1. 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제68조 제2항 (이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)은 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농지 또는 ‘초지법에 따른 초지’를 농업회사법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있다.

한편 구 초지법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1호 는 “초지라 함은 다년생개량목초의 재배에 이용되는 토지 및 사료작물재배지와 목도·진입도로·축사 및 농림수산식품부령이 정하는 부대시설을 위한 토지를 말한다.”고 규정하고, 제5조 제1항 은 “초지조성을 하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 해당 토지의 소재지를 관할하는 시장·군수에게 초지조성허가를 신청하여야 한다.”고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항 은 “시장·군수는 제1항 의 규정에 의하여 초지조성허가를 할 때에는 초지조성기간 등 농림수산식품부령이 정하는 조건을 붙일 수 있다.”고 규정하고 있다.

2. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채택 증거를 종합하여, ① 원고들이 2009. 11. 19. 이 사건 각 토지를 농업회사법인인 ‘숲이랑 유한회사’에 현물출자하면서 이 사건 각 토지가 이 사건 조항에서 정한 ‘초지법에 따른 초지’에 해당한다고 보아 양도소득세를 납부하지 아니한 사실, ② 피고는 2013. 4. 2. 원고들에게 이 사건 각 토지는 이 사건 조항에서 정한 양도소득세 면제대상에 해당하지 않는다는 이유로 양도소득세를 부과하는 이 사건 처분을 한 사실, ③ 이 사건 각 토지가 구 초지법 제2조 제1호 에서 정한 초지에 해당하나, 이에 대하여 구 초지법 제5조 에 따른 초지조성허가를 받은 적은 없는 사실 등을 인정하였다.

그런 다음 원심은, ① 구 초지법은 전체적으로 ‘ 제5조 에 따라 초지조성허가를 받은 초지’에 관하여 규율하고 있을 뿐이고, 그 밖의 초지에 관하여는 규율하고 있지 아니한 점, ② 구 초지법 제2조 제1호 에서 정한 초지의 정의에 부합하는 토지라 하더라도 구 초지법 제5조 에 따라 초지조성허가를 받지 않은 토지는 구 초지법을 위반하여 조성된 초지로서 구 초지법에 따른 초지로 볼 수 없는 점, ③ 이 사건 조항에서 정한 ‘초지법에 따른 초지’에 초지조성허가를 받지 않은 초지도 포함된다고 해석하면 이 사건 조항의 입법 취지와 무관하게 조세회피수단으로 악용될 우려가 있는 점 등을 종합하면, 이 사건 조항에서 정한 ‘초지법에 따른 초지’는 ‘ 구 초지법 제5조 에 따라 초지조성허가를 받은 초지’를 의미한다는 이유로, 이 사건 각 토지가 이 사건 조항에서 정한 양도소득세 면제대상에 해당한다는 원고들의 주장을 배척하였다.

3. 그러나 이러한 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

이 사건 조항에서 양도소득세 면제대상의 하나로 ‘초지법에 따른 초지’라고만 규정하고 있을 뿐, 나아가 그 면제대상을 ‘ 초지법 제5조 에 따라 초지조성허가를 받은 초지’로 제한하고 있지 아니하다. 농업회사법인에 대한 과세특례를 도입한 구 조세특례제한법 제68조 의 입법 목적은 농촌지역의 생산인력 부족현상 심화에 따른 문제점을 보완하고자 협업적·기업적 농업경영을 할 수 있도록 농업회사법인의 설립·육성을 적극적으로 지원하는 데에 있으므로, 이 사건 조항에서 정한 양도소득세 면제대상인 ‘초지’에 해당하는지 여부를 초지조성허가 유무에 따라 달리 보아야 할 이유도 없다. 구 초지법에서도 초지조성허가 없이 초지를 조성하는 것을 금지하는 규정이 없고, 다만 구 초지법 제5조 에 따른 초지조성허가를 받은 경우에는 각종 허가·인가 등을 받은 것으로 의제되며 초지의 조성에 필요한 자금의 전부 또는 일부를 보조받을 수 있는 등 여러 혜택을 부여하고 있다. 이러한 이 사건 조항의 문언과 입법 목적 및 구 초지법 제5조 에서 초지조성허가에 관한 규정을 둔 취지 등을 고려하여 보면, 이 사건 조항에서 정한 ‘초지법에 따른 초지’는 구 초지법 제5조 에 따라 초지조성허가를 받은 초지로 제한되는 것이 아니라 구 초지법 제2조 제1호 에 따른 초지를 의미하는 것으로 보는 것이 타당하다.

그런데도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 각 토지가 이 사건 조항에서 정한 양도소득세 면제대상에 해당하지 않는다고 보아 이 사건 부과처분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 이 사건 조항에서 정한 ‘초지법에 따른 초지’의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.