원심판결은 그 인용한 증거들에 의하여 부산 사하구 (주소 생략) 지상 블록조 스라브지붕 단층 주택 46.72평방미터(이하 이 사건 건물이라 한다)는 소외인이 무허가로 신축하여 1982.6.20. 그 부지인 위 (주소 생략) 대지 448.2평방미터중 4,482분의 2,322지분과 함께 원고에게 매도한 사실, 원고는 1985.6.29. 이 사건 건물에 관하여 특정건축물정리에관한특별조치법에 의한 준공검사를 얻어 가옥대장에 등록하고 이에 기하여 원고 명의로 소유권보존등기를 마친 사실, 그런데 위 소외인으로부터 이 사건 건물과 그 부지를 이중으로 양수하여 그 대지에 대하여 지분권이전등기절차를 경료한 피고가 위 대지의 소유자임을 내세워, 원고가 피고의 사용승낙을 받지 아니하였다는 이유로 부산 사하구청장에게 위 준공검사에 대한 이의를 신청한 결과 위 준공검사가 취소되어 이 사건 건물이 가옥대장상 멸실된 것으로 처리되고 이에 기하여 1985.11.8. 이 사건 건물에 관하여 원고 모르는 사이에 멸실등기가 마쳐진 사실을 각 인정한 후, 등기에 의하여 일단 발생한 물권변동의 효력이 존속하기 위하여서는 그 등기의 존속을 요한다 할 것이므로 원고 명의의 위 소유권보존등기는 위 멸실등기로서 그 효력을 잃게 되었고, 위 멸실등기의 효력 여하가 이를 좌우하지는 못한다 할 것이므로 원고는 이 사건 건물의 소유권자가 아니라고 판시하였다.

그러나 등기는 물권의 효력발생요건이고 효력존속요건은 아니므로 물권에 관한 등기가 원인없이 말소된 경우에 그 물권의 효력에는 아무런 영향을 미치지 않는다고 할 것인 바 ( 대법원 1979.10.10. 선고 79다1447 판결 , 대법원 1982.9.14. 선고 81다카923 판결 ), 원심판시와 같이 원고가 이 사건 건물을 매수하여 위 인정과 같은 경위를 거쳐 그 명의로 소유권보존등기를 마친 이상 위 소유권보존등기는 실체관계에 부합하는 유효한 등기이고 원고는 이 사건 건물의 소유권을 취득하였다 할 것인데 이 사건 건물이 멸실되지 않고 존재하고 있는데도 불구하고 멸실등기가 되었다면 이에 의하여 이 사건 건물에 대한 원고의 소유권이 상실되지는 않는다 할 것이다.

이와 반대의 입장에서 원고의 소유권을 부정한 원심판결은 사실과 부합하지 않는 멸실등기의 효력에 관한 법리를 오해하였고 이를 파기하지 않으면 현저히 정의와 형평에 반한다고 인정되므로 원심판결을 파기하여 부산지방법원 합의부에 환송하기로 관여법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.