피고는 이사건 과세처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고들은,(1) 피고가 1983.7.28. 원고에게 일반과세자로서의 사업자등록증을 교부한 후 1986.7.30. 위 사업자등록증을 검열할 때까지 매분기마다 원고들을 일반과세자로 확인하여 위 사업자등록증을 검열하여 주었는데 피고가 1986.9.16.에 이르러 갑자기 원고를 일반과세자로 확인한 위 검열행위를 취소한다는 전제아래 원고를 1985.1.1.부터 과세특례자로 보아 이 사건 과세처분을 한 것은 위 확인행위의 불가변력에 위반하는 위법한 것이라 할 것이고, (2) 부가가치세법 제25조 소정의 과세특례자에 관한 규정을 적용하기 위해서는 같은법 시행령 제74조의2 제2항 에 의하여 그 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하는 것이고 그 통지에 관계없이 위 과세특례자에 관한 규정을 적용한다고 규정한 같은법 시행령 제74조의2 제3항 은 과세특례의 포기를 규정한 부가가치세법 제30조 제1항, 제2항 의 규정을 무효화시키는 것이어서 그 효력이 없는 것이라 할 것이며 가사 그렇지 않다고 하더라도 위 규정은 통지없이 과세특례자로 유형전환되어도 사업자에게 불이익이 없는 경우에만 적용되어야 할 것인데 피고는 원고들에게 그 통지를 한 바가 없었으므로 피고의 이 사건 과세처분은 그 통지절차를 흠결한 위법한 처분이라할 것이며, (3) 나아가, 이 사건 과세처분은 부가가치세법 시행령 제74조의3 제3항 을 근거로 일반과세자가 과세특례자로 유형전환된 경우 이미 적법하게 공제 받았던 매입세액(재고납부세액)을 납부세액에 가산하여 납부하도록한 것이나 위 규정은 모법의 위임도 없이 함부로 과세요건을 확장규정한 위법무효의 규정이라 할 것이므로 이를 적용하여 한 피고의 이 사건 과세처분은 조세법률주의에 위반한 위법한 것이고 그렇지 않다고 하더라도 그 입법취지에 비추어 볼때 원고들에게 위 규정을 적용하여 이 사건 과세처분을 한것은 재량의 한계를 벗어난 위법한 처분이라 할 것이며, (4) 끝으로, 이 사건 과세처분은 일반과세자로서의 사업자등록을 한후 일반과세자로서의 부가가치세법상 제반의무를 이행하기만 하면 1역년의 공급가액이 금24,000,000원에 미달하더라도 계속하여 일반과세자로 취급하고 과세특례자로 간주하지 않던 국세행정의 관행을 믿은 원고의 신뢰이익을 침해하고 국세기본법 제18조 제3항 소정의 과세행정 관행존중의 원칙 및 금반언의 법리에 어긋나는 위법한 것이므로 이 사건 과세처분은 어느면으로 보나 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

먼저, 원고들의 위 (1),(2)주장에관하여 함께 살피건대, 부가가치세법 제5조 제1항, 제4항 은 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 사업개시일로부터 20일내에 사업자등록을 하여야 하고 그 등록후 등록사항에 변동이 발생한 때에는 지체없이 신고하여야 한다고 규정하고, 같은법 제25조 제1,2,3항 , 제30조 제1,2항 , 같은법 시행령 제74조 제1항 제1호 , 제78조 제1항 은 직전 1역년의 재화와 용역의 공급대가가 금24,000,000원에 미달하는 개인사업자는 과세특례자로 하여 부가가치세를 징수하되 직전년 또는 직전 과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 과세특례자규정( 같은법 제25조 제1항 )을 적용하는 한편 위 과세특례자라도 과세기간 개시 10일전에 과세특례의 포기신고를 하면 위 과세특례자규정의 적용을받지 아니하고 일반과세규정을 적용받을 수 있다고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제74조의 2 제1,2,3항 은 같은법 제25조 의 규정이 적용되는 기간은 1역년의 공급대가가 금24,000,000원에 미달되는 행의 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음행의 제1과세기간까지로 하되 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 기산하는 한편 소관 세무서장은 위 법 제25조 의 규정이 적용되는 과세기간 개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하나 위 과세기간에 위법 제25조 의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 위 통지에 관계업상 그 과세기간에 위 법 제25조 의 규정을 적용한다고 규정하고 있는 바, 위 각 규정 내용을 종합하여 보면 신규로 사업을 개시하는 사업자는 그 사업개시를 함에 있어 일반과세자로서 사업자등록을 하였다 하더라도 그 사업개시일로부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액이 24,000,000원에 미달하여 과세특례자에 해당하는 경우에는 그 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간 이전에만 과세특례자 규정( 같은법 제25조 제1항 이하 )의 적용을 받지 아니하는 것이고(다만, 같은법 제30조 제3항 , 같은법 시행령 제78조 제2항 에 의하면 사업개시일로부터 1역년의 공급대가가 금24,000,000원에 미달할 것이 예상되어 위 최초 과세기간에도 과세특례자 규정의 적용을 받고자 하는 신규개인사업자는 그 사업자등록과 함께 연간 공급대가예상액을 기재하여 과세특례 적용신고를 하여야 한다), 그 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간과 그 다음의 과세기간에 있어서는 그 사업자가 스스로 과세특례자에 해당함을 알 수 있는 것이므로 그 과세기간 개시 10일전에 과세특례의 포기신고를 하지 아니하는 한 위의 통지에 관계없이 과세특례자 규정이 적용된다 할 것이고( 같은법 시행령 제74조의2 제3항 은 같은법 제25조의 제1항 의 적용시기에 관한 규정이어서 과세특례자의 포기를 규정한 같은법 제30조 제1,2항 에 위반하는 것이라고 할 수 없다), 다만 같은법 제30조 제3항 단서 는 신규로 사업을 개시하는 개인사업자가 사업자등록시에 위 과세특례 적용신고를 하지 아니한 때에는 과세특례자규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으나 이를 위 각 규정과 종합하여 보면 그 취지는 위에서 본 바와 같이 그 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간 이전에만 위 과세특례자 규정을 적용하지 아니한다는 것이라고 할 것이며, 한편 부가가치세법상 사업자등록은 같은법 제5조 제1항 , 같은법 시행령 제7조 등에 비추어 관세관청에 있어서는 과세자료를 정확히 파악하기 위하여 사업장, 사업의 종류, 사업개시 연월일, 거래처 명세등의 과세자료를 과세관청의 대장에 수록하는 것이고, 사업자에 있어서는 사업자등록증을 근거로 발행하여 그 거래상대방으로 하여금 매입세액공제를 받게 하여 그와의 거래를 원활하게 하려는 것이며, 그 등록증의 검열은 같은법 제5조 제1,2항 등에 의하면 사업자로 하여금 위 등록사항에 관하여 정기적, 계속적으로 이를 받도록 의무화한 것에 불과하여 부가가치세 법규상 그 검열에 의하여 과세특례자 규정의 적용여부가 좌우되는 것은 아니라고 할 것이므로 위 인정사실,관계하에서 피고가 원고들의 1985년 제1기 과세기간에 관하여 위 과세특례자 규정이 적용된는 것으로 것으로 인정하여 경정결정을 하였음은 적법하다 할 것이고 따라서 원고들의 위 (1)(2)주장은 그 이유없다 할 것이다.

다음으로, 원고들의 위 (3) 주장에 관하여 살피건대, 부가가치세법 제17조 제1항 은 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 같은항 각호의 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다고 규정하여 일반과세자의 납부세액은 자기가 공급한 재화에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다는 것을 명시하고 있는 바, 위 조항은 과세특례자에게는 적용되지 아니하고( 같은법 제25조 제1항 ) 일반과세자에게만 적용된다는 점과 재화 또는 용역의 공급 이 부가가치세의 과세대상이 된다는 부가가치세법의 기본원칙에 비추어 볼 때, 위 제17조 제1항 의 취지는 일반과세자의 납부세액은 그가 일반과세자의 지위에서 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다는 것으로 보아야 할 것이므로 위 조항에 의하여 매입세액을 공제할 수 있는 것은 일반과세자로서 재화 또는 용역을 공급한 경우에 한하는 것이고 일반과세자로서 재화를 매입하였다 하더라도 그가 과세특례자로 변경될 때까지 이를 공급하지 아니하였거나 과세특례자로 변경된 후에 이를 공급한 경우에는 위 조항의 매입세액을 공제할 수 없는 것이라 할 것이다.

따라서 부가가치세법이 각 과세기간중의 총매출세액에서 총매입세액을 공재하여 산출한 부가가치세액을 신고, 납부하는 제도를 취함으로 인하여 일반과세자가 특정과세기간 내에 매입하고 아직 다른 사람에게 공급하지 아니하고 있는 재화에 대하여 과세관청이 미리 그 매입세액을 공제하여 주었으나, 그가 과세특례자로 변경될 때까지 이를 다른 사람에게 공급하지 아니한 경우에는 부가가치세법 제17조 제1항 의 해석상 미리 공제하여 준 매입세액을 추징할 수 있는 것이라고 할 것이다.

그렇다면 부가가치세법 시행령 제74조의3 제3항 이 일반과세자가 과게특례자로 변경된 경우에는 당해 변경일 현재의 재고품 및 감가상각 자산에 대한 매입세액을 공제받은 경우 공제받은 매입세액을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다고 규정한 것은 법시행에 필요한 사항을 대통령령에 위임하도록 규정한 부가가치세법 제36조 에 의하여 같은법 제17조 제1항 의 취지에 따라 공제 받을 수 없는 매입세액을 미리 공제하여 준 경우의 매입세액 상당액을 징수한 다는 것을 규정한 것에 불과하고 모법의 위임근거 없이 새로운 과세요건을 정한 것을 규정한 것에 불과하고 모법의 위임근거 없이 새로운 과세요건을 정한 것은 아니라 할 것이므로 같은법 시행령 제74조의3 제3항 의 규정이 같은법 제36조 에서 정하는 법 시행에 필요한 사항의 범위를 넘어서 새로운 법률사항을 규정함으로서 조세법률주의에 위배된 것이라고 할 수 없을 것이다( 대법원 1989.10.24.선고 88누2045판결 참조).

따라서, 피고가 같은법 시행령 제74조의3 제3항 의 규정을 적용하여 한 피고의 이 사건 과세처분이 조세법률주의에 위반한 위법한 것이라거나 재량의 한계를 벗어난 위법한 처분이라고는 할 수 없다 할 것이므로 원고들의 위(3)주장도 그 이유없다 할 것이다.

마지막으로, 원고들의 위 (4)주장에 관하여 살피건대, 피고가 1983.7.28.원고들에게 일반과세자로서의 사업자등록증을 교부한 후 1986.7.30. 위 사업자등록증을 검열할 때까지 매분기마다 원고들의 위 사업자등록증에 검열을 한 사실이 있었다거나 원고들이 과세특례포기신고를 하지 않았으나 일반과세자로서의 제반의무를 2년이 넘도록 충실히 이행한 사실이 있었다는 것만으로는 피고가 원고들에 대하여 과세특례규정을 적용하지 아니함을 시사하는 언동을 한 것이라고 할 수 없고 그밖에 일반과세자로서의 사업자등록을 한 후 일반과세자로서의 부가가치세법상 제반의무를 이행하기만 하면 1역년의 공급가액이 금24,000,000원에 미달하더라도 계속하여 일반과세자로 취급하고 과세특례자로 간주하지 아니하는 것이 일반적으로 납세자에게 받아 들여진 국세행정의 관행으로 되었다고 볼 아무런 자료도 없으므로 이를 전제로 한 원고들의 위 (4)주장도 그 이유없다 할 것이다.

그렇다면, 피고의 이 사건 과세처분은 적법하다 할 것이고 따라서 위 과세처분이 위법하다 하여 그 취소를 구하는 원고들의 이 사건 청구는 그 이유없다 할 것이므로 이를 기각하고 소송총비용은 패소자인 원고들의 부담으로 하여 주문과같이 판결한다.

심급 사건

참조조문