2. 소송비용은 원고가 부담한다.

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 5 호증의 각 기재(가지변호 있는 경우, 각 가지변호 포함)와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 1982. 9. 10.부터 현재까지 서귀포시 서귀동 758-4에 있는 XX운수사를 운영하고 있는 사업자이다.

나. 피고는 원고에 대한 세무조사(이하 '이 사건 세무조사'라 한다) 결과, 원고가 2002. 7. 1.부터 2007. 6. 30.까지의 기간 중에 감귤운송 수입금액 (비계통출하분) 합계 11,413,893,000원을 매출누락하고, 10,923,826,000원을 필요경비로 계상하지 아니한 사실을 확인하고(구체적인 내역은 아래 〈표〉 참조), 2008. 3. 3. 청구취지 기재와 갈이 각 부가가치세 및 종합소득세 부과처분(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다)을 하였다.

(아래 표 생략)

다. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2008. 7. 29. 조세심판청구를 하였으나 2010.

1. 14. 기각결정을 받았고 2010. 4. 9. 이 사건 소를 제기하였다.

2. 원고의 주장

① 원고는 운송업자가 아니라 운송주선업자에 불과한바, 운송과정에서 원고가 수취한 운송주선수수료에 대해서만 과세표준을 산정하여야 함에도, 이 사건 각 처분은 원고가 해상 및 육상운송을 모두 제공하였다는 전제에서 착불금에서 환불금을 제외한 총 운송료로 과세표준을 산정하였으므로 위법하고, ② 원고를 운송주선업자가 아닌 운송업자로 보더라도 이러한 감귤운송용역은 면세인 감귤의 판매에 부수하는 용역으로서 부가가치세법 제12조 제3항에 따라 부가가치세가 면세되는 용역의 공급으로 보아야 하므로 원고에 대한 각 부가가치세 부과처분은 위법하며, ③ 완도에서 육지 청과상까지의 운송은 원고가 아닌 신AA이 전적으로 담당하였는데, 이 사건 각 처분은 신AA이 운송을 담당한 부분의 수입까지 원고의 과세표준으로 포함시켜 실질과세원칙에 반하여 위법하다.

또한, ④ 해남세무서의 신AA에 대한 세무조사 결과, 신AA이 2002년 제2기부터 2007년 제1기까지 OO운송, △△운송 등을 운영하면서 11,474,000,000원 상당의 매출금액을 누락하였음을 확인하고, 해남세무서장은 위 금액을 과세표준으로 하여 부가가치세 경정고지를 하였는바, 이 사건 각 처분은 이중과세 금지 원칙에도 위반되므로 취소되어야 한다.

3. 판단

가. 인정사실

다음의 각 사실은 당사자 사이 에 다툼이 없거나 갑 제 1, 3, 4, 5, 19, 23호증, 을 제 1, 3, 4, 5호증의 각 기재(가지변호 있는 경우, 각 가지번호 포함), 증인 강KK의 증언 과 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

O 원고는 1982. 9. 10. 제주세무서창에게, 상호를 XX운수사로, 업종을 도로화물운송주선업으로 하여 사업자등록을 하였다.

O 원고는 제주도 내의 농업협동조합, 감귤생산농가, 감귤도매업자 등(이하 '화주'라 한다)과 감귤 운송계약을 체결하고, 감귤을 전국의 농산물 도매시장 및 청과상(이하 '청과상 등'이라 한다)에 운송하여 왔다.

O 신AA은 완도에서 김BB, 임CC 등의 명의로 OO운송, △△운송을 운영하고 있는 사람으로, 원고와 배차협의약정을 체결하였다.

O 제주도 내의 감귤을 청과상 등에 운송하기 위해서는, ① 도내 차량을 이용하여 화주로부터 서귀포항까지 운반하고, ② 선박을 이용하여 서귀포항에서 완도항까지 운반하며, ③ 다시 차량을 이용하여 완도에서 청과상 등으로 운반하는 절차를 거쳐야 하는데, 실질적으로 위 ①, ②의 과정은 원고가, ③의 과정은 신AA이 각 담당하였다.

O 계통출하의 경우, 농협이나 감협에서 수매한 감귤에 대한 운송용역을 공개입찰 방식으로 낙찰받아 앞서 본 운송과정을 통하여 전국의 공판장으로 운송하게 되는데, 이때에는 원고가 제주도에서 각 공판장까지의 총 운송료에 대한 세금계산서를 농협이나 감협에 발행 ・ 교부하고, 화물차량업자 및 선박운송업자 등으로부터 매입세금계산서를 수취하였던 반면, 비계통출하의 경우 세금계산서를 주고받지 않았고, 화주와 청과상 등 사이에 운송비를 포함한 감귤판매대금(1상자당 약 2,000원 정도)을 정하여, 앞서 본 운송과정을 통하여 감귤이 청과상 등에 도착하면 청과상 등에서는 약정한 감귤판매대금(통상 '착불금'이라 한다)을 육상운송업자에게 교부하며, 이를 신AA이 수취하여 육지운송료 및 배차수수료를 공제한 뒤 원고에게 반환(통상 '정산금'이라 한다 매년 5월 경 최종 정산)하면, 원고가 해상운송료, 도내 운임, 선적비, 하역비 및 기타 부대비용을 공제한 금원(통상 '환불금'이라 한다)을 화주들에게 반환하였다.

O 화주들과 원고 사이의 계약은 본래 구두로 체결되었으나, 이 사건 세무조사 과정에서 원고가 화주들과 소급하여 계약서를 작성하였다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고가 감귤운송주션을 하였을 뿐이라는 주장에 대환 판단

원고가 XX운수사의 업종을 도로화물운송주선으로 하여 사업자등록을 한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 운송주선업자가 운송의뢰인으로부터 운송관련 업무를 의뢰받았다고 하더라도 운송을 의뢰받은 것인지, 운송주선만을 의뢰받은 것인지 여부가 명확하지 않은 경우에는 당사자의 의사를 탐구하여 운송인의 지위를 취득하였는지 여부를 확정하여야 할 것이지만, 당사자의 의사가 명확하지 않은 경우에는 제반 사정을 종합적으로 고려하여 논리와 경험칙에 따라 운송주선업자가 운송의뢰인으로부터 운송을 인수 하였다고 볼 수 있는지 여부를 확정하여야 하는 것이므로(대법원 2007. 4. 27. 선고 2007다4943 판결 등 참조), 아래에서는 이에 관하여 본다.

살피건대, 완도항까지의 운송과정에서 발생한 손해에 대해서 원고가 화주에게 손해 배상책임을 부담한다는 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없고, 원고가 정산금을 받아 해상운송료, 도내 운임, 선적비, 하역비 및 기타 부대비용을 공제하고 화주들에게 환불금을 지급한 사실은 앞서 본 바와 같으며, 을 제3호증의 기재, 증인 성DD의 증언 에 의하면, 원고가 화주 강KK와 소급작성한 계약서에는, 화주인 강KK는 XX운수사에 2002년도 산 노지감귤 작업량 전량(항공화물 수송분은 제외)을 XX운수사에 운송 의뢰하고(제2조), 운송단가는 강KK와 XX운수사가 협의하여 결정하며(제3조), 운송료는 착불금에서 공제한 뒤 강KK에게 환불하도록 기재되어 있는 사실이 인정되는바, 사정이 이와 같다면 원고는 화주들로부터 단순히 운송주선만을 의뢰받은 것이 아니라, 운송을 인수하였다고 봄이 상당하다[다만, 원고가 인수한 운송의 범위에 관하여도 원고와 피고 사이에 다툼이 있는바, 이에 관하여는 아래 3)항에서 보기로 한다].

이에 대하여 원고는 을 제3호증은 소급작성된 계약서로 그 내용을 믿을 수 없다고 주장하고, 증인 강KK의 일부 증언에 의하면, 위 계약서가 소급작성된 사실, 강KK가 을 제3호증에 서명할 당시 계약의 세부내용을 꼼꼼하게 검토하지는 않았던 사실은 인정되나, 다른 한편으로 증인 성DD의 증언 및 증인 강KK의 나머지 증언을 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉, 위 계약서는 XX운수사의 경리인 성DD이 원고와 의논하여 문구를 작성하였던 점, 원고가 위 계약서의 작성을 부탁하였고, 강KK는 그 부탁에 따라 계약서에 서명을 하였던 점 등과 이 사건 계약서를 소급작성하게 된 경위에 비추어 보면, 굳이 사실과 다른 내용을 계약서에 기재할 필요도 없어 보이는 점 등을 고려하여 보면, 위 계약서가 소급작성되었다는 사정만으로 그 내용을 믿을 수 없다고 보기는 어렵다.

따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 감귤운송용역이 면세대상이라는 주장에 대한 판단

살피건대, 감률의 판매가 부가가치세법 제12조 제1항에 따라 면세대상이고, 같은 법 제12조 제3항이 '제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본 다'고 규정하고 있음은 앞서 관계법령의 기재에서 본 바와 같으나, 부가가치세법 제12 조 제3항의 규정에 따라, 부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급으로서 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 것의 범위는 부가가치세가 면세되는 주된 재화 또는 용역을 공급하면서 그에 필수적으로 부수되는 어느 재화 또는 용역을 공급하는 사업자 자신의 거래로만 국한하여야 할 것(대법원 2001. 3. 15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결 등 참조)인 바, 화주들과는 별개의 독립한 사업자인 원고가 자신의 계산하에 제공한 운송용역을 부가가치세법 제12조 제3항 소정의 부수용역이라고 볼 수는 없다.

따라서, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 신AA의 책임하에 있는 육상운송으로 언한 매출까지 과세표준에 포함한 것이 실질과세원칙에 반한다는 주장에 대한 판단

원고는 원고와 신AA이 공동운송관계에 있다고 주장하고 있으므로 살피건대, 갑 제19호증의 기재, 증인 장EE, 성DD의 각 증언에 의하면, 원고와 신AA은 배차협의 약정을 체결하면서, 완도에서 차량을 배차 수송 중 차량에서 발생되는 모든 문제에 대해 신AA이 책임지고 해결함을 원칙으로 한다고 약정한 사실, 신AA이 착불금을 수령하여 육지운송료 및 배차수수료를 공제한 뒤 원고에게 정산금을 지급한 사실, 육상 운송과정에서 발생한 문제에 대해서는 사실상 신AA이 배상처리하였던 사실은 인정되나, 다른 한편으로, 계통출하의 경우에는 원고가 제주도에서 각 공판장까지의 총 운송료에 대한 세금계산서를 농협이나 감협에 발행 ・ 교부하고, 화물차량업자 및 선박운송업자 등으로부터 매입세금계산서를 수취하였던 사실, 원고와 신AA이 매년 5월경 1년 분 거래에 관하여 최종적으로 정산을 하여왔던 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제19호 증, 을 제3호증의 기재, 증인 강KK의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 화주인 강KK와 소급작성한 계약서에는 화주가 작업량 전량을 원고에게 운송의뢰하고, 원고의 과실로 인한 손상에 대하여 원고가 즉시 배상한다는 내용이 기재되어 있으며, 신AA에 대한 내용은 전혀 기재되어 있지 않은 사실, 원고는 신AA과 별도로 배차협의약정을 체결한 사실, 육상운송과정에서 문제가 발생하는 경우 화주들은 XX운수사를 통하여 배상을 받은 사실, 화주들이 감귤운송과 관련하여 신AA을 만나거나 별도로 계약을 체결한 적도 없는 사실 또한 인정되는바, 위 각 인정사실을 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉, 계통출하의 경우나 비계통출하의 경우나 동일한 운송 과정을 거쳐 감귤이 운송되고, 다만 운송비를 정산하는 방식에만 차이가 있을 뿐인데, 이러한 정산방식의 차이만으로 운송의 형태를 달리 평가해야 한다고 보기는 어려운 점, 화주들은 감귤운송에 관한 모든 문제를 원고를 통해서 처리하여 온 점, 원고와 신AA이 매년 5월경 최종적으로 정산을 해 왔음에 비추어 보면, 육상운송 운임에 관하여 원고의 지배가능성이 전혀 없다는 원고의 주장을 그대로 받아들이기는 어려운 점 등을 아울러 고려하여 보면, 원고가 화주들로부터 전구간의 운송을 의뢰받고, 그 중 일부인 육상운송부분을 신AA에게 위탁하였다고 봄이 상당하다.

따라서, 총 운송료를 기준으로 원고의 과세표준을 산정한 것에 어떠한 위법이었다고 볼 수 없고, 원고가 매출세액 공제를 받지 못한 것은 세금계산서를 수수하지 않은 데 따른 결과일 뿐이므로, 이 사건 각 처분이 실질과세원칙에 반한다는 원고의 주장 역시 이유 없다.

4) 이 사건 각 처분이 이중과세금지 원칙에 반한다는 주장에 대한 판단

살피건대, 해남세무서가 신AA이 2002년 제2기부터 2007년 제1기까지 11,474,000 원의 매출을 누락하였음을 적발함에 따라, 해남세무서장이 신AA에게 부가가치세 경정고지를 한 사실, 원고도 세무조사 결과, 같은 기간 11,413,893,000원의 매출 누락이 적발되어 이 사건 각 처분을 받은 사실은 앞서 본 바와 같으나, 다른 한편으로, 갑 제 23호증, 을 제1호증의 각 기재, 증인 성DD의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 신AA의 누락 매출금액은 원고와의 정산서와 일일보고서에 의하여 파악되는 육지운송 부분 차임과 배차수수료를 합한 금액을 기준으로 산정된 사실, 원고는 XX운수사 명의 뿐만 아니라 (주)□□이라는 명의로도 신AA과 거래하였던 사실, 원고의 누락 매출금액은 신AA과의 정산서와 화주별 정산서에 의하여 파악되는 총 운송료(착불금에서 환불금을 공제한 금액)를 기준으로 산정된 사실, 사실상 총 운송료 중 육지운송부분 차임이 대부분의 비중을 차지하고 있는 사실 등이 인정되는바, 신AA의 누락 매출금액과 원고의 누락 매출금액 규모가 유사하다는 사정만 가지고는, 동일 내용에 관하여 이중으로 과세한 것이라는 원고의 주장을 인정하기 어렵다 할 것이다.

따라서, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.