2. 피고가 2011. 8. 11. 원고에게 한 양도소득세 경정거부처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1983. 5. 10. 김AA, 손BB과 함께 OO시 OO구 OO동 7-17 대 6,166.8㎡를 취득한 후, 1989. 10. 26. 공유물분할을 통하여 김AA과 함께 같은 동 7-17 대 3083.4㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 각 1/2 지분씩 소유하기에 이르렀다.

나. 원고와 김AA(이하 '원고등'이라 한다)은 1993. 6. 4. 부동산매매・임대업 등을 하기 위하여 'CC개발'이라는 상호로 공동사업자등록을 하였다.

다. 원고등은 1996. 5. 8.경 이 사건 토지에 집합건물(이하 '이 사건 집합건물'이라 한다)을 신축한 후, 1996. 6. 21. 이 사건 토지에 대지권등기를 하는 한편, 위 집합건물에 대하여 각 1/2 지분씩 소유권보존등기를 마쳤다.

라. 원고는 위 'CC개발'의 지분 50%를 이전하는 과정에서, 2009. 12. 30. 주식회사 DD건축종합건축사사무소에 이 사건 집합건물 중 제지하1층, 제101호, 제102호, 제201호, 제202호, 제3층, 제4층, 제5층, 제6층, 제7층, 제8층, 제9층, 제1306호, 제1401호를 대금 OOOO원에 양도하였다(이하 '이 사건 양도'라 한다).

마. 원고는 2010. 2. 26. 이 사건 양도 중 제1306호와 제14이호를 제외한 임대용상가 부분(대금 OOOO원, 해당 토지는 834.93㎡에 관하여 양도소득세 예정신고를 하였는데, 필요경비 산정・공제에 있어 이 사건 토지의 취득일을 1983. 5. 10.로 하여 환산가액을 기준으로 하였다. 이후, 원고는 위 토지가 'CC개발'에 현물출자 되었음을 전제로 1983. 5. 10.자 취득일에 따른 환산가액이 아니라 1993. 6. 4.자 기준시가를 근거로 산정한 취득가액 OOOO원을 필요경비로 공제하여야 한다는 이유로, 2011. 6. 21. 피고에게 양도소득세 경정청구를 하였으나, 피고는 2011. 8. 11. 이를 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

바. 원고는 전심절차를 거쳤다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4 내지 8, 18호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전항변에 관한 판단

가. 피고 주장

이 사건 토지가 원고등의 공동사업에 현물출자된 것으로 본다면, 현물출자될 당시 'CC개발'의 조합재산인 이 사건 토지의 원고 지분에 해당하는 취득가액은 'CC개발, 대차대조표상 이 사건 토지의 장부가액(이 사건 토지의 1983. 5. 10.자 취득가액이기도 하다)을 원고 지분 비율로 나눈 OOOO원으로 보아야 한다. 이는 원고가 2010. 2. 26. 양도소득세를 신고할 때 취득가액으로 신고한 OOOO원보다 적은 금액이므로 원고의 이 사건 소는 소의 이익이 없다.

나. 판단

조합원이 조합에서 탈퇴하면서 그 대가로 금원을 교부받은 경우에 그 출자지분의 양도가 실질적으로 소득세법 소정의 양도소득세 과세대상 자산의 양도에 해당하면 양도소득세가 과세된다(대법원 1989. 10. 24. 선고 89누3175 판결 등 참조).

이 사건 양도는 원고가 'CC개발'에서 탈퇴하면서 조합재산인 임대용상가 부분 중 원고 지분을 양도하는 실질을 가지는 것이므로(갑 제4호증), 그 양도대금은 CC개발에 대한 원고 지분과 대가관계가 있다. 따라서 이 사건 양도로 인한 소득의 실질은 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이라 한다) 제94조 제1항 제1호의 토지 또는 건물의 양도로 발생한 소득이며, 양도소득의 필요경비를 산정함에 있어 취득가액은 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령(2009. 12. 31. 대통령령 제21934호로 개정되기 전의 것) 제163조 제12항, 제176조의2 제3항에 따라 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산가액, 기준시가를 순차적으로 적용하여 산정하여야 한다.

그런데 아래에서 보는 인정사실에 따르면, 원고등은 'CC개발'의 대차대조표에 이 사건 토지의 장부가액으로 1983. 5. 10.자 취득가액을 기장한 점, 현물출자 당시인 1993. 6. 4.경 이 사건 토지에 대한 평가가 이루어지지 않아 그 실지거래가액을 따로 확인할 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 그 취득가액을 CC개발의 장부가액(이 사건 토지의 1983. 5. 10.자 취득가액)을 기준으로 산정할 수는 없다. 이와 달리 본 피고의 본 안전 항변은 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고 주장

원고는 1993. 6. 4. 김EE과 함께 'CC개발'로 사업자등록을 하면서 공동사업을 위하여 이 사건 토지의 1/2 지분을 현물출자 하였다. 이 사건 양도는 원고의 CC개발의 지분 이전에 수반하여 이루어진 것으로, 그 양도차익 산정을 위한 필요경비 공제에 있어 위 현물출자 당시 CC개발의 위 토지취득가액을 기준으로 하여야 한다. 그 실지취득가액을 확인할 수 없으므로 당시 기준시가에 따라 취득가액을 산정하여야 함에도 불구하고, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고 주장

원고는 이 사건 토지 지분의 소유권은 자신에게 유보하고 사용권을 출자하여 공동사업을 영위하다가 사업에서 탈퇴한 것에 불과하다. 설령 원고가 이 사건 토지 지분을 현물출자 하였다고 하더라도, 원고 등이 이 사건 토지를 CC개발의 장부에 기재하면서 현물출자 당시의 가액이 아니라 1983. 5. 10. 당시 취득가액을 기장한 후 이를 기준으로 회계처리를 하고 세금신고 등을 하였다. 그럼에도 불구하고 지금에 와서 원고가 현물출자를 전제로 한 경정청구를 하는 것은 국세기본법상 신의성실의 원칙에 위배된다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 19호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 이 법원 증인 이FF, 이GG의 각 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

1) 원고와 김AA은 형제지간으로서 1983. 5. 10. 이 사건 토지 중 1/2 지분씩을 취득하여 공동으로 보유하던 중 1993. 6.경 CC개발이라는 상호로 이 사건 집합건물을 신축하여 매매・임대업을 공동으로 영위하기 위하여 공동명의로 사업자등록을 마쳤다(당시 국세청 예규에 따르면, 손익분배비율 또는 그 지분, 대표자, 기타 필요한 사항이 기재된 동업계약서를 소관 세무서장에게 제출하여 공동사업장을 1사업장으로 보아 대표자 명의로 사업자등록을 신청・교부받도록 되어 있다).

2) 이에 앞서 CC개발과 HH건설 주식회사는 1993. 3. 31. 이 사건 토지 위에 지하 6층, 지상 22층 규모의 이 사건 집합건물을 신축하는 내용의 공사도급계약을 체결 한 후 1994. 8. 30. 그 내용을 일부 변경하는 공사도급변경계약을 체결하였고, 이후 CC개발과 HH물산 주식회사(건설부문) 사이에 1997. 5. 31. 이 사건 집합건물의 신축 공사 정산 합의서가 작성되었다.

3) CC개발은 1996년경 이 사건 토지를 대차대조표상 자산으로 기장하면서 1983. 5. 10.자 취득가액을 기준으로 장부가액을 기장하였는데, 1996. 1. 15. 이 사건 토지에 관하여 원고등을 공동채무자로 하는 근저당권설정등기를 마치고 이를 담보로 금융기관으로부터 자금을 조달하기도 하였다.

4) CC개발 대표인 원고등은 이 사건 토지 및 집합건물을 주요 자산으로 하여 부동산매매・임대업을 공동으로 영위하면서 그 손익을 이 사건 토지 지분과 마찬가지로 각 50%의 비율로 분배함과 아울러 그 비율에 따라 종합소득세 등을 신고 ・ 납부하였다.

5) CC개발은 이 사건 집합건물에 대한 대지 지분과 관련하여 각 호수별로 원고 등이 1/2 지분씩 공유하는 형태로 등기하였으며, 이 사건 집합건물에 관한 일부 공급 계약서의 각 "매도인" 란에는 "CC개발 대표 김AA, 김EE(원고)"으로 표시되어 있고, 일부 부동산매매계약서의 각 "매도인" 란에는 "'김AA, 김EE" 개인 명의만 표시되어 있다.

6) 한편 이 사건 집합건물 중 제19이호는 김AA에게 매도되었는데, CC개발은 위 건물 전유부분 및 소유권대지권에 대한 원고 보유 지분뿐만 아니라 김AA의 지분도 모두 매출로 기장하는 방식으로 회계처리를 하였다.

라. 판단

1) 현물출자 여부

가) 조합에 출자된 자산은 출자자의 개인재산과 구별되는 별개의 조합재산을 이루어 조합원의 합유로 되고 출자자는 그 출자의 대가로 조합원의 지위를 취득하는 것이므로, 조합에 대한 자산의 현물출자는 자산의 유상이전으로서 양도소득세의 과세원인인 양도에 해당하고, 그 양도시기는 조합에 현물출자를 이행한 때이다(대법원 2002. 4. 23. 선고 2000두5852 판결 등 참조).

나) 앞서 인정한 사실관계와 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 등을 종합하여 보면, 원고와 김AA은 1993. 6. 4. 'CC개발'로 공동사업자등록을 하면서 그 들 공유인 이 사건 토지 위에 이 사건 집합건물을 신축하여 분양 ・ 임대하는 내용의 동업계약을 체결함으로써 조합을 구성함과 동시에 그 공유지분을 조합에 현물출자한 것으로 봄이 타당하다.

① 민법상의 조합계약은 2인 이상이 상호 출자하여 공동으로 사업을 경영할 것을 약정함으로써 성립하는 계약이다. 그런데 앞서 본 대로 원고등은 1993. 6. 4. 위 건물 신축판매업 등을 사업목적으로 하는 CC개발을 설립하기 위하여 공동명의로 사업자등록을 마친 점, CC개발은 위와 같이 시공업체에 도급을 주어 이 사건 토지에 주상복합건물인 이 사건 집합건물을 신축한 후 아파트는 분양하고 상가는 임대하는 공동사업을 영위한 점, 그 과정에서 도급인을 원고등 개인이 아닌 CC개발로 기재하였을 뿐 아니라 이 사건 토지를 CC개발 장부에 자산으로 기장하여 회계처리를 하면서 위 토지 지분 비율과 마찬가지로 손익을 분배한 점, 또한 원고등은 공동사업에 따른 자금조달을 위하여 자신들을 공동채무자로 하여 이 사건 토지를 담보로 제공하기도 한 점, 그 밖에 아래에서 추가로 보는 공동사업의 성격과 내용, 분양 및 회계처리 과정, 원고 등의 의사와 관계 등을 종합하여 보면, 원고등은 1993. 6. 4.경 이 사건 토지 중 각자 소유하고 있던 1/2 지분을 CC개발에 출자하여 공동으로 그 지상에 이 사건 집합건물을 신축하여 이를 분양 ・ 임대하는 사업을 경영할 것을 약정하는 조합계약을 체결한 것으로 봄이 옳다.

② 한편 이 사건 토지에 대하여 합유재산으로 등기되어 있지 않았고, 그에 관한 현물출자약정이 담긴 동업계약서도 제출되지 않은 사실, 이 사건 토지에 대한 별도의 가치 평가를 거치지 않은 채 1996년에야 위 토지가 CC개발 장부에 기장된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다 그러나 이 사건 토지가 현물출자된 것인지 여부는 동업약정의 체결 경위와 내용, 당사자의 의사, 공동사업의 목적과 내용 등에 비추어 위 토지가 CC개발에 이전되었는지 여부를 실질적으로 판단하여야 하는 점, 여기에 앞서 본 사실관계와 아래에서 살펴보는 여러 사정 등을 더하여 보면, 위와 같은 사실관계만으로는 이 사건 토지를 CC개발에 출자하여 공동사업을 영위하였다는 ①항의 판단을 뒤집기는 어려워 보인다.

첫째, 원고등은 CC개발 설립 당시 이 사건 토지를 1/2 지분씩 보유하고 있었을 뿐만 아니라 이 사건 집합건물에 대하여 각 호수별로 1/2 지분씩 공유등기를 마침으로써 조합 설립과 그 운영 과정에서 합유등기를 마칠 필요가 크지 않았던 것으로 보인다.

둘째, 공동사업경영시 사업자등록과 관련하여 동업계약서를 제출하도록 한 당시 국세청 예규 등을 고려할 때, 원고등은 1993. 6. 4. 위 건물신축판매업 등을 사업목적으로 하는 CC개발을 설립하기 위하여 동업계약서를 제출한 후 공동명의로 사업자등록을 마친 것으로 보인다.

셋째, 원고등은 형제지간으로서 CC개발 운영에 따른 손익분배비율을 이 사건 토지분비율과 마찬가지로 정한 점, 이 사건 공동사업이 본격화되면서 장부에 기재된 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고등으로서는 CC개발 설립 초기에 별도의 비용을 들이면서까지 이 사건 토지의 가치를 평가하여 장부에 기장할 필요성이 크지 않았을 것으로 보인다(이와 관련하여 당시 CC개발에서 근무하였던 이FF와 이정임은 이 법원에서 원고 주장에 부합하는 증언을 한 바 있다).

넷째, 이 사건 집합건물 제19이호는 김AA에게 매도되었는데, 이에 대한 매매계약서에는 원고가 김AA에게 자신이 보유한 지분 중 위 호실 건물 전유부분 및 소유권 대지권 각 지분을 매도하는 형태로 작성되었음에도 CC개발은 위 건물 전유부분 및 소유권대지권에 대한 원고 보유 지분뿐 아니라 김AA의 지분도 모두 매출로 기장하였다. 이는 CC개발이 이 사건 토지 소유권을 현물출자 받았음을 전제로 한 회계처리로 보인다.

다섯째, 반면에 피고는 원고등이 공동사업을 위하여 토지사용권을 출자한 것에 불과하다고 주장한다. 그러나 이 사건 토지 공유자인 원고등이 공동으로 그 지상에 집합건물을 신축하여 임대업 뿐 아니라 매매업까지 영위하기로 약정한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는 점, 집합건물을 매도할 때에는 그 토지의 소유권대지권까지 함께 양도해야 하는 점, 그 밖에 앞서 본 공동사업의 성격과 당사자들의 의사 등에 비추어 보면, 원고등은 위와 같이 조합계약을 체결하면서 이 사건 토지의 공유지분을 현물출자 하는 약정을 하였다고 봄이 합리적이다.

2) 이 사건 토지의 취득가액

구 소득세법 제97조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제163조 제12항, 제176조의2 제3항에 의하여 실지거래가액이 확인되지 않는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산가액, 기준시가를 순차로 적용하여 취득가액을 산정하여야 하는 점, 앞서 본 바와 같이 원고는 1983. 5. 10. 이 사건 토지 중 1/2 지분을 취득한 다음 1993. 6. 4. CC개발에 현물출자한 점, 그 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없을 뿐만 아니라 매매사례가액 및 감정가액을 확인할 자료도 존재하지 않는 점 등에 비추어 보면, 위 각 규정에 따라 현물출자 당시 이 사건 토지 중 원고 소유 지분에 해당하는 취득가액은 그 당시의 환산가액, 기준시가를 순차적으로 적용하여야 한다.

이 사건 경정청구에서 원고는 구 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목의 기준시가 OOOO원을 적용하여 취득가액을 산정하였다. 이는 관계 법령에 따른 환산가액 OOOO원(= 양도가액 x 취득당시 개별공시지가/양도당시 개별공시지가)보다 낮은 금액으로서 원고 스스로 불리한 기준을 적용하여 경정청구를 한 것으로 보인다(갑 제19호증, 변론 전체의 취지).

따라서 이러한 기준시가를 적용한 원고의 이 사건 경정청구는 관계 법령에 따른 것으로서 타당하다.

3) 원고의 양도소득세 경정청구가 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부 원고가 이 사건 토지 지분을 CC개발에 현물출자하면서 그에 따른 양도소득세 신고를 하지 않은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 그러나 당시 과세관청은 현물출자 토지에 대하여 지분변동이 없으면 양도소득세 과세대상으로 삼지 않았던 것으로 보이는 점(이후 과세대상에 포함하는 것으로 국세청 예규가 변경되었다), 과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에 있고 조세법률관계에 있어서 과세관청은 실지조사권을 가지는 등 납세자에 대하여 우월적 지위에 있다는 점 등에 비추어 보면, 피고가 내세우는 사정을 감안하더라도, 원고가 한 경정청구 주장이 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수는 없다. 이 부분 피고 주장은 이유 없다.

4) 소결론

이 사건 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

4. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로, 이와 결론을 달리한 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소한다.