1. 구 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제6항 본문은 간주취득세 납세의무에 관하여 ‘법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다.’고 규정하고, 그 단서에서 ‘다만, 법인설립시에 발행하는 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다.’고 규정하고 있다. 여기서 과점주주란 구 지방세법 제22조 제2호 에서 정한 바와 같이 주주 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계가 당해 법인의 발행주식총수의 100분의 51 이상인 자들을 말한다.

한편 구 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제2항 은 본문에서 이미 과점주주가 된 주주가 당해 법인의 주식을 취득함으로써 주식 비율이 증가한 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 취득세를 부과하도록 규정하면서도, 그 단서에서는 증가된 후의 주식 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년 이내에 당해 과점주주가 가지고 있던 주식의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 않는 것으로 규정하고 있다.

실질과세의 원칙 중 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항 이 규정하고 있는 실질귀속자 과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이고, 이러한 원칙은 구 지방세법 제82조 에 의하여 지방세에 관한 법률관계에도 준용된다. 그리고 구 지방세법 제105조 제6항 본문이 법인의 과점주주에 대하여 그 법인의 재산을 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하는 것은 과점주주가 되면 해당 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없다는 점에서 담세력이 있다고 보기 때문이므로, 위 조항에 의하여 취득세의 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하는지 여부는 주주명부상의 주주 명의가 아니라 그 주식에 관하여 의결권 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는지 여부를 기준으로 판단하여야 한다 ( 대법원 2016. 3. 10. 선고 2011두26046 판결 참조).

따라서 구 지방세법 제105조 제6항 본문에 의하여 주식을 취득하여 과점주주가 되었는지, 그리고 구 지방세법 시행령 제78조 제2항 에 의하여 과점주주의 주식 비율이 증가되었는지 여부 역시 주주권을 실질적으로 행사하는 주식을 기준으로 판단하여야 한다.

2. 가. 원심은 그 채택 증거들을 종합하여, ① 원고는 주식회사 중우건설(이하 ‘중우건설’이라 한다)의 실질적인 1인 주주로서 1999. 5. 28. 위 회사를 설립할 당시 발행주식의 80%를 소외 1, 소외 2 등에게 명의신탁하고, 2005. 5. 31. 그중 일부를 소외 3, 소외 4에게 다시 명의신탁한 사실, ② 원고는 소외 5, 소외 6(이하 ‘소외 5 등’이라고만 한다)의 중우건설에 대한 투자금채권을 담보하기 위하여 2005. 5. 31. 소외 1 명의의 6,000주를 소외 5에게, 소외 2 명의의 4,500주를 소외 6에게 각각 이전한 사실, ③ 이후 원고는 소외 5 등에게 투자원금과 보상금을 지급하기로 하고 2006. 10. 31. 원고 명의로 6,000주를, 명의수탁자인 소외 3, 소외 4 명의로 3,000주 및 1,500주를 다시 이전받은 사실(이하 원고와 소외 3의 각 명의개서를 ‘이 사건 각 명의개서’라 한다), ④ 피고는 이 사건 각 명의개서에 따라 원고와 원고의 특수관계자인 소외 3이 중우건설의 과점주주(총 발행주식의 79.67%)가 되었다는 이유로 구 지방세법 제105조 제6항 을 적용하여 2011. 3. 18. 중우건설이 소유하고 있는 취득세 과세대상 물건의 장부가액을 과세표준으로 하여 원고에게 취득세 등을 부과하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.

나. 원심은, 다음과 같은 이유로 원고와 소외 3이 이 사건 각 명의개서로 주식을 취득함으로써 과점주주가 되었음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.

(1) 소외 5 등이 명의신탁 주식 중 일부를 양수한 것은 실제로 중우건설의 주주로서 권리를 행사하기 위한 것이 아니라 중우건설에 대한 투자금을 보전하기 위한 양도담보에 해당하므로, 원고가 위 담보를 반환받으면서 이 사건 각 명의개서를 마쳤다고 하여 구 지방세법 제105조 제6항 에 따라 ‘주식을 취득하여 과점주주가 된 경우’에 해당하지 아니한다.

(2) 설령 그렇지 않더라도, 원고는 중우건설의 설립 시점인 1999. 5. 28.부터 소외 5 등에 의한 명의개서가 이루어지기 전인 2005. 5. 30.까지 본인 또는 제3자 명의로 중우건설의 발행주식 전부를 보유한 1인 주주였으므로, 이 사건 각 명의개서에 의하여 소외 5 등의 주식을 취득하였어도 그 이전 5년 내에 보유하던 주식의 최고비율보다 증가된 경우가 아니므로, 구 지방세법 시행령 제78조 제2항 단서에 따라 취득세 등의 비과세대상이 된다.

3. 원심판결 이유를 앞서 본 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 필요한 심리를 다하지 아니한 채 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 간주취득세의 과세요건인 과점주주에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.

4. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.