서울 00 0000 00, 00(0000, 00빌딩)

대표이사 BBB

소송대리인 변호사 000, 000, 000

소송수행자 000, 000, 000

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2013. 1. 2. 원고에 대하여 한 상여처분액 4,979,423,000원의 소득금액변동통지처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

가. 원고는 195*. 10. 1. 설립되어 000000업을 영위하는 법인으로, 2009. 12. 9.당시 제2대 주주인 소외 DDD의 주식을 유상감자한 후 원고의 대표이사인 BBB이 원고의 1인주주가 되었다.

나. 원고는 2010. 1. 26. 정관을 개정하여 정관에 임원에 대한 퇴직금을 주주총회의결의로 정할 수 있도록 하는 규정을 두었고(원고의 정관 제35조, 이하 '이 사건 정관규정'이라 한다), 2010. 9. 8. 임시주주총회를 통하여 퇴직금의 지급에 대한 상세한 내용을 규정한 퇴직급여지급기준(이하 '이 사건 퇴직급여기준'이라 한다)을 제정하였다.

다. 원고는 그의 대표이사 BBB과 이사 CCC에 대하여 연봉제 전환을 이유로 2011. 12. 31.자로 퇴직급여를 중간정산하면서, BBB에게 5,043,452,000원, CCC에게 1,176,971,000원 등 합계 6,220,434,000원(이하 '이 사건 퇴직급여'라 한다)을 지급하였고, 이를 2011년 사업연도의 손금에 산입하였다.

라. 00지방국세청은 2012. 11. 원고에 대한 세무조사를 실시하여 "이 사건 퇴직급여기준이 특정임원만을 위하여 만들어진 것이고, 그에 따른 이 사건 퇴직급여는 과도하게 지급된 것이다."라는 이유로, 이 사건 퇴직급여 중 구 법인세법 시행령(2012. 2.2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것, 이하 '법인세법 시행령'이라 한다) 제44조제4항에 의해서 '정관에 퇴직급여로 지급할 금액이 정해진 경우 외의 임원퇴직급여 한도액'에 해당하는 1,241,000,000원을 초과하는 금액인 4,979,423,000원을 손금불산입하고 대표이사 BBB에 대하여 4,035,452,000원, CCC에 대하여 943,971,000원의 상여처분을 하도록 피고에게 통보하였으며, 피고는 위 통보에 따라 2013. 1. 2. 원고에게4,949,423,000원의 소득금액변동통지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)를 하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 4. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나,2013. 11. 29. 기각되자 2014. 2. 27. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거: 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제3호증, 갑 제5호증, 을 제1호증의각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 당사자의 주장 및 판단

가. 당사자의 주장

1) 원고

이 사건 퇴직급여는 적법하게 개정된 이 사건 정관규정과 그에 따라서 제정된 이 사건 퇴직급여기준에 의하여 정당하게 지급된 것이다. 따라서 이 사건 퇴직급여 중 위4,979,423,000원 부분을 손금불산입한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고

가) 원고가 정관을 개정하여 이 사건 정관규정을 두게 된 2010. 1. 26.자 주주총회 당시 1인주주였던 BBB이 국내에 있지 않았고, 이 사건 퇴직급여기준을 제정한 2010. 9. 8.자 주주총회 이후에도 이 사건 퇴직급여기준과 다른 방식으로 장부상 퇴직급여 충당부채가 설정된 점에 비추어 보면, 이 사건 각 주주총회를 유효한 것으로 볼수 없고, 따라서 이 사건 퇴직급여기준의 효력도 인정할 수 없다(이하 '제1주장'이라한다).

나) 설령 이 사건 퇴직급여가 절차상으로 유효한 이 사건 퇴직급여기준에 의하여 지급되었다 하더라도, 이 사건 퇴직급여는 법인세법 제19조, 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호의 합목적적인 취지에 반하는 정관개정을 통하여 지급된 것이므로 손금에 산입할 수 없다고 봄이 상당하고, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다(이하'제2주장'이라 한다).

다) 이 사건 퇴직급여는 법인세법 제52조 제1항, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제9호에 의한 부당행위부인의 대상이고, 이 경우 법인세법 시행령 제89조 제1항의'시가'는 같은 법 시행령 제44조 제4항 제2호에서 정한 퇴직급여라 할 것이므로, 이 사건 퇴직급여에서 위 시행령 규정에 따른 퇴직급여를 제외한 나머지 금액을 손금에서 제외한 이 사건 처분은 적법하다(이하 '제3주장'이라 한다).

라) 예비적으로, BBB은 정당한 이유 없이 원고로부터 BBB과 동일직위에 있는 원고의 이사 CCC이 2011년 지급받은 급여의 6배에 달하는 2011년 급여를 지급받았으므로 원고가 BBB에게 지급한 2011년 총 급여 중 CCC에게 지급한 2011년 총급여를 초과하는 금액은 손금불산입의 대상에 해당한다고 보아야 한다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 퇴직급여기준의 효력 인정(피고의 제1주장에 관한 부분)이 부분에 관하여 이 법원이 설시할 이유는 제1심 판결 제5쪽 제18행의 "비로서"를"비로소"로 고치고, 제6쪽 제3행, 제4행의 "'이 사건 퇴직급여기준의 효력을 인정할 수 없다는 점'은 이 사건 처분의 적법한 처분사유가 될 수 없다."는 "이 사건 퇴지급여기준의 효력을 인정할 수 없다는 주장은 이유 없다."록 고치는 것 외에는 제1심 판결 제5쪽 제3행부터 제6쪽 제4행까지 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.2) 이 사건 퇴직급여가 법인세법 제19조의 손금산입요건에 부합하는지 여부(피고의 제2, 3주장에 관한 부분)

가) 관련 규정 및 법리

(1) 법인세법 제19조 제1항은 "손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다."고 규정하고, 제2항은 "제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다."고 규정하고 있으며, 제4항은 "제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다."라고 규정하고 있다. 그리고 그 위임을 받은 법인세법 시행령 제19조 제3호는 위법인세법 규정에 따른 손비의 하나로 '인건비'를 들고 있다.

그리고 법인세법 제26조는 "다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할법 시행령 제87조 제1항은 "법 제52조 제1항에서 '대통령령이 정하는 특수관계에 있는자'라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자를 말한다."고 규정하면서 제1호로'임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는자를 포함한다)와 그 친족', 제2호로 '주주 등(소액주주 등을 제외한다)과 그 친족' 등을들고 있으며, 제88조 제1항은 부당행위계산의 유형을 구체적으로 나열하면서 제9호로'그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우'를 들고 있다.

여기에서 '부당행위계산 부인'이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 등 참조).

위와 같은 관련 규정의 문언 및 체계, 입법 취지와 아울러 앞서 살핀 부당행위계산부인의 법리 등을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 법인이 임직원에게지급하는 인건비(보수, 급료 및 수당, 상여금, 연금 또는 퇴직금 기타 이와 유사한 성급여)라고 하여 모두 발생한 사업연도의 손금에 해당한다고 볼 수 없고 인건비에 관하여 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 손금불산입하도록 하고 있는 점, ②법인세법 시행령 제43조 제4항은 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수라고 하더라도 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인의 대상에 해당하는 경우에는 이를 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있는 점, ③ 법인의 임원에게 퇴직금을 지급할 경우 당해 법인과 퇴직금을 지급받는 임원은 법인세법상 특수관계자이고, 임원에게 지급하는 퇴직금이 일정기준을 초과하여 부당하게 고액이면 그로 인하여 당해 법인의 소득금액이 낮아지고 법인세가 부당하게 감소하는 결과가 발생하는 점 등을 고려하면, 법인이 특수관계자인 특정 임원 등에게 지급한 보수나 상여금, 퇴직금 등이 정당한 이유 없이 동일직위에 있는 임원 등에게 지급하는 금액을 현저히 초과하는 등 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 경우라면 특정 임원 등에게 이익을 분여하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 행위로서 법인세법시행령 제88조 제1항 제9호의 '그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우'에 해당된다고 보아 이를 부인할 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 원고가 특수관계자인 임원 BBB, CCC에게 지급한 이 사건 퇴직급여로 인하여 원고의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인의 적용대상이 될 수 있다고 할 것이다.

(2) 한편, 법인세법 시행령 제44조 제4항은 "법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다."고 규정하면서 제1호로 "정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액"을, 제2호로 "제1호 외의 경우에는그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년 동안 해당 임원에게 지급한 총급여액[「소득세법」제20조 제1항 제1호 가목 및 나목에 따른 금액(같은 법 제12조에 따른 비과세소득은 제외한다)으로 하되, 제43조에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액은 제외한다]의 10분의 1에 상당하는 금액에 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액. 이 경우 해당 임원이 사용인에서 임원으로 된 때에 퇴직금을 지급하지 아니한 경우에는 사용인으로 근무한 기간을 근속연수에 합산할 수 있다."고 규정하고 있고, 같은 조 제5항은 "제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다."고 규정하고 있다.

위 관련 규정의 내용 및 취지 등과 함께, ① 법인세법이 정관에 명시한 임원퇴직금지급규정을 손금산입에 대한 기준으로 인정한 이유는 정관이란 법인의 운영에 관한 근본규칙으로서 퇴직금을 증가시키기 위해서는 상법 제433조 이하에서 정한 엄격한 정관변경절차를 거쳐야 하므로, 임원이라도 임의로 임원퇴직금을 과다하게 지급하는 것이 비교적 어려워 법인의 소득을 부당히 감소시킬 위험이 적기 때문인 점, ② 앞서 본 바와 같이 법인이 특수관계자인 특정 임원 등에게 지급한 보수나 상여금, 퇴직금 등이건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 경우 특정 임원 등에게 이익을 분여하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 행위로서 법인세법 제52조에 따라 부당행위계산 부인의 대상이 되는 점 등을 고려해 보면, 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호 또는 제5항에 따른 '정관에 의한 임원퇴직금 지급규정'이란, 상법상 의결절차와 의결내용이 정당할 뿐 아니라, 임원의 퇴직 시마다 퇴직금(퇴직위로금 포함)을 임의로 지급할 수 없도록 정한 일반적이고 구체적인 기준으로서 당해 법인이 계속적이고 반복적으로 적용하여 온 규정이라고 봄이 타당하다. 따라서 만일 임원퇴직금 지급규정을 신설하거나 개정한 직후 곧바로 대표이사가 퇴직을 한 경우와 같이 특정 임원에게 임의로 퇴직금을 지급하기 위한 방편으로 지배주주 등의 지배력에 의해 정관이 급조되었다거나, 정관에서 특정 임원에게만 정당한 이유 없이 퇴직금액을 고액으로 정하거나 지급배율을 차별적으로 높게 정하였다는 등의 특별한 사정이 있다면, 위와 같은 정관은 특정 임원에게 임의로 고액의 퇴직금을 지급하기위한 수단일 뿐 당해 법인이 계속적・반복적으로 적용하여 온 일반적이고 구체적인 규정이라고 볼 수 없으므로, 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호 또는 제5항에 따른'정관에 의한 임원퇴직금 지급규정'이라고 볼 수 없다.

2) 이 사건에의 적용

위와 같은 관련 법령과 법리 등에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① BBB은 2009. 12. 9. 당시 제2대주주인 DDD의 주식을 유상감자한 후 원고의 대표이사로서 1인 주주였으므로 원고를 실질적으로 경영해 온 것으로 보이고, CCC은 1980. 11. 1. 원고 회사에 입사한 이래이 사건 처분 당시 원고의 이사로서 회사 업무 전반을 관장하고 있었으므로 원고의 중요한 정책결정 및 업무처리에 있어서 실질적인 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있었던 것으로 보이는 점, ② 이 사건 퇴직급여기준은 BBB 및 CCC에 대하여 연봉제전환을 이유로 퇴직급여를 중간정산한 2011. 12. 31.부터 불과 1년여 전인 2010. 9. 8.개최된 주주총회에서 신설된 것으로서, 1인주주인 BBB과 실질적 영향력 있는 CCC의 지배력에 의해 BBB과 CCC의 퇴직금 중간정산을 염두에 두고 급조되었다고 볼 여지가 충분한 점, ③ 이 사건 퇴직급여기준이 제정되었던 2010. 9. 8.부터 불과 5개월 전인 2010. 4.경에퇴직한 이사 000, 000 및 직원 000에 관하여는 일반적인 지급기준에 따른 퇴직금만을 지급한 점 등을 종합해 보면, 이 사건 퇴직금 규정 중 퇴직금 지급에 관한 부분은 특정 임원에게 임의로 고액의 퇴직금을 지급하기 위한수단일 뿐 원고가 계속적・반복적으로 적용하여 온 일반적이고 구체적인 규정이라고 볼 수 없으므로, 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호의 '정관에 퇴직급여로 지급할 금액이 정하여진 경우' 또는 제5항의 '정관에서 위임된 퇴지급여지급규정이 따로 있는 경우'에 해당한다고 볼 수 없다.

3) 소결

따라서 이 사건 퇴직급여기준은 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호의 '정관에 퇴직급여로 지급할 금액이 정하여진 경우' 또는 같은 조 제5항의 '정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우'에 해당한다고 볼 수 없고, 피고가 이를 전제로 법인세법 제52조, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호, 제44조 제4항 제2호에 따라 원고에게 4,949,423,000원의 소득금액변동통지를 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분은 정당하므로 원고의 청구를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.