법인세법 제41조 제1항 제3호 , 제2항 , 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제72조 제1항 제3호 는 현물출자에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액으로 하되, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외한다고 규정하고 있다.

원심은 그 채용 증거를 종합하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 재건축조합인 원고가 조합원들로부터 출자받은 이 사건 토지의 취득가액으로 장부에 계상한 가액은 2개 감정평가법인의 감정평가액의 평균액으로서 법인세법상 시가의 범위 내에 있으므로, 원고가 일반 분양과 관련하여 그 분양대금 등에서 위 장부가액 중 일반 분양분 토지 지분에 해당하는 가액과 공사비 등을 공제하여 소득금액을 산출한 후 2004 사업연도 법인세를 신고한 것은 적법하고, 나아가 재건축조합에 일반 분양과 관련하여 소득이 발생하였는지 여부는 일반 분양대금뿐 아니라 조합원분 아파트의 가액까지 포함하여 계산한 수입금액과 공사비, 토지의 취득원가, 추가분담금 등을 포함한 전체 지출비용을 대조하여 판단하여야 하는데, 원고가 지분제 공사계약 방식을 선택함으로써 일반 분양대금 전부를 공사비로 지출하여 일반 분양과 관련하여 소득이 없는 것처럼 보인다 할지라도 조합원분 아파트를 포함하여 보면 일반 분양과 관련하여 발생한 소득만큼 원고의 조합원들이 부담하여야 할 공사비가 경감되는 방식으로 원고의 소득이 원고의 조합원들에게 분배되었으므로 일반 분양과 관련하여 원고에게 실질적인 이익이 발생하지 않았다고 볼 수 없다는 이유로, 원고의 법인세 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분이 실질과세의 원칙 등에 위반된다는 원고의 주장을 배척하였다.

앞서 본 규정과 기록 등에 비추어 살펴보면, 원고에게 일반 분양과 관련하여 그 분양대금 등에서 일반 분양분 토지 지분의 장부가액과 공사비 등을 공제한 금액 상당의 소득이 발생하였고, 그 소득은 원고가 조합원들에게 그 취득원가가 그들의 출자가액을 초과하는 아파트를 분양하는 과정을 통하여 분배되었다고 봄이 상당하므로, 원심이 조합원분 아파트의 가액까지 포함한 전체 수입금액과 전체 지출비용을 대조하여 원고에게 일반 분양과 관련하여 실질적인 이익이 발생하였는지 여부를 판단하여야 한다는 취지로 설시한 것은 다소 부적절하지만, 이 사건 처분이 실질과세의 원칙 등에 위반되지 않는다고 본 결론은 정당한 것으로 수긍할 수 있다.

원심판결에는 상고이유에서 주장하는 실질과세의 원칙이나 재건축조합에 있어서의 소득금액계산에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.