2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 1. 4. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 85,324,077,360원(가산세 포함)의 부과처분 중 177,165,903원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

가. 원고는 2006. 9. 28. ▲▲▲코리아 주식회사를 인수하여 법인 상호를 주식회사 □□□마트(이하 '□□□마트'라고 한다)로 변경하였고, 2008. 12. 29.을 합병기일로 하여 □□□마트를 흡수합병(이하 '이 사건 합병'이라고 한다)하였다.

나. 이 사건 합병은 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되어 2009. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 '개정 전 법인세법'이라고 한다) 제44조 제1항 각호의 요건을 갖춘 적격합병에 해당하였는데, 원고는 개정 전 법인세법 제44조 제1, 4항, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 전 법인세법 시행령'이라고 한다) 제80조 제1, 2, 4항에 따라 압축기장충당금 231,597,959,249원, 일시상각충당금 27,982,509,917원(이하 위 압축기장충당금과 일시상각충당금을 합하여 '이 사건 충당금'이라고 한다)을 각 계상하여 손금에 산입하는 방식으로 이 사건 합병으로 승계한 유형고정자산의 합병평가차익 259,580,469,166원에 대한 과세를 이연하였다.

다. 그 후 원고는 2011. 5. 1.을 분할기일로 하여 인적분할 방식으로 대형마트 사업부분을 분리하고 주식회사 ◆마트(이하 '◆마트'라고 한다)를 분할ㆍ신설하였다(이하 '이 사건 분할'이라고 한다).

라. 이 사건 분할은 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 후 법인세법'이라고 한다) 제46조 제2항 각호의 요건을 갖춘 적격분할에 해당하였는데, ◆마트는 이 사건 분할이 적격분할에 해당하여 구 법인세법 시행령 (2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 후 법인세법 시행령'이라고 한다) 제85조를 적용할 수 있는 것으로 보고 이 사건 충당금 중 압축기장충당금 전체와 일시상각충당금 잔액 24,458,561,133원 합계 256,056,520,382원(이하 '이 사건 충당금 잔액'이라고 한다)을 원고로부터 승계받았다.

마. 서울지방국세청장은 2015. 5. 19.부터 2015. 11. 4.까지 ◆마트에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 결과, '이 사건 분할로 인하여 이 사건 합병에 따른 과세이연이 종료되었고, 따라서 ◆마트가 이 사건 충당금 잔액을 승계받는 방법으로 과세이연을 할 수 없음에도 이 사건 충당금 잔액을 승계받은 것은 부당하다.'고 판단한 후 이러한 내용을 피고에게 통보하였다.

바. 그에 따라 피고는, ◆마트가 2011년 내지 2014년 사업연도 중 익금산입한 일시상각충당금 합계 5,537,633,844원은 해당 사업연도별로 익금불산입 처리하고, 이 사건 충당금 잔액은 원고의 2011년 사업연도 소득금액 계산에 있어 익금산입하여 2016. 1. 5. 원고에게 2011년 사업연도 법인세 85,324,077,360원{과다계상된 경비의 손금 불산입에 따른 부과액 177,165,903원(가산세 포함)을 포함한 금액임}을 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

사. 원고는 이에 불복하여 2016. 4. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2017. 11. 3. 기각결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

피고는, 이 사건 분할이 개정 전 법인세법령상 이 사건 합병에 따른 합병평가차익에 대한 과세이연이 종료되는 '사업의 폐지 또는 자산의 처분'으로 보고 이 사건 처분을 하였으나, ① 개정 전 법인세법령에는 분할 자체를 익금산입의 사유로 삼고 있는 직접적인 규정이 존재하지 않는 점, ② 개정 전 법인세법 제49조, 개정 전 법인세법 시행령 제85조 제2항 제1호에서 분할시 압축기장충당금 및 일시상각충당금을 분할신설법인이 승계할 수 있도록 규정하고 있고, 개정 후 법인세법 제46조의3 제2항, 개정 후 법인세법 시행령 제85조 제1호에서도 적격분할의 경우 분할신설법인이 분할법인의 세무조정사항을 승계하도록 규정하고 있는 점, ③ 이 사건 분할이 과세이연의 계기가 되는 적격분할에 해당함을 인정하면서도 이 사건 합병에 대한 사후관리의 측면에서는 과세이연의 종료 사유에 해당한다고 해석하는 것은 서로 모순되는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 분할은 개정 전 법인세법 및 법인세법 시행령에 따라 과세이연이 종료되는 사업의 폐지 내지 자산의 처분에 해당하지 않으므로 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2001두731 판결, 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조).

(2) 구체적 판단

위와 같은 법리하에서 앞서 본 처분의 경위에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 분할은 개정 전 법인세법 제44조 제2항 및 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항 제1호에서 규정하는 이 사건 합병에 따른 합병평가차익의 과세이연 종료 사유인 '사업의 폐지'에 해당하고, 따라서 이 사건 충당금 잔액은 개정 전 구 법인세법 제44조 제2항, 개정 전 구 법인세법 시행령 제80조 제6항에 따라 이 사건 분할이 있었던 2011년 사업연도 익금에 산입된다고 봄이 상당하므로 이 사건 처분은 적법하다.

(가) 개정 전 법인세법은 제17조 제1항 제3, 4호에서 합병평가차익을 익금 불산입 사유의 예외사유로 규정하여 원칙적으로 합병을 과세의 계기로 삼되, 다만 같은 법 제44조 제1항 각호에서 정한 적격합병에 해당하는 경우에는 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제1, 2, 4항에 따라 압축기장충당금, 일시상각충당금으로 계상하여 손금에 산입하는 방식으로 과세를 이연하도록 하는바, 개정 전 법인세법령에 따른 위와 같은 과세이연 특례 규정은 적격합병을 세제상 지원하기 위한 특혜규정에 해당한다.

(나) 한편, 개정 전 법인세법 제44조 제2항은 적격합병에 해당하여 합병평가차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 손금에 산입한 금액을 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어 익금에 산입하는 것으로 규정하고 있고, 개정 전 법인세법 시행령은 제80조 제6항 제1호에서 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 3분의 2 이상을 처분한 경우 위 개정 전 법인세법 제44조 제2항에서 규정한 '사업을 폐지하는 경우'에 해당하는 것으로 보아 과세이연된 압축기장충당금 또는 일시상각충당금 잔액 전액을 해당사유가 발생한 사업연도 익금에 산입하도록 하는 사후관리 규정을 두고 있었는데, 이 사건 분할은 이 사건 합병등기일이 속하는 사업연도인 2008년의 다음 사업연도 개시일 2009. 1. 1.부터 3년 이내에 해당하는 2011. 5. 1. 이루어진 사실, 원고가 대형마트 사업을 분리한 후 피합병법인인 ▲▲▲코리아 주식회사로부터 승계한 고정자산을 ◆마트에 포괄적으로 이전해 준 사실은 앞서 본 바와 같고, 그로 인하여 원고는 승계한 위 고정자산을 더 이상 소유하지 않게 되었는바, 이는 개정 전 법인세법에서 규정하는 적격합병으로 인한 과세이연이 종료되는 '사업의 폐지'에 해당한다고 봄이 상당하다.

(다) 더욱이 개정 전 법인세법 제46조 제2항은 적격합병에 따른 과세이연의 종료사유와 동일하게 적격분할에 따른 과세이연의 종료사유를 규정하면서도, 적격합병의 경우와는 달리 같은 조항 제2문에서 "이 경우 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 합병법인이 다시 승계하는 경우에는 사업의 폐지로 보지 아니한다."는 내용을 추가로 두고 있는바, 이는 합병, 분할과 같은 포괄적인 자산의 이전도 '사업의 폐지'에 해당됨을 전제로, 적격분할에 있어 특별히 그 예외를 인정하기 위한 것으로 판단된다. 그렇다면 개정 전 법인세법령에서 적격합병 이후 적격분할이 이루어진 경우를 '사업의 폐지'로 보지 않는다는 명시적인 규정을 두고 있지 않은 이상, 이 사건 분할을 '사업의 폐지'에서 제외하는 것으로 해석하기는 어렵다(적격합병에 따른 사후관리 기간 중에 발생한 적격분할의 경우에도 과세이연의 혜택을 부여하는 것이 기업구조조정의 촉진, 조세중립성 보장 등에 비추어 정책적으로 필요성이 있다고 하더라도, 조세법률주의 원칙상 그와 같은 정책적 필요만으로 개정 전 구 법인세법령에 부합하지 않는 해석을 하는 것은 곤란하다).

(라) 원고는, 개정 전 법인세법 제49조, 개정 전 법인세법 시행령 제85조 제2항 제1호에서 분할시 압축기장충당금 및 일시상각충당금을 분할신설법인이 승계할 수 있도록 규정하고 있고, 개정 후 법인세법 제46조의3 제2항, 개정 후 법인세법 시행령 제85조 제1호에서 적격분할의 경우 분할신설법인이 분할법인의 세무조정사항을 승계하도록 규정하고 있다는 점을 들어 이 사건 분할이 과세이연의 종료 사유가 아니라는 취지의 주장을 하나, 개정 전 법인세법 제44조 제2항, 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항은 적격합병에 따른 과세이연이 종료되는 사유 및 그에 따른 익금 산입 방법을 별도로 규율하고 있으므로, 원고가 들고 있는 위 규정들이 명시하고 있는 바와 같이 위 규정들에 앞서 위 별도 규정들을 적용하여 과세이연 종료 여부를 판단함이 합당한 점,

원고가 들고 있는 위 규정들은 합병ㆍ분할과 무관한 사유로 계상된 압축기장충당금, 일시상각충당금, 세무조정사항도 승계대상에 포함하고 있는 합병ㆍ분할시 자산승계의 일반 규정인 점 등에 비추어 보면, 원고가 들고 있는 위 각 규정들에 근거하여 이 사건 분할로 과세이연이 종료되지 않는다고 보기도 어렵다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.