2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2013. 4. 30. 소외인과, 원고의 대주주인 소외인이 운영하는 개인기업인 ‘○○○○’을 원고와 통합한다는 내용의 중소기업 통합 계약(이하 ‘이 사건 통합계약’이라 한다)을 체결하였다. 원고와 소외인은 ‘○○○○’의 순자산가액을 12,072,409,794원(= 자산 19,437,161,640원 - 부채 7,364,751,846원)으로 보고, 원고가 소외인(○○○○)의 자산인 서울 도봉구 (주소 생략) 대 2631.1㎡ 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)을 비롯한 ‘○○○○’의 자산 및 영업 일체를 인수하는 대가로 소외인에게 신주 3,511,463주(1주당 발행가액 3,438원)를 발행·교부(3,511,463주 × 3,438원 = 12,072,409,794원)하고, 통합일은 2013. 6. 1.로 하기로 약정하였다.

이후 원고와 소외인은 ‘○○○○’의 순자산가액을 11,725,212,944원(= 자산 19,437,161,640원 - 부채 7,711,948,696원), 원고가 소외인에게 발행할 신주를 3,410,474주(1주당 발행가액 3,438원)로, 통합일을 2013. 6. 20.로 이 사건 통합계약서를 수정(3,410,474주 × 3,438원 = 11,725,209,612원, 11,725,212,944원과의 차액 3,332원은 절사)한 다음, 2013. 6. 5. 서울북부지방법원에 신주발행 조사보고서 인가신청을 하였다.

나. 서울북부지방법원은 2013. 6. 24. 원고가 보통주식 58,802주(= 이 사건 각 부동산 감정평가액 202,161,640원/1주당 발행가액 3,438원)을 발행하는 것을 인가하는 결정( 서울북부지방법원 2013비합10 )을 하였고, 원고는 2013. 6. 26.경 소외인에게 보통주식 58,802주를 신주발행하고 2013. 7. 2. 이 사건 각 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고와 ‘○○○○’은 2013. 6. 30.경 통합하였고, 통합일을 기준으로 한 ‘○○○○’의 순자산가액은 11,847,644,277원(= 이 사건 통합계약에서 ‘○○○○’의 순자산가액으로 본 11,725,212,944원 + 이 사건 통합계약상 승계대상 외에 추가로 승계한 구축물 및 전력설비의 가액 28,687,967원 + 이 사건 통합계약상 부채 산정일과 실제 통합일 사이에 발생한 통합대상 부채 감소액 93,743,366원)이다. 소외인은 2013. 9. 25.경 ‘○○○○’의 폐업신고를 하였다.

라. 원고는 이 사건 통합계약에 따라 추가로 소외인에게 발행해야 할 3,351,672주(= 이 사건 통합계약서에 기재된 3,410,474주 - 기발행된 58,802주)의 발행의무를 ‘통합예수금 11,645,482,637원’(= 통합일 기준 ‘○○○○’의 순자산가액 11,847,644,277원 - 기발행된 보통주식 58,802주의 1주당 발행가액 합계액 202,161,640원)으로 회계처리하였다.

마. 원고는 2014. 1. 6. 임시주주총회를 개최하여, 이 사건 통합계약에 따라 소외인에게 발행되어야 할 주식 3,410,474주 중 아직 발행되지 않은 3,351,672주를 추가로 발행하기 위해, 원고가 소외인에게 현금으로 11,523,048,336원(= 3,351,672주 × 1주 금액 3,438원)을 지급하면 소외인이 즉시 해당 금원으로 원고의 유상증자에 참여하기로 결의하였다. 원고는 2014. 1. 6. 이사회를 개최하여 위 발행대상 주식 3,351,672주 중 601,672주를 1주당 발행가액 3,438원으로 발행하기로 결의하였다.

바. 원고는 2014. 1. 21. 서울북부지방법원에, 원고가 소외인에게 발행할 잔여 주식 2,750,000주(= 이 사건 통합계약서에 기재된 3,410,474주 - 기 발행된 58,802주 - 2014. 1. 6. 발행된 601,672주)를 1주당 발행가액 3,438원에 발행하는 것을 인가하여 줄 것을 신청하였고, 서울북부지방법원은 2014. 2. 10. 원고가 액면가액 5,000원의 보통주식 2,750,000주를 1주당 최저 발행가액을 3,438원으로 정하여 발행하는 것을 인가하는 결정( 서울북부지방법원 2014비합3 )을 하였다.

사. 이에 원고는 2014. 2. 12.부터 2014. 2. 21.까지의 신주 2,750,000주를 1주당 발행가액 3,438원으로 소외인에게 발행하였다. 원고가 이 사건 통합계약과 관련하여 소외인에게 발행한 주식 내역은 다음과 같다.

아. 원고는 2013. 6. 28.경 이 사건 각 부동산이 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라 한다) 제120조 제1항 제2호 에서 정한 ‘ 제31조 에 따른 중소기업 간의 통합에 의하여 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산’에 해당한다고 보아 취득세 면제 신고를 하였다.

자. 피고는 2015. 1. 20. 이 사건 통합계약으로 인하여 소멸하는 사업장(○○○○)의 중소기업자(소외인)가 당해 통합으로 인하여 취득한 주식의 수가 원고의 이 사건 각 부동산 취득일(2013. 7. 2.)까지 원고가 소외인에게 발행한 신주 58,802주라고 보고, 이 사건 통합계약으로 인하여 소멸하는 사업장(○○○○)의 중소기업자(소외인)가 당해 통합으로 인하여 취득한 주식의 가액 202,161,276원(= 58,802주 × 신주 1주당 가액 3,438원)이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장(○○○○)의 순자산가액 11,847,644,277원보다 낮아 이 사건 각 부동산이 조세특례제한법 제120조 제1항 제2호 , 제31조 제1 , 2항 , 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호 에서 정한 취득세 면제요건을 충족하지 못하였다고 보아 원고에게 취득세 942,932,070원, 농어촌특별세 38,629,810원 합계 981,561,880원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 과세처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 21호증, 을 제1, 2, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 이 사건 과세처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 통합계약으로 인하여 소멸하는 사업장(○○○○)의 중소기업자(소외인)가 당해 통합으로 인하여 취득한 주식의 수는 소외인에게 발행된 신주 3,410,474주이다. 한편, 원고는 부동산과다법인에 해당함에도 담당 세무법인이 이를 간과하여 자산가치와 수익가치의 비율을 2:3으로 가중평균하여 신주 1주당 가액을 3,438원으로 잘못 계산하였으나, 구 상속세 및 증여세법(2015. 12. 15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것) 제63조 및 같은 법 시행령 제54조 제1항 단서에 따라 자산가치와 수익가치의 비율을 3:2로 가중평균하여 부동산과다법인인 원고의 신주 1주당 가액을 제대로 계산하면 4,349원이 된다. 따라서 소외인이 통합으로 인해 취득한 주식의 가액은 14,832,151,426원(= 3,410,474주 × 4,349원)이어서, 통합으로 인하여 소멸한 사업장(○○○○)의 순자산가액 11,847,644,277원보다 높으므로, 이 사건 각 부동산은 조세특례제한법 제120조 제1항 제2호 , 제31조 제1 , 2항 , 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호 에서 정한 취득세 면제요건을 충족하였다. 따라서 이 사건 과세처분은 위법하다.

나. 판단

⑴ 조세특례제한법 제120조 제1항 제2호 , 제31조 제1 , 2항 , 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호 는 중소기업 간의 통합에 의하여 존속하는 법인(이하 ‘존속법인’이라 한다)이 통합으로 인하여 소멸하는 기업(이하 ‘소멸기업’)으로부터 해당 사업용 재산을 양수하는 경우, 소멸기업의 중소기업자가 존속법인의 주주이고, 그가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식의 가액이 소멸기업의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액) 이상이 되면, 존속법인이 양수하는 해당 사업용 재산의 취득세가 면제된다고 정하고 있다. 위 조항은 중소기업 간의 통합을 통해 생산 또는 경영 규모의 적정화를 유도하기 위해, 존속기업이 소멸기업의 중소기업자에게 소멸기업의 순자산가액 이상의 통합 대가를 지급하고 소멸기업을 통합하는 것을 취득세 면제를 통하여 장려하고 있다(존속기업이 소멸기업의 중소기업자에게 소멸기업의 순자산가액 미만의 통합 대가를 지급하고 소멸기업을 통합하는 것은 존속기업의 입장에서 이익이 되므로, 세제 혜택을 통하여 이를 장려할 필요성은 상대적으로 작다). 따라서 존속기업이 위 조항을 근거로 취득세를 면제받기 위해서는 존속기업이 소멸기업의 중소기업자에게 지급하는 통합 대가가 소멸기업의 순자산가액 이상이어야 한다.

⑵ 위 조항은 ‘당해 통합으로 인하여 취득하는 주식’에 관하여 취득시점에 어떠한 제한을 두고 있지 않으므로, ‘당해 통합으로 인하여 취득하는 주식’은 그 문언에 충실하게 ‘통합의 대가로 또는 통합을 원인으로 취득하는 주식’으로 해석되어야 한다(피고와 같이 ‘당해 통합으로 인하여 취득하는 주식’의 취득시점을 원고의 이 사건 각 부동산 취득일까지로 제한하는 것은 위 조항에서 정하지 않은 요건을 창설하는 것으로서 부당하다). 또한 취득세 납세의무 성립시기인 이 사건 각 부동산 취득일을 기준으로 그 이전에 ‘거래 상대방에게 지급하여야 할 의무가 발생한 주식’을 ‘당해 통합으로 인하여 취득하는 주식’에 포함시키는 것은 취득세 감면 요건 충족 여부를 결정하면서 취득세 납세의무 성립시기 이전에 발생한 사정을 고려한 것이므로, 취득세 감면 요건 충족 여부를 취득세 납세의무 성립시기인 이 사건 각 부동산 취득일 이후의 사정을 고려한 것이라고 볼 수 없다. 원고와 소외인은 원고의 이 사건 각 부동산 취득일(2013. 7. 2.) 이전에 이 사건 통합계약을 체결하면서 ‘○○○○’의 순자산가액을 11,725,212,944원으로 평가하고 원고가 소외인에게 3,410,474주(1주당 발행가액 3,438원)의 신주를 발행하기로 약정하였고, 실제로 원고는 2013. 6. 26.경부터 2014. 2. 21.경까지 합계 3,410,474주(1주당 발행가액 3,438원)의 신주를 발행하여 이 사건 통합계약의 이행을 완료하였으므로, 이 사건 통합계약으로 인하여 소멸하는 사업장(○○○○)의 중소기업자(소외인)가 당해 통합으로 인하여 취득한 주식의 수는 3,410,474주라고 보아야 한다.

⑶ 그런데, 원고가 신주 1주당 가액을 3,438원으로 정하여 이 사건 통합계약을 체결하였고[원고의 주장과 같이 신주 1주당 가액이 4,349원이라면 원고가 이 사건 통합계약에서 소외인에게 발행하여야 할 신주 또한 2,696,071주(= ‘○○○○’의 순자산가액 11,725,212,944원 / 1주당 가액 4,349원)에 불과하게 된다], 법원 또한 1주당 발행가액을 3,438원으로 정하여 각 신주발행인가결정을 한 점, 원고가 이 사건 각 부동산 취득일 이후인 2014년에 소외인에게 신주를 발행하면서 1주당 가액을 3,438원으로 계산하여 소외인에게 현금 합계 11,523,048,336원(= 3,351,672주 × 1주 금액 3,438원)을 지급하는 형식을 취하고 현금출자 유상증자 방식으로 신주 합계 3,351,672주를 발행한 점 등에 비추어 볼 때, 갑 제23, 28호증의 각 기재만으로는 원고와 ‘○○○○’의 통합일(2013. 6. 30.경)을 기준으로 한 원고의 신주 1주당 가액이 4,349원이라는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 신주 1주당 가액은 3,438원이라고 보는 것이 타당하다.

⑷ 따라서, 소외인이 통합으로 인해 취득한 주식의 가액은 11,725,209,612원(= 3,410,474주 × 3,438원)이어서, 통합으로 인하여 소멸한 사업장(○○○○)의 순자산가액 11,847,644,277원보다 낮다[원고 주장 신주 가액을 인정한다 할지라도, 원고가 실제 소외인에게 지급한 통합 대가는 11,778,778,234원{= 255,729,898원(= 58,802주 × 신주 1주당 가액 4,349원) + 유상증자를 위해 원고가 소외인에게 지급하는 형식을 취한 현금 합계 11,523,048,336원}에 불과하여 통합으로 인하여 소멸한 사업장(○○○○)의 순자산가액 11,847,644,277원보다 낮다는 결론은 동일하다].

⑸ 결국, 피고가 이 사건 각 부동산의 취득시점을 기준으로 소외인이 취득한 주식 58,802주만을 통합으로 인하여 취득한 주식의 가액으로 본 것은 잘못이지만 통합으로 인하여 취득하는 주식의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액에 미달하여 이 사건 각 부동산은 조세특례제한법 제120조 제1항 제2호 , 제31조 제1 , 2항 , 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호 에서 정한 취득세 면제요건을 충족하지 못하였으므로, 이 사건 과세처분이 위법하다고 할 수 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 한다.

[별지 생략]

판사 김국현(재판장) 김춘화 이광열

심급 사건

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