2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

가. 원고는 1998. 11. 3. ○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○ 대 190.5㎡를 매수하여 소유권이전등기를 마쳤고, 1991. 5. 30. 위 ○○동 ○○○-○○ 대 571.5㎡(이하 위 각 대지를 '이 사건 대지'라 한다)를 매수하여 소유권이전등기를 마친 다음, 1996. 2.경부터 이 사건 대지의 지상에 건물(지하 2층, 지상 7층)의 신축공사(이하 '이 사건 공사'라 한다)를 시작하여 2층 골조공사까지 마친 상태에서 시공회사의 부도로 이 사건 대지에 관하여 경매개시 결정이 내려져 2003. 10. 17. 김○○ 외 1인에게 매각가격 793,370,000원에 매각되었으나, 원고는 양도소득세 과세표준 확정 신고를 하지 않았다.

나. 이에 대하여 피고는, 양도소득세 과세표준 확정 신고를 하지 않았을 뿐 아니라, 매매계약서 등 증빙자료를 제시하지 못하고 있으며, 이 사건 대지를 담보로 제공하고 대출받은 대출금이 이 사건 공사비에 사용되었는지를 명확히 밝히지 못하고 있다는 이유로 이 사건 대지의 양도가액은 매각가격 793,370,000원으로, 취득가액은 기준시가 571,071,375원에 의거 양도차익을 산정하여 2004. 7. 1. 원고에게 2003년도 귀속 양도소득세 43,375,790원을 결정 · 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑1, 12 내지 15호 증, 22 내지 24호 증, 을1, 2, 3호 증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지]

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

피고는 이 사건 처분은 위 처분사유와 관계법령에 따라 적법하게 이루어진 것이라고 주장함에 대하여, 원고는 ① 원고는 이 사건 대지가 경매신청에 의하여 매각된 것이어서 양도차익이 발생하지 아니하였음에도 기준시가를 기준으로 과세소득이 있는 것으로 오인하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하고, ② 원고는 이 사건 대지를 취득한 후 이 사건 대지를 담보로 ○○○○○○○○로부터 대출을 받아 건물을 신축하는 등 이 사건 대지의 양도 시까지 필요경비를 지출하였으므로 이를 과세표준에서 공제하여야 함에도 이를 인정하지 아니한 채 이루어진 이 사건 처분은 위법하며, ③ 가사 기준시가에 의하여 양도차익 및 세액을 산정한다고 하더라도, 기준시가에 의한 양도차익에 기초한 세액이 그 실지양도차익의 범위를 넘는 것이어서 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지원칙에 위배되어 위법하다고 다툰다.

나. 관계법령

제96조 양도가액

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다. <개정 2000.12.29, 2002.12.18>

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정 신고 기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

제97조 양도소득의 필요경비계산

①거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. <개정 1995.12.29, 1999.12.28, 2000.12.29, 2002.12.18>

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액

다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

3. 삭제 <2000.12.29>

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

②양도 자산 보유기간 중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 연도의 부동산임대소득금액·사업소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다.

③제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각 호에 의한다.<개정 1999.12.28>

1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액

2. 제1호 외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문, 동호 다 목, 제7항 또는 제114조 제5항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액

제100조 양도차익의 산정

①양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. <개정 1999.12.28, 2000.12.29>

②제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분 계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분 계산한다. <개정 2000.12.29>

③양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제110조 양도소득과세표준 확정 신고<개정 1999.12.28>

①당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. <개정 2000.12.29>

②제1항의 규정은 당해연도의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 때에도 적용한다.

③제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 확정 신고라 한다.<개정 1999.12.28>

④예정신고를 한 자는 제1항의 규정에 불구하고, 당해 소득에 대한 확정 신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 1999.12.28, 2000.12.29>

⑤확정 신고에 있어서는 그 신고서에 양도소득금액의 계산의 기초가 된 양도가액과 필요경비의 계산에 필요한 서류로서 대통령령이 정하는 것을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.<개정 1999.12.28>

⑥납세지 관할세무서장은 제5항의 규정에 의하여 제출된 신고서 기타 서류에 미비 또는 오류가 있는 때에는 그 보정을 요구할 수 있다.

제164조 토지·건물의 기준시가 산정

⑧다음 각 호의 1에 해당하는 가액이 법 제99조 제1항 제1호 가 목 내지 다 목에 의한 가액보다 낮은 경우에는 그 차액을 동호 가 목 내지 다 목의 가액에서 차감하여 양도당시 기준시가를 계산한다. <개정 1999.12.31, 2002.12.30>

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우의 그 보상금액

2. 국세징수법에 의한 공매와 민사소송법에 의한 강제경매 또는 저당권실행을 위하여 경매되는 경우의 그 공매 또는 경락가액

다. 판단

(1) 양도차익 산정 시 기준시가 적용의 당부

(가) 위 관계법령에 의하면, 부동산 양도에 따른 양도소득세를 산정함에 있어 양도가액과 취득가액은 원칙적으로 당해 부동산의 양도 당시의 기준시가와 취득 당시의 기준시가에 의하여 산정하되, 다만 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우에는 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하지만 신고한 실지거래가액이 신고 시 제출한 증빙서류에 의하여 확인되지 아니한 경우에는 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있다.

(나) 이 사건의 경우, 원고가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하지 않았음은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 대지의 양도가액은 매각가격 793,370,000원( 이 사건 대지의 취득가액을 기준시가로 산정하였기 때문에 양도가액도 기준시가로 산정하여야 하나, 구 소득세법시행령(2003. 11. 20. 대통령령 제18127호로 개정되기 전의 것) 제164조 제8항 제2호에 의하여 이 사건 대지의 양도 당시 기준시가인 872,490,000원보다 낮은 매각가격 793,370,000원을 양도가액으로 보아야 한다), 취득가액은 기준시가 571,071,375원에 의거 양도차익을 산정한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

(2) 실지로 소요된 필요경비 등의 공제 주장에 대하여

한편, 구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되기 전의 것) 제97조 제3항 제2호에 의하면, 양도차익을 산정함에 있어서 기준시가에 의하는 경우에는 그 자산의 취득 당시의 기준시가에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액을 일률적으로 필요경비로 공제하도록 되어 있고, 위와 같이 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하는 경우에는 취득 당시의 기준시가에 같은 법 시행령 제163조 각 호의 1의 금액을 가산한 금액을 필요경비로 양도가액에서 공제하도록 규정하고 있으므로 납세의무자가 그 이외의 실지로 소요된 필요경비를 입증한다 하더라도 이를 필요경비로서 양도가액에서 공제할 수 없다고 할 것이므로(대법원 1995. 11. 24. 선고 95누4599 판결 참조), 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다(원고는 이 사건 대지 외에 그 지상의 신축중인 건물도 매각되었다고 주장하나, 이를 인정할 아무런 증거가 없고, 오히려 앞서 채택한 각 증거에 의하면, 위 임의경매 당시 매각의 목적물은 이 사건 대지일 뿐이고 그 지상 신축 건축물은 제외된 사실이 인정될 뿐이다).(3) 기준시가를 기초로 산출한 이 사건 세액이 실지양도차익을 초과하는지 여부 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 경우에 있어서도 헌법상의 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 그에 기초하여 산출한 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수 없고, 기준시가에 의하여 산정한 양도차익이 실지양도가액을 넘을 수 없음은 원고들이 주장하는 바와 같으나(대법원 1997. 2. 11. 선고 96누860 판결 참조), 이 경우 기준시가에 의하여 산정한 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘는다는 과세장해사유는 납세의무자인 원고가 입증하여야 할 것인바(대법원 1998. 4. 10. 선고 98두908 판결 참조), 갑4호 증의 기재만으로는 이 사건 처분에서의 산출세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘는다거나, 또는 이 사건 처분에서의 양도차익이 실지양도가액을 넘는다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.