2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 9. 28. 원고에 대하여 한 별지 1. 기재 각 경정거부처분을 취소한다.

가. 이 사건 주택의 취득과 양도

1) 원고는 2002. 1. 4. 서울 OO구 OO동 OO-OO 소재 다세대 주택 제304호, 제101호, 제501호{위 각 주택들은 모두 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되지 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항 제1호에서 정한 신축주택에 해당한다. 이하에서 통틀어 '이 사건 주택'이라 하고, 그중 일부는 호실 번호로 특정한다}를 신축ㆍ취득하여 서울특별시 OO구청장으로부터 사용승인을 받고, 이를 보유하다가 2015. 11. 10. 제304호 주택을, 2016. 1. 13. 제101호 주택, 제501호 주택을 각 OO제O구역주택재건축정비사업조합에 양도하였다.

2) 이 사건 주택의 2007년도 기준시가는 원고의 이 사건 주택 취득일부터 5년이 되는 날(2007. 1. 4.) 이후인 2007. 4. 30.에 고시되었다.

나. 예정신고(2007년도 기준시가 대입)와 수정신고(2006년도 기준시가 대입)

1) 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항은 "거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 … 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택…을 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다."라고 규정하고, 같은 조 제4항은 "제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다."라고 규정한다(이하에서 통틀어 '모법'이라 한다).

2) 모법에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 공제할 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산방법을 위임받은 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제2항은 "… 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다."라고 규정하고, 그에 따라 준용되는 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항의 본문과 단서 규정은 다음과 같다(단서 규정은 조세특례제한법 시행령이 2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정될 때 신설된 조항이다).

본문(이하 '이 사건 시행령 본문'이라 하고, 그중 계산식 부분을 '이 사건 계산식'이라 한다)

"법 제43조 제1항에 따른 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 … 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다."

단서(이하 '이 사건 시행령 단서'라 한다)

"이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 취득일부터 5년이 되는 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다."

3) 원고는 이 사건 주택 양도와 관련하여 피고에게 아래 다의 1) 항 표. 예정신고, 수정신고란 기재와 같이 양도소득세를 예정신고 및 수정신고를 하였다.

4) 원고는, 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 공제하는 '이 사건 주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액'을 계산함에 있어, 이 사건 계산식 중 "취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가" 부분에, 예정신고 시에는 이 사건 주택의 2007년도 기준시가를 대입하였으나, 수정신고 시에는 이 사건 주택 취득일부터 5년이 되는 날인 2007. 1. 4. 당시에는 이 사건 주택의 2007년도 기준시가가 고시되지 아니하였으므로, 이 사건 시행령 단서 규정에서 정한 "새로운 기준시가가 고시되기 전에 … 취득일부터 5년이 되는 날이 도래하는 경우"에 해당한다고 보고, 이 사건 시행령 단서 규정에 따라 "직전의 기준시가"인 2006년도 기준시가를 대입하였다.

다. 감액경정 청구 거부처분 등

1) 원고는 2016. 7. 29. 피고에게 다시 이 사건 계산식 중 "취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가" 부분에 2007년도 기준시가를 대입하여야 한다고 주장하면서 아래 표와 같이 2015년 귀속 양도소득세 34,734,351원1) 및 2016년 귀속 양도소득세 85,326,249원2)의 각 감액경정을 청구하였으나, 피고는 2016. 9. 28. 원고에 대하여 위 각 감액경정 청구의 거부처분을 하였다.

표.(단위: 원)

과세연도

예정신고

수정신고

감액경정 청구금액(②-①)

신고일자

납부할 세액(①)

신고일자

납부할 세액(②)

304호

2015

2016. 1. 20.

5,926,730

2016. 6. 23.

40,661,081

34,734,351

101호

2016

2016. 3. 31.

5,090,536

2016. 6. 27.

28,859,809

85,326,249

501호

2016. 3. 29.

17,200,027

2016. 6. 24.

78,757,003

2) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 피고에게 이의신청을 하였으나, 2017. 1. 26. 이의신청이 기각되었고, 2017. 5. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2017. 7. 4. 심판청구도 기각되었다.

3) 이후 피고는 ① 원고의 2015년 귀속 양도소득세(제304호 주택 양도)와 관련하여 납부불성실가산세 계산오류를 사유로 2018. 7. 1. 양도소득세를 40,663,016원으로 증액하는 처분을 하였다가, 취득 당시 기준시가 및 감면대상 소득금액 계산오류를 사유로 2018. 12. 4. 양도소득세를 39,425,505원으로 감액하는 처분을 하였고, ② 원고의 2016년 귀속 양도소득세(제101호, 제501호 주택 양도)에 관하여도 취득 당시 기준시가 및 감면대상 소득금액 계산오류를 사유로 2018. 12. 4. 양도소득세를 104,890,764원으로 감액하는 처분을 하였다(위와 같은 경위로 피고가 2016. 9. 28. 원고에 대하여 한 각 경정거부처분 중 남아 있는 2015년 귀속 양도소득세 33,688,907원 부분과 2016년 귀속 양도소득세 83,357,821원 부분을 통칭하여 이하에서는 '이 사건 처분'이라 한다).

인정 근거 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1 내지 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

주위적으로, 이 사건 시행령 단서 규정에 따르면, 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항에서 정한 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날이 도래한 때 새로운 기준시가가 고시되지 아니한 경우에는 이 사건 계산식 중 '취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가'에 '취득일로부터 4년이 되는 날이 속한 해에 고시된 기준시가'를 대입하게 된다. 모법은 신축주택을 취득한 날부터 '5년'간 발생한 양도소득금액을 차감하도록 정하고 있음에도 이 사건 시행령 단서 규정에 따르면 결과적으로 '4년'간 발생한 양도소득금액만 차감받게 된다. 따라서 이 사건 시행령 단서 규정은 모법이 규정한 위임범위를 벗어난 것이고, 이 사건 시행령 단서 규정에 근거한 이 사건 처분은 위법하다(위임입법금지 위반 주장).

예비적으로, 이 사건 시행령 단서 규정이 모법의 위임범위를 준수하고 있다고 하더라도 이 사건 시행령 단서 규정은 원고가 이 사건 주택을 취득한 이후 조세특례제한법 시행령이 2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되면서 신설되었는바, 이 사건 시행령 단서 규정 신설 전 법령의 존속에 대한 원고의 신뢰를 보호할 필요성이 이 사건 시행령 단서 규정 적용에 관한 공익상 요구보다 크다. 따라서 이 사건 시행령 단서 규정은 신뢰보호의 원칙에 위배된다. 또한, 이 사건 시행령 단서 규정은 결과적으로 같은 과세기간에 같은 과세물건을 취득한 자들 사이에 기준시가 공시일 전후로 감면대상 양도소득금액을 달라지도록 하여 조세공평의 원칙에도 위배된다(신뢰보호의 원칙, 조세공평의 원칙 위반 주장).

나. 관계 법령

별지 2. 기재 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 주위적 주장에 대한 판단(위임입법금지 위반 주장)

가) 어느 시행령의 규정이 모법의 위임범위를 벗어난 것인지 여부를 판단함에 있어서 중요한 기준 중 하나는 예측가능성인바, 이는 당해 시행령의 내용이 이미 모법에 서 구체적으로 위임되어 있는 사항을 규정한 것으로서 누구라도 모법 자체로부터 그 위임된 내용의 대강을 예측할 수 있는 범위 내에 속한 것이어야 함을 의미하고, 이러한 예측가능성의 유무는 당해 특정조항 하나만을 가지고 판단할 것은 아니고 법률의 입법 취지 등을 고려하여 관련 법조항 전체를 유기적ㆍ체계적으로 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2008. 11. 27. 선고 2006두19570 판결 참조). 어느 시행령의 규정이 모법에 저촉되는지가 명백하지 않은 경우에는 모법과 시행령의 다른 규정들과 그 입법취지, 연혁 등을 종합적으로 살펴 모법에 합치된다는 해석도 가능한 경우라면 그 규정을 모법 위반으로 무효라고 선언해서는 안 된다. 이러한 법리는, 국가의 법체계는 그 자체 통일체를 이루고 있는 것이므로 상ㆍ하규범 사이의 충돌은 최대한 배제되어야 한다는 원칙과 더불어, 민주법치국가에서의 규범은 일반적으로 상위규범에 합치할 것이라는 추정원칙에 근거하고 있을 뿐만 아니라, 실제적으로도 하위규범이 상위규범에 저촉되어 무효라고 선언되는 경우에는 그로 인한 법적 혼란과 법적 불안정은 물론, 그에 대체되는 새로운 규범이 제정될 때까지의 법적 공백과 법적 방황은 상당히 심각할 것이므로 이러한 폐해를 회피하기 위해서도 필요하다(대법원 2014. 1. 16. 선고 2011두6264 판결 등 참조).

나) 모법과 이 사건 시행령 본문 및 단서 규정을 유기적ㆍ체계적으로 종합하여 알 수 있는 다음 사정들에 비추어 보면, 이 사건 시행령 단서 조항이 모법에 따른 위임의 범위를 벗어난 무효의 규정이라고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 모법은 주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 '양도소득금액'의 계산방법을 대통령령으로 정하도록 위임하고 있는데, '양도소득금액'은 구 조세특례제한법 제2조 제2항, 제3조 제1항 제1호에 의하여 소득세법에 따라야 한다. 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 '양도소득금액'을 양도가액에서 필요경비를 공제한 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 규정(같은 법 제95조 제1항)하면서, 양도차익을 산정할 때에는 양도가액과 취득가액을 실지거래가액을 기준으로 하되, 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없어 추계결정을 하는 경우 등에는 기준시가에 의해 양도소득금액을 산정하도록 규정(같은 법 제96조, 제97조, 제99조, 제100조, 제114조)하고 있다. 그리고 소득세법 시행령 제164조 제3항은 자산별 기준시가를 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다고 정함으로서 이 사건 시행령 단서 규정과 같은 취지로 규정하고 있다.

② 위 소득세법 시행령 제164조 제3항과 같이 현재 당해 연도의 기준시가가 고시되지 않은 경우 직전의 기준시가에 의하도록 정하면, 사후에 양도소득세 신고 시 밝혀진 당해 연도의 기준시가가 취득 및 양도가액으로 산정된 직전 기준시가와 동떨어진 가격이 될 수 있다는 점에서 불합리하다고 볼 여지가 있다(특히 취득 시점의 기준시가는 신고 시에 고시되어 있을 가능성이 높다). 그러나 위 소득세법 시행령 규정은 납세의무자나 과세관청으로 하여금 조세법률관계를 미리 예상하거나 조기에 확정할 수 있도록 하여 법적 안정성과 예측가능성을 기함에 그 취지가 있는 것으로 조세법률주의나 소급과세의 원칙, 헌법상의 재산권보장 원칙에 위배된다거나 모법의 규정에 위배되는 무효의 규정이라 할 수 없다(대법원 1999. 2. 9. 선고 97누6629 판결, 대법원 2001.11. 19. 선고 2001도5316 판결 등 참조).

③ 이 사건 시행령 본문과 단서 규정도 모법의 위임을 받아 5년간 발생한 양도소득금액을 기준시가를 적용하여 추계산정하는 방법을 정하고 있다. 따라서 앞서 살펴본 모법규정의 내용, 모법이 따르고 있는 소득세법령의 양도소득금액 산정과 관련된 법령들의 내용, 체계 및 취지 그리고 위 법리에 비추어 보면, 기준시가를 적용하여 5년간 발생한 양도소득금액을 추계결정하면서 이 사건 시행령 단서 조항이 법적안정성과 예측가능성을 기하기 위해 위 소득세법령과 동일한 취지의 규정을 정하는 것은 그 예측가능한 위임의 범위 내에서 마련된 것으로서 유효하다고 봄이 타당하다.

④ 위와 같이 이 사건 시행령 단서 규정은 법적 안정성과 예측가능성을 기하기 위한 취지에서 취득일로부터 5년이 되는 날을 기준으로 당해 연도 기준시가가 고시되어 있지 않은 경우를 대비하여 그 기준시가를 적용하는 방법에 관하여 규정한 것이다.

따라서 이 사건 시행령 단서 규정을 적용하여 직전 기준시가를 적용하였으나 기준시가가 계속 상승하고 있는 사례에서 결과적으로 5년간의 상승분이 아닌 4년간의 상승분만 양도소득세에서 차감되는 결과를 가져온다고 하여 이 사건 시행령 단서 조항이 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하도록 규정하고 있는 모법에서 벗어난 것으로는 볼 수 없다. 이는 사후에 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가가 밝혀져 있는 경우에도 마찬가지이다. 양도소득세에 있어서 실지거래가액과세원칙에 대한 예외로 기준시가에 의한 추계과세를 하여야 하는 경우에 구체적으로 어떻게 기준시가를 적용하는 것이 합리적인가의 문제는 결국 입법정책적으로 결정할 문제로, 취득시나 양도시 그리고 취득일부터 5년이 되는 날의 당해 연도 기준시가가 각 전년도에 비교하여 상승하였는지 또는 하락하였는지에 따라 납세의무자에게 유리하게 또는 불리하게 적용될 수 있으므로, 기준시가가 고시되어 있지 아니한 경우 직전의 기준시가에 의하도록 하는 것이 납세의무자에게 항상 불리하게 적용된다고 볼 수도 없기 때문이다.

⑤ 원고가 들고 있는 대법원 2013. 1. 31. 선고 2012두8588 판결도 모법 및 이 사건 시행령 본문 규정이 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 추산하는 것이므로 그 타당성을 높이기 위해서는 각 시점이 속하는 연도의 기준시가를 적용하는 것이 바람직하다는 취지의 판결이지, 원고의 주장과 같이 반드시 5년이 되는 날이 속한 당해 연도의 기준시가를 적용하여야 한다는 취지의 판결로 볼 수 없다. 나아가 위 대법원판결은 이 사건 시행령 단서와 같은 규정이 없는 상황에서 위와 같은 예외적 규정을 유추・확대하여 적용할 수 없다는 취지이지 이 사건 시행령 단서 규정의 유효성을 부정하는 취지는 아니다.

2) 예비적 주장에 대한 판단(신뢰보호의 원칙, 조세공평의 원칙 위반 주장)

가) 신뢰보호원칙 위반 주장에 대한 판단

법률의 개정시 구법질서에 대한 당사자의 신뢰가 합리적이고도 정당하며 법률의 개정으로 야기되는 당사자의 손해가 극심하여 새로운 입법으로 달성하고자 하는 공익적 목적이 그러한 당사자의 신뢰 파괴를 정당화할 수 없다면 그러한 새 입법은 신뢰보호의 원칙상 허용될 수 없다. 그러나 사회환경이나 경제여건의 변화에 따른 필요성에 의하여 법률은 신축적으로 변할 수밖에 없고, 변경된 새로운 법질서와 기존의 법질서 사이에는 이해관계의 상충이 불가피하므로, 국민이 가지는 모든 기대 내지 신뢰가 헌법상 권리로서 보호될 것은 아니고, 신뢰의 근거 및 종류, 상실된 이익의 중요성, 침해의 방법 등에 의하여 개정된 법규 ㆍ제도의 존속에 대한 개인의 신뢰가 합리적이어서 권리로서 보호할 필요성이 인정되어야 한다(헌법재판소 1992. 10. 1. 선고 92헌마68 결정 등 참조).

위와 같은 법리에 따라 이 사건에 관하여 본다. 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세ㆍ재정정책을 탄력적ㆍ합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규ㆍ제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법 질서에 따른 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 변함없이유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없다. 일반적으로 새로운 과세대상을 설정하거나 세율의 인상 또는 과세표준 산정방법을 변경하는 경우 법령이 개정되기 이전에 재산을 취득하여 개정 후 양도한 자가 취득 당시의 법령이 계속 바뀌지 않을 것이라는 기대를 했다고 하더라도 이는 법적으로 보호되는 신뢰라고 보기 어렵다. 이 사건 시행령 단서 조항은 이미 2015. 2. 3. 시행되었으므로, 원고가 이 사건 주택을 양도하면서 그 기준이 적용될 수 있음은 충분히 예측될 수 있었던 것으로 보이고, 원고에 대한 양도소득세 납부의무가 성립한 시점도 이 사건 시행령 단서 조항의 시행일 이후이다. 이에 더하여 앞서 본 이 사건 시행령 단서 규정의 입법목적을 고려하면, 개정 전 시행령에 따라 이 사건 주택의 2007년 기준시가를 적용하여 5년간 양도소득세금액을 감면받게 된다는 기대 내지 신뢰를 원고가 가졌다고 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 시행령 단서 조항이 헌법상 신뢰보호원칙에 위반된 것이라고 볼 수 없으므로 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

나) 조세공평의 원칙 위반 주장에 대한 판단

조세평등주의는 헌법 제11조 제1항에 의한 평등의 원칙 또는 차별금지의 원칙의 조세법적 표현으로서 이는 국민에 대하여 절대적인 평등을 보장하는 것이 아니라 합리적인 이유 없이 차별하는 것을 금지하는 취지이므로, 규율하고자 하는 대상의 본질적 차이에 상응하여 법적으로 차별하는 것은 그 차별이 합리성을 가지는 한 조세평등주의에 위반된다고 볼 수 없다.

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 본다. 행정청이 모법의 위임범위 내에서 어떠한 기준을 정할 것인지에 관하여는 행정입법상의 재량권이 있고, 모법의 입법 취지, 관련 소득세법령 등을 고려하여 법적안정성과 예측가능성을 기하기 위해 기준시가가 고시되지 않은 경우 직전 기준시가에 의하도록 하는 이 사건 시행령 단서 규정이 그 자체로서 불합리하거나 자의적인 기준에 불과하다고 볼 특별한 사정도 엿보이지 않는다. 나아가 이 사건 시행령 단서 조항의 신설로 인하여 그 시행일을 기준으로 그 자산 양도 시기의 선후에 따라 세액이 달라진다고 하더라도 이는 조세ㆍ재정정책의 탄력적ㆍ합리적 운용을 위해 납세자의 신뢰가 매우 제한적으로 보호되는 특수성이 있는 조세법령의 특성상 신법령의 적용에 따른 불가피한 결과일 뿐이므로, 이를 가지고 평등원칙에 위반되는 것이라고 할 수도 없다. 따라서 이 사건 시행령 단서 조항이 헌법상 조세공평의 원칙에 위반된 것이라고 볼 수 없으므로 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

3) 따라서 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1)2015년도 과세연도에 양도한 제304호 주택 부분이다.

2)2016년도 과세연도에 양도한 제101호 주택, 제501호 주택 부분이다.