2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2004. 3. 5. ‘지역의 균형발전 및 농촌지역의 진흥을 위한 연구사업, 학술 및 교육활동 등에 대한 지원을 통해 농촌지역사회의 발전 등 공익목적 사업’을 수행하기 위하여 설립된 재단법인이다.

나. 원고는 2007. 6. 8. 소외인으로부터 남양주시 (주소 1 생략) 임야 83,107㎡(이하 ‘이 사건 제1토지’라 한다)를, 2007. 6. 15. 화성시 (주소 3 생략) 임야 25,785㎡(이하 ‘이 사건 제2토지’라 하고, 이 사건 제1토지와 합쳐서 ‘이 사건 각 토지’라 한다)를 각각 증여받았다(다만, 등기부상의 등기원인 일자는 모두 2007. 5. 17.이다).

다. 피고는 원고가 ‘재단법인에 대한 출연재산인 이 사건 각 토지를 출연 받은 날로부터 3년 이내에 공익목적사업에 직접 사용하지 아니하였다.’는 이유로, 출연 받은 날로부터 3년이 지난 시점을 각각 2010. 6. 8.(이 사건 제1토지), 2010. 6. 16.(이 사건 제2토지)로 파악하고 그 때를 증여시점으로 보아 2013. 2. 13. 원고에게 증여세 182,979,140원을 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 5. 10. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원이 2013. 12. 27. 이를 기각하자, 여기에 불복하여 2014. 3. 24. 이 사건 소를 제기하였다.

[인증근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 12호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

1) 부득이한 사유에 의한 매각지연

원고가 이 사건 각 토지를 출연 받은 날로부터 3년 이내에 처분하여 직접 공익목접사업 등에 사용하지 못한 것은 ‘법령상 또는 행정상 부득이한 사유’로 인한 것이므로 이 사건 각 토지의 수증은 증여세를 부과할 수 없는 경우에 해당한다. 그럼에도 불구하고 피고는 이 사건 처분을 하였으니 이는 위법하다.

2) 평가기준일 산정

이 사건 각 토지의 수증이 증여세를 부과할 수 있는 경우에 해당한다고 하더라도, 증여세 과세표준의 산정 기준일은 이 사건 각 토지에 관하여 소유권이전등기가 이루어진 시점으로 보아야 한다. 그럼에도 불구하고 피고는 이 사건 처분을 함에 있어서 증여세 과세표준의 산정 기준일을 등기원인 일자로부터 3년이 지난 시점으로 보았으니 이는 위법하다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 부득이한 사유에 의한 매각지연

상속세 및 증여세법 (2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘상증세법’이라 한다) 제48조 제2항 은 “재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1 에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다.”라고 규정하고 있고, 같은 항 제1호 는 “출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항 의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다.”라고 규정하고 있으며, 그 위임을 받은 구 상속세 및 증여세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23591호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘상증세법 시행령’이라 한다) 제38조 제3항 은 “ 상증세법 제48조 제2항 제1호 단서에서 ‘직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유’란 출연 받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유등으로 인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우를 말한다.”라고 규정하고 있다. 위 각 규정에서 정하고 있는 '법령상 또는 행정상의 부득이한 사유'라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 공익사업목적 등에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고(위 상증세법 시행령 규정에서는 법령상·행정상의 부득이한 사유만을 들고 있으나, 상증세법 규정에서 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 경우 등을 포함하도록 하고 있으므로 이러한 내부적인 사유도 항상 배제된다고 할 수는 없다), 부득이한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 당해 법인의 공익목적사업의 성격, 토지의 취득목적에 비추어 공익사업목적 등에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 공익사업목적 등에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 공익사업목적 등에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이나, 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리법인이라고 할지라도 토지를 취득할 당시 3년 이내에 공익사업목적 등에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 3년 이내에 당해 토지를 공익사업목적 등에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 부득이한 사유가 될 수 없다고 해석해야 한다( 대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결 등 참조).

위 각 규정과 법리에 비추어 이 사건으로 돌아와 살펴보건대, 앞서 살펴본 인정사실 및 증거에 갑 제4 내지 7호증, 을 제4호증의 각 기재, 이 법원의 농림축산식품부 지역개발과에 대한 사실조회 결과 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 각 토지를 출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니한 것에는 ‘법령상 또는 행정상의 부득이한 사유’가 있다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

① 원고는, 원고가 이 사건 각 토지를 출연받은 이후 이를 매각하여 매각대금을 원고의 공익사업목적 등에 사용하고자 여러 가지 노력을 하였으나, 이 사건 각 토지에는 각종 법령상·행정상의 제한이 존재하고 있어 출연받은 날로부터 3년 이내에 처분하지 못했다는 취지로 주장하고 있고, 앞서 살펴본 인정사실 및 증거들에 의하면 이 사건 제1토지는 산지관리법상 보전산지, 수도권정비계획법상 자연보전권역, 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률상 배출시설설치제한지역, 환경정책기본법상 수질보전특별대책지역으로, 이 사건 제2토지는 산림보호법상 공익용산지, 수도권정비계획법상 상장관리권역으로 각각 지정되어 있고, 이 사건 제2토지는 2006. 5. 31.부터 2011. 5. 30.까지 국토의 계획 및 이용게 관한 법률상의 토지거래허가구역으로 지정되어 있었던 사실을 인정할 수 있다.

② 그런데 앞서 살펴본 인정사실 및 증거들에 의하면, 이 사건 각 토지들에 대한 토지이용계획확인서 등을 참고하면 원고가 이 사건 각 토지를 출연받을 당시 이 사건 각 토지에 대한 위 각 법령상의 제한들을 충분히 알 수 있었을 것으로 보이고(원고 스스로도 원고가 이 사건 토지를 출연받을 당시 위 각 법령상의 제한들을 몰랐다고 주장하지는 않고 있다), 원고 스스로도 이러한 법령상의 제약들로 인해서 이 사건 각 토지의 처분 및 공익사업목적 등에 대한 사용이 불가능했다고 주장하고 있으므로, 원고가 이 사건 각 토지를 출연받은 것은 “토지를 취득할 당시 3년 이내에 공익사업목적 등에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 토지를 취득한 경우”에 해당한다고 보아여 하고, 이후 3년 이내에 이를 처분하여 그 대금을 공익사업목적 등에 사용하거나 이 사건 각 토지를 직접 공익사업목적 등에 사용하지 아니한 것은 “취득 후 3년 이내에 당해 토지를 공익사업목적 등에 직접 사용하지 못한 것이 위와 동일한 사유 때문인 경우”에 해당한다고 보아야 한다.

③ 따라서, ‘원고가 이 사건 각 토지를 취득하기 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정’이 입증되지 않는 한, 원고가 이 사건 각 토지를 3년 이내에 공익사업목적 등에 사용하지 아니한 데에는 부득이한 사유가 있다고 할 수 없는데, 원고가 제시한 갑 제7, 8호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다.

④ 또한 위 상증세법 및 상증세법 시행령의 규정에 의하면, 출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니한 것에 부득이한 사유가 있다고 인정되기 위해서는, 부득이한 사유가 존재해야 할뿐만 아니라 주무부장관(이 사건의 경우 농림축산식품부장관)으로부터 이를 인정받아야 하는데, 원고는 농림축산식품부 장관으로부터 ‘원고가 이 사건 각 토지를 출연받은 날로부터 3년 이내에 공익목적사업 등에 사용하지 아니한 것에는 부득이한 사유가 있다.’고 인정받은 바가 없을 뿐만 아니라, 이 법원의 농림축산식품부 지역개발과에 대한 사실조회 결과에 따르면, 원고는 이 사건 각 토지가 아닌 다른 토지에 대해서는 농림축산식품부장관으로부터 부득이한 사유가 있다고 인정받아 고유목적사업 등 이외에 다른 목적에 사용하는 기간을 연장받은 바 있으나, 이 사건 각 토지에 대해서는 농림축산식품부장관에게 인정신청을 한 바도 없는 것으로 보인다.

결국 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

2) 평가기준일 산정

피고는 이 사건 처분을 함에 있어서, 증여세 과세표준의 산정 기준일을 이 사건 각 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인 일자로부터 3년이 지난 시점(2010. 5. 17.)으로 보았는바, 이는 다음과 같은 이유에서 위법한 것으로 판단된다.

① 상증세법 제48조 제2항 은 “세무서장등은 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호 부터 제4호 까지 및 제6호 의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 에 해당하는 경우에는 제78조 제9항 에 따른 가산세를 부과한다.”라고 규정하고 있는데, 그 위임을 받은 상증세법 시행령 제37조 에서는 토지를 출연받은 경우에 대하여 그 과세표준의 산정 기준시점을 따로 정하지 않고 있다. 그렇다면 위 규정은 공익법인등이 출연받은 재산에 관해 증여세를 부과할 수 있는 요건을 규정한 것에 불과하다고 할 것이고, 재단법인이 토지를 출연받았으나 3년 이내에 이를 공익사업목적 등에 사용하지 아니하여 증여세가 부과되는 경우 증여재산의 가액 산정은 증여세 과세표준의 산정에 관한 일반적인 규정에 따를 수밖에 없다.

② 그런데 증여세의 과세표준 산정의 기준을 정하고 있는 상증세법 제60조 제1항 은 “이 법에 의하여 상속세 또는 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일 현재의 시가에 의한다.”라고 규정하고 있고, 증여재산의 취득시기를 규정하고 있는 상증세법 시행령 제23조 제1항 제1호 는 “권리의 이전이나 그 행사에 등기·등록을 요하는 재산의 경우 등기·등록일이 취득시기”라는 취지로 규정하고 있으므로, 원고의 이 사건 각 토지 수증으로 인한 증여세를 산정함에 있어서도 원고가 이 사건 각 토지를 취득하여 그 소유권의 변동이 이루어진 시점, 즉 이 사건 각 토지에 관하여 소유권이전등기가 이루어진 시점을 기준으로 그 과세표준을 산정하여야 한다.

따라서 이와 다른 전제에서 과세표준을 산정하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

라. 소결론

결국 이 사건 처분 중 위 판단과 달리 2010. 5. 17.을 기준으로 증여세 과세표준을 산정하여 이루어진 부분의 세액은 이를 빼고 다시 계산하여야 할 것인바, 당사자들이 제출한 자료만으로는 정당한 세액을 계산할 수 없으므로 결국 이 사건 처분을 모두 취소할 수밖에 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 김경란(재판장) 임영철 안좌진

심급 사건

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