2. 소송비용은 피고가 부담한다.

"가. 원고는 2005. 8. 31. 신주 3,230주를 1주 당 50만원(액면가 5,000원)에 유상증자 로 발행하여 특수관계자인 XX통신서비스 주식회사(이하소외 법인')에게 2,362주 (이하 '이 사건 신주')를 배정한 후 1,181,000,000원을 신주대금으로 납입받아 11,810,000 원은 자본금으로, 1,169,190,000원은 주식발행초과금으로 각 계상하였다.",나. 원고는 2005. 9. 2. 소외 법인에 대한 미지급금과 단기차입금 1,181,000,000원을 모두 변제하였고, 소외 법인은 2005. 11. 28. 위 주식을 특수관계 없는 자에게 1주당 18원에 양도하였다. 한편 원고는 2005 사업연도에 61,147,043,618원의 결손금이 발생 한 것으로 법인세를 신고하였다.

다. 영등포세무서장은 소외 법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 소외 법인이 회수 불가능한 부실채권을 대손처리하는 과정에서 특수관계자인 원고의 가치 없는 주식을 1 주당 50만원의 고가로 취득한 것은 사실상 채권을 포기한 것이라는 이유로 부당행위계산부인규정을 적용하여 법인세 부과처분을 하였다. 또한 영등포세무서장은 2009. 6. 29. 원고에게 소외 법인으로부터 받은 주식인수대금 1,181,000,000원에서 자본금 11,810,000원을 공제한 1,169,190,000원 상당의 채무변제이익이 발생한 것으로 보고 위 금액을 2005 사업연도의 익금에 산입함에 따라, 위 사업연도의 종전 결손금 1,147,043,618 원을 익금 가산된 1,169,190,000원으로 공제하여 소득금액을 22,146,382원으로 산정한 뒤 이월결손금 22,146,382원을 공제하여 과세표준을 '0'으로 하는 2005 사업연도 법인 세 과세표준 경정 통지를 하였다.

라. 원고는 2010. 3. 31. 2009 사업연도의 법인세 과세표준을 43,505,676원으로, 납부세액을 4,106,204원으로 신고 ・ 납부하였다.

마. 원고는 2010. 4. 21. 피고에게 종전 2005 사업연도에 채무변제이익으로 익금산입 된 1,169,190,000원은 익금불산입 대상이어서 당초 2005 사업연도의 결손금 1,147,043,618 원은 그대로 남아있고, 이를 2009 사업연도의 이월결손금으로 공제하면 2009 사업연도 의 법인세 과세표준은 0원이 되는 이상, 원고가 이미 납부한 법인세 4,106,204원을 환 급하여줄 것을 요구하는 경정청구를 하였다.

바. 원고는 경정청구를 한 날로부터 2개월 지나도록 피고로부터 회선을 받지 못하자, 국세기본법 제45조의 2 제3항, 제55조 제l항에 의하여 피고가 거부처분을 한 것으로 보고(위와 같이 거부처분으로 간주되는 피고의 행위를 이하 '이 사건 거부처분'이라 한 다), 2010. 8. 16. 조세심판원에 경정거부처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2011. 2. 16. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 전 법인세 법') 제17조 제1호에 의하면 주식발행액면초과액과 같은 자본거래로 인한 수익에 대하 여는 익금불산입대상으로 규정하고 있음에도, 피고는 이 사건 신주발행 이후 시행된 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정된 것, 이하 '개정 후 법인세법') 제17조 1호 단서에 채무의 출자전환 등으로 주식 등을 발행하는 경우에는 주식의 시가를 초과 하여 발행된 금액을 익금불산입대상에서 제외하는 내용이 추가된 것을 근거로 부당하게 이 사건 신주의 액면초과발행액을 채무면제이익으로 보아 익금불산입하여 2005 사업연도의 과세표준을 경정하였고, 이에 기초하여 2009 사업연도 법인세에 관한 원고의 경정청구를 받아들이지 않은 이 사건 거부처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건의 쟁점은 원고가 소외 법인에게 신주를 배정하는 과정에서 납입된 주식 발행액면초과액이 실제 채무의 면제로 생기는 부채의 감소액으로서 익금에 해당하는지 여부이다. 개정 전 법인세법 제17조 제1호에서 주식발행액면초과액은 익금불산입대상 으로 규정하고 있다가, 개정 후 법인세법 제17조 제1호 단서에서는 채무의 출자전환으 로 주식 등을 발행하는 경우 주식의 시가 초과 발행금액은 익금불산입 대상인 주식발행액면초과액의 산정에서 제외하도록 규정하고 있다. 한편, 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 전 시행령') 제11조는 법인세 법 제15조 제1항의 익금의 개념을 구체화하면서 제6호에서 '채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액'을 익금에 포함시키도록 규정하였다가, 법인세법 시행령 (2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정된 것, 이하 '개정 후 시행령') 제11조 제6호 에서 괄호 부분을 추가하여 '법 제17조 제1항 제1호 단서의 규정에 따른 금액'을 채무 면제 등으로 인한 부채의 감소액에 포함시키고 있다. 위와 같은 규정들을 종합하여 보면, 개정 후 법인세법과 시행령 규정은 세법상 주식발행초과금을 익금으로 산정하지 않는 제도를 이용하여 법인의 채권자가 채무의 출자전환이라는 자본거래의 형식을 빌려 해당 법인이 시행하는 고가의 유상증자에 참여함으로써 법인에게 시가와 발행가액의 차액에 해당하는 경제적 이익을 제공하고도, 법인으로 하여금 조세부담을 회피하게 하는 행위를 규제하기 위하여 주식의 시가와 발행가액의 차액만큼은(즉, 주식을 비싸게 산 가격만큼은) 채무를 면제한 것으로 보아 이를 해당 법인의 익금에 가산하겠다는 취지인 것으로 해석된다. 따라서 원고가 실제 가치가 없는 주식을 소외 법인에게 고가로 배정하고 받은 주식대금으로 다시 소외 법인의 채무를 변제한 행위가 실질적으로 채무를 변제한 행위가 실질적으로 채무의 출자전환행위에 해당하는지 여부를 판단하기에 앞서 위 개정 후 법인세법 및 시행령 규정이원고의 2005 사업연도에 적용될 수 있는지, 적용될 수 없다면 개정 전 법인세법 및 시행령 규정의 해석으로도 동일한 결론에 도달할 수 있는지를 먼저 살펴보아야 한다.

2) 개정 후 법인세법 부칙 제1조에서 시행일을 2006. 1. 1.로 하고 있으므로, 문제가 되는 2005 사업연도의 법인세 과세표준의 산정은 개정 전 법인세법 규정이 적용되어야함은 분명하다. 따라서 소외 법인이 원고의 유상증자에 참여하여 납입한 주식대금 에서 주식발행초과금(발행가 - 액면가)은 개정 전 법인세법 제17조 제1호 소정의 주식 발행액면초과액에 해당할 뿐, 이를 두고 개정 전 시행령 제11조 제6호 소정의 채무 면제이익이라고 볼만한 근거는 없다. 또한 이 사건에 개정 후 법인세법 및 시행령 규정 을 적용하는 것은 국세기본법 제18조 제2항에 의한 소급과세금지에 저촉되는 것이므로 허용될 수 없다(가사, 원고의 신주발행 및 채무변제행위를 조세회피를 위한 다단계적 행위로 보아 국세기본법 제14조 제3항에 의하여 그 행위를 부인하고, 실질적으로 채무 면제를 받은 것으로 고찰하여 개정 전 시행령 제11조 제6호를 적용하는 것이 가능하다고 가정하더라도, 위 국세기본법 조항은 2007. 12. 31. 신설되어 2008. 1. 1.부터 시행 된 이상, 이 사건에 있어 조세회피행위 부인의 근거 규정으로 적용될 수는 없다).

3) 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 거부처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.