2. 소송비용은 원고가 부담한다.

다음 사실은 갑 제1, 2, 3, 12, 13, 14, 18, 19, 20호증, 을 제1호증, 을 제2, 3호증의 각 1, 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 폐비닐 분쇄가공기계 제작, 발전기자재 및 공작기계 생산판매업 등을 목적으로 2002. 1. 21. 설립된 법인이고, 주식회사 0000000000(변경 전 상호:주식회사 EEEEEEEE, 이하 '소외 회사'라 한다)은 항공기 설계 및 제조・판매업,항공 운송사업, 항공 조정 및 정비 교육사업 등을 목적으로 2007. 2. 22. 설립된 비상장법인이다.

나. AAA은 원고의 전 대표이사이자 현 사내이사이고, BBB은 2007. 2. 22.부터 2010. 2. 28.까지는 소외 회사의 대표이사로, 그 이후부터는 사내이사로, AAA은 2010. 2. 8.부터 2013. 7. 6.까지 소외 회사의 대표이사로 재직하였고, CCC는 2013.7. 6.부터 현재까지 소외 회사의 대표이사로 재직하고 있다.

다. 원고는 AAA이 대표이사로 재직하던 2010. 12. 20. 소외 회사의 비상장주식250,000주 중 AAA 소유주식 80,000주(지분 32%, 이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 1주당 10,000원(액면가액)으로 하여 800,000,000원에 매수(이하 '이 사건 거래'라 한다)하였고, 같은 날 1주당 10,000원으로 하여 BBB의 소유주식 30,000주(지분 12%)를 300,000,000원에, CCC의 소유주식 15,000주(지분 6%)를 150,000,000원에 각 매수하였다.

라 피고는 원고가 특수관계자인 . AAA의 이 사건 주식을 부당하게 고가 매입하였다고 판단하고, 2012. 6. 8. 원고에게 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조(부당행위계산의 부인)를 적용하여 구 상속세 및 증여세법(2013. 5. 28. 법률 제11845호로 개정되기 전의 것, 이하 '상속세및증여세법'이라 한다) 제63조, 상속세및증여세법 시행령 제54조 제1항, 제2항에서 규정한 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라 평가한 이 사건 주식 가액 283,040,000원(1주당 3,538원)과 매수가액인 800,000,000원과의 차액인 516,960,000원(= 800,000,000원 - 283,040,000원)을 AAA에게 상여처분한다는 내용의 소득금액변동통지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)를 하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2012. 8. 22. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 위 심판청구는 2013. 4. 9. 기각되었다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) AAA이 이 사건 거래 이전에 DDD으로부터 소외 회사 주식을 매수하면서 1주당 액면가액인 10,000원으로 계산한 점, 원고는 이 사건 거래 당시 소외 회사의 다른 주주인 BBB, CCC로부터도 소외 회사 주식을 1주당 10,000원에 매수한 점, 아래에서 보는 바와 같이 이 사건 주식을 순자산가치로 평가하면 1주당 8,857원으로 이 사건 거래에서 정한 매수가액과 큰 차이가 없는 점, 항공사업은 초기 투자비용이 많은 특수한 사업인 점 등을 고려하면, 원고가 이 사건 주식을 1주당 액면가액인 10,000원에 매수한 것이 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래에 해당한다고 보기 어렵다.

2) 소외 회사는 2008년 임원 보수로 합계 30,000,000원을 지급하기로 주주총회 에서 결의하였으므로 이를 비용으로 산입하여 부채로 계상하여야 함에도 이를 지급하지 않았다는 이유로 장부에 계상하지 아니하였다. 그러나 실질과세의 원칙에 따라 다시 계산하면 2008 사업연도는 결손이 발생하였고, 이에 소외 회사는 2007, 2008, 2009사업연도 계속하여 결손이 발생하였으므로 이 사건 주식은 구 상속세및증여세법 제63조 제1항 제1호 (다)목, 상속세및증여세법 시행령 제54조 제4항 제3호에 따라 순자산가치로 평가되어야하며, 순자산가치로 평가하면 이 사건 주식의 가액은 1주당 8,857원이다. 그럼에도 피고는 2008 사업연도의 결손금 발생을 인정하지 아니하고 상속세및증여세법 시행령 제54조 제1항에 따라 이 사건 주식을 순손익가치와 순자산가치를 가중평균한 가액으로 평가하였으므로 이러한 가치평가는 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 거래가 고가 매입인지 여부

가) 구 법인세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제1호는 구 법인세법 제52조 제1항이 규정하고 있는 부당행위계산부인 대상의 하나로 "자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대 상각한 경우"를 들고 있고, 여기서 '시가'라 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하는 것이므로(대법원 1994. 12. 23. 선고 94누8013 판결, 대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조), 특별한 사정이 없는 한 신주발행 또는 유상증자 시 주식발행 법인에 의하여 발행가액으로 결정된 액면가액을 객관적 교환가치를 적정하게 반영한 시가라고 보기는 어렵다(대법원 2007. 5. 17. 2006두8648 판결 등 참조).

나) 이러한 법리에다가 원고가 소외 회사의 비상장주식 중 이 사건 주식 및 BBB과 CCC 소유주식 합계 125,000주(지분 50%)를 일괄 취득하면서 재무제표, 당기순이익 등의 가치를 고려하지 않은 채 단순히 액면가액으로 취득한 점, 비록 원고와 BBB・CCC 간의 거래가 특수관계자 사이의 거래에는 해당하지는 않는다 하더라도, 앞서 본 거래 일시・내역・규모, BBB・CCC・AAA의 관계, 원고와 소외 회사의 관계 등에 비추어 원고와 위 두 사람 간의 거래는 원고와 특수관계자에 있었던 AAA과의 이 사건 거래와 밀접한 관계에 있을 뿐만 아니라 AAA의 거래에 동반하여 이루어진 거래로 보이는 점 등을 종합하면, 이 사건 거래 가액을 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치인 시가로 보기 어렵고, 뒤에서 보는 바와 같이 이 사건 주식 가액은 1주당 3,538원으로 보는 것이 타당하다.

다) 따라서 이 사건 거래는 고가 매입에 해당하고, AAA과 DDD이 2000.8. 31. 소외 회사의 주식 22,500주를 1주당 액면가액인 10,000원에 거래하는 계약서(갑 제16호증)를 작성하였다거나 초기 투자비용이 많은 항공산업의 특수성 등을 감안하더라도 달리 볼 것은 아니다.

2) 이 사건 주식가액 평가방법에 위법이 있는지 여부

가) 구 상속세및증여세법 제63조 제1항 제1호 (다)목은 "한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다."라고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 상속세및증여세법 시행령 제54조 제1항은 "한국거래소에 상장되지 아니한 주식(비상장주식)의 가액은 1주당 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율(부동산과다보유법인은 2와 3의 비율)로 가중평균한 가액에 의한다."라고 규정하고 있고, 다만 그 예외로 같은 조 제4항 제3호에서는 "평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 내의 사업연도부터 계속하여 법인세법상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 비상장주식은 같은 조 제2항의 규정에 의한 순자산가치로 평가한다."라고 규정하고 있다. 여기서 "각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금"이 발생하였는지 여부는 그 문언상 '법인세법'에 따라 정하여지는 손금 및 익금의 액수에 따라 결정된다고 보는 것이 타당하다.

나) 앞서 본 바와 같이, 원고는 2010. 12. 20. AAA으로부터 이 사건 주식을 매수하였으므로 위 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 내의 사업연도는 2007, 2008, 2009년이고, 원고는 소외 회사가 법인세법상 소득(그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액을 의미한다)을 신고하면서 2007 사업연도에는 135,239,756원의 결손을, 2008 사업연도에는 20,310,998원의 소득을, 2009 사업연도에는 173,578,839원의 결손을 신고한 사실이 있음을 자인하고 있다.

그러므로 소외 회사가 2008년 신고한 소득에 관하여 적법한 절차를 거쳐 경정되었음을 인정할 아무런 증거가 없는 이 사건에서, 원고 주장처럼 소외 회사에게 2008 사업연도에 임원 보수로 지급하여야 하는 비용 30,000,000원이 발생하였다 하더라도 그 사실만으로 위 30,000,000원을 2008 사업연도에 '속하거나 속하게 될 법인세법상 손금으로 보기는 어렵다. 결국 이 사건 거래일이 속한 2010 사업연도 이전 3년 내의 사업연도부터 계속하여 소외 회사에게 결손금이 발생하였다고 보기 어렵다.

다) 따라서 비상장주식인 이 사건 주식의 평가가액은 상속세및증여세법 시행령 제54조 제1항을 적용하여 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한, 1주당 3,538원으로 보는 것이 타당하고, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

3) 따라서 원고의 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.