2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 4/5는 원고가, 나머지 1/5은 피고가 각 부답한다.

가. 피고는 법인세 탈세 제보를 받고 2010. 4. 22.부터 2010. 6. 24.까지 대부업을 영위하는 원고 회사에 대하여 2005 내지 2007 사업연도에 대한 법인세 세무조사를 실시 한 결과, 원고 회사가 위 사업연도 기간 동안에 308,358,500원(2005년 158,208,500원, 2006년 103,600,000원, 2007년 46,550,000원)의 이자수입을 신고 누락한 사실 및 2006 사업연도 기간 중 173,000,000원의 매출채권을 회수하였으나 장부상 계상 누락한 사실 을 확인하였다.

나. 이에 따라 피고는 2010. 9. 8. 원고에 대하여, 위 이자수입 신고누락액 308,358,500원을 익금에 산입하여 2005 사업연도 귀속 법인세 51,059,680원, 2006 사업연도 귀속 법인세 39,754,540원, 2007 사업연도 귀속 법인세 14,330,770원을 경정 ・ 고지(이하 2007 사업연도 귀속 법인세 부과처분을 '이 사건 과세처분'이라 한다)함과 아울러, 위 이자수입 신고누락액과 위 매출채권 계상누락액 합계 481,358,500원(2005 년 158,208,500원, 2006년 276,600,000원, 2007년 46,550,000원)을 원고 회사 대표이사인 박FF에 대한 인정상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지(이하 위 2006년 귀속 소득금액변동통지 중 103,600,000원을 초과하는 부분을 '이 사건 소득금액변동통지처분'이라 하고, 이 사건 소득금액변동통지처분과 이 사건 과세처분을 합쳐 '이 사건 각 처분'이라 한다)을 하였다.

다. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2010. 12. 1. 조세심판원에 심판청구를 제기 하였으나, 조세심판원은 2011. 6. 8. 기각결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제l 내지 3호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기 재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 과세처분의 위법성

피고가 원고 회사의 2007 사업연도 귀속 이자수입 신고누락액으로 본 46,550,000 원 중에는 CC디지털시스템 주식회사(이하 'CC시스템'이라 한다)에 대한 이자수입 24,050,000원이 포함되어 있는데, 그 중 1,200만 원은 CC시스템의 실질적 운영자였던 박DD에 대한 이자수입으로 장부에 이미 계상하여 법인세를 신고하였음에도, 피고는 위 CC시스템과의 대부거래와 박DD와의 대부거래를 별도의 거래로 보고 24,050,000 원 전부를 이자수입 신고누락액으로 판단하였는바, 이는 사실관계를 오인한 것으로서 위법하다.

2) 이 사건 소득금액변동통지처분의 위법성

원고는 정EE로부터 차입한 자금으로 한국FF제약 주식회사(이하 'FF'이라 한다)에게 대여하였으나 이를 변제받지 못하다가 2006 사업연도 기간 중 강제 경매절차를 통하여 173,000,000원을 회수하여 바로 위 금원을 정EE에게 변제하였음에도 회계처리 미숙으로 이를 장부에 계상하지 못하였는데, 피고는 귀속자가 불분명하다는 이유로 위 금원 상당액을 원고 대표이사인 박FF에 대한 인정상여로 보아 원고에게 이 사건 소득금액변동통지처분을 하였는바, 이는 사실관계를 오인한 것으로서 위법하다.

나. 인정사실

1) 이 사건 과세처분 관련 내역

가) 원고 회사는 담보로 부동산에 가등기 또는 근저당권을 설정 받은 다음 상대방 발행의 약속어음을 할인하여 자금을 대여하는 방식으로 대부업을 영위하면서 그에 따른 이자는 탈세를 위해 주로 원고 회사의 대표이사인 박FF, 최대주주인 정EE, 정 EE의 배우자인 박GG의 계좌로 수취하였다.

나) 원고 회사는 CC시스템과도 위와 같은 방식으로 자금거래를 하였는데, CC시스템 발행의 약속어음, 박FF, 정EE의 계좌거래내역 등에 의하여 나타난 2005.부터 2008.까지 원고 회사측과 CC시스템과의 금전거래 내역은 다음과 같다.

다) 한편, CC시스템의 실질적인 운영자인 박DD(대표이사는 박DD의 형인 박HH로 되어 있다) 소유 서울 구로구 OO동 000-00 185㎡ 및 그 지상 주택(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)의 등기부등본에는 2005.부터 2008.까지 사이에 원고 회사측에서 이 사건 부동산에 가등기를 설정하였다가 해지한 내역이 나타나는데, 그 구체적 내역은 다음파 같다.

라) 위 금전거래내역과 가등기 설정 경위에 대하여, 박DD는 세무조사 과정에서 '본인은 CC시스템 대표이사인 박HH의 친형으로 실질적인 사장을 맡고 있고, 2007년 원고 회사에게 담보로 본인의 집에 대하여 소유권이전등기청구권가등기를 설정해 주고 2억 원의 대출(어음할인)을 받았으며, 2007년 이자 명목으로 5회에 걸쳐 24,050,000원을 송금하였다'는 취지의 사실확인서를 작성하여 피고에게 제출하였다.

마) 또한 원고 회사의 2007 사업연도 이자수입 거래처원장에는 원고가 박DD로 부터 1,200만 원을 이자로 수령한 것으로 기재되어 있고, 단기대여금 거래처원장에는 원고가 박DD에게 2억 원을 대여하였다가 1억 원을 변제받은 것으로 기재되어 있다.

2) 이 사건 소득금액변동통지처분 관련 내역

가) 원고 회사가 제출한 입금확인증상에는 정EE 명의로 2004. 8. 30.부터 2005. 1. 3.까지 FF에게 총 8회에 걸쳐 합계 2억 7,600만 원을 입금한 것으로 나타났다.

나) 원고 회사의 2006 및 2007 사업연도 단기대여금 거래처원장상 FF에 대한 대여금의 변동내역은 다음과 같다.

다) 원고 회사는 2006. 4. 14. FF 소유 부동산에 대한 강제경매 절차에서 3억원의 채권액으로 배당신청을 하여 173,545,272원(이하 '이 사건 배당금'이라 한다)을 배당받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 6호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대하여

살피건대, 앞서 인정한 사실관계에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉 ① 원고 회사는 2005.부터 2007.까지 사이에 BB시스템에 3회에 걸쳐 CC시스템 발행 약속어음을 할인해 주는 방식으로 CC시스템에게 자금을 대여해 주었는데, 3회 모두 대여일 또는 그 전날 CC시스템의 실질적 운영자인 박DD 소유의 이 사건 부동산에 소유권이전등기청구권가등기가 설정되었고 BB시스템이 대여원리금을 모두 상환한 직후에 위 각 소유권이전등기청구권가등기가 해 제된 것으로 등기부등본상 확인되는바 이에 따르면 위 각 소유권이전등기청구권가등기는 원고 회사가 CC시스템에 자금을 대여하면서 담보로서 설정받은 것임이 명백해보이는 점・ ② 또한 원고 회사의 2007 사업연도 단기대여금 거래처원장에는 원고 회사가 2007.에 박DD에게 2억 원을 대여하였다가 1억원을 변제받은 것으로 기재되어 있는데, 이는 원고 회사가 CC시스템에 자금을 대여하면서 할인받은 약속어음의 발행 및 상환내역과도 정확히 일치하는 점(CC시스템은 원고 회사로부터 자금을 차입하면 서 2007.에 2007. 1. 25.자 액면금 1억 원의 약속어음 및 2007. 11. 28.자 액면금 1억 원의 약속어음을 각 발행하였다가, 위 2007. 1. 25.자 약속어음을 2007. 6. 11 에 상환 받았다). ③ 더욱이 원고 회사는 원고 회사의 대표이사인 박FF이나 최대주주인 정FF 명의로 CC시스템에 자금을 대여했던 것으로 보이고, 박DD 소유의 이 사건 부동산에 소유권이전등기청구권가등기를 설정받으면서는 가등기권리자를 각 설정시마다 박FF, 정EE, 원고 회사로 달리 하였는바, 이에 따르면 원고 회사는 자금을 대여하고 담보를 설정받는 과정에서 법인과 개인을 엄격히 구분하여 처리한 것으로 보이지는 않는 점. ④ 원고 회사의 단기대여금 거래처원장에는 원고가 박DD에게 2억원을 대여 하였다가 1억 원을 변제받은 것으로 기재되어 있고, 이자수입 거래처원장에는 원고가 박DD로부터 1.200만 원을 이자로 수령한 것으로 기재되어 있다면, 위 이자는 위 단기대여금에 대한 이자로 보는 것이 경험칙에 부합하는 점. ⑤ 박DD 역시 세무조사 당시 '2007년 원고 회사에게 담보로 본인의 집에 대하여 소유권이전등기청구권가등기 를 설정해 주고 2억 원의 대출을 받았으며. 2007년 이자 명목으로 5회에 걸쳐 24.050.000원을 송금하였다'는 취지의 사실확인서를 피고에게 제출하였는데, 이는 앞서 본 계좌거래내역, 등기부등본 등 관련 객관적 자료에도 부합하는 점. ⑥ 반면에 원고 회사가 박DD 개인에게 별도로 자금을 대여하였음을 추단할 수 있는 자료는 전혀 확 인되지 않는 점 등을 종합하여 보면, 원고 회사는 CC시스템에 자금을 대여하고 이자로 24,050,000원을 수령한 다음 그 중 일부인 1,200만 원만을 장부상에 박DD에 대한 대여금의 이자로 계상하였다고 봄이 상당하므로, 피고가 이 부분 이자수입 신고누락액 으로 보아 익금산입한 위 24,050,000원 중 1,200만원은 익금에 산입되어서는 아니된다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유있다.

2) 두 번째 주장에 대하여

가) 장부에 기재되지 않고 사외유출된 법인의 수입금은 그 귀속이 분명치 않은 한 과세관청은 구 법인세법 시행령(2007.2.28.대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제l호 단서의 규정에 의하여 대표자에 대한 상여로 소득처분 할 수 밖에 없는 것이고, 이 경우 그 귀속이 분명하다는 점에 관한 입증책임은 이를 주장하는 납세자에게 있다고 할 것이다(대법원 1992. 8. 14. 선고 92누6747 판결 등 참조).

나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실관계에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고 회사는 2006. 4. 14. BBB소유 부동산에 대한 강제경매 절차에서 3억 원의 채권액으로 배당신청을 하여 이 사건 배당금을 수령하였는데 위 3억 원의 채권액이 2006 사업 연도 BBB에 대한 기초 대여금 잔액과 일치함에 비추어 보면 원고 회사는 FF에 대한 대여금의 일부 변제로써 이 사건 배당금을 수령한 것으로 보이기는 하나, 이 사건 배당금은 원고 회사에 귀속된 후 바로 사외로 유출되었고 이에 대해서 원고 회사가 장부에 아무런 기재를 하지 않음으로써 이 사건 배당금이 최종적으로 누구에게 귀속되었는지 여부가 분명하지 않게 된 점, ② 이에 대하여 원고는 이 사건 배당금을 정EE 에게 차입금 변제 명목으로 지급하였다고 주장하나, 정EE에게 이 사건 배당금을 변제 명목으로 지급하였음을 입증할 만한 객관적인 증거자료는 전혀 없는 점(원고는 정EE 명의로 FF에 입금한 입금증을 증거로 제출하였으나, 위 입금증이 원고가 정 EE로부터 자금을 차입하여 이를 FF에 대여하였음을 입증하는 자료로 볼 수 있는 것은 변론으로 하고 원고가 BBB으로부터 차입금 변제조로 받은 이 사건 배당금을 바로 정EE에게 변제하였음을 입증하는 증거자료로 볼 수는 없다), ③ 더욱이 원고가 수차례 정EE로부터 자금을 차입하여 FF에 대여하고 FF으로부터 대여금을 변제받는 즉시 정EE에게 변제하여 왔다면, 이와 관련된 구체적 대여 및 상환 내역 등에 대한 자료를 보관하고 있었을 것으로 보임에도 이에 대한 자료를 전혀 제출하지 못 하고 있는 점(원고는 이와 관련된 회계처리 내역에 대한 자료조차 제출하지 못하고 있다) 등을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 배당금이 정EE에게 귀속되었음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 취소의 범위

앞서 본 바와 같이 피고가 원고 회사의 2007 사업연도 이자수입 신고누락액으로 보아 익금산입한 46,550,000원 중 1,200만 원은 익금에 산입되어서는 아니되므로, 이를 반영하여 원고 회사의 2007 사업연도 법인세의 정당한 세액을 산출하면 별지 기재에 서 보는 바와 같이 9,648,841원이 됨이 계산상 명백하다. 따라서 이 사건 과세처분은 위 9,648,841월을 초과하는 범위 내에서 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하기로 하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.