항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2003. 12. 30. 서울 ○○구 ○○동 000-0 전 1,442㎡(이하 '이사건 토지'라 한다.)를 취득하여 보유하고 있던 중, 2005. 7. 6. 이 사건 토지를 포함한 서울 ○○구 ○○동, ○○동 일대 485,783㎡가 「국민 임대주택건설 등에 관한 특별조치법」(이하 '국민임대주택법'이라 한다.)에 기하여 '서울 ○○3 국민 임대주택단지 예정지구'로 지정 · 고시됨에 따라, 2006. 5. 29. 이 사건 토지를 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 '공익사업법'이라한다.) 에 의하여 위 단지조성사업의 시행자인 에스에이치공사에게 협의 양도하였다. 한편 이 사건 토지 소재지 일대는 2004. 2. 26.구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제96조 제1항 제6의2호 소정의 지정지역(일명 투기지역으로서, 이는 위 개정 후의 현행 소득세법 제104조의2 제1항 소정의 지정지역에 해당한다. 이하 '투기지정지역'이라 한다.)으로 지정되었다.

나. 원고는, 이 사건 토지가 투기지정지역 지정 전에 취득한 토지로서 구 조세특레제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것. 이하 같다.) 제85조 소정의 투기지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 해당한다며, 이 사건 토지의 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 산정하여 2006년 귀속 양도소득과세표준예정신고를 하고 그 양도소득세로 96,954,140원을 납부한 뒤. 2006. 9. 18. 피고에게 위 양도가액 산정시 개별공시지가를 잘못 적용하였다는 이유로 위 양도소득세액을 13,139,620원으로 감액경정할 것을 구하는 요지의 과세표준 및 세액 감액경정청구를 하였다.

다. 이에 피고는, 원고가 이 사건 토지를 사업인정고시일(국민 임대주택법 제17조 제2항에 의하여 위 예정지구 지정 · 고시일이 사업인정고시일로 의제된다.)인 2005. 7. 6. 로부터 소급하여 2년이 되는 날 전에 취득한 것이 아니어서 구 조세특례제한법 제85조 소정의 양도소득세 과세특례에 해당하지 않는다는 이유로 실지거래가액을 적용하여 이 사건 토지의 양도차익을 산정한 다음, 2006. 10. 2. 원고에 대하여 위 감액경정청구를 거부하고 2006년 귀속 양도소득세로 873,790원을 추가 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑6, 7-1, 9, 을1,2

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 토지가 투기지정지역으로 지정된 2004. 2. 26. 전에 이 사건 토지를 취득한 후 2006. 12. 31. 이전에 공익사업법에 의하여 양도하였으므로 이 사건 토지의 양도차익은 구 조세특례제한법 제85조를 적용하여 기준시가에 의하여 산정하여아 한다. 따라서 위 규정의 적용을 배제하고 실지거래가액에 의하여 이 사건 토지의 양도차익과 양도소득세액을 산정한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련법령

○ 소득세법

제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하"실지거래가액"아라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일 까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

7. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우

제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액 다만, 제96조 제2항 각호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가

제104조의2(지정지역의 운영).

① 재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다.

② 제96조 제2항 제7호 및 104조 제4항 제1호 와 제2호에서 "지정지역 안의 부동산"이라 함은 제1항의 규정에 의한 지정지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산을 말한다.

○ 소득세법(2005..12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

제96조(양도가액)

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

6의2. 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국 부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

제97조(양도소득의 필용경비계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

○ 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제 8146호로 개정되기 전의 것)

제85조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례) 거주자가 「소득세법」제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 다음 각 호의 1에서 규정하고 있는 날( 관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정 고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정 고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한날이 「소득세법」제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월31일 이전에 「공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용 되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 하는 경우에는 「소득세법」 제104조의 2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. <단서 생략>

1. 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

2. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제7조의 3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한날

3. 지역균형개발 및 지방중소기업육성에 관한법률 제4조의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한날.

4. 주한미군(대한민국과 미합중국간의 상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을 위한 토지등의 취득및 보상에 관한 법률 제15조의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

○ 조세특레제한법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제1988호로 개정되기 전의 것)

제79조의2(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)

① 법 제85조 제5호에서 "그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날" 이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.

[별표 7]기준시가 과세기준일(제79조의2 관련)

6.「국민 임대주택건설 등에 관한 특별조치법」 제7조의 규정에 의하여 예정지구를 지정한 날

○ 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법

제7조(예정지구지정의 고시 등)

① 건설교통부장관은 예정지구를 지정하거나 지정된 예정지구를 변경 또는 해제하는 경우 예정지구의 위치ㆍ면적ㆍ단지조성사업자 등 주요사항을 대통령령이 정하는 바에 따라 고시하고, 관계 서류의 사본을 관계 시장 군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 송부하여야 한다.

제17조(토지등의 수용 등)

① 단지 조성사업자는 단지조성사업의 시행을 위하여 필요한 경우에는 공익사업을위한 토지등의 취득및 보상에 관한법률 제3조에서 정하는 토지 물건 및 권리(이하"토지등"이라 한다)를 수용 또는 사용할 수 있다.

② 예정지구의 지정 고시가 있는 때에는 공익사업을 위한 토지등의 취득및 보상에 관한법률 제20조 제1항 및 동법 제22조의 규정에 의한 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 본다.

③제1항의 규정에 의한 토지등의 수용 또는 사용에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고 공익사업을 위한 토지등의 취득및 보상에 관한법률을 적용한다. 끝.

다. 사실관계 및 판단

구 조세특레제한법 제85조는 거주자가 지정지역 내의 부동산을 구 조세특례제한법 제85조 각 호의 1에서 규정하고 있는 날 전에 취득하여 2006. 12. 31. 이전에 공익사업법 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다.)하는 경우에는 소득세법 제104조의 2 제1항 및 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 같은 법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다고 규정하면서, 위 '각 호의 1에서 규정하고 있는 날' 다음에 바로 이어서 괄호 안에 '관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정 고시일 부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정 고시일 부터 소급하여 2년이 되는날, 그 고시한 날이 소득세법 제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다'라고 병기하여 규정하고 있는바, 이와 같은 투기지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례 규정의 취지는 투기지정지역 내의 부동산이라도 공익목적을 위해 양도 또는 수용되는 부동산의 경우에는 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의할 수 있도록 함으로써 납세자의 세 부담을 완화함과 동시에 공익사업의 원활한 시행을 도모하기 위한 것인데, 다만 통상적으로 사업계획이 발표되거나 투기지정지역으로 지정된 후의 부동산 취득에는 투기 수요가 발생할 개연성이 높은 점을 고려하여 위 괄호 안에 명시된 날 이전에 취득한 경우 등의 일정한 요건을 충족하는 경우로 그 적용을 제한하고 있는 것이다.

이와 같은 투기 지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례 규정의 입법목적, 위 규정의 형식 및 법문내용 등에 비추어 보면, 구 조세특례제한법 제85조에 의한 양도소득세 과세특례 적용요건의 하나인 제85조 각 호의 1에서 규정하고 있는 날로서 위 괄호 안에 명시된 날 전의 취득이라는 것은 각호의 1에서규정하고 있는 날 및 위 괄호 안에 명시된 각각의 날 모두보다 앞서 취득한 것임을 요한다고 해석함이 상당하다 (대법원 2007. 12. 27. 선고 2006두16779 판결 참조).

그렇다면, 이 사건에서, 원고의 이 사건 토지 취득일(2003. 12. 30.)이 투기지정지역지정일인 2004. 2. 26보다는 앞선다고 하더라도, 이 사건 토지에 대한 예정지구 지정ㆍ고시일이 사업인정 고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에 해당하여, 사업인정고시일로 의제되는 2005. 7. 6부터 소급하여 2년이 되는 날인 2003. 7. 6.이후에 이 사건 토지를 취득한 이상, 이 사건 토지가 위 규정 소정의 양도소득세 과세특례 대상에 해당되지 않는다고 보아야 할 것이므로, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.