구 법인세법{1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정된 것으로서, 1994. 12. 22. 법률 제4803호 소득세법 개정법률(1996. 1. 1. 시행) 부칙 제13조에 의하여 개정되기 전의 것, 이하 같다} 제59조의6 제1항은, 비영리내국법인이 부동산 등 양도소득이 있는 경우 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있되 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다고 규정하고, 제2항은 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 부동산 등 양도소득에 대하여는 제59조의2 및 제59조의4의 규정에 불구하고 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되어 1996. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제15조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제70조 제3항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 특별부가세로 납부하여야 한다고 규정하며, 제3항은 제2항의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 제59조의5의 규정을 준용한다고 규정하고 있다. 한편, 1993. 12. 31. 법률 제4666호 부칙 제16조 제8항에 의하여 이 사건에 적용되는 구 조세감면규제법(위 법률 제4666호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조감법'이라 한다) 제57조 제1항 단서 및 같은 항 제1호에 의하면, 공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 70에 해당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 제88조의2는 개인이 제57조 등의 규정에 의하여 감면받는 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 3억 원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다고 규정하며, 제88조의3 본문은 법인이 제57조 등의 규정에 의하여 각 사업연도에 감면받을 특별부가세액의 합계액이 대통령령이 정하는 특별부가세산출세액의 100분의 70에 상당하는 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다고 규정하고 있다.

내국법인의 부동산 등 양도소득에 대하여는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세와 더불어 특별부가세까지 신고·납부하여야 하나, 다만 비영리내국법인의 부동산 등 양도소득에 대하여는 구 법인세법 제59조의6 제2항에 의하여 구 소득세법 제15조 및 제70조 제3항에 따라 계산한 금액만을 특별부가세로 신고·납부할 수 있도록 특례가 인정되는 것인바, 구 법인세법 제59조의6 제2항의 특례는 특별부가세액을 구 소득세법 소정의 양도소득세액 계산방법에 따라 계산할 수 있도록 한 것에 불과하고, 한편, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건, 감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하여야 하며 확장해석이나 유추해석은 허용될 수 없으므로 (대법원 1987. 5. 26. 선고 86누92 판결, 1991. 7. 9. 선고 90누9797 판결 등 참조), 비영리내국법인의 부동산 등 양도소득이 구 조감법 제57조 제1항 단서 및 같은 항 제1호 소정의 감면대상에 해당하는 경우, 당해 비영리내국법인이 구 법인세법 제59조의6 제2항에 의하여 구 소득세법 규정에 따라 계산한 금액만을 특별부가세로 납부한다고 하더라도, 이때의 감면 및 감면종합한도에 대하여 양도소득세의 감면 및 감면종합한도에 관한 규정을 준용한다는 규정이 없는 이상, 그 감면종합한도는 개인의 양도소득세 감면종합한도에 관한 구 조감법 제88조의2 규정이 아니라 법인의 특별부가세 감면종합한도에 관한 구 조감법 제88조의3 규정에 따를 수밖에 없다 할 것이다.

같은 취지의 원심판결은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 구 법인세법 제59조의6, 구 조감법 제88조의2 및 제88조의3 규정에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

그 밖의 상고이유의 주장은, 원심이 이 사건 특별부가세의 부가세인 농어촌특별세의 정당한 세액에 관하여 심리하지 않은 것이 위법하다는 것인바, 위 농어촌특별세 부분은 이 사건 소송의 심판대상이 아니므로, 위 주장은 더 살필 것도 없이 이유 없다.

상고이유는 모두 받아들일 수 없다.

그러므로 상고를 기각하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.