법인세법 제15조

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1971. 5. 11. 설립되어 서울 XX구 XX동 622-8에서 택시 운송사업을 영위하고 있는 회사이다.

나. 원고는 소속 운전기사들과 사이에 운전기사들이 매일 실제 운송수입금액과 관계 없이 원고에게 일정 금액(이하 '기준사납금'이라 한다)을 납부하고, 원고는 운전기사들 에게 1일 25ℓ의 유류를 제공하되 이를 초과하여 사용하는 유류비(이하 '초과 유류비'라 한다)는 운전기사들이 부담하기로 하는 내용의 이른바 '정액사납금제' 방식의 단체 협약을 체결하고 이에 따라 정액사납금제를 실시하여 왔으며, 각 사업연도 법인세 및 부가가치세 등의 신고시 운전기사들(이하 위와 같은 운전기사를 '정액제기사'라 한다)이 납입한 기준사납금만을 원고의 수입금액으로 하고 기준사납금을 초과하는 금액은 수입금액으로 신고하지 아니하였으나 정액제기사의 초과유류비 등을 손금에 산입하여 신고하였다.

다. 피고는 2008. 8. 11.부터 2008. 9. 19.까지 원고의 2004~2006 사업 연도에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 위 과세기간에 신고한 운송수입금액(기준사납금)과 택시운송기록장치(이하 '택시미터기'라 한다)상의 운송기록에 의한 수입금액과의 차액(이하 '초과사납금'이라 한다) 등을 신고누락한 것으로 보아, 2008. 11. 3. 원고에게 그와 같은 내용의 세무조사결과통지를 하였으나, 원고는 이에 불복하여 2008. 12. 1. 과세전적부심사를 청구하였다.

라. 이에 피고는 2009. 1. 12.부터 같은 달 23.까지 위 각 사업연도에 대한 법인제세 통합재조사를 실시한 결과, 위 과세기간에 이른바 도급제기사(원고로부터 택시를 임차하여 자신이유류비를 부담한 후 일정 금액의 사납금만 납부하면 나머지 수입금액은 전부 기사 본인이 갖기로 약정한 기사)와 관련하여 과다계상한 수입금액을 익금불산입하고 관련 경비를 손금불산입하는 한편, 정액제기사와 관련된 초과사납금 합계 000원을 익금산입하는 동시에 손금산입하고 원고가 기사들로부터 회수한 초과 유류비 합계 000원과 대납 벌과금 합계 000원을 익금산입하는 등의 방법으로 원고의 수입금액 및 소득금액 등을 조정하여, 2009. 4. 1. 원고에 대하여 별지 1 표의 '과세전적부심사 심의결과에 따른 재조사 후 처분금액'란 기재와 같이 법인세, 부가가치세, 원천징수근로소득세의 부과처분 및 별지 2 표의 '소득금액'란 기재와 같이 소득금액변동통지의 각 처분을 하였다(위 각 처분 중 부가가치세, 원천징수 근로소득세 및 소득금액변동통지를 '당초처분'이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2009. 7. 10. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2011. 2. 11. 원고가 2004~2006 사업연도에 전임노조원 정DD 등 3인에게 급여로 지급하였다는 000원과 2004 사업연도 미달사납금 000원의 익금산입 및 사외유출 여부와 그 귀속자 등을 재조사하여 법인세법 제67조, 같은 법 시행령 제106조에 따라 익금에 산입한 금액이 있는 경우 그 금액을 귀속자에 따라 소득처분하는 것으로 하여 소득금액변동지 대상금액을 경정하라는 내용의 재조사 결정을 하는 한편 나머지 심판청구는 기각하였다.

바. 이에 피고는 조세심판원의 위 재조사 결정에 따라 2011. 2. 28.부터 2011. 3. 11.

까지 재조사를 실시한 후, 2011. 4. 7. 원고의 2004 사업연도 미달사납금 000원을 별지 2 표 '소득금액'란 기재와 같이 소득자를 이AA으로 한 2005년 귀속 소득금액 000원에서 감액경정하였다(이하 당초처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 '이 사건 각 처분', 소득금액변동통지 부분을 '이 사건 소득금액변동통지'라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 7호증(각 가지번호 포함), 을 1 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 정액사납금제를 실시하여 운송수입금 중 회사에 납입하는 정액사납금을 공제한 잔액, 즉 초과사납금을 운전기사 개인의 수입으로 한 점, 택시미터기는 운전기사와 승객 사이의 요금을 정산하기 위한 것일 뿐 원고와 운전기사들과 사이에 수입금액을 정산하기 위한 것이 아닌 점, 택시미터기는 기계적 결함이 존재하여 객관적 정확성이 결여되어 있고, 운전기사들은 정비, 주유, 식사 등의 유료운송이 아닌 경우에도 승차거부 제재 등을 피할 목적으로 택시미터기를 작동하는 경우가 있는 등 택시미터기의 운송기록으로는 정확한 총수입금액을 알 수 없는 점 등에 비추어 보면, 피고가 택시미터기의 운송기록상의 금액(이하 '미터기 금액'이라 한다)을 원고의 수입금액으로 보아 부과한 이 사건 각 처분은 국세기본법 제14조 등이 정한 실질과세 원칙에 반하여 위법하다.

2) 원고는 전임노조원의 경우 원고와의 합의에 따라 기준사납금을 납부하지 않고 운행요금 전액을 가져갔으나, 2004-2006 사업연도 법인세 신고시 노조전임자들의 기준 사납금 합계 000원이 정상적으로 회사에 납입된 것처럼 회사 익금으로 계상하여 신고하였고, 실제 원고 회사에 지급되지 않은 위 금원은 대표자 등의 상여로 처분한 금액(급여지급 과정에서 원고가 기사들로부터 회수한 후 익금산입을 누락하였다고 하여 익금 산입된 초과유류비 및 벌금 대납액 등)에 충당되었으므로, 위 금액 상당액은 사외유출된 것이 아니라 사내에 유보된 것이어서 당초 별지 1 표의 '대표자 상여처분 등'란 기재 처분금액에서 노조전임자들의 위 기준사납금 상당액 000원은 제외 되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

우선, 택시미터기상의 운송기록에 의한 수입금액과 기준사납금과의 차액이 원고의 익금으로 산입된다 하더라도, 위 금액은 근로의 대가인 임금에 해당하여 근로자인 정액제기사들(소득의 귀속자)에게 지급된 것으로서 원고의 손금으로도 산입된다. 따라서 미터기 금액을 원고의 수입금액으로 본다고 하더라도 이 사건 각 처분 중 소득금액 변동통지 부분에는 아무런 영향을 미치지 않게 되므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

또한, 일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있는 것이고, 이 경우 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한은 없다 할 것인바 (대법원 2003. 12. 12. 선고 2002두12786 판결 참조), 피고가 앞서 본 바와 같이 택시미터기 운송기록을 조사하는 방법으로 원고의 수입금액을 결정한 것은 아래와 같은 사정들에 비추어 객관적인 적법한 실지조사방법에 속한다고 할 것이므로, 위와 같은 수입금액 결정에 기초한 이 사건 각 처분이 실질과세 원칙에 위반된다고 할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

가) 이 사건 과세기간 중에 시행된 구 여객자동차 운수사업법(2008. 3. 21. 법률 제8980호로 전부개정되기 전의 것) 제22조 제1항에 의하면, "대통령령이 정하는 운송 사업자는 운전기사가 이용자로부터 수령한 운임 또는 요금의 전액을 당해 운전기사로 부터 납부받아야 한다 고 규정하면서 이에 위반할 경우 1천만 원 이하의 과태료를 부과함으로써(제85조 제1항) 원칙적으로 운전기사가 승객으로부터 받은 운송수입금 전액을 납부하도록 법률상 의무를 부과하고 있었다(현행 여객자동차 운수사업법 제21조 제1항, 제94조 제1항도 동일한 취지로 규정하고 있다).

나) 택시미터기의 기록이 과세근거 자료로 사용될 수 없을 정도로 택시미터기에 기계적 결함이 있다고 볼만한 자료가 없고, 택시미터기에 나타나는 운송기록의 거의 대부분은 승객을 승차시키고 운행수입을 얻은 경우에 해당한다고 봄이 경험칙에 부합한다.

다) 원고의 주장과 같이 택시운전기사들이 승객이 탑승하지 않은 상태에서 택시미터기를 사용하는 경우는 택시미터기의 각종 표시기능(예약, 휴무, 빈차 등)의 존재나 원고가 주장하는 상황발생의 개연성 및 빈도 수 등에 비추어 그다지 많지 않을 것으로 보이는 반면, 오히려 영업구간이나 방식에 따라서는 택시미터기를 작동시키지 아니하고 승객을 태우는 경우도 적지 않을 것이므로, 택시미터기에 기하여 운송수입을 산정하는 방식이 택시운송사업자에게 불리한 것으로 보이지 않는다.

2) 두 번째 주장에 대한 판단

법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 그 매출액을 장부에 기재하지 아니한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 원료매입비 등 원가 상당액을 포함한 매출누락액 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 매출누락액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 증명하여야 하는 것이다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조).

위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 갑 8호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 회사의 노조전임자인 기사의 경우 기준사납금을 포함한 택시 운송수입금 전부를 기사 자신의 수입으로 하여 온 사실, 피고는 앞서 본 바와 같이 세무조사를 실시한 결과 위와 같은 사실을 확인하고 노조전임자 정DD, 노EE, 고FF의 택시미터기상 운송금액을 원고의 수입으로 익금산입하면서 동시에 전임노조원에 대한 급여(비용)로 손금산입한 사실을 인정할 수 있으나, 갑 8, 9, 10호증의 각 기재만으로는 원고가 그 주장과 같이 2004-2006 사업연도 각 법인세 신고시 위 노조전임자 3인의 기준사납금 합계 000원을 원고의 운송수입금액으로서 익금산입하여 신고 하였다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거도 없을 뿐만 아니라, 원고는 지급받지도 않은 전임노조원의 기준사납금을 지급받은 것처럼 수입금액에 포함시켰다 고 하면서도 위 각 사업연도 법인세 신고시 자선에게 유리한 전임노조원 급여의 손금 산입은 하지 아니하였다는 것은 경험칙상 선뜻 믿기 어렵다. 나아가 위 전임노조원에 대한 기준사납금 상당액이 초과유류비 및 벌금 대납액 등에 충당되어 사내유보되었다고 인정할 만한 아무런 자료도 없다.

그렇다면 위 각 법인세 신고시 노조전임자들의 기준사납금을 원고의 수입금액으로 신고하였음을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.