2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고(상호가 종래 ‘B 주식회사’였다가 2016. 10. 26. 현재의 상호로 변경되었다)는 2013. 8. 26. 원고의 대표이사이자 ‘C’이라는 상호로 분양대행업주차장업을 영위하고 있는 D과 사이에서 아래와 같은 내용의 공사도급계약을 체결하고서, 그 무렵부터 위 계약 내용에 따라 주차장건물 신축공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 실시하여 왔다.

1. 공사명: E 주차전용건축물 신축공사

2. 공사장소: 인천 남동구 E

3. 착공연월일: 2013. 9. 2. 4. 준공예정연월일: 2014. 3. 21. 5. 계약금액: 7,000,000,000원(부가가치세 포함)

6. 기성금: 월 1회 나.

원고는 2013. 12. 10. 건축주인 D에게 이 사건 공사의 3차 기성금 2,000,000,000원 중 500,000,000원에 대한 세금계산서(이하 ‘이 사건 제1 세금계산서’라 한다)를 발급하였다가, 2014. 1. 6. D에게 위 기성금 500,000,000원 및 부가가치세액 50,000,000원 합계 550,000,000원을 반환하면서 같은 날 D으로부터 ‘선수금 반환’ 명목으로 공급가액 500,000,000원 및 부가가치세액 50,000,000원이 기재된 세금계산서(이하 ‘이 사건 제2 세금계산서’라 한다)를 발급받았다.

다. 원고는 2014. 4. 1. D으로부터 ‘이 사건 공사대금’으로 500,000,000원을 지급받았음을 전제로 공급가액 500,000,000원 및 부가가치세액 50,000,000원이 기재된 전자세금계산서(이하 ‘이 사건 제3 세금계산서’라 한다)를 발급하였다. 라.

원고는 이 사건 제2 세금계산서 상 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 이 사건 제3 세금계산서의 매출세액을 납부세액에 포함하여 2014년 1기 부가가치세 신고를 하였고, 피고는 ‘이 사건 제2, 3 세금계산서가 재화 또는 용역의 공급 없이 발행되었다’는 이유로 2016. 11. 10. 원고에 대하여 2014년 1기분 부가가치세...