상고비용은 피고가 부담한다.

"구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조에서 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 등 참조). 한편 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호는 부당행위계산 부인 사유의 하나로'금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율, 요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우'를 들고 있다. 구 법인세법 시행령 제89조에 의하면, 법인이 특수관계에 있는 자에게 시가보다 높은 대가를 지급하고 용역을 제공받은 경우에 해당하는지 여부의 기준이 되는 용역의 '시가'는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격에 의하고(제1항), 그와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 감정가액 등에 의할 수 있으며(제2항), 이러한 방법에 의하여도 시가를 산정할 수 없는 경우에는 보충적으로 해당 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함한 것으로 이하 '원가'라 한다)과 원가에 해당 사업연도 중 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액에 의하도록 하고 있다(제4항 제2호). 그리고 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 '시가'에 대한 주장・증명책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에 있다고 할 것이다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두5235 판결, 대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조). 원심판결 및 원심이 인용한 제1심 판결 이유에 의하면, 원심은 (1) 피고가 이 사건에서 적용한 시가가 '이 사건 용역거래와 유사한 상황에서 원고가 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격'에 해당한다고 인정할 만한 증거가 부족하므로 피고가 이 사건에서 적용한 시가가 구 법인세법 시행령 제89조 제1항에서 말하는 시가에 해당한다고 볼 수 없고, (2) 피고가 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호의 보충적 평가방법을 적용하여 시가를 산정하기 위해 유사한 용역으로 삼은 각 용역은 이 사건 용역이 제공된 2002 및 2003 사업연도에 제공된 것이 아니라 단가가 인상되기 전인 2001 사업연도에 제공된 것이고, 또한 특수관계에 있는 QQQQ 주식회사가 원고에게 제공한 것이므로 피고가 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호의 보충적 평가방법을 적용하여 이 사건 용역의 시가를 산정한 것은 위법하다고 판단하였다. 관련 법령과 앞서 본 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 및 제4항 제2호에 관한 법리를 오해한 위법이 없다. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.",