상고비용은 원고의 부담으로 한다.

구 법인세법(1989.12.30. 법률 제4165호로 개정되기 전의 것) 제59조의3 제2항 제2호 는 양도일까지 2년 이상 계속하여 당해 법인의 사업용(목장용, 매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접 사용한 토지 등으로서 대통령령이 정하는 토지 등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 전액 면제한다는 취지로 규정하고, 구 법인세법시행령(1989.12.30. 대통령령 제12878호로 삭제되기 전의 것) 제124조의6 제1항 은 ‘ 법 제59조의3 제2항 제2호 에서 대통령령이 정하는 토지 등이라 함은 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 것을 말한다’고 하면서 그 4호에서 ‘건물에 직접 사용되는 부속토지로서 재무부령이 정하는 기준면적을 초과하는 것’을 들고 있는바, 위 각 규정을 종합하면 건물의 부속토지가 양도일까지 2년 이상 업무용으로 직접 사용한 토지에 해당된다 하더라도 부속토지의 과다보유를 억제하여 부동산투기를 방지하고 자금의 생산적 운용을 유인하기 위한 조세정책적 목적에서 재무부령이 정하는 기준면적범위 내에서만 특별부가세를 면제한다는 것으로서 만약 그 부속토지가 위 기준면적을 초과한다면 업무용으로 직접 사용한 토지에 해당된다 하더라도 그 초과면적에 대하여는 특별부가세의 면제대상이 될 수 없다 할 것이다.

원심은 이 사건 토지가 양도일까지 2년 이상 원고법인의 업무용으로 직접 사용한 토지에 해당한다고 확정한 다음, 같은 취지에서 이 사건 토지 중 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 (나)목 에 의하여 계산한 기준면적을 초과하는 부분은 특별부가세의 면제대상이 될 수 없다고 판단하였는바, 원심의 이러한 판단은 정당하여 수긍이 되고 거기에 소론이 지적하는 법인세법상 특별부가세의 면제대상에 관한 법리오해의 위법이 없다. 소론은 건물의 부속토지가 당해 법인의 업무용으로 직접 사용된 것이라면 위 법인세법시행령 제124조의6 제1항 제4호 의 규정을 적용할 필요 없이 그 전부가 특별부가세의 면제대상이 되는 것이고 단지 건물의 부속토지가 업무용으로 직접 사용된 것이 아닌 경우에 한하여 위 시행령의 규정을 적용하여 면제대상범위를 정하여야 한다고 주장하나 이는 독자적 견해로서 받아들일 바 못되며 소론이 지적하는 당원판결들은 이 사건과는 모두 사안을 달리하여 이 사건에 적절한 선례가 되지 아니한다.

논지는 모두 이유 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.