세금계산서 중 실제 공사진행률을 초과하여 발급한 것으로 판단한 부분을 '공급

시기가 사실과 다른 세금계산서'로 보고 해당 매입세액을 불공제하여 2017. 5. 1. 원고에게 부가가치세 2013년 제1기분 406,431,740원, 2013년 제2기분 65,060,580원, 합계 471,492,320원을 경정 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2017. 6. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판

원은 2017. 11. 24. 심판청구를 기각하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 4, 7, 8호증의 각 기재, 변

론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1) AA이 작성한 주간업무보고에 기재된 공정실적이 기성금 청구비율보다 낮은 기간이 있기는 하나, 전체 공정을 고려한 실제 공사 기성률은 기성금 청구비율과 크게 차이나지 않으므로, 원고가 수취한 이 사건 세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 없다.

2) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 하더라도, 원고는 공사감독원으로 선임한 감리자의 검사ㆍ확인에 따라 이 사건 공사를 진행하였기 때문에, AA이 기성률을 과다하게 산정한 사실을 알지 못하였고, 이를 알지 못한 데에 과실이 없으므로, 그 매입세액이 공제되어야 한다.

나. 관계 법령

제2조(정의)

8. "산출내역서"라 함은 물량내역서에 수급인(AA)이 단가를 기재하여 도급인(원고)에게 제출한 내역서를 말한다.

제6조(공사감독원)

① 도급인은 계약의 적정한 이행을 확보하기 위하여 스스로 이를 감독하거나 자신을 대리하여 다음 각 호의 사항을 행하는 자(이하 '공사감독원'이라 한다)를 선임할 수 있다.

4. 공사의 기성부분 검사, 준공검사 또는 공사목적물의 인도에 입회하는 일

제22조(기성부분금)

① 계약서에 기성부분금에 관하여 명시한 때에는 수급인은 이에 따라 기성부분에 대한 검사를 요청할 수 있으며, 이때 도급인은 지체없이 검사를 하고 그 결과를 수급인에게 통지하여야 하며, 14일 이내에 통지가 없는 경우에는 검사에 합격한 것으로 본다.

② 기성부분은 제2조 제8호의 산출내역서의 단가에 의하여 산정한다. 다만, 산출내역서가 없는 경우에는 공사진척율에 따라 도급인과 수급인이 합의하여 산정한다.

③ 도급인은 검사완료일로부터 14일 이내에 검사된 내용에 따라 기성부분금을 수급인에게 지급하여야 한다.

순번 작성일 금주 주요 실시사항 공정실적

투입인원

(금주/누계)

1

2013.

1. 26.

○ 가설공사

- 정문홀딩도어 설치

0.01% 64/127

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 공사계약에 첨부된 민간건설공사 도급계약 일반조건 중 기성금 관련 내용은 아래와 같다.2) AA이 이 사건 공사에 관하여 2013. 1.경부터 2013. 10.경까지 작성한 주간업무보고 중 이 사건에 관련된 부분을 정리하면 아래와 같다.

3) 이 사건 공사의 기성금은 ① AA이 감리자를 거쳐 원고에게 기성청구서를 제출하면 ② 원고가 기성청구서를 확인하여 AA에게 통보하고 ③ AA은 원고에게 세금계산서를 발급하며 ④ 원고는 금융기관에 기성확인서류와 세금계산서를 제출하고 ⑤금융기관은 기성금 중 대출가능금액을 AA의 계좌로 입금하는 방식으로 지급되었다.

4) 이 사건 공사에 관한 기성금 청구금액, 기성금 청구진행률, 전체 공사기간 대비

공사기간 경과 비율, 인접일자 주간업무보고에 기재된 공정실적, 세금계산서 발급일자

를 정리하면 아래와 같다.

5) 원고는 AA에게 아래와 같이 7회에 걸쳐 이 사건 공사대금 중 일부인

6) 원고는 이 사건 세금계산서에 관한 부가가치세를 아래와 같이 신고하고 조기환

급금을 지급받았다.

7) AA은 2014. 6. 10.경 이 사건 공사를 완공하고 00중구청장으로부터 건축물

사용승인을 받은 후 완성된 건축물을 원고에게 인도하였다.

8) 원고와 AA 사이에 추가공사 인정범위 및 하자보수 비용 등에 관한 분쟁이 발

생하였고, AA은 2014. 9. 26. 원고를 상대로 공사대금 청구 소송(00지방법원 2014

가합00000호)을 제기하여 2016. 12. 16. '원고는 AA에게 4,758,657,701원 및 이에

대한 지연손해금을 지급하라'는 취지의 판결을 선고받았으며, 위 판결이 2017. 1. 6. 그대로 확정되었다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 6호증, 을 제5, 6, 8호증(가지번호 있는

경우 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 이 사건 세금계산서가 공급시기에 관하여 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지

여부에 관한 판단

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및

과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있으므로, 세금계산

서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 피고에게 있다

(대법원 1987. 3. 24. 선고 85누515 판결 등 참조).

또한 수사기관 또는 과세관청의 조사과정에서 작성된 납세의무자 아닌 자의 진술

이 기재된 전말서 등은 그 진술내용에 부합하는 증빙자료가 있거나 납세의무자에 대한

사실확인 등의 보완조사가 이루어지지 않았다면 납세의무자 아닌 자의 일방적 진술을

기재한 것에 불과하여 다른 특별한 사정이 없는 한 이를 납세의무자에 대한 과세자료

로 삼을 수 없다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2009두5022 판결 등 참조).

살피건대, 위 인정사실, 갑 제4, 6호증, 을 제5, 6호증의 각 기재, 이 법원의 AA

에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을

종합하면, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 매입세금계산서가 공급시기에 관하

여 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정

할 증거가 없다.

① AA의 재경이사 SS은 2016. 5. 11. "이 사건 공사와 관련하여 공사대금 확보를 위해 실제 공정률 및 대금결제금액과는 무관하게 기성청구하고 매출세금계산서를 발행하였으며, 그 결과 용역의 공급시기 전에 발급한 세금계산서로 세금계산서 발급 특례요건을 충족하지 못하는 금액은 2013년 제1기 공급가액 2,124,800,000원, 2013년 제2기 공급가액 350,240,000원, 총 2,475,040,000원임을 확인한다."는 취지의 확인서를 작성하였으나, 이는 납세의무자가 아닌 자의 일방적 진술에 해당할 뿐만 아니라, 원고

와 법적 분쟁을 계속하고 있던 시기에 이루어진 진술로서, 그 내용이 형식적이고 피상

적이므로 높은 신빙성을 인정하기 어렵다.

② 피고는 AA이 작성한 각 주간업무보고에 기재된 '공정실적'이 실제 공정률이라

는 것을 전제로 이 사건 처분을 하였으나, 이 사건 공사계약에 첨부된 민간건설공사

도급계약 일반조건 제22조 제2항은 "기성부분은 제2조 제8호의 산출내역서의 단가에

의하여 산정한다. 다만, 산출내역서가 없는 경우에는 공사진척율에 따라 도급인과 수급인이 합의하여 산정한다."고 규정하여 기성부분을 산정함에 있어서는 산출내역서의 단가가 우선적인 기준임을 분명히 하고 있다. 이에 따르면 위 각 주간업무보고에 기재된 공정실적은 기성부분 산정의 우선적인 기준이 아니므로 이 사건 세금계산서가 공급시기 이전에 발급된 것인지를 결정할 기준이 되지 못한다. 그럼에도 불구하고 피고는 이 사건에서 산출내역서에 해당하는 '공사원가계산서'의 내용이 사실과 다르다는 점에 관해서는 어떠한 증빙자료도 제출하지 아니하였다.

③ 아울러 AA은 이 법원의 사실조회에 대하여 '주간업무보고 자료는 현장의 개략적인 상황을 파악하기 위해 매주 말일에 작성하는 자료로서 정확한 수치가 반영된 것이라고 보기 어렵다'는 취지로 회신하였다. 또한 AA은 앞서 본 바와 같이 2013. 1.경부터 1차 기성금 청구일인 2013. 4. 17.까지 약 3개월 이상의 기간 동안 가설공사, 철거공사, 토공사, 흙막이 가시설 공사 등을 진행하였는바, 당시까지 진행된 공사내역

등에 비추어 보면, 2013. 4. 11.자 주간업무보고에 기재된 공정실적 1.73%, 2013. 6. 6.자 주간업무보고에 기재된 공정실적 18.20% 등의 수치가 이 사건 전체 공사 중 기성

부분을 객관적으로 반영한 수치라고 단정할 수도 없다.

④ 원고는 원고를 대리하여 이 사건 공사의 기성부분 검사 등을 행하는 공사감독

원으로 감리자를 선임한 것으로 보이는데, 이 사건 세금계산서는 감리자의 확인을 거

친 기성청구서 및 공사원가계산서 등에 의하여 산정한 기성금을 반영한 것인바, AA

의 재경이사 VV이 작성한 확인서와 위 각 주간업무보고의 공정실적 수치만으로는

이 사건 세금계산서가 사실과 다르다고 단정하기 부족하다.

⑤ 한편, 대법원은 '사업자가 부가가치세를 부담하지 아니한 채 매입세액을 조기환

급받을 의도로 공급시기 전에 미리 세금계산서를 발급받는 등의 특별한 사정이 없는

한, 공급시기 전에 발급된 세금계산서이더라도 발급일이 속한 과세기간 내에 공급시기

가 도래하고 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래사실도 진정한 것으로 확인되

는 경우에는 그 거래에 대한 매입세액이 공제되어야 한다'고 판시한 바 있고(대법원

2016. 2. 18. 선고 2014두35706 판결 참조), 원고와 피고는 위와 같은 법리의 적극적

요건과 소극적 요건의 충족 여부에 관하여 다투고 있으나, 이 사건 세금계산서가 공급

시기 전에 발급된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보기 어려운 이상, 더 나아가

위와 같은 법리가 이 사건에 적용될 수 있는지를 살필 필요는 없다.

마. 원고가 선의무과실에 해당하는지 여부에 관한 판단

설령 이 사건 세금계산서가 기성금을 과다 청구하여 공급시기 전에 발급된 사실과

다른 세금계산서라고 하더라도, 원고가 그 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실

이 없는 경우에는 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 있다고 보아야 한다(대법원

2009. 6. 11. 선고 2009두1808 판결 등 참조).

살피건대, 위 인정사실, 앞서 든 증거들, 을 제3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의

취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고는 이 사건 세금계산서

가 공급시기 전에 발급된 사실을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데에 과실이 없다고 봄이 상당하므로, 그 매입세액을 환급받을 수 있다고 할 것이다.

① AA의 재경이사 VV이 작성한 확인서에 신빙성을 인정한다고 하더라도, 이

는 'AA이 공사대금 확보를 위해 과다하게 기성청구를 하고 매출세금계산서를 발행하

였다'는 취지에 불과하고, 여기에 원고가 과다한 기성청구를 공모하였다거나 알고도 묵인하였다는 내용은 포함되어 있지 않으므로, 위 확인서는 원고의 선의ㆍ무과실에 대한 반대증거가 될 수 없다.

② 이 사건 공사계약에 첨부된 민간건설공사 도급계약 일반조건 제6조 제1항은

'도급인이 계약의 적정한 이행을 확보하기 위하여 자신을 대리하여 공사의 기성부분

검사 등을 행하는 자를 공사감독원으로 선임할 수 있다'고 규정하고 있는바, 원고가 감리자를 공사감독원으로 선임하고 기성부분 검사 등의 업무를 수행하게 하면서 그 검사 결과를 신뢰하였다면, 여기에 특별한 과실이 있다고 볼 수 없다.

③ 원고의 대표이사 LL은 피고에게 조사를 받으면서 다른 범칙혐의에 대해서는

모두 인정하면서도, '이 사건 세금계산서는 AA에서 기성청구를 하면 감리자에게 의뢰

하여 검사한 후 수취한 것이고, 이 사건 공사의 실제 공정률은 알지 못했으며, 기성금이 과다청구된다고 판단이 되어 감리자를 교체한 사실도 있지만, 세금계산서가 과다하게 발급되었다는 사실은 알지 못했다'는 취지로 일관되게 진술하고 있다. 만일 원고가 기성금의 과다청구를 공모하였거나 알고도 묵인하였다면 감리자를 교체할 이유도 없을 것인 바, 위 진술 중 원고가 감리자를 교체한 부분은 '원고가 기성금의 과다청구 여부를 확실히 알지는 못하였으나 그러한 의심이 들어 이를 방지하기 위한 나름의 노력을 기울인 사정'으로 보아야 한다.

④ 원고의 전무이사로서 세무 관련 업무를 담당한 김진우도 피고에게 조사를 받으

면서 '계약서상 청구, 검사 절차를 진행하고 이 사건 세금계산서를 수취한 것으로 알고 있고, 기성청구서는 분량이 많아 모두 파악하기 힘들고 내용을 잘 몰라서 감리자를 믿고 AA이 발급하는 대로 세금계산서를 수취하였으며, 기성금이 과다하게 청구된 사실

은 지금까지 전혀 알지 못한다'는 취지로 진술하여 FF의 진술과 일치한다.

⑤ 피고는 AA이 작성한 주간업무보고에 기재된 공정실적과 기성청구 진행률의 차이가 크기 때문에 원고가 과다한 기성청구를 알 수 있었을 것이라고 주장하나, 위 주간업무보고가 이 사건 공사 당시 원고에게 정기적으로 전달되어 원고가 그 내용을 알고

있었을 것이라고 볼 만한 자료가 없다.

⑥ 앞서 본 바와 같이 AA은 2013. 1.경부터 1차 기성금 청구일인 2013. 4. 17.까

지 약 3개월 이상 가설공사, 철거공사, 토공사, 흙막이 가시설 공사 등을 진행하였는바, 원고의 입장에서 실제 기성부분과 기성금 청구진행율 사이에 큰 차이가 있다고 단정할 수는 없었을 것으로 보인다.

⑦ 피고는 원고가 부가가치세를 조기에 환급받아 공사대금으로 사용하기 위해 SS과 공모할 만한 경제적 유인이 있다고 주장하나, 이는 구체적이고 객관적인 증거가 없는 막연한 추측에 불과하다. 오히려 이 사건 공사계약에 첨부된 특약사항 제7조는

"매회 지급되는 기성고는 금융권 지급 금액으로 하며 금융권에서 유보된 미지급금은

준공 후 일괄 지급한다."고 규정하고 있는바, 원고는 금융권에서 대출받을 수 있는 금액 이상을 피고에게 공사대금으로 지급할 필요도 없었던 것으로 보인다.

⑧ 또한 원고는 2013년 제1기와 2013년 제2기에는 부가가치세를 조기에 환급받는

효과를 얻었지만, 2014년 제1기와 2014년 제2기에는 그 금액만큼 부가가치세를 추가

로 납부하게 되므로, 결국 부가가치세 총액에는 차이가 없게 된다. 더구나 원고에게 금융기관 대출금에 대한 이자를 부담하면서까지 위와 같이 자금을 융통해야 하는 긴급한 재정적 필요가 있었다고 볼 만한 자료도 없다.

바. 소결

즉 피고가 제출한 증거만으로는 이 사건 세금계산서가 공급시기에 관하여 사실과

다른 세금계산서에 해당한다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 설령

이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 보더라도 원고가 이를 알았다거나

알지 못한 데에 과실이 있다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분

은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한

다.

.

청 구 취 지구분 2013년 제1기 2013년 제2기 2014년 제1기 2014년 제2기 공사진행률 18.20% 35.10% 84.10% 100% 실제 당기 기성금 2,722,720,000 2,529,736,000 7,331,896,000 2,375,648,000 매입세금계산서 수취 5,060,000,000 2,915,000,000 6,284,300,000 700,700,000 과다 발급부분(공급대가) 2,337,280,000 385,264,000 △1,047,596,000 △1,674,948,000 과다 발급부분(공급가액) 2,124,800,000 350,240,000 △952,360,000 △1,522,680,000 주문과 같다(소장에는 처분일이 '2017. 5. 4.'로 기재되어 있으나 오기로 보인다).

가. 원고는 관광숙박업, 부동산임대업 등을 영위하는 법인이다. 원고는 2012. 12. 31. 주식회사 AA(이하 'AA'이라 한다)에게 00 00구 00동 360 소재 00메디컬센터 증축공사(이하 '이 사건 공사'라 한다)를 착공일 2013. 1. 1., 준공예정일 2014. 2. 28.,계약금액 15,510,000,000원(부가가치세 포함)으로 정하여 도급하였다. 나. 00지방국세청은 2016. 4. 1.부터 2016. 5. 11.까지 AA에 대한 법인통합조사 결과, "AA이 2013년 제1기 및 2013년 제2기에 이 사건 공사의 공사진행률을 아래와 같이 과다산정하여 기성부분금(이하 '기성금'이라 한다)을 청구하고 이에 따라 2013년 제1기 2,124,800,000원 및 2013년 제2기 350,240,000원, 합계 2,475,040,000원의 매출세금계산서(이하 통틀어 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 과다하게 발급하였다."고 판단하여 관련 과세자료를 피고에게 통보하였다.다. 피고는 2016. 12. 5.부터 2017. 2. 14.까지 원고에 대한 조사를 실시하였고, 이