2. 피고 구로세무서장이 2007. 11. 15. 원고에 대하여 한 2006년 2기 부가가치세 255,601,445원의 부과처분 중 229,837,445원을 초과하는 부분 및 2006 사업연도 법인세 945,715,964원의 부과처분 중 882,438,024원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고의 피고 구로세무서장에 대한 나머지 주위적 청구 및 피고 대한민국에 대한 예비적 청구를 모두 기각한다.

4. 소송비용 중 원고와 피고 구로세무서장 사이에 생긴 부분의 4/5는 원고가, 그 나머지는 피고 구로세무서장이, 원고와 피고 대한민국 사이에 생긴 부분은 원고가 각 부담한다.

피고 구로세무서장이 2007. 11. 15. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 부가가치세 및 법인세 부과처분 내역의 '심판 후 결정'란 기재 각 세액의 부과처분 중 '정당한 결정세액'란 기재 각 세액을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 예비적청구취지

가. 피고 구로세무서장에 대한 청구 : 2007. 11. 15. 원고에 대하여 한 별지 2 목록 부가가치세 및 법인세 부과처분 내역의 '심판 후 결정'란 기재 각 세액의 부과처분 중 '정당한 세액'란 기재 각 세액을 초과하는 부분을 취소한다.

나. 피고 대한민국에 대한 청구 : 원고에게 376,040,000원 및 이에 대하여 2007. 11. 16.부터 2010. 5. 28.자 청구취지 및 청구원인 변경신청서 송달일까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율에 의한 금원을 지급하라.

가. 원고의지위

주식회사 CC엔지니어링건축사사무소(이하 'CC엔지니어링')는 건축설계업, 종합감리업 등을 영위하기 위하여 1997. 11. 26. 설립된 회사로서 역시 건축설계업, 종합감리업 등을 영위하기 위하여 1994. 3. 2. 설립된 주식회사 BB엔지니어링건축사사무소(이하 'BB엔지니어링')를 2003. 12. 24. 흡수합병하였고, 이후 2007. 6. 30. 상호를 주식회사 BB엔지니어링건축사사무소(원고)로 변경하였으며, 2007. 12. 31. 주식회사 문종합건축사사무소(이하 '문종합건축사사무소')를 흡수합병하였다.

나. 감리용역계약체결

CC엔지니어링과 BB엔지니어링은 2001. 6. 8. AAAA개발 주식회사(이하 'AAAA개발')와 사이에, AAAA개발이 성남시 분당구 정자동 6 지상에 신축 중인 분당파크뷰 주상복합아파트에 관하여 계약체결시부터 사용검사일까지 총 130억 원에 감리용역을 제공하는 내용의 감리용역계약을 체결하였다. 이후 CC엔지니어링과 BB엔지니어링은 감리용역을 수행하다가 2003. 9.경 AAAA개발과 위 감리용역계약을 합의해지하였다.

다. CC엔지니어링과 BB엔지니어링의 법인세 및 부가가치세 신고ㆍ납부

CC엔지니어링과 BB엔지니어링 및 이후 합병된 회사인 원고는 감리업 등을 수행하면서 법인세 및 부가가치세를 납부하여 왔는데, 이 사건과 관련된 익금 및 손금, 매출세액 및 매입세액 산입내역은 아래와 같다.

(1) CC엔지니어링과 BB엔지니어링은 AAAA개발에게 감리용역을 제공하고 AAAA개발에게 그 용역대가에 상당하는 공급가액 합계 61억 원(이하 '이 사건 감리용역비')의 세금계산서를 발행교부하였는데(별지 3 목록 감리용역비 신고 및 경정내용 의 신고란 참조), 위 세금계산서를 발행ㆍ교부한 날을 감리용역의 공급시기로 보고 위 각 공급가액을 세금계산서가 발행된 해당 사업연도 법인세의 익금에, 공급가액에 해당 하는 매출세액을 해당 과세기간 부가가치세의 매출세액에 산입하였다.

(2) 원고는 2004. 3. 11.경 서울 도봉구 창동 731-60 대지 445.6㎡(이하 '이 사건 토지') 및 그 지상 2층 근린생활시설 건물(이하 '이 사건 건물')이 철거되자, 위 건물의 소유지분 9/19에 대한 장부가액 271,434,000원(이하 '이 사건 장부가액')을 2004 사업 연도 법인세의 손금에 산입하였다.

(3) 원고가 2006. 11.경 주식회사 DD기획(이하 'DD기획')에게 지급한 2억 원(이하 '이 사건 외주비')을 2006 사업연도 법인세의 손금에, 2006년 2기 부가가치세의 매입세액에 산입하였다.

라. 서울지방국세청장의세무조사

서울지방국세청장은 2007. 7. 9.부터 8. 21.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하고, 그 결과를 피고에게 통보하였는데, 그 중 위 다.항과 관련된 사항은 아래와 같다.

① CC엔지니어링과 BB엔지니어링은 2003. 9. 30.까지 AAAA개발에게 감리 용역을 중단 없이 계속 제공하였고, 계약체결시 감리용역비는 2001. 7.부터 사용검사시까지 균등하게 수수하기로 약정하였으므로, 이 사건 감리용역비 61억 원에 대한 용역의 공급시기와 손익의 귀속시기를 별지 3 목록 감리용역비 신고 및 경정내용의 경정내용란 기재와 같이 경정한다.

② 이 사건 장부가액은 이 사건 토지에 대한 자본적 지출이므로 2004 사업연도 법인세의 손금에 불산입한다.

③ 이 사건 외주비는 원고가 DD기획의 대표이사 박EE에게 지급한 뇌물에 해당할 뿐, 업무와 관련된 비용이 아니므로 2006 사업연도 법인세의 손금불산입하고, 2006년 제2기 부가가치세의 매입세액에 산입하지 않는다.

마. 피고 구로세무서장의 법인세 및 부가가치세 경정ㆍ고지

(1) 피고 구로세무서장은 위 세무조사결과 통보에 따라 2007. 11. 15. 원고에게 별지 4 목록 세무조사 고지내역의 고지세액란 기재와 같이 부가가치세 및 법인세를 경정ㆍ고지하였다(피고 구로세무서장은 부가가치세 및 법인세 결정세액에서 기납부세액 등을 공제한 금액을 위와 같이 고지하였는데, 그 결정세액은 별지 1 목록 부가가치세 및 법인세 부과처분 내역의 '당초 결정세액'란 기재와 같다).

(2) 피고 구로세무서장은 원고가 2001 사업연도 법인세와 2001년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고ㆍ납부시 익금 및 매출세액으로 계상한 이 사건 감리용역비 중 약 15억 2,028만 원의 귀속시기를 2002 및 2003 사업연도로 경정하였고(별지 3 목록 감리용역 비 선고 및 경정내용의 차액란 참조), 그에 따라 2002 및 2003 사업연도 법인세와 2002년 제2기, 2003년 제1기 및 제2기 부가가치세의 증액경정결정을 하였으나, 위 금액에 해당하는 2001 사업연도 법인세와 2001년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고납부한 금액에 대하여는 국세부과제척기간이 이미 도과하였다는 이유로 감액경정결정을 하지 않았고 국세환급금 충당도 하지 않았다.

(3) 피고 구로세무서장은, ① CC엔지니어링 관련 2002 사업연도 법인세에 대하여는, 결정세액을 690,866,637원으로 확정한 후 위 금액에서 기납부된 자진납부세액과 원천납부세액 등을 공제한 차액 97,526,070원을 고지하였고, ② BB엔지니어링 관련 2003 사업연도 법인세에 대하여는, 결정세액을 1,067,982,576원으로 확정한 후 위 금액에서 기납부된 자진납부세액과 원천납부세액 등을 공제한 차액이 64,761,966원으로 원고가 추가로 납부할 세액이 없자 세액을 고지하지 않았다.

바. 조세심판결정

원고의 조세심판청구에 따라 조세심판원은 2009. 12. 30. 'CC엔지니어링과 BB엔지니어링이 2001. 6. 27.부터 2002. 3. 15.까지 AAAA개발에게 발행한 세금계산서는 용역의 공급시기 도래 전에 발행ㆍ교부한 정당한 세금계산서로 인정하고, 2003. 9. 30. 발행한 세금계산서는 당일 해당분(370,357,142원)만 정당한 세금계산서로 하여 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정하며, 이 사건 감리용역비는 작업진행률을 기준으로 수익과 비용을 각 해당 사업연도별로 계산한 후 2002 및 2003 사업연도의 익금과 손금에 산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고, 원고의 나머지 심판청구를 기각 한다'는 내용의 결정을 하였다.

사. 감액결정

피고 구로세무서장은 2010. 3. 11. 2003년 제2기 부가가치세 결정세액을 225,373,513원에서 212,003,046원으로 감액하였다(이하 별지 1 목록 부가가치세 및 법인세 부과처분 내역 중 2007. 11. 15.자 부과처분에서 감액하고 남은 위 2003년 제2기 부가가치세 부과처분과 감액하지 않은 나머지 부과처분을 '이 사건 각 처분'이라고 함).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1 내지 13, 갑 2호증, 갑 3호증의 1 내지 3, 갑 4, 5호증의 각 1 내지 8, 갑 6호증의 1 내지 3, 갑 7, 8호증, 갑 9호증의 1 내지 3, 을 1호증의 1 내지 51, 을 2호증, 을 3호증의 1 내지 3, 을 4 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본 안전 항변에 대한 판단

가. 피고구로세무서장의주장

(1) 피고 구로세무서장은 원고에게 CC엔지니어링 관련 2002 사업연도 법인세 97,526,070원을 부과하였음에도 원고는 피고 구로세무서장이 690,866,637원의 부과처분을 하였다는 전제 아래 위 세액 중 정당한 세액 441,915,084원을 초과하는 부분에 대한 취소를 구하고 있다. 따라서 원고가 이 사건 소로써 취소를 구하는 위 초과 부분 세액 중 97,526,070원을 초과하는 부분은 부존재한 부과처분에 대한 취소를 구하는 것 이어서 부적법하다. 또한, 피고 구로세무서장은 원고에게 BB엔지니어링 관련 2003 사업연도 법인세 부과처분을 하지 않았음에도 원고는 이 부분의 취소도 구하고 있으므로, 이 부분 역시 부적법하다.

(2) 원고는 2003년 제2기 부가가치세 과세처분에 대하여 전심절차를 이행하지 않았다.

나. 판단

(1) 첫번째주장에관한판단

(가) 과세관청이 법인세법에 따라 납세의무자의 소득에 대한 법인세 및 방위세를 각 결정하고 여기에서 납세의무자의 자진납부액 및 원천징수액의 합계를 각 공제한 금액을 고지한 경우, 위 부과처분은 그 결정세액 총액을 확정한 처분임이 분명하고, 그 세액에서 이마 납부된 자진납부액 및 원천징수액을 공제한 차액만을 고지하였다는 사실만으로 그 차액만의 부과처분이라고는 볼 수 없다(대법원 1985. 11. 26. 선고 83누230 판결, 대법원 1999. 12. 10. 선고 99다44526 판결 등 참조).

(나) 위 인정사실과 같이, 피고 구로세무서장은 CC엔지니어링 관련 2002 사업연도 법인세의 결정세액을 690,866,637원으로 확정하였으므로 그 부과처분은 위 금액을 확정한 처분으로 보아야 하고 97,526,070원만의 부과처분이라고 할 수 없으며, BB엔지니어링 관련 2003 사업연도 법인세의 결정세액을 1,067,982,577원으로 확정하였으므로 역시 그 부과처분은 위 금액을 확정한 처분으로 보아야 하고 부과처분이 부존재한다고 할 수 없다. 이 부분 피고 구로세무서장의 주장은 이유 없다.

(2) 두번째주장에관한판단

위 인정사실과 같이, 조세심판원은 2003년 제2기 부가가치세 부과처분을 심판 범위에 포함하여 결정하였고, 이에 따라 피고 구로세무서장은 2010. 3. 11. 2003년 제2기 부가가치세 부과처분에 대하여 감액결정까지 하였는바, 원고가 2003년 제2기 부가가치세 부과처분에 대하여 전심절차를 이행하지 않았다는 이 부분 피고 구로세무서장의 주장도 이유 없다.

3. 피고 구로세무서장에 대한 예비적 청구 부분 소의 적법 여부

직권으로 이 부분 소의 적법 여부에 관하여 살피건대, 위 예비적 청구는 주위적 청구의 일부분에 불과하여 별개의 소송물을 구성하지 않으므로, 원고로서는 이를 별도의 예비적 청구로 구할 소의 이익이 없다. 따라서 이 부분 소는 부적법하다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부(원고의 피고 구로세무서장에 대한 주위적 청구 부분)

가. 원고의 주장

(1) 원고는 이 사건 감리용역비 중 2001. 6. 27.자 세금계산서(공급가액 19억 5,000만 원), 2001. 8. 31.자 및 2001. 10. 31.자 세금계산서(각 공급가액 6억 1,300만 원)에 따른 공급가액에 대하여 2001 사업연도 법인세와 2001년 제1기 및 제271 부가 가치세를 신고납부하였다. 그런데 피고 구로세무서장은 위 소득에 대한 귀속시기를 별지 3 목록 감리용역비 신고 및 경정내용의 '경정내용'란 기재와 같이 조정하면서 2001 사업연도에 감액되는 용역비 약 15억 2,028만 원을 2002 및2003 사업연도에 귀속되는 것으로 보아 2002 및 2003 사업연도 법인세와 2003년 제2기 부가가치세를 증액하였음에도, 2001 사업연도 법인세와 2001년 제1기 및 제2기 부가가치세에 대하여는 부 과제척기간이 도과되었음을 이유로 2001 사업연도에 감액되는 위 15억 2,028만 원에 대한 감액경정결정을 하지 않았다.

이는 동일한 소득에 대하여 2001 사업연도와 2002 및 2003 사업연도에 이중으로 과세한 것이 되어 이중과세금지원칙, 조세평등원칙, 신의칙에도 위배되므로, 위 15억 2,028만 원에 대한 2002 및 2003 사업연도 법인세와 2003년 제2기 부가가치세 부과처분 부분은 위법하다.

(2) 원고는 이 사건 건물을 사무실 용도로 사용하다가 임대 후 철거한 것이므로 이 사건 장부가액은 고정자산인 이 사건 토지의 원상을 회복시키거나 능률 또는 수익성 증대를 위한 수선비에 해당하여 수익적 지출에 해당한다.

따라서 이 사건 장부가액을 자본적 지출로 보고 손금불산입한 2004 사업연도 법인세 부과처분은 위법하다.

(3) 원고와 같이 감리업무 및 설계업무를 영위하는 회사들에게는 재건축ㆍ재개발과 관련된 사업정보가 중요하므로, 원고는 이러한 정보를 얻고자 DD기획과 용역계약을 체결하고 그 대가로 DD기획에게 이 사건 외주비를 지급하였다.

따라서 이 사건 외주비는 원고가 엽무와 관련하여 지출한 비용에 해당하므로 2006 사업연도 법인세의 손금 및 2006년 제2기 부가가치세의 매입세액에 계상되어야 한다.

나. 관계법령

별지 5 목록 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 첫번째주장에관한판단

위 인정사실 및 이 사건 변론에 나타난 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정만으로는 이 사건 각 처분 중 2003년 2기 부가가치세와 2002 및 2003 사업연도 법인세 부과처분이 이중과세금지원칙이나 조세평등의 원칙, 신의칙에 위배된다고 할 수 없다. 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

(가) 법인세법 제14조 제1항 및 제40조 제1항은, 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 하고, 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있고, 부가가치세법 (2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항, 제3항은 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 하되, 사업자가 위 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정 에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다고 규정하고 있다.

피고 구로세무서장이 이 사건 감리용역비에 대하여 정당한 귀속사업연도를 확정한 다음 그에 따라 2002 및 2003 사업연도 법인세와 2003년 제2기 부가가치세를 증액경정결정한 것은 위 각 규정에 따른 것으로서, 이 사건 감리용역비 중 소득의 귀속시기가 조정된 15억 2,028만 원의 귀속사업연도는 2002 및 2003 사업연도이므로 위 각 처분을 위법하다고 볼 수 없다.

(나) CC엔지니어링과 BB엔지니어링이 2001 사업연도 법인세와 2001년 제1기 및 제2기 부가가치세를 신고납부하면서 사기 기타 부정한 행위를 하였다거나 법정 신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 않았다는 점을 인정할 아무런 자료가 없다. 따라서 위 각 세금에 대한 부과제척기간은 5년이라고 할 것이므로 이 사건 각 처분 당시에는 과세제척기간을 도과하였다.

그런데 과세제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없으므로(대법원 2002. 9. 24. 선고 2000두6657 판결 등 참조), 피고 구로세무서장은 2001 사업연도 법인세와 2001년 제1기 및 제2기 부가가치세에 대하여 감액경정결정을 할 수가 없다.

(다) 과세관청이소득의귀속시기를조정하면서해당과세기간의세액을증액경정결정을하는경우그로인하여영향을받는다른과세기간의세액에대하여의무적으로감액경정결정을하거나환급금충당을하여야한다고볼근거가없다.

(라) 과세제척기간 도과로 2001 사업연도 법인세와 2001년 제1기 및 제2기 부가가치세에 대하여 감액경정결정이 불가능하다는 이유만으로는 위 법인세 등에 영향을 주는 2002 사업연도 법인세 등에 대하여 경정결정을 할 수 없다고 볼 수 없고, 과세관청은 신고내용의 오류 등을 바로잡기 위해 경정결정을 할 수 있다.

(마) 부과제척기간 경과로 위 15억 2,028만 원을 2001 사업연도의 익금 및 매출세액에 불산입하여 법인세 및 부가가치세 감액경정결정을 할 수 없다는 이유만으로 피고 구로세무서장이 위 소득을 2002 및 2003 사업연도의 익금 등에 산입할 수 없다고 볼 수 없다.

(2) 두 번째 주장에 관한 판단

(가) 인정사실

갑 11호증의 1, 2, 갑 12, 13호증, 갑 14호증의 1 내지 4, 갑 15호증의 1 내지 7의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, BB엔지니어링은 2003. 8. 19. 오FF으로부터 이 사건 토지와 건물(1982. 7. 12. 준공)의 각 9/19를 매수한 사실, CC엔지니어링과 BB엔지니어링이 합병한 이후 원고는 2004. 3. 11. 이 사건 건물을 철거하고 철거 당시의 이 사건 건물의 장부가액을 2004 사업연도에 고정자산 처분손실로 손금산입한 사실, 문종합건축사사무소(2007. 12. 31. 원고에 흡수합병되었다)는 이 사건 토지상에 지상 7층, 지하 2층 규모의 건물을 신축한 후 2004. 11. 23. 소유권보존 등기 신청을 하여 그 명의로 소유권보존등기를 마치고 이 사건 토지에 관한 임차료를 원고 및 오FF에게 지급해 온 사실을 인정할 수 있다.

(나) 판단

원고는 이 사건 토지 및 그 지상의 2층 건물의 9/19를 매수한 후 그로부터 불과 약 7개월이 지나 이 사건 건물을 철거하였고 이 사건 토지상에 문종합건축사사무소로 하여금 지상 7층 규모의 건물을 선축하도록 하였는바, 이에 의하면 원고는 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적으로 이 사건 건물의 지분을 매수하였다고 봄이 상당하므로, 이 사건 장부가액은 이 사건 토지에 관한 자본적 지출에 해당한다고 할 것이다. 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

(3) 세 번째 주장에 관한 판단

(가) 인정사실

갑 16호증, 갑 18호증의 1 내지 6, 갑 19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 다음의 각 사실을 인정할 수 있다.

① DD기획의 대표이사 박EE은 2006. 7. 3.경 서울 GGG구 GGG동 소재 HHH호텔에서 원고 대표이사이던 박KK에게 '원주 봉산지구 재개발 추진위원 등에게 잘 이야기하여 설계업체로 선정될 수 있도록 도와주고 앞으로 원주 봉산지구의 사업추진에 관해 많은 편의를 제공하겠다'는 취지로 말하였고, 2006. 8. 20.경 위 지구에서 원고가 설계업체로 선정되자, 박KK에게 전화하여 위 지구에서 설계업체로 선정된 것에 대한 대가를 요구하였다.

② 이후 2006. 8. 28.경 원고와 DD기획 사이에, 원고가 DD기획에게 서울지역의 주택재건축 및 주택재개발 정비사업의 대상지 현황을 조사하고 검토하는 업무에 관한 용역을 의뢰하는 내용의 정비사업 대상지 조사용역계약이 체결되었다.

③ 박KK은 2006. 11. 30.경 DD기획 법인 통장으로 위 용역비 등 명목으로 2억 2,000만 원(이 사건 외주비가 포함되어 있다)을 송금하였다.

④ 박KK이 위와 같이 돈을 송금하였다는 이유로 박KK은 뇌물공여 혐의로, 박EE은 특정범죄가중처벌 등에 관한 법률위반(뇌물) 혐의로 대구지방법원 2008고합134호로 기소되었다.

⑤ 박KK과 박EE은 수사 및 재판을 받는 과정에서 '위 용역비에는 원주봉산지구의 설계업체로 선정된 것에 대한 대가와 향후 정비사업대상지에 대한 정보제공의 용역대가가 모두 포함되어 있다'는 취지로 진술하였다.

⑥ 박EE은 위 조사용역계약에 따라 미강컨설팅에 조사용역을 의뢰하기도 하였고, 또한 사전에 수집해두었던 여러 자료 등을 정리하여 2008. 2.경 용역성과물인 정비사업대상지 현황조사 보고서를 박KK에게 제출하는 등 실제로 용역을 수행하였는데, 박KK은 재판과정에서 용역성과물의 내용인 재건축 대상지의 현황, 관청자료, 소유자 및 세입자 현황, 사업추진 여부 검토사항 등은 설계업체에서는 그렇게 큰 가치가 있는 것은 아니지만, 미리 정보를 알게 되면 시간적 여유를 가지고 준비할 수 있는 장점이 있다고 진술하였다.

⑦ 위 재판결과 박EE은 공무원으로 의제되는 정비사업전문관리업체의 이사 지위에서 위 용역비를 교부받았고 그 직무관련성도 인정된다는 이유로 뇌물수수죄, 박KK은 뇌물공여죄에 관하여 유죄판결을 선고받았다. 다만, 위 ⑤항과 ⑥항과 같은 사유로 위 조사용역계약이 아무런 실체 없이 단지 박EE이 박KK으로부터 뇌물을 받기 위해 가장한 형식적인 계약이라고 단정할 수 없고, 박EE이 교부받은 2억 2,000만 원 중에는 원주봉산 재개발지구의 설계업체로 선정된 것에 대한 대가뿐만 아니라 향후 제공하게 될 용역의 대가도 포함되어 있어 2억 2,000만 원 전부를 뇌물로 볼 수 없으며, 위 금액 중 뇌물의 액수를 특정할 수 없다는 이유로 박EE은 특정범죄가중처벌 등에 관한 법률위반(뇌물)에 대하여는 무죄판결을 선고받았다.

(나) 판단

법인세법 제19조 제1항, 제2항은 손금은 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고, 부가가치세법(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제2호는 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있다.

이에 의하면, 손금 및 매입세액으로 계상되기 위해서는 당해 사업과의 업무관련성이 인정되어야 하는데, 위 인정사실에 의하면 이 사건 외주비에는 원고가 박EE에게 뇌물로 지급한 금원뿐만 아니라 업무와 관련한 용역의 대가도 포함되어 있고, 그 중 뇌물 액수를 특정할 수 없으며 달리 뇌물의 액수를 특정할 수 있는 자료가 없으므로, 이 사건 외주비 전액을 업무관련비용으로 보아야 할 것이다. 따라서 이 사건 외주비는 2006년 제2기 부가가치세의 매입세액으로, 2006 사업연도 법인세의 손금으로 계상되어야 하므로, 이 부분 원고의 주장은 이유 있다.

(4) 소결

이 사건 각 처분 중 2003년 제2기 부가가치세 부과처분과 2002, 2003, 2004 사업연도 법인세 부과처분(CC엔지니어링 관련 부분 및 BB엔지니어링 관련 부분 포함)은 적법하고, 2006년 제2기 부가가치세 부과처분 및 2006 사업연도 법인세 부과처분은 위법하다.

나아가 2006년 제2기 부가가치세와 2006 사업연도 법인세의 정당한 결정세액을 보면, 2006년 제2기 부가가치세의 정당한 결정세액은 229,837,445원이고, 2006 사업연도 법인세의 정당한 결정세액은 882,438,024원인 점은 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서 2006년 2기 부가가치세 255,601,445원의 부과처분 중 229,837,445원을 초과하는 부분 및 2006 사업연도 법인세 945,715,964원의 부과처분 중 882,438,024원을 초과하는 부분은 위법하다.

5. 피고 대한민국에 대한 예비적 청구에 관한 판단

가. 원고의 주장

피고 구로세무서장이 원고에 대하여 한 2002 및 2003 사업연도 법인세 부과처분이 적법하다면, 이 사건 감리용역비 중 소득의 귀속시기가 2001 사업연도에서 2002 및 2003 사업연도로 조정된 약 15억 2,028만 원에 대하여는 동일한 소득에 대하여 이 중으로 법인세를 납부한 것이 된다. 그렇다면 피고 구로세무서장이 원고에게 2001 사업연도 법인세와 양립할 수 없는 2002 및 2003 사업연도 법인세 부과처분을 함으로써 위 동일한 소득에 대한 2001 사업연도 법인세 부분을 묵시적으로 취소하였다고 보아야 한다. 결국 피고 대한민국은 원고가 신고ㆍ납부한 2001 사업연도 법인세 중 위 소득에 해당하는 법인세 37억 6,040만 원을 법률상 원인 없이 부당이득한 것이 되므로, 이를 반환할 의무가 있다.

나. 판단

피고 구로세무서장이 이 사건 감리용역비 중 위 15억 2,028만 원의 귀속시기를 2001 사업연도에서 2002 및 2003 사업연도로 조정하여 2002 및 2003 사업연도의 법인세를 증액경정결정한 것만으로는 원고가 신고ㆍ납부한 2001 사업연도 법인세 중 위 소득에 해당하는 법인세 부분을 묵시적으로 취소하였다고 볼 수는 없다(과세관청이 이미 한 부과처분을 취소하기 위해서는 객관적으로 그 취소의 의사를 통지하는 방법으로 하여야 할 것인데, 위 소득에 해당하는 2001 사업연도 법인세 부분은 전체가 아니라 일부로서 2002 및 2003 사업연도의 법인세 증액경정결정으로 인하여 중복해서 부과되는 세액의 범위를 객관적으로 알 수 없고, 피고 구로세무서장으로서는 2001 사업연도 법인세에 대한 과세제척기간이 도과됨으로써 직권으로 감액경정결정을 할 수도 없는 상황이었으므로, 위와 같은 사정만으로는 피고 구로세무서장이 위 소득에 해당하는 2001 사업연도 법인세 부분을 취소한 것이라고는 보기 어렵다).

나아가 이와 같은 경우에는 비록 과세제척기간이 도과되었다고 하더라도 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제2항 제4호 소정의 경정청구의 대상이 될 수 있는 점(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두7006 판결 참조) 등에 비추어 보아도, 피고 구로세무서장이 2002 및 2003 사업연도의 법인세를 증액경정결정함으로써 위 소득에 대한 2001 사업연도 법인세 부분을 묵시적으로 취소하였다고는 할 수 없다. 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

6. 결론

이 사건 소 중 원고의 피고 구로세무서장에 대한 예비적 청구 부분은 부적법하므로 각하하고, 원고의 피고 구로세무서장에 대한 주위적 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 주위적 청구는 이유 없어 기각하며, 피고 대한민국에 대한 예비 적 청구는 이유 없어 기각한다.