2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1999. 6. 18. 대표이사를 박☆☆로 하여 운동설비운영 서비스업으로 사업자등록을 하였다가 2002. 12. 31. 폐업한 법인사업자로서, 2000. 1. 14. 임의경매로 취득한 성남시 ★★구 ○○동 923-1 소재 건물(B101호, B102호, B201호, B202호, B203호, B1층)과 부속토지 및 ○○동 산 25 임야 3,769㎡ 외 9필지의 토지 102,972㎡(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)를 2002. 7. 2. 황◎◎ 등 3인에게 양도하고 양도가액을 37억 3,000만 원으로 하여 법인세를 신고하였다.

나. 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시하여 이 사건 부동산의 양도가액이 5,217,420,952원(부가가치세 포함)임을 확인하고, 신고가액 3,730,000,000원과의 차액인 1,487,420,952원(건물분 부가가치세 77,573,290원이 포함된 금액임, 이하 '이 사건 신고 누락금액'이라 한다)을 익금산업하고 건물분 부가가치세 77,573,290원을 손금산입하여 2008. 2. 11. 원고(폐업시의 대표이사인 김●●)에게 2002 사업년도 법인세 28,558,190원을 부과처분(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다)함과 동시에, 원고 설립 당시의 대표이사인 박☆☆를 원고의 실질 대표자로 보아 2008. 2. 11. 박☆☆에게 이 사건 신고누락금액을 상여처분(이하 '이 사건 상여처분'이라 한다)하고 소득자통지용 소득금액변동 통지서로 통지하였다. 김●●은 2008. 2. 15. 이 사건 부과처분을 박☆☆는 2008. 2. 13. 이 사건 상여처분을 각 수령하였다.

다. 원고는 2008. 5. 7. 원고에게 부과된 이 사건 부과처분의 취소를 구함과 동시에 박☆☆에게 직접 통지된 소득금액변동통지서에 의한 이 사건 상여처분의 취소를 구하 는 이의신청을 하였으나 기각되었고, 2008. 9. 4. 심판청구를 제기하였으나 2009. 3. 9. 기각되자 2009. 5. 4. 이 사건 소를 제기하였다.

라. 한편, 고양세무서장은 2008. 5. 14. 박☆☆에게 인정상여로 소득처분된 이 사건 신고누락금액을 근로소득으로 보아 2002년도분 종합소득세를 596,464,910원으로 경정 하여 부과하는 처분을 하였으나, 박☆☆는 원고가 이 사건 상여처분을 다투고 있다는 이유로 별도의 구제절차를 취하지 아니하여 제소기간이 도과되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 17호증(일부 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이사건처분의적법여부

가. 이 사건 상여처분에 대한 판단

(1) 원고의 주장

원고의 실질적인 대표이사는 박☆☆의 아들인 박����로서, 박☆☆는 원고의 운영이나 의사결정에 전혀 참여한 사실이 없으나 원고의 원활한 운영을 위하여 박����에게 그 명의만을 대여하였을 뿐이다. 따라서 이 사건 상여처분은 실질적 대표이사인 박����에 대하여 하여야 하고, 박☆☆에 대하여 한 이 사건 상여처분은 실질과세의 원칙에 반하여 위법하다.

(2) 관계법령

별지 기재와 같다.

(3) 판단

과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그 때 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되고, 원천징수의무자인 법인으로서는 소득금액변동통지서에 기재된 소득처분의 내용에 따라 원천징수세액을 그 다음달 10일까지 관할 세무서장 등에게 납부하여야 할 의무를 부담하며, 만일 이를 이행하지 아니하는 경우에는 가산세의 제재를 받게 됨은 물론이고 형사처벌까지 받도록 규정되어 있는 점에 비추어 보면, 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서, 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분이라고 봄이 상당하다(대법원 2006. 4. 20. 선고 2002두1878 전원합의체 판결 참조).

그런데, 소득세법 시행령 제192조는 과세관청이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 과세관청이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 기획재정부령이 정하는 소득금액변동 통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다고 규정하면서 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우 또는 당해 법인으로부터 징수할 가망이 없다고 인정되는 경우 등에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 직접 통지하도록 규정하고 있는데 위 단서규정은 법인에게 소득금액변동통지서를 송달할 수 없는 경우에 당해 소득의 귀속자에게 보충적으로 송달을 이행함으로써 법인에게 원천징수의무를 발생시키기 위한 규정이 아니라, 당해 소득의 귀속자에게 종합소득세 과세표준의 추가신고ㆍ자진납부의 기회를 주기 위하여 마련한 특칙규정이다.

이 사건으로 돌아와 살피건대, 피고는 소득세법 시행규칙 제100조 제24호 별지 제22호 서식(2)에 의한 소득자통지용 소득금액변동통지서 서식에 따라 상여로 소득처분을 받은 개인인 박☆☆에게 직접 소득금액변동통지를 한 것일 뿐, 이를 법인인 원고 에게 별도로 통지한 바 없고, 원고에게 소득금액변동통지가 이루어지지 아니한 이상 원고가 원천징수의무를 부담한다고 볼 수도 없으므로, 이 사건 상여처분의 통지가 원천징수의무자인 원고의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서 항고소송의 대상이 되는 원고에 대한 조세행정처분이라고 볼 수는 없다.

따라서, 이 사건 소 중 원고가 이 사건 상여처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다(이 사건 상여처분에 관하여는 박☆☆가 직접 다투어야 할 것이다).

나. 이 사건 부과처분에 대한 판단

(1) 원고의 주장

원고가 양도가액을 과소신고한 사실은 인정하나, 원고가 법인장부를 제대로 정리하지 아니하여 발생한 문제일뿐 과소신고금액은 사외유출된 것이 아니라 차입금의 이자 등으로 사용되었고, 이 부분을 손금산입하게 되면 실질적으로 법인에게 어떠한 소득이 발생한 것이 아니므로 이 사건 부과처분은 위법하다.

즉, 이 사건 부동산 매각대금 5,230,000,000원의 사용내역을 살펴보면, 2001. 12. 14. 박☆☆, 박����, 민◇◇, 이◆◆ 명의로 차입한 □□차입금 55억 원 중 40억 원을 상환하였고, 2001. 12. 14. 이전에 박☆☆, 박����, 이■■, 한△△ 명의로 차입한 □□ 차입금 991,000,000원을 상환하고 이에 대한 중도상환수수료 50,000,000원을 지출하였으며, 나머지 매각대금 잔액 459,000,000원(주장자체로 계산이 맞지 않음)은 건물매입 및 법인 투자자산 손실보전 충당 등 회사경리의 일부로 지출된 것이다(갑 제2호증 이의신청에서의 원고의 주장 참조).

(2) 판단

법인이 그 자산을 양도하고도 그 양도대금을 장부에 기재하지 아니한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 기장되지 않은 양도대금 상당액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인측이 입증하여야 한다(대법원 2006. 12. 21. 선고 2005두2049 판결).

원고는 박☆☆, 박����, 민◇◇, 이◆◆, 이■■, 한△△이 개인 명의로 대출받은 금액을 가수금으로 계상하였다고 주장하나, 대출일자와 가수금 계상일이 일치하지 아니하고 대출금 전액이 실제 원고에게 입금되었는지 여부도 불분명하며, 결손금 발생, 가수금 계상, 부외경비의 발생 등 막연한 정황에 의한 주장만 할 뿐 갑 제4 내지 21호 증의 각 기재만으로는 원고가 주장하는 비용들이 이미 신고한 비용에 포함되어 있지 않다는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할만한 증거가 없으므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 소득금액변동통지처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하하고, 법인세경정 고지처분의 취소를 구하는 부분은 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.