상고비용은 피고의 부담으로 한다.

부가가치세법 제17조 제1항 , 제2항 제1호 단서, 같은법시행령 제60조 의 규정에 의하여 매입세액을 공제받으려면 위 법 제16조 제1항 , 제9조 제1항 , 제2항 이 규정하는 거래시기에 교부받은 세금계산서를 과세관청에 제출하여야 하겠지만 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류이고 그것을 거래시기에 발행 교부하게 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로 그 공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성교부했다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 그 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세의 매입세액은 공제되어야 할 것이다 ( 당원 1987.3.24 선고 86누800 판결 ; 1986.9.23 선고 85누75 판결 참조).

따라서 원심이 적법하게 확정한 바에 의하면, 부가가치세법상 영세율이 적용되는 이 사건 거래에 대하여 피고가 영세율 적용대상이 아니라고 하여 세금계산서 및 세액의 납부를 권장하므로 부득이 원고와 거래한 오퍼상들이 원고의 국내지점에게 작성일자를 각 거래시로 소급하여 작성한 세금계산서를 교부하고 판시 세액을 지급받아 과세관청에 수정신고를 하면서 부가가치세를 납부하였다는 것이므로 앞에서 본 취지에 따라 그 거래에 따른 매입세액은 당연히 공제되어야 할 것이다.

또 원심이 그 증거에 의하여 원고의 국내지점이 위 오퍼상들로부터 교부받은 위 거래에 따른 세금계산서를 첨부하여 1983.2.19에 피고에 대하여 1982. 제1기 과세기간에 관한 확정신고 및 1982. 제2기 예정신고에 대한 각 수정신고를 하여 위 지급세액을 매입세액으로 공제할 것을 신청한 사실을 적법하게 확정하고 있고 이에 의하면 원고의 국내지점이 한 위 각 수정신고는 모두 적법한 수정신고기간내에 한 것으로 보여지므로 위 오퍼상들의 소관 세무관서가 그들로부터 원고와의 거래에 대한 부가가치세로 납부받은 세액은 그 거래가 영세율 적용대상이고 그 거래에 따른 세금계산서도 앞에서 본 바와 같이 적법하게 제출된 이상 이는 위 오퍼상들에게 반환하여야 할 성질의 것이기는 하나 원고의 국내지점이 한 부가가치세표준 및 세액수정신고시까지도 이를 반환하지 않고 있는 바에야 그 세액은 이를 위 오퍼상들에게 지급한 원고 국내지점의 매입세액으로 보아야할 것이므로 과세관청으로서는 원고의 이 사건 매입세액공제 신청을 받아드려야 할 것이다.

결국 원심이 피고의 이 사건 거부처분이 위법하다고 본 조치에 주장하는 바와 같은 법리의 오해나 채증법칙을 위배하여 심리를 다하지 아니한 위법이 없다. 주장은 이유없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 피고의 부담으로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.