2. 항소제기 이후의 소송총비용은 원고가 부담한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래와 같은 원고의 주장에 관한 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결 이유의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 원고의 추가 주장

이 사건 처분의 과세대상은 2006년 제2기가 아닌 2000년 제1기의 거래이므로, 이 사건 처분은 부과제척기간인 5년을 경과한 후에 이루어진 것으로서 위법하다.

3. 판단

가. 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라 한다) 제16조 제1항은 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 공급시기에 세금계산서를 공급을 받은 자에게 교부하여야 하되, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있도록 규정하고 있고, 그 위임에 의한 구 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라 한다) 제59조는 "법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 경정사유가 발생한 경우에는 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다"고 규정하고 있다.

그리고 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제4항의 위임에 의한 구 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의3 제1항은, 국세부과제척기간의 기산일인 국세를 부과할 수 있는 날에 관하여 그 제1호에서 "과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날"로 규정하고 있다.

나. 한편 시행령 제59조 단서의 취지는, 당초 세금계산서상의 공급가액이 후발적 사유로 증가하거나 감소한 경우 과세관청과 납세자의 편의를 도모하기 위하여 그 사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 그에 관한 수정세금계산서를 교부할 수 있게 함으로써 그 공급가액의 증감액을 수정세금계산서 교부일이 속하는 과세기간의 과세표준에 반영하도록 하는 데에 있으므로, 그와 같이 후발적 사유로 당초 세금계산서상의 공급가액이 감소함에 따라 수정세금계산서를 교부받은 경우 그에 대응하는 매입세액공제액의 감소로 인하여 발생한 부가가치세액 증가분에 관하여는 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호에 의하여 그 수정세금계산서 교부일이 속하는 과세기간의 과세표준 신고기한 다음날부터 그 부과제척기간이 진행한다고 보아야 할 것이다.

다. 이 사건에서 원고가 ○○산업에 지급할 도로개설비용 분담금을 감액하는 내용의 이 사건 조정결정이 확정됨에 따라 원고가 2006. 7. 18. ○○산업으로부터 이를 반영한 이 사건 수정세금계산서를 교부받았다면, 이 사건 수정세금계산서의 교부에 따른 부가가치세 130,814,790원은 그 교부일이 속하는 2006년 제2기에 귀속되고, 그에 대한 부과제척기간은 그 과세표준신고기한 다음날인 2007. 1. 26.부터 진행한다고 할 것이므로, 2008. 3. 3. 이루어진 이 사건 처분은 부과제척기간이 경과한 후의 것이라고 할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

4. 결론

그러므로 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 하는바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.