피고가 2007. 6. 1. 원고에 대하여 한 과세처분 중, 2005 사업연도 법인세 358.174,990원 중 277,656,756원을 초과하는 부분, 2005년 제1기분 부가가치세 53,939,710원 중 36,095,664원을 초과하는 부분 및 2005년 제2기분 부가가치세 67,209,300원 중 64,729,105원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2 원고의나머지항소를기각한다.

3. 소송총비용은 이를 10분하여 그 9는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증의 1 내지 7, 갑 제2호증 갑 제13호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증, 을 제3호증의 1 내지 10, 을 제4호증의 1 내지 9, 을 제5호증의 1 내지 11, 을 제6 내지 9호증의 각 1 내지 6의 각 기재를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 부동산 매매 및 임대업, 부동산 분양 및 분양대행업 등을 영위하는 내국 법인이다.

나. ○○세무서장은 2006. 11. 6.부터 2006. 12. 15 까지 사이에 원고 회사에 대하여 2003 내지 2005 사업연도에 관한 법인세 통합조사를 실시한 결과 아래 내용을 적발하여 피고에게 통보하였다

① □□ □□구 □□3동에 있는 아파텔 67세대(이하 '아파텔'이라 한다)에 관한 분양대행 매출과 관련하여 법인세법상 특수관계자인 주식회사 ☆☆비(이하 '☆☆비'라 한다)에 대해 분양수수료 이익 877,702,040원(2004 사업연도 598,226,640원, 2005 사업 연도 279,475,400원)을 분여

② 2005. 7. 1.부터 2005. 12. 31.까지 사이에 법인세법상 특수관계자인 주식회사 ◇◇◇◇레(이하 '◇◇◇◇레'라 한다)에 대해 업무와 무관하게 합계 90억 원을 무상 대여

③ 2005. 9. 1. 법인세법상 특수관계자인 박AA(당시 원고 회사의 대표이사였던 박BB의 동생)에게 □□ △△구 △△로 1가에 있는 ★★2 상가(이하 '이 사건 상가'라 한다) 104호(이하 '104호'라 한다)를 시가보다 저가인 7억 원에 양도

④ 2005. 9.경 법인세법상 특수관계자인 ☆☆비에 이 사건 상가 105호(이하 '105호'라 한다)를 시가보다 저가인 매출액의 3%의 임대료만 받고 임대

⑤ 2005. 4.경 ▲▲건설 주식회사(이하 '▲▲건설'이라 한다)로부터 523,550,000원 상당의 용역을 공급받았음에도 불구하고, 그 공급시기 이후인 2005. 12.경 이와 관련된 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 수취

다. 피고는 2007. 6. 1. 원고에 대하여 부당행위계산부인 등을 이유로 청구취지 기재 와 같이 2003 내지 2005 사업연도 각 법인세 및 2004년 제1기분 내지 2005년 제2기 분 각 부가가치세를 경정 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다).

라. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2007. 8. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2008. 7. 25. 원고의 심판청구를 기각하였다.

2. 원고의주장

이 사건 각 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

가. 원고는 ☆☆비에 대하여 갖는 대여금 채권을 변제받기 위하여 ☆☆비와 시행사인 주식회사 ■■■브(이하 '■■■브'라 한다) 사이에 분양대행계약이 이루어지도록 하였고, ☆☆비가 실제로 분양대행업무를 수행하였으므로, 원고가 ☆☆비에 분양수수료 이익을 분여한 것으로 볼 수 없다. 설령 원고가 ☆☆비에 분양수수료 이익을 분여하였다고 보더라도 원고가 분여한 분양수수료 이익을 877,702,040원으로 산정할 아무런 근거가 없다.

나. 원고는 분양대행권을 획득하기 위하여 ◇◇◇◇레에 90억 원을 대여한 것이므로, 이를 업무와 무관한 무상 대여로 볼 수 없다.

다. 원고는 박AA으로부터 7억 원을 빌린 후 채권담보 목적으로 104호에 관하여 박 AA 앞으로 소유권이전등기를 경료하였으므로, 이를 특수관계자에 대한 저가 양도로 볼 수 없다.

라. 원고는 이 사건 상가에서 서비스드 레지던스(serviced residence) 사업을 하기 위하여 부득이하게 ☆☆비에 대한 임대료를 내려주었다. 또한, 위치, 면적과 임대 경위에 차이가 있는 이상, 원고가 유한회사 ●●●코리아(이하 '●●●코리아'라 한다)에 이 사건 상가 2층 전부를 임대하고 지급받는 임대료인 매출액의 6%를 105호에 대한 시가 임대료로 볼 수 없다.

마. 원고와 ▲▲건설은 건물신축공사 도급계약을 체결하였으나 ▲▲건설의 부도로 인한 일방적인 공사 중단으로 인하여 2005. 1.경 신축공사가 중단되었는데, 원고는 공사 중단으로 인하여 지급할 공사금액이 확정되지 아니하여 세금계산서를 발급받을 수 없었고, 이후 2005. 12.경에야 원고와 ▲▲건설 간에 공사대금에 대한 합의가 이루어져 세금계산서를 발급받을 수 있게 되었다. 이에 따라 원고가 ▲▲건설로부터 교부받은 이 사건 세금계산서는 사실과 다르게 기재된 세금계산서가 아님에도 불구하고, 피고는 이 사건 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하였다.

3.관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다

4.이 사건 각 처분의 적법 여부

법인세법상의 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위 계산을 말하고, 그 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하는바(대법원 2004. 2. 13 선고 2002두11479 판결 등 참조), 이하에서는 이러한 법리를 바탕으로 이 사건 각 처분이 부당행위계산의 부인에 해당하는지를 중심으로 차례로 살펴본다.

가. 분양수수료이익의분여여부

(1) 갑 제3호증, 갑 제5호증, 을 제10호증의 1, 2, 을 제11호증, 을 제12호증, 을 제19호증의 1 내지 3, 을 제20호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 아파텔의 시행사인 ■■■브는 당초 원고와 아파텔에 관한 분양대행계약을 체결하였다가, 원고의 대표이사였던 박BB의 요청에 의해 2004. 4. 1. 원고 대신 법인세법상 원고의 특수관계자인 ☆☆비와 동일한 조건으로 새로이 분양대행계약을 체결하였고, 각 계약의 체결 은 모두 ■■■브와 박BB 사이에서 이루어진 사실, 원고는 2004. 4. 2. 다시 ☆☆비와 분양재대행계약을 체결하고서 실제로 아파텔 분양대행업무를 모두 수행한 사실, 박BB는 2006. 12. 12 법인세 통합조사 과정에서 아파텔에 관한 분양대행계약은 본인이 수주하였으나, ☆☆비가 원고로부터 차입한 금원이 많아 자금문제를 해결하기 위해, 원고가 직접 ■■■브와 분양대행계약을 체결하지 않고, ☆☆비로 하여금 ■■■브와 분양대행계약을 체결하게 한 다음 다시 원고가 ☆☆비로부터 분양재대행을 받도록 하였다 고 진술한 사실, 원고는 2003 사업연도 소득금액으로 4,388,681,690원, 2004 사업연도 소득금액으로 10,489,601,380원을 각 신고하여 재무상태가 양호하였던 반면, ☆☆비는 2003사업연도 소득금액으로 - 579,323,684원, 2004 사업연도 소득금액으로 -239,511,419원을 각 신고하여 결손상태에 있었던 사실, ☆☆비는 ■■■브로부터 분양대행수수료 1,990,452,040원을 지급받았고, 원고는 ☆☆비로부터 분양재대행수수료 1,112,750,000원을 지급받은 사실을 인정할 수 있다.

(2) 위 인정사실에 의하면, 원고는 실질적으로 ■■■브로부터 아파텔 분양대행 용역을 수주하여 ■■■브에 대해 1,990,452,040원 상당의 분양대행용역을 모두 제공하면서도, 형식상으로는 ■■■브와 사이에 직접 분양대행계약을 체결하지 않고, ☆☆비로 하여금 ■■■브와 사이에 분양대행계약을 체결하게 한 다음 다시 ☆☆비와 사이에 분양재대행계약을 체결하여, 결국 결손상태에 있던 법인세법상 특수관계자인 ☆☆비로 하여금 원고가 ■■■브로부터 수령하였어야 할 분양 대행수수료 1,990,452,040원 중 일부에 해당하는 877,702,040원(1,990,452,040원 1,112,750,000원)을 수령하게 하였다고 봄이 상당하므로, 원고의 행위 계산은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여된 행위로서 법인세법 제52조 제1항, 같은 법 시행령(2007. 2. 28 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 '같은 법 시행령'이라 한다) 제88조 제1항 제9호에 정한 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 에 해당하여 부당행위계산 부인의 대상이 된다.

한편, 원고가 ☆☆비에 분여한 분양대행수수료 이익을 877,702,040원으로 산정한 것은 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 '부가가치세법'이라 한다) 제13조 제1항 제3의 2호, 같은 법 시행령 제50조 제1항 제1호에 근거한 것으로서 정당하다.

(3) 따라서원고의이부분주장은이유없다.

나. 업무와무관한금전의무상대부여부

(1) 갑 제20호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ◇◇◇◇레는 프로젝트 파이낸스 대출금 등으로 빌딩을 매수하여 리모델링 후 분양하는 사업을 추진하면서, 원고에게 계약금 명목으로 20억 원을 빌려주면 분양대행사업권을 부여하겠다고 제안하였고, 원고는 이를 받아들여 2004. 6. 17.경 향후 분양대행보증금으로 대체하기로 하고 ◇◇◇◇레에 20억 원을 대여한 사실, 그런데, ◇◇◇◇레가 나머지 매매대금을 대출받지 못하여 이미 지급한 계약금까지 몰취 당할 상황에 처하자, 원고의 대표이사였던 박BB는 ◇◇◇◇레의 경영권을 인수한 다음 직접 빌딩분양사업을 추진하였고, ◇◇◇◇레는 2004. 7. 19. 원고로부터 빌딩의 매수인 지위를 인수한 후 빌딩을 신탁회사에 신탁하고 자산운용회사로부터 200억 원의 프로젝트 파이낸스 대출을 받아 나머지 매매대금을 지급한 사실, 이후 ◇◇◇◇레는 원고로부터 차입한 자금으로 리모델링 공사 및 분양사업을 진행하였는데, 그 과정에서 원고는 담보 제공 등의 채권회수조치나 이자 지급 약정 없이 ◇◇◇◇레에게 2005. 7. 1. 30억 원, 2005. 10. 31. 20억 원, 2005. 12. 31. 40억 원을 각 대여한 사실을 인정할 수 있다.

(2) 위 인정사실에 의하면, 원고가 채무변제능력이 부족한 특수관계자인 ◇◇◇◇레에게 담보를 제공받는 등의 아무런 채권회수조치를 취하지 아니한 상태에서 무상으로 자금을 대여한 것은, 원고의 목적사업이나 영업 내용, ◇◇◇◇레의 영업 내용 및 원고와의 관계 등에 비추어 볼 때 원고의 업무와 관련 없는 대여금에 해당하고, 당초 원고가 분양사업대행권을 받기 위하여 ◇◇◇◇레에 자금을 대여하였다가 ◇◇◇◇레의 자금 사정이 악화되자 ◇◇◇◇레의 경영권을 인수한 후 직접 빌딩분양사업을 추진하면서 사업자금을 지원하였더라도 달리 볼 것은 아니므로, 원고의 행위계산은 법인세법 제52조 제1항, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호에 정한 금전 그 밖의 자신 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율 ・ 요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우 에 해당하여 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 할 것이다.

(3) 따라서원고의이부분주장은이유없다.

다. 특수관계자에대한저가양도여부

(1) 갑 제20호증의 1, 2, 을 제18호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 □□ △△구 △△로 1가 178-1 외 20필지 지상의 ★★3 건물의 공사로 인하여 자금난에 빠지자 2005. 9. 1 경 당시 대표이사였던 박BB의 동생인 박AA으로부터 7억 원을 대여 받았는데, 그 원리금 상환을 담보하기 위해 104호에 관한 분양계약서를 박AA에게 교부하였고, 당시 원고와 박AA은 대여원리금을 전액 상환할 경우 104호를 원고에게 반환하기로 구두로 약정한 사실, 박AA은 2005. 10. 26. 104호에 관하여

2005. 9. 1.자 매매에 기한 소유권이전등기를 경료하였다가 2007. 7. 26. 계약해제를 원인으로 한 소유권이전등기를 원고 앞으로 경료해 준 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 원고는 박AA에게 104호를 양도담보로 제공하였다고 할 것이고, 이는 법인세법 제88조 제1항 제3호 소정의 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자 한 경우에 해당하지 아니한다고 할 것이다.

(2) 이에 대하여 피고는, 원고와 박AA 간의 104호에 관한 법률관계는 매매로 보아야 하고, 원고가 104호를 박AA에게 저가로 양도한 이상 그 이후에 원고와 박AA 사이에 양도계약을 합의해제한 것은 이미 발생한 조세채권에 아무런 영향을 줄 수 없다고 주장하므로 살피건대, 갑 제5, 7, 34호증, 을 제26호증의 10, 을 제27호증, 을 제 28호증의 1 내지 6의 각 기재에 의하면, 원고가 박AA으로부터 대여 받은 7억 원을 특수관계자 장기차입금이 아닌 분양선수금 등으로 회계처리 한 사실, 박AA이 104호의 임대사업자로 등록하고 차임 상당 금원을 지급받았으며 원고를 상대로 104호에 대한 매매계약을 전제로 한 민사소송을 제기한 사실을 인정할 수 있으나, 위 인정사실만으로 원고가 박AA에게 104호를 양도담보로 제공하였음을 뒤집기에 부족하고, 달리 반증 없으므로, 피고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

(3) 따라서 이 사건 각 처분 중 원고의 박AA에 대한 104호의 소유권 이전이 특수관계자에 대한 저가 양도에 해당함을 전제로 한 부분은 위법하다.

라. 특수관계자에대한저가임대여부

(1) 갑 제14 내지 19호증, 갑 제20호증의 1, 2, 갑 제32호증의 1 내지 3의 각 기재 에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 자신이 서비스드 레지던스(호텔식 서비스를 제공하는 임대형 주거시설)로 운영하는 이 사건 상가의 거주자들에게 음식료를 제공하 기 위한 식당을 운영할 필요가 있었던 사실, 원고는 식당을 운영할 업체를 물색하였으 나 수익성이 불투명하여 계약에 이르지 못하였고, 당초 계약 조건보다 임대료를 낮추 어 달라는 ☆☆비의 요청을 받아들여, 결국 105호를 임차보증금 5,000만 원, 차임을 매출액의 3%로 정하여 ☆☆비에게 임대하여 식당을 운영하도록 한 사실을 인정할 수 있는바, 비록 105호의 임대료가 ●●●코리아가 입점한 이 사건 상가의 2층의 임대료(매출액의 6%)보다 다소 낮게 정해지기는 하였지만, 이 사건 상가 1층의 후면에 위치한 105호와 ●●●코리아가 입접한 이 사건 상가의 2층 전부는 위치, 면적과 임대 경위에 차이가 있어 양자의 임대료를 단순 비교하는 것이 적절하지 아니할 뿐 아니라, 원고는 서비스드 레지던스의 거주자들이 이용할 식당이 정상적으로 운영되도록 할 영업상의 필요에 기하여 ☆☆비의 임대료 인하 요청을 받아들여 105호를 임대하게 된 사정에 비추어 보면, 원고가 ☆☆비에게 105호를 매출액의 3%의 임대료를 지급받기로 하고 임대한 행위가 법인세법 제88조 제1항 제6호 소정의 금전 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율 ・ 요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우'에 해당한다고 할 수 없고, 갑 제35호증, 을 제16, 22, 25, 29, 30호증의 각 기재만으로는 특수관계자에 대한 저가 임대사실을 인정하기에 부족하다.

(2) 따라서 이 사건 각 처분 중 원고의 ☆☆비에 대한 105호의 임대가 특수관계자에 대한 저가 임대에 해당함을 전제로 한 부분은 위법하다.

마. 사실과다른세금계산서의해당여부

(1) 갑 제11, 12, 30호증, 을 제2, 23, 24호증의 각 기재에 의하면, ▲▲건설이 2004. 4. 23. 원고로부터 기성금을 분기별로 현금 지급받는 조건으로 ★★3 건물의 신축공사를 도급받아 공사를 진행하다가 부도가 발생하여 2005. 1. 27. 공사를 중단하자, 원고는 2005. 4. 12 ▲▲건설과의 공사도급계약을 해지한 사실, ▲▲건설은 2005. 4.경 공사대금을 정산하면서 지급기성액 5,000,000,000원, 타절기성액 5,834,000,000원, 차액 834,000,000원 으로 기재된 타절내역서를 감리단을 경유하여 원고에게 송부하였고 이에 대하여 원고는 별다른 이의를 제기하지 아니한 사실, 원고는 2005. 12. 31. ▲▲건설로부터, 차액 834,000,000원 중 부가가치세 과세대상인 523,550,000원에 대하여는 이 사건 세금계산서를, 부가가치세 과세대상이 아닌 나머지 310,450,000원에 대하여는 법인세법상의 계산서를 각 교부받은 사실을 인정할 수 있다.

(2) 살피건대, 부가가치세법 제9조 제2항, 제16조 제1항, 제17조 제2항 제1의 2호의 각 규정에 의하면, 용역이 공급되는 시기에 세금계산서를 교부받지 아니한 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정되어 있고, 부가가치세법 기본통칙 17-0-4에도 공급시기 후에 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정되어 있는 점, 원고는 2005. 4.경 ▲▲건설에 의한 공사용역의 제공이 완료되어 공급가액이 확정되었음에도 불구하고, 공사용역의 공급시기 이후인 2005. 12. 경에 이르러서야 비로소 ▲▲건설로부터 이 사건 세금계산서를 교부받은 점 등에 비추어 보면, 이 사건 세금계산서는 원고 회사가 ▲▲건설로부터 공사용역의 공급시기 이후에 교부받은 것으로서, 피고가 부가가치세법 제9조 제2항, 제16조 제1항, 제17조 제2항 제1의2호의 각 규정에 근거하여 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 것은 적법하다.

(3) 이에 대하여 원고는, ▲▲건설이 2005. 4.경 제출한 타절내역서의 내용을 받아들이지 않다가 2005. 12.경에야 공사대금을 정산하였으므로, 공사용역의 공급가액은 2005. 12.경에야 비로소 확정되었다고 주장하므로 살피건대, 갑 제14, 23, 24호증, 갑 제25호증의 1 내지 3, 갑 제26 내지 31호증의 각 기재에 의하면, ▲▲건설은 원고로부터 ★★3 건물 외에도 이 사건 상가의 하도급공사를 도급받아 공사를 진행하다가 2005.1.경 두 건물의 하도급 공사를 모두 중단하고서, 원고를 상대로 이 사건 상가의 미지급 공사금과 추가 공사금으로 72억 여 원의 지급을 구하는 소송을 제기하는 한편 ★★3 건물에 관한 공사의 타절에 따른 기성금으로 834,000,000원의 지급을 구하는 타절내역서를 송부한 사실, 원고는 ▲▲건설의 이 사건 상가에 대한 공사대금 지급청구에 대해서는 ▲▲건설의 귀책사유에 기한 공사 중단에 따른 원고의 계약보증금채권과 잔여 공사대금채권과의 상계를 주장하면서도 ▲▲건설로부터 송부 받은 ★★3 건물의 타절내역서에 기재된 금액에 대해서는 별다른 이의를 제기하지 아니한 사실, 원고와 ▲▲건설 간에 계약보증금채권과 잔여 공사대금채권(★★3 건물 포함)이 상계로 모두 소멸된 사실을 인정할 수 있으나, 위 인정사실만으로는 원고와 ▲▲건설간의 ★★3 건물 공사계약이 해지된 2005. 4. 12.경에 공사용역의 공급가액이 확정되지 않았다고 보기 어렵고 원고가 제때에 ▲▲건설로부터 세금계산서를 교부받지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

(4) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

바. 소결론(정당세액의산정)

결국 이 사건 처분 중 원고의 박AA에 대한 104호의 소유권 이전이 특수관계자에 대한 저가 양도에 해당함을 전제로 한 부분 및 원고의 ☆☆비에 대한 105호의 임대가 특수관계자에 대한 저가 임대에 해당함을 전제로 한 부분은 위법하여 취소되어 야 하는바, 이에 따라 원고에게 부과할 정당세액은 별지1 정당세액 산정내역과 같다.

5. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구 중 정당세액을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 인용하고 나머지 부분은 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여, 제1심 판결 중 위 취소 부분에 대한 원고 패소부분을 취소하고 이 사건 처분 중 정당세액을 초과하는 부분을 취소하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.