2. 피고가 2012. 2. 2. 원고에 대하여 한 별지 1 기재 소득금액변동통지를 취소한다.

3. 소송비용 중 1/2은 원고가， 나머지는 피고가 각 부담한다.

예비적 청구취지 : 주문 제2항과 같다.

가. 원고는 2001년 제2기 부가가치세 과세기간에 2001. 10. - 12. BB케이블 주식회사(이하 'BB케이블'이라 한다)로부터 전선자재 명목으로 공급가액 00000원으로 하는 매입세금계산서 3매(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 수취하여 관련 매입 세액을 매출세액에서 공제하고 위 공급가액을 매입원가로 손금산입하여 해당 부가가치 세 및 2001년 귀속 법인세를 신고하였다.

나. 그 후 원고는 2009. 3.경 피고로부터 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계 산서라는 이유로 관련 과세예고통지를 받고 이 사건 세금계산서에 대응하는 부외원가 로 일용노무비 000원이 있다고 소명하였는데 이에 피고가 위 부외원가로 주장하는 금액 중 00000원을 가공거래로 인정함에 따라 당해 사업연도 법인세 0000원을 납부하였다.

다. 이후 중부지방국세청장의 정기종합감사에서 원고가 소명한 일용노무비 전부에 대하여 객관적인 증빙이나 사유가 없으니 추가 과세하라는 감사지적을 받고 피고는 2012. 2. 2. 위 0000원을 제외 한 나머지 0000원(= 0000원 - 000000원)도 가공거래로 보아 손금부인하고 원고에 대하여 2001년 귀속 법인세(가산세 포함) 0000원을 경정 ・ 고지하는 한편， 위 0000원 및 해당 부가가치세 0000원 합계 000원의 소득 귀속자가 불분명하다고 보아 원고의 대표 이사 이CCCC에 대하여 소득(상여)처분을 하고 원고에게 소득금액변동통지를 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1， 2호증， 제4호증의 1 내지 3， 을 제1호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 법인세 부과처분에 관한 주장(주위적 청구) : 원고는 회계처리의 편의상 통신케 이블로부터 매입자료를 받아 손비 처리를 한 것으로， 이 사건 세금계산서의 공급가액 에 해당하는 금액을 실제 공사현장 노무비로 지출하였으므로 이는 손금에 산입되어야 한다.

2) 소득금액변동통지에 관한 주장(예비적 청구) : 피고는 2011. 12. 31. 법률 제 11124호로 신설되어 2012. 1. 1. 이후 최초로 처분하는 금액부터 적용되는 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 후단(이하 '이 사건 신설조항'이라 한다)을 근거로 원고의 대표 이사 이CCCC에 대하여 소득(상여)처분을 하고 원고에게 소득금액변동통지를 하였으나， 피고의 소득처분으로 납세의무가 발생하는 이CCCC의 2001년 귀속 소득세는 당초의 납세신고기한인 2002. 5. 31.의 다음날부터 통상의 국세부과제척기간인 5년이 도과한 2007. 6. 1. 이미 그 납세의무가 소멸하였으므로 위 소득금액변동통지에 이 사건 신설 조항은 적용될 여지가 없다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 판단

1) 주위적 청구에 대하여

을 제2호증의 1 내지 5의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면，① 원고는 2007. 7.경 BB케이블에 대한 자료상 혐의조사를 벌이던 남대문세무서장에게 이 사건 세금계산서 내역과 같이 BB케이블로부터 전선을 매입하고 BB케이블의 직원고종식 에게 현금으로 대금을 지급하였다는 내용의 거래내용확인서를 제출하면서 통장사본(갑 제5호증)， 납품표， 입금표(을 제2호증의 4， 5) 등을 첨부하여 이 사건 세금계산서에 관 한 거래가 실제 있었음을 소명한 사실，② 그 후 2009. 3.경 원고의 주장과 달리 이 사건 세금계산서가 가공거래에 의한 것임이 밝혀지자， 원고는 인건비에 대한 미신고 내역을 이 사건 세금계산서로 대체처리한 것이라고 주장하면서 피고에게 2001. 10. - 12.의 일용노무비 지급명세서(을 제3호증의 2)를 제출한 사실，③ 그런데 원고가 이 사건 소송에서 증거로 제출한 일용노무비 지급명세서(갑 제6호증)는 피고에게 제출한 위 명세서와 달리 11월분에 "팀장 이DDD에게 000원 지급"이라는 추가 기재와 이 DDD(원고 대표이사 이CCCC의 형이다) 명의의 서명이 있고， 12월분에는 중복 기재되어 있던 김EEE 부분이 일부 삭제， 정리된 사실을 인정할 수 있는바， 위 인정 사실에 의하면 원고가 제출한 일용노무비 지급명세서는 모두 사후에 작성된 것임을 알 수 있어 원고가 주장하는 노무비 지출 자료로 삼을 수 없고，갑 제5호증의 기재와 증인 이DDD의 증언만으로는 원고가 이 사건 세금계산서의 공급가액에 해당하는 금액을 실제 공사현장 노무비로 지출하였다는 점을 인정하기에 부족하며， 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

2) 예비적 청구에 대하여

법인세법의 규정에 따라 법인의 대표자에 대한 인정상여로 소득처분되는 금액에 대한 소득금액변동통지서를 받은 법인의 원천징수의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 소득금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천납세의무 자의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하고，원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 이미 소멸하였다면 법인의 원천징수의 무도 성립할 수 없어 그 후에 이루어진 소득금액변동통지는 위법하다 할 것이고(대법 원 2010. 1. 28. 선고 2007두20959 판결， 대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 등 참조)， 이 사건 신설조항에 따라 2012. 1. 1. 이후 최초로 소득처분을 할 당시 그 소득금액에 대한 소득세의 부과제척기간이 도과하여 소득세 납세의무가 이미 소멸한 경우에는 이 사건 신설조항이 적용될 여지가 없다 할 것이다. 원고가 앞서 본 바와 같이 2001 사업연도에 가공거래에 의해 이 사건 세금계산서를 수취하여 매입액을 과다계상한 것은 원고의 소득을 은닉함으로써 그에 대한 법인세를 포탈하기 위한 행위에 해당한다고 할 것이나， 나아가 대표이사 이CCCC이 장차 위와 같이 은닉된 원고의 소득이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기는 어려우므로， 그 상여처분으로 인한 소득세에 관한 한 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제26조의2 제1 항 제1호의 '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우'에 해당한다고 볼 수 없고，그렇다면 이CCCC의 2001년 귀속분 소득세에 대한 부과제척기간은 원칙으로 돌아가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 의하여 5년이 된다고 보아야 하므로(대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 등 참조)， 그 신고기한인 2002. 5. 31. 의 다음날부터 5년이 지난 2007. 6. 1. 그 부과제척기간이 도과하였다 할 것이다. 위와 같이 이CCCC의 2001년 귀속분 소득세 납세의무가 이미 이 사건 신설조항의 적용시점 이전에 부과제척기간의 도과로 소멸한 이상 위 소득처분된 금액에 대한 소득세에 대하여 이 사건 신설조항은 적용될 여지가 없으므로 이를 근거로 이루어진 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다.

3. 결론

그렇다면， 원고의 주위적 청구는 이유 없어 기각하고， 예비적 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.