2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 2/3는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가 원고는 서울 00구 00동 소재 주상복합건물 공동주택 업무시설 및 근린생활시설 인 BBBBB(이하 '이 사건 건물'이라 한다) XXX3호, XXX9호, 1XXX호를 주식회사 CC(이하 'CC'이라 한다)으로부터 분양받은 구분소유자이다. 이 사건 건물은 2005. 4. 25. 사용승인되었는데 건축물대장에는 주용도가 '공동주택(아파트)'으로 등재되어 있고 CC은 분양 당시 이 사건 건물이 수익보장형 아파트라고 광고하였다.

나. 원고는 이 사건 건물에 관하여 CC과 자산관리 위임계약을 체결한 후 2005. 7. 28. 00구청에 임대주택법에 따른 임대사업자등록을, 2005. 8. 23. 00세무서에 부가가치세법에 따른 사업자등록 부가가치세 면세사업자 을 하였는데, CC과의 자산관리 위임계약의 주요내용은 다음과 같다.

-BBBBB 자산관리 위임약관-

제1조 계약목적

본 계약은 위탁자가 소유하고 있는 이 사건 건물에 대하여 CC에게 자산운영 및 관리를 위탁하고 CC은 이 사건 건물을 종합적으로 관리운영하는 것을 목적으로 한다.

제4조 (운영관리)

①CC이 수행할 업무는 다음 각 호와 같다.

1.이 사건 건물에 대한 청소 방역 수선 경비 주차 등 자산관리용역

2.공용부분 부대시설 복리시설의 운영관리 및 안전관리업무

3.임차인 모집 및 관리 임대료 수금 및 입금 등 임대대행

4.임대사업자 등록대행

제5조 (보장수익 및 운용보수)

①관리위탁으로 인한 원고의 수익은 이 사건 건물의 분양가를 기준으로 연7.5%(VAT포함 금액)로 하며 월별 수익을 매월 20일에 원고가 지정한 금융기관 계좌로 입금한다

다. CC은 원고를 비롯한 이 사건 건물의 구분소유자들과 자산관리 위임계약을 체결한 후 이 사건 건물에서 FFFFFF 이라는 상호로 장단기 투숙객들에게 이를 대여하는 서비스드 레지던스(Serviced Residence)업을 영위하면서 위 자산관리 위임계약에서 정한 보장수익을 원고를 비롯한 구분소유자들에게 지급해 왔으나 원고 등을 부가가치세 면세사업자인 주택임대업자로 보아 그들에게 지급한 보장수익을 전액 손금에 산입하였고 이에 관한 세금계산서도 수취하지 않았으며 원고도 위 보장수익에 대하여 부가가치세를 신고하지 아니하였다. 또한, 원고는 CC에게 이 사건 건물의 분양대금을 지급한 것과 관련하여 부가가치세 매입세액 공제도 받지 아니하였다.

라. CC은 이 사건 건물에서 서비스드 레지던스업을 영위함에 있어 단기투숙객에 대하여는 택배서비스, 모닝콜서비스, 주차서비스, 세탁서비스, 룸서비스, 청소서비스 등 각종 호텔식 서비스를 제공하고 30일 이상의 장기투숙객에 대하여는 임대차계약을 체결하되 별도의 비용을 부담하는 경우 단기투숙객과 같은 서비스를 제공하며 장・단기구분 없이 객실에는 빌트인 시설인 PDP TV, 드럼세탁기 냉장고 등의 각종 편의시설인과 각종 침구류 주방 및 욕실용품 등이 제공되고 단기숙박은 1일 기준요금을 선불로 장기숙박은 보증금과 월세를 선불로 각각 받으며 객실은 단기숙박용이나 월세임대용으로 혼용하여 사용하였다.

마. 2005. 5월 이래 이 사건 건물의 구분소유자들에게는 종합부동산세 및 주택분 재산세가 과세되고 있었다.

바. 2007. 4. 23. 감사원은 서비스드 레지던스업이 숙박업에 해당하는지 주택임대업에 해당하는지 명확한 기준이 없어 과세상 혼란을 초래하므로 이에 대한 기준을 명확하게 정하도록 국세청에 통보하였고. 이에 국세청 법령해석심의위원회는 2007. 6. 28. 서비스드 레지던스업을 숙박업으로 보아 부가가치세법을 적용하되 위 업종 구분에 관한 기준이 명확하지 아니하여 사업자뿐만 아니라 세무관서에서도 이를 판단하기 어렵고 서비스드 레지던스업은 사업 초기에 거액의 매입세액이 발생하여 소급과세하는 경우, 부과제척기간의 경과로 거액의 매입세액은 공제받지 못하고 매출세액을 추징당하게 되어 과세형평성에 문제가 있다고 보아 지금까지 면세로 신고한 사업자에 대하여는 소급적용하지 아니한다고 의결하였으며, 이에 따라 국세청은 2007. 8. 7. 아파트・주상복합아파트・오피스텔 등의 호텔식 서비스를 제공하는 서비스드 레지던스업을 숙박업으로 보아 부가가치세를 부과하되 다만, 이를 2007. 10. 1.부터 적용하도록 일선 세무서에 시달하였다.

사. 한편, CC은 2005. 10. 18.경부터 2007. 1. 3.경까지 관할관청에 신고를 하지 아니하고 다수인을 대상으로 숙박업을 영위하고 관할관청의 허가를 받지 아니하고 공동주택 업무시설 및 근린생활시설을 숙박시설로 사용하였다는 공중위생관리법위반죄, 건축법위반죄로 2007. 7. 31. 기소되어 2008. 6. 26. 벌금 700만 원의 유죄판결 서울00지방법원 2007고단00000)을 선고받은 후 항소하였으나, 2009. 6. 25. 항소기각 판결 (서울00지방법원 2008노0000)을 선고받았고 이에 다시 상고하였으나, 2010. 4. 15. 상고기각 판결(대법원 2009도00000)을 선고받았다.

아. 그러자 00구청은 2010. 4. 26. 이 사건 건물에 대한 불법건축물 시정명령을 통보하였으며 행정안전부장관은 2010. 5. 7. 단기숙박시설 기준 30일 이내로 계약한 공동주택은 숙박용 시설로 보아 지방세법을 적용하라는 지방세 과세기준을 시달하였다.

자. 그 후 00지방국세청장은 2010. 9. 29.부터 2010. 12. 24.까지 CC에 대한 세무조사를 실시하여 ① CC에 대하여는, 2007. 10. 1. 구분소유자들에게 지급한 자산관리 위탁수익 중 매입부가가치세 상당액을 손금불산입하여 법인세를 과세하도록 하는 한편, ② 원고를 비롯한 구분소유자들에 대하여는, 2007. 10. 1.부터 2009. 12. 31.까지 지급받은 보장수익에 관하여 부가가치세를 부과하도록 처분청인 피고에게 과세자료를 통보하였다.

차. 피고는 이에 따라 2013. 2. 1. 원고에게 별지 과세내역 기재 합계액과 같이 2007년 제2기분 2,484,220원, 2008년 제1기분 4,950,530원, 2008년 제2기분 4,389,910원, 2009년 제1기분 4,231,820원,2009년 제2기분 4,123,790원의 부가가치세(무신고가산세, 납부불성실가산세, 세금계산서미교부가산세 포함)를 부과하였다(이하 '당초처분'이라 한다).

카. 원고는 이에 불복하여 2013. 4. 18.조세심판원에 심판청구를 하였고 조세심판원은 2013. 6. 11. 당초처분의 부가가치세 본세 부과는 적법하나 서비스드 레지던스업의 업종 구분에 관한 규정이 명확하지 아니하고 원고는 이 사건 건물을 주택으로 보고 관련 세금을 납부하였으며, 이 사건 건물에서의 서비스드 레지던스업의 업종 구분에 관하여 최근까지 법적 다툼이 있었던 점 등에 비추어 볼 때 원고가 부가가치세를 신고하지 않은 데에는 정당한 사유가 있으므로 당초처분 중 무신고가산세 및 세금계산서미교부가산세는 위법하되 납부불성실가산세는 납부하지 아니한 세액에 이자적 성격으로 부과하는 것에 불과하므로 적법하다는 취지의 결정을 하였다.

타. 피고는 조세심판원의 결정에 따라 무신고가산세 및 세금계산서미교부가산세 부분을 감액하는 처분을 하였다(결국 당초처분 중 감액되고 남은 부분 즉 부가가치세 본세 및 납부불성실가산세 합계 세액은 청구취지 기재와 같은바 이하 이 부분에 대한 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1,2,3,5호증, 을 제1,2호증(가지번호 있는 호증은 이를 포함한다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고는 임대주택법에 따른 주택임대업자로서 사업자등록을 마치고 피고로부터 부가가치세 면세의 사업자등록증을 교부받은 후 사업소득세를 성실히 납부하여 왔고 그간 과세관청도 이에 대하여 아무런 문제를 삼지 않았다.

그렇다면 이 사건 건물에서 영위한 사업의 종류가 부가가치세 부과대상인 숙박업이라 판단되었다고 하더라도 피고가 교부한 부가가치세 면세의 사업자등록증을 믿고 법령을 모두 준수해 온 원고에게 오히려 행정상 과실이 있는 피고가 부가가치세 가산세를 소급하여 부과할 수는 없다. 이는 부가가치세를 신고납부할 수 있는 기대가능성이 없었던 원고에게 그 책임을 돌리는 것이기 때문이다.

더욱이 피고가 위와 같은 사업자등록증을 발급하고 원고로부터 이에 기한 사업소득세를 납부받은 행정행위에는 이른바 공정력이 발생하였으므로 이를 무시하고 부가가치세를 곧바로 부과할 수 없으며 굳이 부가가치세를 부과하고자 한다면 공정력이 발생한 위 행정행위를 취소하고 행정행위 철회이론에 따라 장래를 향하여 부가가치세를 부과할 수밖에 없다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 부가가치세 본세 부분

위 처분의 경위에서 본 바와 같이 원고가 소유한 3개 호실을 비롯한 이 사건 건물에서 이루어진 서비스드 레지던스업이 부가가치세 과세대상인 숙박업으로 판단되는 이상 과세관청인 피고는 원칙적으로 부가가치세 부과제척기간이 지나기 전까지는 원고에게 과거 과세기간에 대한 부가가치세 본세를 부과할 수 있고, 이는 원고가 기존에 부가가치세를 신고납부하지 않은 데에 고의과실이 없었다거나 기대가능성이 없었다 하더라도 마찬가지이다. 이러한 사정은 부가가치세 가산세 부과처분의 적법 여부와 관련이 있을 뿐인바 이는 아래 가산세 부분에서 따로 살피기로 한다.

또한 소득세 부과처분 등 그간 피고가 한 행정행위에 공정력이 발생하였다 하더라도 이는 그러한 행정행위가 취소되기 전까지 그 행정행위가 유효한 것으로 통용된다는 의미에 불과하고 그와 별개로 피고가 부가가치세를 부과하는 데에 장애요소가 되지 아니한다.

나아가 원고의 주장 속에 신뢰보호원칙 위반 주장이 포함되어 있다고 보더라도 사업자등록이란 사업을 영위하겠다는 납세자의 의사에 따른 신청에 불과하고 세무서장은 사업자 관리를 위하여 신청에 의하여 사업자등록을 교부할 뿐 구체적인 사업의 내용과 세법상의 종류까지 판단하는 것은 아니어서 사업자등록증의 교부를 행정청의 공적인 견해표명으로 보기 어렵고 그 밖에 피고가 그간 부가가치세를 부과하지 않고 있었다는 사정만으로 피고가 원고에게 부가가치세 면세대상이라는 공적 견해표명을 하였다고 보기도 어려우므로 이러한 취지의 주장 또한 받아들일 수 없다.

따라서 이 사건 처분 중 부가가치세 본세 부분에는 아무런 위법이 없다.

(2) 납부불성실가산세 부분

세법상의 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 과실은 고려되지 않는 것이고 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 납세의무자에게 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(대법원1998. 7. 24. 선고 96누18076 판결, 대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결, 대법원 2010. 5. 13. 선고 2009두23747 판결 등 참조).

앞서 본 바와 같이 부가가치세를 신고납부할 수 있는 기대가능성이 없었다는 등의 원고 주장에는 원고에게 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다는 주장이 포함되어 있으므로 위 법리에 비추어 위 정당한 사유의 유무에 관하여 살피건대 앞서 본 처분의 경위나 관계 법령을 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 부가가치세법상 숙박업과 부동산 임대업의 구분은 부가가치세법 시행령 제2조 제1항, 제3항에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하여야 하는데 위 분류에 따르면 관광 숙박시설 운영업(5511)은 수수료를 받고 일반 대중 또는 특정 회원을 대상으로 단기간 동안 숙박 또는 야영시설을 제공하는 산업활동을 말하는 것으로, 호텔, 여관, 콘도 등은 여기에 포함되나 장기간의 숙박시설(아파트식 호텔)의 임대는 여기서 제외되는 반면 부동산 임대업(6811)은 자기 소유 또는 임차한 각종 부동산을 임대하는 산업활동을 말하되 다만 호텔 여관 등의 단기적인 임대는 제외되도록 되어 있어 임대기간의 장・단기 여부가 숙박업과 부동산 임대업을 구분하는 중요한 요소가 되고 있으나 부가가치세 관계법령뿐만 아니라 숙박업의 근거법령인 공중위생관리법 등에서도 임대기간의 장・단기를 구별하는 기준에 대해 정함이 없고 한국표준산업분류의 기초가 된 유엔의 국제표준산업분류에서는 월이나 연 단위의 임대는 장기숙박으로 1일이나 1주일 단위의 임대는 단기숙박으로 분류하고 있는 점에서 1개월 이상 임대 계약 객실이 상당 부분을 차지하는 이 사건 건물에 대하여 일반인이 스스로 업종을 정확히 판별해낼 것을 기대하기란 대단히 어려운 점, ② 서비스드 레지던스업이 숙박업에 해당하는지 부동산 임대업에 해당하는지는 형식적 일률적으로 판단할 것이 아니라 해당 서비스드 레지던스업에 제공된 건물의 구조 객실의 규모와 내부설비 장기 계약 객실이 차지하는 비중 요금의 산정방식 및 수준 제공되는 서비스의 종류와 내용 등의 영업실태에 따라 실질적으로 판단하여야 할 것인바, 건축물대장상 '공동주택(아파트)'로 되어 있는 이 사건 건물을 CC으로부터 분양받아 CC과 사이에 임대대행 을 통한 자산관리를 위탁하는 내용의 계약을 체결한 후 주택임대업 관련 사업자등록을 마치고 CC으로부터 받은 자산관리 수익에 대해 사업소득세를 납부해 온 것뿐인 원고로서는 자산관리 수탁자인 CC에 의해 이 사건 건물에서 실제 행해진 서비스드 레지던스업의 구체적인 영업실태를 제대로 알기 어려웠을 것인 점, ③ 국세청은 2007. 8월경에 이르러 서비스드 레지던스업이 부가가치세 과세대상이라는 해석기준을 제시하면서도, 서비스드 레지던스업에 대한 업종 구분 기준이 명확하지 아니한 점 등을 감안하여 2007. 10. 1.부터 이를 적용하도록 일선 세무서에 내부지침을 시달하였는바, 원고가 이러한 내부지침까지 알기는 어려웠을 것으로 보이며 또한 그 이후로도 이 사건 건물에서 행해진 서비스드 레지던스업의 영업형태가 숙박업인지 여부에 대한 형사소송이 계속되어 항소 상고를 거쳐 2010. 4. 5.에서야 대법원에서 확정된 점, ④ 물론 부동산 임대업 중 에서도 부가가치세 면세대상인 주택의 임대에 해당하는지 여부는 다시 임차인이 실제로 당해 건물을 사용한 객관적인 용도를 기준으로 하여 상시 주거용으로 사용하는 것인지 여부에 따라 결정될 문제이기는 하나, 상시 주거용 여부는 결국 그 임대사업 형태를 숙박업과 대비하면서 종합적으로 판단할 수밖에 없는 점, ⑤ 이 사건 건물에 대해서는 2010. 5월경까지도 종합부동산세 및 주택분 재산세가 부과되어 국세와 지방세 과세관청들 사이에서도 이 사건 건물을 둘러싼 서비스드 레지던스업의 업종 구분에 관한 기준과 인식이 확립되지 아니하였던 것으로 보이는 점, ⑥ 원고는 이 사건 건물에서의 서비스드 레지던스업이 주택임대업인 줄 알고 면세사업자로 사업자등록을 마쳤고, 이 사건 건물을 분양받으면서 부가가치세 매입세액 공제도 받지 아니한 점 등을 종합하여 보면 원고가 이 사건 부가가치세의 납부의무를 불이행한 데에는 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다.

한편 피고는 설령 정당한 사유가 있다고 하더라도 납부불성실가산세는 제때 납부되었어야 할 세액의 지연이자로서의 성격을 가지고 있으므로 다른 가산세와는 달리 여전히 이를 부과할 수 있다고 주장한다. 그러나 납부불성실가산세도 세법상 의무불이행에 대한 행정상 제재의 일종인 이상 그 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 국세기본법 제48조 제1항에 따라 이를 부과할 수 없다고 봄이 타당하므로 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

따라서, 이 사건 처분 중 납부불성실가산세 부분은 위법하다.

라. 소결

결국 이 사건 처분 중 부가가치세 본세 부분은 적법하고 납부불성실가산세 부분은 위법하므로 이 사건 처분 중 별지 과세내역 기재 부가가치세 본세*를 초과하는 부분은 각각 취소되어야 한다.

* 피고는 이 사건 건물의 각 호실을 기준으로 세액을 산출한 후 국고금 관리법 제47조 제1항에 따라 10원 미만을 버리고 과세하여 왔으므로, 위 본세 부분도 각 호실을 기준으로 산출된 본세에 10원 미만을 버린 후 이를 한 과세기간 단위로 합하여 과세기간 단위별 최종 세액을 계산하였다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고,

나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.