2. 원고의 항소 및 당심에서 교환적으로 변경된 나머지 청구를 각 기각한다.

3. 항소제기 이후의 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 피고의 주장은, 이 사건 소가 제소기간을 도과하여 제기된 것이어서 부적법하다는 것이다.

나. 판단

1) 세법에 따른 과세처분의 경우 조세심판원의 심판을 거쳐야 하고, 이를 거치지 아니한 경우 행정소송을 제기할 수 없으며, 행정소송은 심판 결정의 통지를 받은 날로부터 90일 이내에 제기되어야 하고, 이는 불변기간이다(국세기본법 제56조 참조).

이의신청 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 처분청으로 하여금 하나의 과세단위의 전부 또는 일부에 관하여 당해 결정에서 지적된 사항을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하거나 당초 처분을 유지하는 등의 후속 처분을 하도록 하는 형식을 취하고 있다. 이에 따라 재조사결정을 통지 받은 이의신청인 등은 그에 따른 후속 처분의 통지를 받은 후에야 비로소 다음 단계의 쟁송절차에서 불복할 대상과 범위를 구체적으로 특정할 수 있게 된다. 이와 같은 재조 사결정의 형식과 취지, 그리고 행정심판제도의 자율적 행정통제기능 및 복잡하고 전문 적・기술적 성격을 갖는 조세법률관계의 특수성 등을 감안하면, 재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 이의신청 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당한다고 볼 수밖에 없다. 그렇다면 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 할 것이므로, 재조사결정에 따른 심사청구기간이나 심판청구기간 또는 행정소송의 제소기간은 이의 신청인 등이 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산된다고 봄이 타당하다(대법원 2010.6.25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 참조).

" 2) 살피건대, 갑 제1호증의 2, 을 제12호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고는 2011. 3. 21. 청구취지 기재 각 처분에 관하여 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2011. 9. 30.2008사업연도 부외경비 지출 주장액 중 일부를 재조사 하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 원고의 나머지 청구는 기각한다'는 결정(조심2011부1592 결정, 이하이 사건 결정'이라 한다)을 한 사실, ② 조세심판원은 2011. 9. 30. 이 사건 결정을 발송등기번호 OOOOOOOOOOOOO로 발송한 사실, ③ 위 등기번호 우편물은 2011. 10. 5. 원고의 대리인인 세무사 조BB의 사무보조원 소CC에게 송달된 사실, ④ 피고는 2008사업연도 부외경비 지출액에 대하여 재조사를 실시한 후 2011. 11.경 2008사업연도 귀속 법인세를 OOOO원 감액하는 결정을 한 사실을 인정할 수 있고, 갑 제16호증의 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다.", 3) 위 인정사실에 의하면, 2008사업연도 귀속 부가가치세 본세 및 가산세 부과처분, 2007사업연도 귀속 소득금액변동통지처분에 대한 제소기간은 이 사건 결정의 통지를 받은 날인 2011. 10. 5.부터 기산된다고 할 것이나, 재조사결정이 내려진 2008사업연도 귀속 법인세 및 소득금액변동통지처분에 대한 제소기간은 원고가 재조사결정 결과에 따른 후속처분의 통지를 받은 날부터 기산된다.

다. 따라서 이 사건 소 중 2008사업연도 귀속 부가가치세 본세 및 가산세 부과처분, 2007사업연도 귀속 소득금액변동통지처분의 취소청구 부분은 2011. 10. 5.부터 90일이 도과한 2012. 2. 3.에야 제기되었음이 기록상 명백하므로, 이 부분 소는 제소기간이 도과하여 부적법하고, 그 나머지 부분(2008사업연도 귀속 법인세 및 소득금액변동통지처분의 취소청구 부분)에 대한 소는 제소기간이 도과한 후에 제기되었음을 인정할 증거가 없으므로, 피고의 본안전 항변은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

2. 처분의 경위

" 가. 원고는 1999. 1. 16. 설립되어 철구조물 및 설비제작설치업, 토목공사업 등을 하는 회사이다. 피고는 2010. 7.경 원고에 대한 조세범칙조사를 실시하여원고가 2008사업연도에 경비로 계상한 OOOO원이 가공경비이고, 주DD으로부터 받은 공사대금 OOOO원에 대한 매출신고를 누락하였다'는 이유로 2010. 8. 4. 원고에 대하여 2008사업연도 귀속 법인세 OOOO원(가산세 OOOO원 포함)을 부과하고, 2010. 8. 6. 위 OOOO원(=OOOO원+OOOO원)이 사외유출된 것으로 보아 김EE(원고의 대표이사)을 소득귀속자로 한 소득금액변동통지를 하였다.", " 나. 원고는 2010. 11. 1. 피고에 대하여 위 법인세부과처분에 대하여 이의신청하였고, 피고는 2011. 1. 3.경 위 법인세액에서 OOOO원(가산세 포함)을 감액하는 경정결정을 하였다. 피고는 이 사건 결정에 따라 재조사를 실시하여 위 법인세액에서 OOOO원(가산세 포함)을 감액하는 경정결정을 하였다[이하 감액되고 남은 2010. 8. 4.자 2008년 귀속 법인세 OOOO원(=OOOO원-OOOO원-OOOO원, 가산세 OOOO원 포함)의 부과처분을당초처분'이라 한다].", " 다. 피고는 2013. 8. 5. 당초처분 중 가산세 부분을 직권취소하고, 가산세 부과액에 대한 산출근거와 산출내역 등을 명시하여 2008년 귀속 법인세 가산세 OOOO원을 다시 부과하였다(이하 당처처분 중 2008년 귀속 법인세 본세 부분 및 2013. 8. 5.자 가산세 처분을 통틀어이 사건 법인세 처분'이라 한다).",[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 2, 을 제2, 4, 5호증, 을 제14호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 관계법령

" 별지관계법령' 기재와 같다.",4. 이 사건 법인세 처분 취소청구 부분에 대한 판단

가. 원고의 주장

아래와 같은 사유로 이 사건 법인세 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 원고는 김EE(원고의 대표이사)의 친구인 주DD이 2008년경 OO시 OO면 OO리 1116-3에 있는 근린생활시설 건물을 신축할 당시 김EE이 원고의 직원들을 시켜 위 신축에 관한 건축허가신청이나 공사관리를 도와준 적은 있으나, 원고가 주DD으로부터 위 신축공사를 도급받은 적은 없다. 원고가 행정청에 건축허가 신청에 사용될 공사대금 OOOO원으로 기재된 도급계약서를 작성한 것도 위 건축허가신청을 도와주기 위한 것이다. 따라서 원고는 위 공사대금 OOOO원의 매출이 없었다.

2) 피고는 원고가 2008사업연도에 명의대여 기술자들에 대한 4대 보험 비용 등으로 OOOO원을 실제 지출하였으므로 이는 가공비용이 아닌데도 피고가 이를 가공비용으로 본 것은 위법하다.

" 3) ① 원고는 김FF으로부터 김FF의 부동산을 담보로 대출받은 돈을 차용하여 원고의 운영자금으로 사용하였으므로, 2008년 대출금 이자 OOOO원은 원고의 손금으로 인정되어야 하거나, ② 원고는 김FF(GG건설의 대표이사), 안HH(주식회사 II의 대표이사), 김JJ(주식회사 II건설의 대표이사)로부터 별지원고의 차입금 주장내역' 목록 기재와 같은 돈을 차용하여 원고의 운영자금으로 사용하였으므로, 그 대출금 이자 OOOO원은 원고의 손금으로 인정되어야 한다.", 나. 위 4. 가. 1) 주장에 대한 판단

" 을 제6 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고는 2008. 5. 1. 주DD과 사이에 계약금액 OOOO원 공사기간 2008. 5. 1.부터 같은 해 7. 30.까지로 하는 공사계약서를 작성한 사실, ② 원고가 작성한 현황별 매출현황에는 매출처주DD

계약액OOOO원

공사기간2008. 5. 1. ~ 2008. 7. 30.

수금6/30 OOOO, 8/12 OOOO, 9/12 OOOO, 11/27 OOOO'이라고 기재되어 있는 사실, ③ 주DD은 2010. 6. 14. 피고에게원고와 사이에 위 공사계약서 기재와 같은 공사계약서를 작성하였고, 공사대금 OOOO원을 지급했으나, 세금계산서는 수취한 적이 없다'는 내용의 확인서를 작성하여 제출한 사실을 인정할 수 있는 점 등에 비추어 볼 때, 원고는 주DD과의 공사계약에 따라 공사대금 OOOO원을 실제로 수령하였다고 봄이 타당하므로, 원고의 주장은 이유 없다.", 다. 위 4. 가. 2) 주장에 대한 판단

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 입증책임을 부담하나, 경험칙상 특별한 사정의 존재에 관하여는 납세의무자에게 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가므로 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있고, 다만 구체적 비용항목에 관한 입증의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자측에 입증책임을 돌리는 경우가 있으므로, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지고 과세관청에 의해 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었고, 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 무엇인가의 비용 소요사실이 있었다고 주장하는 이상 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관하여는 구체적 비용지출 사실에 관한 장 부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 한다(대법원 2006. 2. 9. 선고 2005두8306 판결 등 참조).

살피건대, 을 제4, 5호증의 각 기재에 의하면, 피고는 원고의 부외경비 주장금액 중 공과금(재산세) OOOO원 및 기술자자격수당 OOOO원을 원고의 비용으로 인정하여 법인세를 OOOO원 감액경정하였고, 조세심판원의 재조사결정에 따라 원고가 주장하는 부외경비지출액 OOOO원 중 건강보험료 명목의 지출 OOOO원을 제외한 부외경비 OOOO원을 손금으로 인정하여 법인세 OOOO원을 감액경정한 사실을 인정할 수 있다. 한편, 위에서 인정된 손금은 원고가 주장하는 지출내역 중 그 지출이 객관적인 자료로 밝혀진 것이고, 원고가 신고한 가공인건비가 위 손금에 포함되어 있다고 볼 만한 자료가 없는 점, 원고가 2008사업연도 손익계산서에 인건비로 계상한 금액은 OOOO원이나, 인건비로 소명한 금액은 OOOO원으로서 OOOO원의 인건비 지출에 관하여는 구체적인 주장을 하거나 객관적인 자료를 제출하지 않고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 위 인정사실만으로는 원고가 2008사업연도에 피고가 인정한 손금 외에 OOOO원을 인건비로 추가로 지출하였음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

라. 위 4. 가. 3) 주장에 대한 판단

" 살피건대, 원고가 김FF으로부터 김FF의 부동산을 담보로 대출받은 돈을 차용하여 원고의 운영자금으로 사용하였음을 인정할 증거가 없다. 갑 제4 내지 13호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, 김FF, 안HH, 김JJ(이하김FF 등'이라 한다)이 자신들의 재산을 담보로 하여 금융기관으로부터 직접 대출받은 후, 대출금의 일부를 원고 명의의 계좌에 수시로 입출금한 사실을 인정할 수 있으나, 위 각 증거 및 갑 제1호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 김FF 등으로부터 합계 OOOO원을 차용하였다는 내용의 차용증을 작성하지 않았고 회계장부에도 이를 기재하지 않은 점, ② 차용일로부터 상당한 기간이 경과한 현재까지도 원고가 김FF 등에게 차용금 원금이나 그에 대한 이자를 지급하였음을 뒷받침할 증거가 없고, 원고 회사의 회계장부에도 기재되어 있지 않은 점, ③ 위 각 돈의 지급 방식은 원고의 관계회사의 대표이사들인 김FF 등이 자신들의 재산을 담보로 하여 직접 금원을 대출받은 후, 그 일부만을 원고에게 입금하는 방식인 점 등에 비추어 볼 때, 위 인정사실만으로는 원고가 김FF 등으로부터 그 주장의 돈을 차용하였다거나 그 차용금에 대한 이자를 지급하였음을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.",6. 2008사업연도 귀속 소득금액변동통지처분 취소청구 부분에 대한 판단

가. 원고의 주장

① 원고는 주DD으로부터 위 신축공사를 도급받은 적은 없어 공사대금 OOOO원에 관한 매출신고를 누락한 적이 없고, ② 피고가 위와 같이 가공경비로 인정된 OOOO원 상당의 원고 수익이 사외에 유출된 것으로 보아 대표이사에 대한 인정상여로 소득처분을 하였으나, 위 돈은 피고가 세무조사과정, 이의신청에 따른 경정결정, 재조사결정에 따른 경정결정 등을 통하여 손금으로 인정한 합계 OOOO원에 포함되어 손금으로 지출되었고 수익이 사외에 유출된 것이 아니므로, 2008사업연도 귀속 소득금액변동통지처분은 위법하다.

나. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조, 구 법인세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22390호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 등에 의하면, 법인이 매출을 누락하거나 경비를 가공 계상하는 등의 방법으로 과세대상소득을 탈루하게 되면 과세관청은 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 상여・배당・기타사외유출 등으로 소득처분하고, 다만 이 때 사외유출된 것은 분명하나 그 귀속자가 누구인지 불분명한 경우에는 대표자에 대한 인정상여로 소득처분을 하도록 규정하고 있는바, 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 또는 가공비용 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며, 이 경우 그 매출누락액 등의 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인 측에서 입증할 필요가 있다(대법원 2006. 1. 12. 선고 2003두11797 판결 등 참조).

살피건대, ① 원고가 위 공사대금 OOOO원에 관한 매출신고를 누락하였음은 앞서 본 바와 같고, ② 을 제4, 5호증의 각 기재만으로는, 2008사업연도 손익계산서에 계상된 가공인건비 OOOO원 상당의 원고 수익이 피고가 인정한 손금으로 지출되었음을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 2008사업연도 귀속 부가가치세 본세 및 가산세 부과처분과 2007사업연도 귀속 소득금액변동통지처분의 취소청구 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 이 사건 소 중 당심에서 교환적으로 변경된 2007사업연도 귀속 소득금액변동통지처분 취소청구 부분은 부적법하여 각하하고, 제1심 판결 중 2008사업연도 귀속 부가가치세 본세 및 가산세 부과처분과 법인세 본세 부과처분의 취소청구 부분은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 그 부분에 대한 원고의 항소 및 당심에서 교환적으로 변경된 나머지 청구(2008사업연도 귀속 법인세 가산세 및 2008사업연도 귀속 소득금액변동통지처분의 부과처분 취소청구 부분)는 이유 없어 이를 각 기각하기로 하여(당초처분 중 각 갑종 근로소득세 및 법인세 가산세 부과처분의 취소를 구하는 소는 당심에서 이루어진 소의 교환적 변경으로 취하되어 이에 대한 제1심 판결은 실효되었다), 주문과 같이 판결한다.