2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

가. 원고들은 2000. 11. 30. CCC로부터 부산 동래구 △△동 ×××번지 대 261㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다) 중 1/2 지분씩을 취득하였고, 이 사건 토지 지상에 철근콘크리트 슬래브지붕 9층 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축하여 2001. 10. 10. 이 사건 건물 중 원고 AAA이 7/10 지분, 원고 BBB가 3/10 지분에 관하여 각 소유권보존등기를 마쳤다.

나. 원고들은 2012. 11. 20. 이 사건 토지 및 이 사건 건물(이하 합쳐서 '이 사건 부동산'이라 한다)을 양도한 뒤 2012. 12. 31.경 피고에게 이 사건 부동산에 대한 양도소득세 예정신고를 하면서 양도가액은 실지거래가액인 ○○○○원(=이 사건 토지 ○○○○원+이 사건 건물 ○○○○원)으로 하고, 취득가액은 실지거래가액을 확인한 수 없는 경우로 보아 환산가액인 ○○○○원(=이 사건 토지 ○○○○원+이 사건 건물 ○○○○원)으로 하여 이에 따라 계산한 양도소득세액을 원고들의 각 지분에 따라 안분하여 원고 AAA은 ○○○○원, 원고 BBB는 ○○○○원의 양도소득세를 각 납부하였다.

다. 피고는 이 사건 토지의 취득 당시의 실지거래가액이 ○○○○원, 이 사건 건물의 취득 당시의 실지거래가액이 ○○○○원으로 확인되었음을 이유로 2014. 6. 1. 원고 AAA에게 2012년도 귀속 양도소득세 ○○○○원(일반과소신고 가산세 ○○○○원, 납부불성실 가산세 ○○○○원 포함), 원고 BBB에게 2012년도 귀속 양도소득세 ○○○○원(일반과소신고 가산세 ○○○○원, 납부불성실 가산세 ○○○○원 포함)을 추가 납부하도록 결정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고들은 이에 불복하여 2014. 6. 23. 조세심판원에 행정심판을 제기하였으나 2015. 3. 3. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 4 내지 7호증, 을 1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

원고들은 상가용 부동산의 거래나 건물 신축 경험이 없어 이 사건 토지의 취득과 이 사건 건물의 신축과 관련하여 중개사무소 직원과 건설회사 직원에게 업무를 맡겨놓았는데, 당시 실거래가액과 공사대금을 낮추는 소위 다운계약서가 관행이었고, 매매대금과 공사대금을 대부분 현금으로 지급하였으며, 건축업자가 이 사건 건물 신축 도중 잠적하여 원고들이 직접 마무리하였기 때문에 피고가 근거로 삼은 도급계약서는 사실과 다르고, 오래 전에 취득한 이 사건 부동산의 취득가액에 관한 증빙자료를 보관하고 있지 않는 등 이 사건 부동산의 취득가액에 대한 확인이 불가능한 상황이라 이 사건 부동산의 취득가액은 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하여 실지거래가액이 아닌 환산가액을 적용하여야 함에도 불구하고, 피고는 이 사건 토지의 전소유자인 CCC가 축소신고한 매매대금, 건축업자가 작성한 다운계약서를 기준으로 한 장부가액을 토대로 이 사건 토지의 경우는 ○○○○원, 이 사건 건물의 경우 ○○○○원을 실지거래가액으로 보아 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이라 한다) 제97조는 양도소득을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비의 하나로 취득가액을 규정하고 있고, 취득가액은 자산의 취득에 든 실지거래가액으로 하되, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액으로 하는 것으로 규정하고 있으며, 구 소득세법 제114조는 납세지 관할세무서장 등이 양도소득세 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 양도소득과세표준과 세액을 경정하도록 하면서 그 취득가액을 실지거래가액에 의하되, 대통령령이 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 당해 자산의 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있다.

일반적으로 조세부과처분 취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2007. 11. 15. 선고 2005두5604 판결 등 참조).

(2) 살피건대, 갑 6호증, 을 3 내지 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 재무제표 상의 이 사건 부동산의 장부가액은 이 사건 부동산의 실지거래가액을 반영하여 작성된 것으로 봄이 상당하다.

a. 이 사건 토지의 전소유자인 CCC는 양도소득세를 신고할 당시 실지거래가액 ○○○○원에 이 사건 토지를 양도하였다고 신고하였고, 이 사건 토지의 취득세는 ○○○○원, 등록세는 ○○○○원인데, 원고들이 이 사건 건물에서 임대업을 영위하면서 임대업과 관련한 종합소득세 신고시 제출한 재무제표에 의하면 2003.부터 2011.까지 이 사건 토지의 장부가액은 ○○○○원으로 전소유자 CCC가 신고한 실거래가액 ○○○○원에 취득세 ○○○○원과 등록세 ○○○○원을 합한 금액과 일치한다.

b. □□종합건설 주식회사는 피고에게 이 사건 건물 신축공사와 관련하여 원고들과 사이에 작성된 도급계약서와 공사기간을 연장하는 내용의 도급계약변경합의서를 제출하였는데 위 도급계약서와 도급계약변경합의서상의 공사대금이 ○○○○원(부가가치세 제외)으로 기재되어 있고, 이 사건 건물의 취득세는 ○○○○원, 등록세는 ○○○○원이며, 2001년도 대차대조표와 계정별 원장에 따르면 원고들은 빌딩설계비로 ○○○○ 원, 빌딩전기공사 ○○○○원, 전기공사비로 ○○○○원을 지출하였다고 기재되어 있고, 원고들이 임대업과 관련한 종합소득세 신고시 제출한 재무제표에 의하면 이 사건 건물의 장부가액은 2003.부터 2005.까지는 ○○○○원, 2006.에는 8○○○○원, 2007.부터 2011.까지는 ○○○○원으로 기재되어 있는데, 장부가액은 도급계약서상의 공사대금, 취득세, 등록세, 기타 추가공사비용 등을 합한 금액으로 보인다.

c. 원고들은 이 사건 부동산을 취득한 이래 2011.까지 9년 이상 재무제표에 이 사건 토지의 가액을 ○○○○원, 이 사건 건물의 가액을 ○○○○원, ○○○○원, ○○○○원으로 기재하였는데, 원고들은 실제 지출액을 증빙하기 어렵다 보니 편의상 소위 다운계약서를 기준을 장부가액을 작성할 수밖에 없었다는 취지로 주장하나 9년 이상 장부를 실제와 달리 허위로 기재할 이유라고 보기 어렵다.

(3) 원고들은 매매계약서, 도급계약서가 사실과 다르다고 주장하면서도 이 사건 부동산과 관련하여 매매대금, 공사대금도 기억하지 못할 뿐만 아니라 피고가 산정의 근거로 삼은 매매계약서, 도급계약서, 재무제표가 사실과 달리 작성되었음을 입증할만한 매매대금과 공사대금의 지급과 관련한 금융거래내역, 매매계약서, 공사계약서를 전혀 제출하지 못하고 있으며 실지거래가액을 장부에 계상하지 않은 경위에 관하여도 납득할 만한 설명을 하지 못하고 있다. 또한 양도차익을 계산할 때에 기준이 되는 실지거래가액이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하는 것이므로(대법원 2015. 10. 15. 선고 2015두43148 판결 등 참조), 이 사건 토지의 기준시가와 이 사건 건물의 취득 당시를 기준으로 한 감정가액 ○○○○원(감정인 김동호의 감정결과)이 장부가액보다 높다고 하더라도 그와 같은 사정만으로는 장부가액이 거래당사자의 실지거래가액이 아니라고 볼 수도 없다. 따라서 원고들의 주장과 원고들이 제출한 증거만으로는 앞서의 인정을 뒤집기에 부족하다.

(4) 따라서 이 사건 부동산은 장부 및 기타 증빙서류에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에 해당한다고 할 것이므로, 증빙서류에 의해 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우임을 전제로 환산가액으로 취득가액을 산정하여 한다는 원고들의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고들의 청구는 이유 없어 기각한다.