가. 2002 사업연도 법인세 199,219,320원의 부과처분을 취소하고,

나. 2002년 2기분 부가가치세 125,624,100원의 부과처분 중 23,909,075원을 초 과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 10%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고 회사는 2002. 11. 28. 주식회사 ○○화약(이하 '○○화약'이라 한다)에게 원고 회사가 ○○시 ○○면 ○○리 360 소재 토지에서 영위하고 있는 화약류 판매업에 대한 영업권, 구축물, 차량운반구 등(이하 위 영업권, 구축물, 차량운반구를 통틀어 '이 사건 영업자산'이라 한다)을 대금 603,650,000원(부가가치세 별도)에 매도하고 ○○화약으로부터 2002. 12. 26.까지 부가가치세 60,365,000원을 제외한 위 대금을 모두 지급받았고, 2002. 12. 17.경 ○○화약에게 원고 회사의 재고상품을 156,083,000원(부가가치세 포함)에 매도하고 같은 날 ○○화약으로부터 위 대금을 모두 지급받았음에도, 2003년경 피고에게 2002 사업연도 법인세, 2002년 2기 부가가치세 과세표준금액 및 세액을 신고함에 있어 위 양도로 인한 소득 등에 대하여는 신고하지 아니하였고, 소모품비, 복리후생비로 비용을 지출한 사실이 없음에도 소모품비로 3,000,000원, 복리후생비로 5,000,000원 합계 8,000,000원을 비용으로 신고하였다.

나. 피고는, 원고 회사와 ○○화약 사이의 위와 같은 거래내역을 조사한 후, 위 양도로 인한 원고 회사의 소득 합계 759,733,000원을 익금으로 산입하고, 비용으로 신고한 소모품비 5,000,000원, 복리후생비 3,000,000원 합계 8,000,000원은 실제 지출이 없는 가공비용으로 손금불산입한 후, 이 사건 영업자산의 양도 당시의 장부가액 합계 69,670,836원, 위 양도한 재고상품의 매출원가 156,029,442원, 위 재고상품 양도 당시 징수한 부가가치세 14,189,363원 등 총 239,889,641원을 손금산입하여 2005. 3. 15. 원고 회사에게 2002 사업연도 법인세로 199,219,320원, 2002년 2기분 부가가치세로 125,624,100원을 각 부과하는 이 사건 각 과세처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1, 2,을 2호증의 1 내지 6,을 3호증, 을 6호증의 2,을 7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 과세처분의 적법 여부

가. 원고 회사의 주장

원고 회사와 ○○화약 사이의 이 사건 영업자산에 대한 매매계약은 해제되어 소급적으로 그 효력이 상실되었고, 따라서 이 사건 각 과세처분의 과세요건이 되는 '자산의 양도'나 '재화의 공급'이 있었다고 볼 수 없게 되었으므로 이 사건 각 과세처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 인정사실

(1) 원고회사와 원고 회사의 대표이사로 있는 권○○, 정○○은 2002. 11. 28. ○○화약과 사이에 다음과 같은 내용의 매매계약(이하 '이 사건 매매계약'이라 한다)을 체결하였다.

(가) 매매목적물 : 이 사건 영업자산 및 권○○과 정○○이 각 1/2 지분씩 소유하고 있는 ○○시 ○○면 ○○리 360 토지 외 5필지 및 위 지상 건물 2동(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)

(나) 매매대금 : 매매대금은 670,000,000원(부가가치세 별도)으로 하며 그 내역은 다음과 같다.

① 이 사건 부동산 : 66,350,000원

② 구축물 : 68,000,000원(부가가치세 6,800,000원 별도)

③ 차량운반구 : 11,500,000원(부가가치세 1,150,000원 별도)

④ 영업권 : 524,150,000원(부가가치세 52,415,000원 별도)

(2) 원고 회사 및 권○○, 정○○은 ○○화약으로부터, 이 사건 매매계약 당일 계약금으로 300,000,000원을, 2002. 12. 26. 잔금으로 370,000,000원을 각 지급받음으로써 부가가치세 60,365,000원을 제외한 매매대금을 모두 지급받았다.

(3) 이 사건 매매계약 이후, 원고 회사는 ○○화약에게, 이 사건 부동산 및 위 부동산 내에 있는 사무실 비품을 인도하였고, 원고 회사의 차량에 관하여 소유권이전등록절차를 이행하고 위 자동차를 인도하였으나, 권○○, 정○○은 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 경료하여 주지는 않았다.

(4) 이에 ○○화약은 권○○, 정○○을 상대로 ○○지방법원 ○○지원 2003가단18681호로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기 청구의 소를 제기하였고, 위 사건에서, 2004. 4. 2.경 ○○화약과 정○○ 사이에 '○○화약이 이 사건 부동산에 관하여 농지취득자격증명 등 소유권이전에 필요한 이건을 취득하는 것을 조건으로, 정○○은 ○○화약에게 이 사건 부동산에 관하여 2002. 11. 28. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행한다'는 내용으로 조정이 성립되었고, 2004. 5. 20. 중앙화약과 권○○ 사이에 '권○○은 ○○화약에게 이 사건 부동산 중 각 1/2 지분에 관하여 2002. 11. 28. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행한다. 다만, 중앙화약이 2005. 5. 15.까지 소유권이전등기절차이행에 필요한 요건(농지취득자격증명, 토지거래허가 등)을 갖추지 못하여 소유권이전등기를 경료하지 못하면 이 사건 매매계약은 해제된 것으로 보고, ○○화약과 권○○은 해제에 따른 원상회복절차를 이행하기로 한다'는 내용으로 조정이 성립되었다.

(5) 그런데, ○○화약은 2005. 5. 15.까지 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기절차의 이행에 필요한 농지취득자격증명을 갖추지 못하여 소유권이전등기를 경료하지 못하게 되자, 원고 회사, 권○○, 정○○을 상대로 이 사건 매매계약이 해제되었다고 주장하며 ○○지방법원 ○○지원 2005가합3611호로 매매대금 반환을 구하는 소송을 제기하였고, 이에 원고 회사, 권○○, 정○○도 이 사건 매매계약이 해제되었음을 이유로 이 사건 영업자산의 반환을 구하는 반소를 제기하였다.

(6) ○○지방법원 ○○지원은 2007. 1. 18. 위 매매대금반환 소송에서 '이 사건 매매계약은 ○○화약과 권○○, 정○○ 사이의 이 사건 부동산에 대한 매매계약과 ○○화약과 원고 회사 사이의 이 사건 영업자산에 대한 매매계약이 병존적으로 체결되었다가, 그 후 ○○화약의 화약류 판매업에 있어서 가장 중요한 시설인 화약류 저장소에 해당하는 이 사건 부동산에 대한 매매계약이 조건의 성취로 해제됨으로써 그와 불가분의 관계에 있는 나머지 매매계약도 모두 적법하게 해제되었다'는 이유로 상호 간에 매매목적물과 매매대금을 반환할 의무가 있다고 판단하였다.

[인정근거] 갑 7, 8, 9, 11, 14호증, 을 7, 8,호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

(1) 이 사건 법인세 부과처분에 대한 판단

법인이 자산을 양도함으로써 생긴 익금에 대한 법인세의 과세요건이 되는 '양도'라 함은 자신이유상으로 사실상 이전되는 경우를 말하고, 한편 자산에 대한 매매계약이 채무불이행으로 인하여 해제되거나 합의 해제되면 매매계약의 효력은 양도가 이루어지지 않는 것이 되므로 과세요건인 자산의 양도가 있다고 볼 수 없다(대법원 1992. 12. 22. 선고 92누9944 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 위 나.항의 인정사실에 의하면, 이 사건 영업자산에 관한 원고 회사와 ○○화약 사이의 매매계약은 적법하게 해제되었다고 봄이 상당하고, 이에 따라 위 영업자산에 관한 매매계약의 효력은 상실되어 양도가 이루어지지 않은 것이 되므로 원고 회사에게 양도로 인한 소득이 있었음을 전제로 한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

따라서, 원고 회사의 2002 사업연도 법인소득금액을 계산함에 있어 익금산입한 금액 중 위와 같이 양도소득으로 볼 수 없는 603,650,000원 상당을 익금에서 공제하고 이 사건 영업자산의 장부가액을 손금에서 제외하여 산출한 법인세액은 별지 법인세 계산내역표 기재와 같이 10,815,545원으로 원고 회사가 이 사건 법인세 과세표준 신고 당시까지 납부한 법인세액 19,272,318원보다 적은 금액이므로 결국 이 사건 법인세 부과처분은 전부 위법하다.

(2) 이 사건 부가가치세 부과처분에 대한 판단

부가가치세는 재화나 용역이 생산 · 제공되거나 유통되는 단계에서 창출된 부가가치를 과세표준으로 하여 과세하는 유통세로서 부가가치세의 과세원인 중 하나인 재화의 공급이라 함은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 말하고 그 인도 또는 양도는 재화를 사용 · 소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하는 것인바, 앞서 본 바와 같이 이 사건 영업자산에 관한 매매계약이 해제되어 그 효력이 상실된 이상 부가가치세의 부과 대상이 되는 이 사건 영업자산의 공급은 처음부터 없었던 셈이 되므로, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 이 사건 영업자산의 공급을 전제로 한 부분은 위법하다.

따라서, 원고 회사의 2002년 2기 부가가치세 과세표준을 계산함에 있어 위와 같이 재화의 공급으로 볼 수 없는 이 사건 영업자산 공급가액을 제외하면 별지 부가가치세 계산내역표 기재와 같이 23,906,075원이 되므로 이 사건 부가가치세 부과처분 중 위 23,909,075원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

(3) 피고의 주장에 대한 판단

이에 대하여 피고는, 이 사건 영업자산에 대한 매매계약의 해제는 이 사건 과세처분 이후에 발생한 사정으로 후발적 자유에 불과하므로 원고 회사로서는 국세기본법 제45조의2가 정한 경정청구제도로 구제받을 수 있을 뿐 위와 같은 사정을 가지고 이 사건 과세처분의 위법성을 다툴 수는 없다는 취지로 주장하나, 납세자가 과세표준신고를 하지 아니하여 원인으로 한 경정청구제도가 있다 하여 그 처분 자체에 대한 쟁송의 제기를 방해하는 것은 아니므로 경정청구와 별도로 이 사건 각 과세처분을 다툴 수 있다 할 것이므로, 피고는 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 각 과세처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

법 인 세 계 산 내 역 표

단위 : 원

신고세액

경정세액

정당세액

①결산서상 당기순이익

33,808,473

33,808,473

33,808,473

소득조정금액

②익금산입

89,867,522

857,600,522

253,950,522

③손금산입

239,889,641

173,914,573

④소득금액(=①+②-③)

123,675,995

651,519,354

80,035,949

⑤과세표준

123,675,995

651,519,354

80,035,949

⑥세율

27%

27%

15%

⑦산출세액(=⑤X⑥)

21,392,518

163,910,225

12,005,392

⑧공제감면세액

2,120,200

2,120,200

1,189,847

⑨차감세액(=⑦-⑧)

19,272,318

161,790,025

10,815,545

⑩가산세액

56,701,621

⑪총결산세액(=⑩+⑪)

19,272,318

218,491,646

10,815,545

공제세액

⑬자진예납세액

14,790,494

14,790,494

14,790,494

⑭원천납부세액

165,208

165,208

165,208

⑮자진납부세액

4,316,616

4,316,616

4,316,616

합계(=⑬+⑭+⑮)

19,272,318

19,272,318

19,272,318

차감징수할세액(=⑫-⑮)

0

199,219,328

-8,456,773

부 가 가 치 세 계 산 내 역 표

단위 : 원

구 분

신고세액

경정세액

정당세액

①과세표준

1,017,355,230

1,762,898,866

1,159,248,866

②매출세액(=①X10%)

101,735,523

176,289,886

115,924,886

③매입세액

75,702,117

75,702,117

75,702,117

④납부세액(=②-③)

26,033,406

100,587,769

40,222,769

가산세

⑤세금계산서합계표 미제출

60,710,

14,971,583

2,898,582

⑥과소신고

45,988

7,455,436

1,464,924

⑦납부불성실

28,703,429

5,462,904

⑧합계(=⑤+⑥+⑦)

106,698

51,176,436

9,826,410

⑨공제세액

26,140,104

26,140,104

26,140,104

⑩고지세액(=④+⑧-⑨)

-

125,624,101

23,909,075