2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2006. 2. 24. 설립된 이래 유리 및 유리제품 제조ㆍ판매업을 영위하는 법인으로, 2006. 7. 18. AA씨엔씨 주식회사(이하 '소외 회사'라 한다)와 남양주시 진접읍 BB리 산 109 외 1 필지 지상에 공장건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축(이하 '이 사건 공사'라 한다)하기 위한 건설공사 도급계약(이하 '이 사건 도급계약'이라 한다)을 체결하고, 소외 회사로부터 2007. 3. 22.자 공급가액 300,000,000원,2007.5.17.자 공급가액 150,000,000원, 2007. 6. 27.자 공급가액 135,000,000원, 2007. 7. 24.자 공급 가액 135,000,000원의 세금계산서(이하 위 4장의 세금계산서를 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 교부받은 다음, 2007년 제1기분과 2007년 제2기분 부가가치세 신고ㆍ납부시에 이를 피고에게 제출하면서 매입세액을 공제받았다.

나. 중부지방국세청은 소외 회사에 대한 세무조사를 실시하여 소외 회사를 실제 건설용역의 공급 없이 건설면허만 대여하고 세금계산서를 발행하여 주는 자료상으로 확정하는 한편, 피고에 대하여 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 계산서라는 취지로 통보하였다. 이에 피고는 원고에 대하여 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 매입세액을 불공제하여 2009. 8. 19. 원고에게 2007년 제1기분 부가가치세 100,859,850원, 2007년 제2기분 22,530,150원 및 2007 사업연도 법인세 14,400,000원을 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 1, 2, 을 1 내지 4, 8, 9, 변론 전체의 취지.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 소외 회사와 이 사건 도급계약을 체결한 다음, 위 도급계약에 따라 중소기업진흥공단(이하 '공단'이라 한다)으로부터 시설자금 대출을 받아 소외 회사에게 공사대금을 지급하고 이 사건 세금계산서를 교부받았다. 따라서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 인정사실

(1) 이 사건 공사와 관련하여, 원고는 2006. 7. 18. 다음과 같은 내용의 이 사건 도급계약을 체결하였다.

도급금액 : 990,000,000원(공급가액 900,000,000원, 부가가치세액 90,000,000원)

공사기간 : 착공 2006. 9. 25., 준공 2007. 6. 25.

기성부분금의 시기 및 방법 : 공단 대출금으로 대체한다.

하자담보 책임기간 : 2년

하자보수보증금률 : 3/100

지체상금률 : 3/1000

(2) 원고와 소외 회사가 책임 감리원으로부터 이 사건 공사의 기성 공정률을 확인 받아 공단에 건축공사 기성금 신청서를 제출하면 공단은 직원을 현장으로 보내 기성을 확인한 다음 소외 회사의 계좌로 공사대금(시설자금 대출)을 입금하였는데 그 내역은 다음과 같다(① 2007. 3. 29. 300,000,000원, ② 2007. 5. 22. 150,000,000원, ③ 2007. 6. 29. 135,000,000원, ④ 2007. 7. 31. 135,000,000원).

(3) 다만, 공단이 2007. 3. 29. 1차 기성에 대한 대출금을 소외 회사의 계좌에 입금하기 전까지는, 원고가 소외 회사의 계좌로 공사대금을 지급하거나 소외 회사의 요청에 따라 신성철강 주식회사에 직접 공사대금을 지급하기도 하였는데, 그 금액은 138,580,000원이다. 1차 기성에 대한 대출금이 입금되자 원고는 소외 회사로부터 위 금원 중 118,422,000원을 반환받았다.

(4) 원고는 소외 회사의 현장대리인이 이 사건 공사 현장에 제대로 출근하지 아니한다는 이유로 2007. 4. 중순경 박CC로 하여금 위 현장을 관리하게 하였다.

(5) 원고는2007. 7. 25. 소외회사로부터이사건공사를포기하겠다는내용의공사포기각서를제출받았다.

(6) 한편, 원고는 2006. 7. 6. 남양주시장으로부터 이 사건 건물의 건축허가를 받고, 2006. 10. 16. 착공하여 2007. 10. 18. 사용승인을 받았다.

(7) [인정근거] 다툼이 없는 사실 갑 1 내지 7, 9, 을 3 내지 9, 증인 박CC, 변론 전체의 취지.

다. 판단

어느 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제1의 2호가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 등 판결 참조).

중부지방국세청은 소외 회사에 대한 세무조사를 실시하여 소외 회사를 실제 건설용역의 공급 없이 건설면허만 대여하고 세금계산서를 발행하여 주는 자료상으로 확정한 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 3, 5호증의 각 기재에 의하면, 공단으로부터 소외 회사의 계좌로 공사대금이 입금되면 당일 또는 1-3일 후에 인출되어 하도급업체나 자재대금으로 지급된 사실, 원고가 소외 회사의 공사지연 등 계약조건 위반에 대하여 손해배상청구를 하지 아니한 사실을 인정할 수 있다.

그러나 앞서 인정한 사실관계에다가 갑 4, 5호증, 을 8, 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음의 각 사정 즉, ① 원고는 공단으로부터 이 사건 공사와 관련한 기성률을 확인받아 시설자금 대출을 소외 회사의 계좌로 입금받았고 소외 회사로부터 위 입금받은 금액과 일치한 공급가액이 기재된 이 사건 세금계산서를 교부받은 점, ② 이 사건 세금계산서에 공급받는 자, 품목, 금액 등 형식적 기재사항을 제대로 기입한 점, ③ 소외 회사가 하도급업체로부터 공사대금의 지급을 독촉받고 있는 상황이었다면 공단으로부터 입금된 공사대금이 바로 위 하도급업체나 자재대금으로 지급되는 것이 정상적으로 보이는 점, ④ 중부지방국세청의 소외 회사에 대한 자료상 혐의자 조사결과보고서에 이 사건 세금계산서와 관련된 조사가 있었는지 확인되지 아니할 뿐만 아니라 이 사건 세금계산서와 관련하여서는 원고나 소외 회사가 고발된 것으로 보이지 아니한 점 등을 종합하여 보면, 위 각 사실들만으로는 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

따라서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.