업부문의 자산과 부채를 포괄승계하면서 승계한 5년 공공임대주택 76,339세대(이하 “쟁점승계주택”이라 한다)의 시가를 「임대주택법」의 ‘표준건축비’를 적용한 분양전환가격인 OOO억원으로 계상하여 이를 기준으로 감가상각비를 손금산입하고 분양전환에 따른 차익을 익금산입하여 법인세를 신고하였다.

나. 청구법인은 특수관계자인 OOO이 보유하던 주식회사 OOO(이하 OOO라 한다)의 주식 전부(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2013.11.11. 취득하고 2013.12.31.을 합병기일로 하여 OOO을 흡수합병하였으며, 이에 쟁점주주는 청구법인에게 매도한 쟁점주식의 양도를 손익거래(양도소득세 과세대상)로 보아 20%의 세율을 적용하여 2014.2.28. 양도소득세 OOO(OOO양도분 포함)을 신고․납부하였다.

다. OOO의 사주이자 회장인 OOO의 배우자로서 2010.6.1. 건설가설재 임대업 영위목적으로 OOO이라는 개인사업자를 개업하였다가 2013.11.30. 폐업하였고, 2010～2014과세기간에 OOO에서 발생한 사업소득금액을 합계 OOO(2013과세기간에 총수입금액 불산입한 고정자산 처분이익 OOO을 포함하면 소득금액 합계액은 OOO이 된다)으로 하여 종합소득세를 신고․납부하였다.

라. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.12.8.부터 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하던 중 범칙조사로 전환하여 2016.3.17.부터 2016.4.23.까지 조사를 실시한 결과,

(1) 청구법인이 실질적으로 건설가설재 등을 운영하였음에도 OOO명의로 위장한 것으로 보아 2010～2014과세기간에 OOO의 사업소득으로 신고한 OOO(고정자산 처분이익 OOO포함)을 청구법인의 익금에 산입하여 대표이사 OOO에 대한 상여처분 대상으로 보고, 청구법인의 부외자산(가설재 등)을 외부에서 매입한 것처럼 거래를 조작하여 가장하는 방법으로 OOO을 장부상 과대계상함으로서 이후 사업연도의 감가상각비 합계 OOO을 과대상각한 것으로 보아 손금산입(2013사업연도 △유보) 및 손금불산입(2013․2014사업연도 유보) 대상에 해당하는 한편,

청구법인이 외부거래처에 OOO명의로 가설재 임대용역 등을 공급하고 OOO의 매출세금계산서를 발급하지 아니하고, OOO의 매입세금계산서를 수취하지 아니하였으며, 내부거래를 통해 OOO(매입세금계산서 OOO매출세금계산서 OOO)의 가공세금계산서(위 세금계산서를 합하여 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수수한 것으로 보았으며,

＜표1＞ OOO사업소득, 가설재 과대계상 및 과다상각 내역

(단위 : 원)

＜표2＞ 쟁점세금계산서 수수내역

(단위 : 원)

(2) 청구법인이 쟁점승계주택의 승계가액(시가)을 실제로 투입된 건축비(이하 “실제건축비”라 한다)를 적용한 분양전환가격인 OOO억원으로 하여야 함에도 불구하고 이를 표준건축비를 적용한 OOO억원으로 승계함으로서 OOO만큼 과다하게 계상한 사실을 확인하고, 대법원 판결(2011.4.21. 선고 2009다97079 전원합의체 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다)에 따라 쟁점승계주택에 대한 취득가액 산정 시 표준건축비가 아닌 실제건축비를 기준으로 산정하여 양도차익을 계산하여야 한다고 보아 2010년에 분양전환된 주택의 과소계상한 분양차익 OOO을 익금에 산입하고, 미분양분의 감가상각비 과대계상액 OOO을 손금불산입하며(2010․2011사업연도 이월결손금이 과다하여 2012～2012사업연도의 법인세로 과세되었다),

＜표3＞ 분양차익 익금산입 및 감가상각비 손금불산입 내역

(단위 : 세대, 백만원)

(3) 쟁점주식 거래의 실질이 손익거래가 아닌 합병을 위한 일련의 자본거래(의제배당 과세대상)임에도 쟁점주주가 부담하게 될 의제배당에 대한 소득세율(최고세율 38%)의 적용을 회피할 목적으로 청구법인이 쟁점주주로부터 쟁점주식을 양수한 것처럼 가장한 것으로 보아 OOO에게 귀속되는 의제배당에 대한 종합소득세를 경정․고지하는 한편, 원천징수의무자인 청구법인에게 OOO의 의제배당에 따른 원천세를 경정하는 등의 조사결과를 통지하였다.

마. 처분청은 위 조사결과에 따라 2016.5.13. 아래 ＜표4＞와 같이 2012～2014사업연도 법인세 합계 OOO2011년 제1기～2013년 제1기 부가가치세 합계 OOO및 2013사업연도분 배당소득에 대한 법인원천세 OOO을 경정․고지(이하 “이 건 과세처분”이라 한다)하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2016.8.10. 심판청구를 제기하였다.

＜표4＞ 이 사건 과세처분 내역

(단위 : 원)

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO은 별개의 독립된 경제주체임에도 그 실체를 부인하고 청구법인의 위장사업자로 보아 과세한 처분은 부당하다.

(가) 세법상 법인과 개인사업자는 각각 별개로 취급됨에도 특수관계나 관계자의 지원을 이유로 하나로 보아 과세한 처분은 부당하다.

하나의 사업을 수개의 법인을 설립하여 영위하거나, 하나의 법인이 모든 기능을 수행하는 것은 얼마든지 가능함에도 특수관계나 관계자의 지원을 이유로 별개의 납세의무자를 하나로 보는 것은 세법체계의 근간을 흔드는 것이다.

(나) OOO은 정당한 목적으로 설립된 독립된 경제주체이다.

1) OOO은, 청구법인이 속한 OOO건설 계열사들의 가설재 관리업체가 가설재를 횡령하는 사건이 발생하자 건설 계열사들의 가설재를 통합적으로 관리하기 위하여 설립된 것이지 조세 회피의 목적으로 설립된 것이 아니다.

2) OOO은 ① 청구법인과는 별도의 독립된 사업장을 보유하고, ② 직접 직원을 고용하여 급여, 각종 보험료 및 퇴직금을 지급하였을 뿐만 아니라 그 소속 직원들이 주요 업무를 수행하였으며, ③ 공장 등록이나 각종 신고의무도 모두 OOO자신의 명의로 이행하였고, ④ 각종 계약의 체결, 대금의 지급, 수취 및 회계처리도 독자적으로 하였는바 독립된 경제주체에 해당한다.

(다) OOO의 설립과 운영을 구체적으로 살펴보더라도 OOO을 청구법인의 위장사업체로 볼 수는 없다.

1) OOO의 최초 출자금은 OOO으로, 그 중 OOO자신의 자금을 투자하여 설립하였고, 위 자금은 모두 OOO의 투자자금으로 사용되었으며, 그 어떤 OOO의 계열사로부터 유입된 자금이 없다. 특히, 청구법인과 OOO이 똑같이 각 OOO억원을 OOO에게 대여하였음에도 OOO만 유독 청구법인의 일부로 보아 과세하는 것은 이해하기 어렵다.

2) OOO은 정규직 직원 2명과 비정규직 현장직원 10～15명으로 운영하면서 정규직 직원 1명과 현장직원은 오로지 가설재 생산 및 관리업무에 투입되었고, OOO에서 청구법인 직원들의 지원은 극히 제한적으로 OOO등의 모든 공사관련 건설관리 업무를 담당하고 있었는바, 가설재 사업과 관련한 모든 위험을 부담하고 소득을 향유한 것은 OOO이었고,

정규직 직원 중 1명 역시 가설재 생산관리를 총괄하는 등 OOO의 업무에서 청구법인 직원들의 지원은 극히 제한적이었고, 이들 협력직원들은 OOO등의 모든 공사관련 건설관리 업무를 담당하고 있었다.

청구법인의 직원들이 지원한 기능은 제한적이고, 가설재 구매대금 지급, 임대료 회수, 세금신고 담당, 가설재 보관 공장 유지, 가설재 생산, 배송 등 업무를 담당한 것은 OOO직원이었고, 회계처리 역시 모두 독립적으로 이루어지면서 그룹계열사나 관계사 그 어디와도 회계처리가 혼재되지 않았으며, 적법하게 세금을 신고․납부하였음에도 계열사의 업무처리에 대해 그룹 회장이나 다른 계열사의 임직원이 보고를 받았다는 이유로 해당 계열사를 위장업체로 보는 것은 부당하다.

3) 처분청은 OOO회장이 OOO서류에 결재를 한 것이 OOO이 청구법인의 위장사업체라는 결정적인 증거라고 주장나, OOO회장은 그룹 건설 관계사의 대주주OOO이자 총수로서 모든 건설계열사의 주요 의사결정에 관여하여 총괄적으로 결재를 한 것이지 청구법인의 대표이사 지위에서 결재한 것이 아니다.

4) OOO이 청구법인의 일부라면 청구법인의 업무를 전속적으로 하였을 것이나, OOO은 청구법인 뿐만 아니라 OOO의 다른 건설관계사들에게 가설재를 임대하는 사업을 영위하였음에도 청구법인의 일부이거나 위장사업자로 볼 수 없다.

(라) 청구 외 OOO이 청구법인의 위장사업체인 OOO통해 조세를 포탈하고 청구법인의 자금을 횡령하였다는 취지의 공소사실에 대하여 OOO의 설립 경위 및 OOO영업의 독자성 등을 고려하여 청구법인의 위장사업체로 볼 수 없다고 보아 무죄를 선고한 법원판례(서울중앙지방법원 2018.11.13. 선고 2018고합185 판결)에 비추어 보더라도 이를 청구법인의 위장사업자로 봄은 부당하다.

(2) 쟁점분할 당시에 표준건축비를 기초로 산정한 분양전환가격은 ｢법인세법｣상 시가의 정의에 부합한다.

(가) ｢법인세법｣상 ‘시가’는 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격으로서(｢법인세법｣ 제52조 제2항), 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우는 그 가격을 의미하는바(｢법인세법 시행령｣ 제89조 제1항), 시가는 거래당시를 기준으로 그 적정성을 판단하여야 한다(대법원 2012.4.6. 선고 2010두26988 판결 외 다수, 같은 뜻임).

(나) 쟁점분할 당시(2009.12.30.) 분양전환가격 산정의 기초가 되는 건축비를 실제건축비로 적용하여야 한다는 쟁점판결은 존재하지 않았고, 청구법인은 “｢임대주택법｣에 따른 분양전환가격은 시가에 해당하여 부당행위계산의 부인대상에 해당하지 않는다”는 국세청의 사전답변 내용(법규법인-508, 2009.11.19.)과 “분양전환가격의 산정 기초가 되는 건축비는 최초 입주자모집 시점의 표준건축비를 말한다”는 국토해양부의 유권해석(임대주택관리과-957, 2008.10.15.)에 따라 쟁점분할 당시에 표준건축비를 적용한 분양전환가격을 기준으로 쟁점승계주택의 취득가액을 산정하였다.

(다) 쟁점분할 전 청구법인을 포함한 민간임대주택 건설사업자의 5년 공공임대주택의 분양전환가격은 표준건축비를 적용하여 산정한 가격으로 입주자모집공고 시점과 분양전환 시점에 관할 지방자치단체(행정청)의 승인을 받아왔고, 그 승인받은 가격으로 불특정 다수의 수분양자들과 분양전환계약을 체결하고 지속적으로 거래하여 왔던바, 표준건축비를 적용하여 산정된 분양전환가격은 쟁점분할 당시 제3자간 일반적으로 거래되던 가격이다.

(라) 구 ｢임대주택법 시행규칙｣ 별표1에서 분양전환가격 산정시의 건축비는 ‘최초 입주자 모집 당시의 건축비’를 적용하도록 규정하고 있는바, ‘선모집, 후입주’ 방식의 임대주택 건설에 있어서 최초 입주자 모집 당시에는 현실적으로 실제건축비가 존재할 수 없는 것으로서, 이러한 실무현황을 반영하여 건축비를 ‘최초 입주자 모집 공고 당시의 건축비’로 적용하고, 입주자 모집 당시 공고한 건축비를 그대로 사용하도록 규정을 개정(2014.7.6.)함으로써 표준건축비를 적용하도록 함을 명확히 한 것이다.

(마) 쟁점분할 후 대법원의 쟁점판결은 임대사업자와 수분양자 사이에서 수분양자의 재산권 보호목적으로 분양전환가격의 산정기준을 해석한 것인 점, 위 판결의 피고인 OOO(이하 OOO라 한다)는 청구법인과 달리 ｢임대주택법｣상 분양전환가격에 대한 지방자치단체의 승인을 받는 사업자에 해당하지 않는 점, 위 판결에서 특별한 사정이 없는 한 실제건축비를 적용하여야 한다고 판시하였는데, 청구법인의 경우 지방자치단체의 승인을 받아야 하는 특별한 사정이 있다고 할 것인 점 등에 비추어 임대사업자간 거래에서 적용되어야 할 세법상 시가가 무엇인지를 다투는 이 건 쟁점과 위 판결은 엄연히 구분되므로 위 판결의 논지를 청구법인에게 그대로 적용할 수 없다.

(바) 처분청은 쟁점판결 및 청구법인의 민사소송 판결을 근거로 분양전환가격 산정시의 건축비는 실제건축비라는 의견이나, 이는 쟁점분할 이후에 선고된 판결로서 시가는 거래 당시에 불특정다수인간에 거래되는 가격으로 판단되어야 하므로 그 후 거래가격을 조정하는 법령이 도입되거나 법원 판결이 선고된다고 하여 시가가 달라질 수 없고, 더구나 쟁점판결은 전원합의체 판결을 통해 기존 분양전환가격에 대한 대법원의 입장을 변경한 것임을 명확히 하고 있으므로 쟁점분할 당시를 기준으로 시가를 판단하여야 하는 청구법인의 경우와 무관한 것이다.

또한, 쟁점판결을 통해 분양전환가격 산정시 표준건축비를 적용함으로써 결국 수분양자들의 재산권이 침해되었다는 점은 수분양자의 부당이득반환에 대한 근거가 될 수 있으나, 이와 별개의 다른 거래에 적용되었던 정당한 취득가격(시가)에는 영향을 줄 수 없다.

(3) 합병 전에 주식을 양도한 거래를 주식을 양도하지 않고 가지고 있다가 합병법인 주식을 교부받은 거래로 재구성하여 의제배당으로 보아 과세하는 것은 부당하다.

쟁점주주는 합병일 전에 OOO의 지분을 양도하여 합병 당시에는 OOO의 주주가 아니었고 합병대가를 지급받은 사실이 없으므로 의제배당 소득에 관한 「소득세법」제17조 제2항 제4호를 적용하여 과세할 수 없고, 처분청은 실질과세 원칙에 근거하여 기존 주주가 합병법인 주식을 교부받은 것과 동일하다고 판단하고 있으나, 합병 전에 주식을 양도한 거래를 주식을 양도하지 않고 가지고 있다가 합병법인 주식을 교부받은 거래로 재구성하는 것은 허용될 수 없으므로 이미 양도소득세로 신고․납부한 소득을 의제배당으로 보아 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 아래와 같이 OOO을 위장하여 가설재 운영업을 영위한 것이 확인되므로 청구법인을 실질 운영자로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다.

(가) OOO은 청구법인의 자금이아닌 OOO이 독립적으로 투자하여 설립한 것이라고 주장하나, OOO에 출자금 명목으로 입금된 자금 OOO억원 중 OOO명의 통장에서 입금된 금액은 OOO에 불과하고, 청구법인 임원 OOO 진술에 의하면 OOO의 사업자등록을 포함한 개․폐업 및 사업운영에 관여하지 아니한 것으로 진술한바 있으며, 위 OOO이 관리하고 있던 OOO명의 통장에서 대체 입금시킨 것으로 OOO은 전혀 모르는 금융거래라고 진술한바 있다.

또한, 청구법인의 대표이사 OOO역시 배우자를 대신하여 자신이 모든 의사결정을 하였다는 취지로 진술한바 있고, OOO이 고령의 나이(41년생, 조사당시 74세)로 유사업종에 종사한 이력이 전무할 뿐만 아니라 OOO에서 발생된 잉여이익을 사용․소비한 사실이 없으므로 OOO의 독립된 사업체가 아닌 청구법인의 위장사업체임을 알 수 있다.

(나) ① 청구법인은 2008년 8월경부터 가설재 관련 사업의 운영주체를 개인 또는 법인 중 고민하다가 OOO의 의사결정에 따라 2010년 6월 OOO 명의 OOO을 통해 관련 사업활동을 시작한 사실이 청구법인의 내부서류에 의하여 확인되는 점, ② 2010년 9월경 ‘OOO인계인수 현황’ 및 ‘업무인수인계서’에서 OOO관련 업무가 청구법인의 건설관리본부로 이관된 것으로 나타나는 점, ③ OOO명의 계좌에첫 출자금 명목으로 입금된 OOO이 폐업되기 훨씬 이전인 2012년 8월경 전액 반환처리되었는데, 반환처리된 동 금액이 전액 수표로 인출되어 대부분 OOO전무가 현금으로 교환하여 그 용처가 확인되지 않는 바, 당초 출자하였다던 동 금액이 OOO의 자금인지 의심스러운 점, ④ OOO명의로 행하여진 주요 현안업무가 법인 임직원을 통해 청구법인의 대표이사인 OOO에게 보고되고 의사결정된 사실이 내부 기안문, 문답서 및 심문조서에 의해 확인되고 있는 점, ⑤ 청구법인은 OOO에서 주력업무인 ‘가설재의 생산․관리’를 수행하였다고 하나, 청구법인 임원 OOO전무가 일용직 채용, 급여지급 등을 최종결재한 사실로 미루어 볼 때, 이들 사용인의 고용주체는 OOO이 아닌 청구법인으로 보이는 점, ⑥ 청구법인 소유 부동산에 청구법인의 지점법인이 등록된 이후 OOO이 동 소재지에 사업자등록하였고, OOO폐업 이후 OOO의 모든 사업활동 등이 청구법인에 귀속되어 현재까지 운용되고 있는 점(OOO폐업 결정 역시 청구법인에서 의사결정한 사실이 내부서류에 의하여 확인됨), ⑦ OOO에 출자금 명목으로 입금된 금액은 총 OOO억원인데, 이 중 청구법인과 OOO에서 각 OOO억원씩 OOO억원이 조달된 점, ⑧ OOO계열사와의 거래에서 이익이 발생되는 OOO의 2010～2013년 영업이익률이 46%로서 동종업계 평균 이익률 17%보다 월등히 높아 독립된 지위에서 자신의 행위․계산만으로 이익을 창출하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 OOO은 청구법인의 가설재 관련 사업활동을 은폐하기 위한 위장사업장임이 분명하다.

(다) OOO은 독립된 개인사업체로서 적법하게 세금을 신고․납부하였고, OOO의 설립과 운영에 있어 조세회피 목적은 없었다고 주장하나, 이 사건은 OOO이 청구법인의 자금 OOO억원을 부당하게 사외유출한 건으로 이에 따른 정당한 납부세액은 법인세 OOO억원 및 소득세 OOO억원 합계 OOO억원임에도 OOO을 통하여 은폐․조작함에 따라 실제 납부한 세금은 OOO 명의의 종합소득세 OOO억원에 불과하므로 조세회피목적이 없었다는 청구주장 또한 이유없다.

(라) 청구법인은 조세포탈혐의 형사사건에서의 무죄판결을 이유로 OOO을 독립된 사업체라고 주장하나, 무죄선고의 요지는 OOO이 그 실체가 없었다거나 청구법인이 OOO을 지배하고 있었다는 사실이 법관으로 하여금 합리적 의심을 배제하게 할 정도로 증명되었다고 보기 어렵다고 판시하고 있는바, 아래와 같은 이유로 이에 근거하여 이 건 처분이 부당하다고 단정하기 어렵다.

1) 형사재판의 유무죄 판단과 과세처분의 위법성 판단이 가진 차이를 무시하고 단지 무죄가 선고되었다는 사실만으로 과세처분의 위법성을 논하는 것은 무리이다.

2) 1심 재판부는 OOO을 청구법인의 위장사업장으로 인정하지 않았으나, 이 사건 관련 현재 검찰에서 항고하여 2심 재판이 진행중이고, 2심 재판부에서 1심 재판부와 다른 판단을 할 여지도 배제할 수 없기에 1심 재판부의 판단을 근거로 위법하다고 단정할 것은 아니다.

3) 1심 재판부 판결문(p.21)에서 ‘그러한 사정만으로 OOO을 사업주로 한 OOO의 법인격이나 영업의 독자성을 쉽게 부인할 수 없다’고 설시하였는데, OOO이 출자한 법인사업장으로 오해하여 법인격 부인에 따른 법논리를 적용한 것은 아닌지 의구심이 든다. OOO은 법인격 부인의 법논리 적용없이 실제 사업주로서 운영한 것인지를 가리면 된다.

(2) 쟁점분할 당시 쟁점승계주택의 시가는 구 ｢임대주택법｣상 건축비의 상한가격인 ‘표준건축비’가 아니라 청구법인이 투입한 ‘실제건축비’를 기준으로 한 분양전환가격이고, 대법원 역시 ‘표준건축비’를 기준으로 체결된 분양계약을 무효라고 판단하였다.

(가) 구 ｢임대주택법 시행규칙｣ 별표1의 공공건설임대주택 분양전환가격의 산정기준에 따르면, 그 기준이 되는 비용은 ‘건축비’ 즉, ‘실제건축비’이지 ‘표준건축비’가 아니다. 청구법인이 주장하는 ‘표준건축비’는 아래와 같이 임대주택의 가격산정의 기준이 되는 ‘건축비’의 상한가격에 불과하다.