2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1987. 7. 1. 자연공원법의 규정에 의하여 국립공원의 보전 등 공원관리사업을 효율적으로 추진하기 위하여 설립된 법인인데, 원고 산하 전국 26개 지방사무소가 각 국립공원 내에 주차장을 설치하여 사용료를 직접 징수하면서 2006. 7. 1.부터 2007. 9. 30.까지 발생한 각 지방사무소별 주차료 수입금액(이하 ‘이 사건 주차료 수입금액’이라 한다)을 부가가치세가 면제되는 용역대가로 하여 부가가치세 신고를 하였다.

나. 서울지방국세청장은 2007. 10. 11. 원고에 대한 세무조사결과 조세특례제한법 시행령 제106조 제8항 이 2006. 2. 9. 개정되면서 2006. 7. 1. 이후부터 원고의 ‘주차장운영업’은 과세사업으로 전환되었다고 하여 이 사건 주차료 수입금액을 부가가치세 과세표준에 산입하여 피고들에게 과세자료를 통보하였고, 피고들은 이에 따라 원고에 대하여 부가가치세 경정고지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

다. 원고는 2008. 4. 이에 불복하여 조세심판원에 조세심판을 청구하였고, 조세심판원은 2008. 8. 27. 이 사건 처분 중 주차장운영수입과 관련한 신고불성실가산세(무신고가산세) 및 납부불성실가산세 부분을 제외하여 별지 내역표 각 취소청구 대상금액 기재와 같이 그 세액을 경정하고 나머지 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1∼6호증, 을 1∼56호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 환경부장관으로부터 권한을 위탁받아 국립공원시설의 유지관리 및 공원사업의 시행과 같은 업무를 수행하고 있는바, 주차장 사용료 징수업무 역시 공원관리청의 지위에서 행하는 국가사무이므로 이 사건 주차료 수입금액에 대하여는 부가가치세법 제12조 제1항 의 규정에 따라 부가가치세가 면제되어야 하고, (2) 주차장 사용료 징수업무가 국가사무가 아니라고 하더라도 조세특례제한법령 소정의 정부업무대행단체의 면세사업에 해당한다고 봄이 상당하며, (3) 지방공기업법상의 시설관리공단이 공영주차장을 운영하고 이용자로부터 받는 대가에 대하여 부가가치세가 면제된다는 재정경제부의 유권해석이 있었던 점, 조세특례제한법 시행령의 개정에도 불구하고 같은 법 시행규칙이 원고 공단의 주차장의 사용에 관한 업무를 여전히 면세사업으로 규정하고 있는 점 및 시·도지사가 관리하는 국립공원 내 주차장의 경우 부가가치세를 징수하지 아니하는 점 등의 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙 또는 형평성의 원칙에 위배되어 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 국립공원 내 주차장 사용료 징수업무가 국가사무인지 여부

부가가치세법 제12조 제1항 은 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급 중 하나로서 ‘국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것’을 규정하고 있는바, 국립공원의 보전 등 공원관리사업을 효율적으로 추진하기 위하여 자연공원법에 의하여 설립된 법인인 원고를 위 부가가치세법 제12조 제1항 에서 규정한 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로 볼 수는 없고, 자연공원법 및 그 시행령에 의하여 환경부장관으로부터 국립공원 내 주차장시설에서 주차료를 징수하는 하는 업무 등을 위임받아 행하는 조세특례제한법상 정부업무대행단체라고 할 것인데, 위 주차료 징수업무는 자연공원법에 의하여 그에 따른 수익이 전액 원고에게 귀속되고 국립공원의 관리 및 보전에 사용되는 점에 비추어 원고의 고유 목적사업의 하나로 제공하는 용역에 해당하고 그 업무의 성질상 이를 국가사무라고 보기는 어렵다.

(2) 원고의 주차장운영업이 정부업무대행단체의 면세사업에 해당하는지 여부

조세특례제한법 시행령 제106조 가 2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되면서 정부업무대행단체가 제공하는 재화·용역의 공급 중 ‘주차장운영업’이 부가가치세 면제대상에서 제외되었음이 그 규정상 명백한바, 비록 하위법령인 조세특례제한법 시행규칙에 원고 공단의 주차장의 사용에 관한 업무가 상위법령에 따라 개정되지 아니하고 여전히 면세사업으로 남아 있다고 하더라도 이는 상위법령에 위배되는 것이어서 그 효력이 없다고 할 것이므로 원고의 국립공원 내 주차장운영업이 정부업무대행단체의 면세사업에 해당한다고 볼 수는 없다.

(3) 신뢰보호의 원칙 및 형평성의 원칙 위반 여부

조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자의 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 어떤 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로서 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다. 살피건대, 원고가 ‘지방공기업법상의 시설관리공단이 공영주차장을 운영하고 이용자로부터 받는 대가에 대하여 부가가치세가 면제된다’는 내용의 재정경제부의 유권해석 및 조세특례제한법 시행령의 개정에도 불구하고 원고 공단의 주차장의 사용에 관한 업무를 여전히 면세사업으로 규정하고 있는 같은 법 시행규칙의 규정으로 인하여 자신의 국립공원 내 주차장운영업을 면세사업에 해당하는 것으로 신뢰하였다고 하더라도, 위 재정경제부의 유권해석은 원고 공단의 주차장운영업에 대한 부가가치세 과세 여부에 관한 견해표명이 아닐 뿐더러 원고는 같은 법 시행령의 개정으로 인하여 원고의 주차장운영업이 과세로 전환되었음을 충분히 알 수 있었다고 봄이 상당한 점 등에 비추어, 원고의 위와 같은 신뢰에는 귀책사유가 있다고 할 것이어서 조세특례제한법 시행령 개정 이후에 발생한 이 사건 주차료 수입금액에 대하여 부가가치세를 부과한 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 볼 수는 없다.

또한, 설사 시·도지사가 관리하는 국립공원의 주차장운영업과 정부업무대행단체인 원고가 관리하는 국립공원의 주차장운영업간에 부가가치세의 부과에 있어서 차이가 있다고 하더라도, 두 기관의 그 고유한 특수성과 국립공원이 시·도지사에 의하여 관리되는 것은 이례적인 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면 원고가 주장하는 사정만으로 이 사건 처분이 현저히 형평의 원칙에 위배되어 위법한 것으로 보기는 어렵다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 피고들에 대한 각 청구는 모두 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 장상균(재판장) 이동욱 정혜은

심급 사건

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