2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2009. 12. 8. 이AA에게 △△시 △△읍 △△리 000 대 225㎡, 같은 리 000 도로 7㎡(이하 '이 사건 토지'라 하고, 읍 이상 지명은 생략하기로 한다)에 관하여 2009. 12. 1.자 교환을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐준 후 2010. 1. 31. 피고에게 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항 장기보유특별공제 규정을 적용하지 않고 이 사건 토지에 관한 양도소득세 30,443,760원을 신고・납부하였다.

나. 원고는 2010. 4. 15. 피고에게 원고가 이 사건 토지를 2006년 12월 31일 이전에 20년 이상 소유하다가 양도하였으므로 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제2호에서 규정한 장기보유특별공제 규정이 적용되어야 한다고 주장하며 양도소득세의 경정청구를 하였다.

다. 이에 피고는 2010. 6. 15. 원고에게 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제2호의 규정을 적용받기 위해서는 양도 당시 현재 농지・임야 및 목장용지에 해당하여야 하나 이 사건 토지는 양도일 이전에 대지 및 도로로 지목이 변경되어 비사업용 토지에 해당 하여 장기보유특별공제 규정이 적용되지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2010. 11. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판 원은 2010. 12. 30. 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4호증, 을 제1, 3호증의 각 기재(가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제2호는 '2009. 12. 31.까지 양도하는 토지' 라고만 규정하고 있고 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제2항 제2호와 같이 '양도일 현재 농지일 것'을 요건으로 규정하고 있지 않음에도 소득세법 시행령 제168조의14 제 3항 제2호를 적용함에 있어 양도일 현재 농지일 것을 요구하는 것은 합리적 이유 없이 법문을 확장해석한 것으로 조세법률주의에 반한다.

(2) 이 사건 토지의 교환으로 인한 소유권이전등기는 이 사건 토지의 지목변경이 이루어진 2009. 10. 20. 이후인 같은 해 12. 8.되었지만 이 사건 토지의 교환계약은 2009. 10. 20. 이전에 이루어졌고 이 사건 토지를 형질변경한 사람 또한 교환계약의 당사자인 이AA이므로 양도 당시 이 사건 토지는 농지에 해당한다고 보아야 한다. 또한 농지전용신고를 하였다는 사정만으로 지목변경이 이루어진 것이 아님에도 이 사건 토지에 관한 농지전용신고가 있다는 사정만으로 피고가 양도일 당시 이 사건 토지가 농지가 아니라고 보아 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 이 사건 토지는 구 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제182조 제1항 제2호의 규정에 의한 재산세 별도합산 과세대상 토지이므로 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목에 따라 비사업용 토지가 아니어서 장기보유특별공제 규정이 적용되어야 함에도 장기보유특별공제 규정이 적용되지 않는다고 보아 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 조세법률주의에 반한다는 주장

소득세법 제104조의3 제1항, 제2항은 농지의 소유자가 일정한 기간 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니한 농지는 비사업용 토지로 보되, 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유 가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정하여 비사업용 토지로 보지 않는 예외 사항을 대통령령에 위임하고 있고, 그 위임을 받은 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제2호는 2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지・임야 및 목장용지로서 2009년 12 월 31일까지 양도하는 토지를 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

살피건대, 위 규정들은 농지에 관하여 경자유전의 원칙을 국가의 의무로서 천명하고 있는 헌법 제121조 제l항에 근거하여 외지인의 농지투기를 방지하고, 국가의 기반이 되는 농지를 보호 육성하고 농업 및 농촌을 활성화하고자 하는데 목적이 있는 점, 양도 당시 양도되는 토지가 농지일 것을 요건으로 하지 않는다면 농지의 무분별한 개발이 초래될 수 있는 점, 위 규정과 같은 목적으로 마련된 8년 이상 자경한 농지의 양도소득세 감면 및 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 규정한 조세특례제한법 및 같은 법 시행규칙이 양도 당시 농지일 것을 요건을 하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제2호에서 규정한 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지는 양도 당시에도 농지・임야 및 목장용지이어야 한다고 해석함이 상당하고, 그러한 해석이 확장해석으로 조세법률주의에 반한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 토지가 양도 당시 농지였다는 주장

(가) 인정사실

1) 토지의 소유관계 분할 및 지목 변경

가) 원고는 △△리 000 전 1,535㎡에 관하여 1983.10. 4. 소유권이전등기를 마쳤고, 이AA은 같은 리 000 전 837㎡를 소유하고 있었다.

나) △△리 000 전 1,535㎡는 2008. 12. 10. △△리 000 전 1,014㎡, 같은 리 000 전 199㎡ 같은 리 000 전 232㎡로 분할되었고 △△리 000 전 232㎡는 2009. 8. 17. △△리 000 전 225㎡ 같은 리 000 전 7㎡로 분할되었다. △△리 000 전 1,014㎡는 2009.3. 16. 전에서 대지로 지목이 변경되었고, △△리 000 전 225㎡와 같은 리 000 전 7㎡는 2009.10. 20. 지목이 대지와 도로로 변경되었다.

다) △△리 000 전 837㎡는 2008.12. 10. △△리 000 전 687㎡, 같은 리 000 전 133㎡ 같은 리 000 전 17㎡로 분할되었고 2009. 10. 21. △△리 000 토지는 지목이 대지로 변경되었다.

2) 원고의 건물신축 과정

가) 원고는 2006.2. 20. △△시장으로부터 △△리 000, 000 토지 중 325 ㎡(부지면적 317㎡, 도로면적 8㎡)에 관하여 건축면적 198㎡의 제1종 근린생활시설(소매점) 부지조성을 위한 개발행위허가를 받았고, 그 무렵 같은 리 000 토지 중 111㎡에 관하여 개발행위허가를 받았다.

나) 그 후 원고는 2008. 7. 16. △△시장으로부터 위 두 개발행위허가를 합병하여 △△리 000 토지 중 1,303㎡' 같은 리 000 토지 중 133㎡, 같은 리 000 토지 중 1,137㎡ 합계 2,573㎡(부지면적 2,324㎡, 도로면적 249㎡)에 관하여 건축면적 428㎡의 제1종 근린생활시설(소매점) 부지조성을 위한 개발행위허가를 받았다.

다) 원고는 2008. 11. 6. △△시장으로부터 △△리 000, 000, 000 토지에 관하여 대지면적 2,324㎡, 건축면적 433.8㎡연면적 471.6㎡의 제1종 근린생활시설(소매점)의 건축허가를 받아 2층 규모의 제1종 근린생활시설을 건축한 후 2009. 2. 24. 건물에 관한 소유권보존등기를 마쳤다.

3) 이AA의 건물신축 과정

가) 이AA은 2005. 11.28. 농지전용허가신고 협의신청을 하여 그 무렵 △△리 000, 000 토지 중 936㎡에 관하여 제1종 근린생활시설(소매점) 부지조성을 위한 농지전용허가를 받아 1층 규모의 제1종 근린생활시설을 건축한 후 2009. 9. 7. 건물에 관한 소유권보존등기를 마쳤다.

나) 그 후 이 AA은 2009. 10. 20. △△시장으로부터 △△리 000, 000, 000, 000 토지 합계 936㎡에 관하여 대지면적 912㎡, 도로면적 24㎡로, 목적을 제1종 근린생활시설(소매점) 부지에서 제2종 근린생활시설(일반음식점, 사무실) 부지로 하는 농지전용 한 토지의 용도변경승인을 받았다.

4) 교환계약 및 소유권이전등기

가) 원고와 이AA 사이에 2009. 12. 1.자로 원고 소유인 이 사건 토지와 이AA 소유인 △△리 000 대 133㎡를 교환하기로 하는 교환계약서가 작성되었다(이하 위 교환계약서상의 교환계약을 '이 사건 교환계약'이라 한다).

나) 원고는 제1의 가항과 같이 이AA에게 이 사건 토지에 관하여 소유권이전 등기를 마쳐 주었고, 이AA 역시 2009. 12. 8. 피고에게 △△리 000 대 133㎡에 관하여 2009. 12. 1. 교환을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 2 내지 12호증, 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전 체의 취지

(나) 원고의 위 주장에 대한 판단

위 인정사실에 의하면 이AA이 이 사건 교환계약에 따라 양도받기로 한 원고 소유의 분할 전 △△리 000 토지 중 이 사건 토지에 해당하는 부분에 관해 2005.11. 28. 농지전용협의를 신청하였고, 원고 또한 이 사건 교환계약에 따라 양도받기로 한 이AA 소유인 분할 전 △△리 000 토지 중 133㎡에 관해 2006.2. 20. 개발행위허가를 받은 점은 인정되나 △△리 000 전 232㎡는 개발행위허가를 받은 이후인 2008.12. 10.에 △△리 000 토지에서 분할된 후 2009. 8. 17. 이 사건 토지로 분할되었고, △△리 000 토지 또한 2008. 12. 10.에 △△리 000 토지에서 분할된 점, 이 사건 교환계약서의 작성일자가 2009. 12. 1.이고, 계약서에 분할된 이 사건 토지와 △△리 000 토지를 교환대상인 토지로 기재한 점, 원고와 이AA이 개발행위허가를 받은 때로부터 소유권이전등기 시점까지 약 4년의 기간이 경과한 점 등에 비추어 볼 때 원고와 이AA 사이에 이 사건 교환계약에 관한 대충의 합의는 개발행위허가를 받을 무렵 성립되었다 할 것이나 양도시점은 교환계약서 작성일인 2009.12. 1.이거나 소유권이전등기가 경료된 2009.12. 8.이라 할 것이고, 원고의 주장과 같이 이 사건 토지의 지목이 변경되기 이전에 이 사건 토지가 양도되었다고 보기 어렵다 할 것이다.

따라서 앞서 본 바와 같이 이 사건 교환계약이 이루어지기 전에 이미 이 사건 토지 지상에 이AA이 근린생활시설을 건축하였고, 2009. 10. 20. 그 지목이 대지와 도로로 변경된 이상 이 사건 토지는 양도일 당시 농지라 할 수 없어 소득세법 제168조의 14 제3항 제2호가 적용되지 않는다 할 것이다. 또한 원고가 아닌 이AA이 이 사건 토지에 관한 농지전용허가를 받아 지목이 변경되었다 하더라도 이는 이 사건 교환계약이전에 원고가 이AA에게 사실상의 토지 사용을 허락한 것에 불과하므로 이를 두고 양도 당시 이 사건 토지가 농지였다고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

(3) 재산세 별도합산 과세대상으로 비사업용 토지가 아니라는 주장

소득세법 제95조 제2항 제104조 제1항 제2의7호, 제104조의3 제1항 제4호 나목에 의하면 농지・임야 및 목장용지 이외의 토지를 소유하는 자는 소유기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 당해 토지가 구 지방세법 제182조 제1항 제2호 제3호 규정에 의하여 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되었다면 비사업용 토지에서 제외되어 장기보유특별공제를 받을 수 있는바, 2009년도 토지 정기과세 내역서에 이 사건 토지가 재산세 별도합산 과세대상인 것으로 기재되어 있다 하더라도 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지는 2009년도 토지 정기과세가 된 이후인 2009. 10. 20. 지목이 전에서 대지 및 도로로 변경되었고, 그 이후인 2009. 12. 8. 양도되었으므로 이 사건 토지는 농지로서 재산세 별도합산 과세대상이 되었을 뿐이고, 농지・임야 및 목장용지 이외의 토지가 된 이 후에 구 지방세법 제182조 제1항 제2호 제3호 규정에 의하여 재산세 별도합산 또는 분리과세 대상이 된 것이 아니므로 농지・임야 및 목장용지 이외의 토지에 관한 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목의 규정이 적용될 여지는 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.