2. 피고가 2013. 11. 5. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 206,817,180원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2003. 5. 15. 설립되어 매년 12. 31. 결산하는 플라스틱 제조업체로서, 2010 사업연도 매출액이 처음으로 1,000억 원을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되어 2011. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제2조 제2항 에 따라 중소기업 유예기간의 적용을 받아왔다.

나. 조세특례제한법 시행령의 중소기업 요건은 중소기업기본법 시행령을 준용하고 있는데, 중소기업기본법 시행령은 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되면서 제3조 제2호 에서 2011. 1. 1.부터 중소기업의 실질적 독립성의 요건으로 다목 을 추가하여 ‘관계기업’에 속하는 기업이 중소기업의 규모기준을 충족할 것을 규정하였다.

다. 이후 구 조세특례제한법 시행령은 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되면서, 제2조 제1항 제3호 전단 및 제2조 제2항 단서에서 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목 의 관계기업 기준을 도입하여 관계기업의 매출액 합계 등이 중소기업 제외기준을 충족하는 경우에는 제외기준 충족 당해 연도와 그 후 3년 동안 적용해주던 중소기업 유예기간을 적용하지 않도록 규정하고, 부칙 제1조에서 제2조 제1항 제3호 전단의 개정규정은 2012. 1. 1.부터 시행하도록 하였다.

라. 원고의 지배기업인 필맥스홀딩스 유한회사(이하 ‘필맥스홀딩스’라 한다)는 외부감사대상기업으로 케이앤피인베스트먼트 주식회사(이하 ‘케이앤피인베스트먼트’라 한다)의 주식 70%를 소유하면서, 케이앤피인베스트먼트와 함께 원고의 전체 주식 중 76.8%를 보유하고 있어, 원고는 중소기업기본법 시행령의 관계기업에 해당하는데, 원고와 위 각 회사의 2012 사업연도 매출액 합계는 1,000억 원을 초과한다.

마. 원고는 2013. 4. 1. 피고에게 2012 사업연도 법인세를 신고하면서, 중소기업 유예기간 중에 있음을 이유로 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 , 제10조 에 따라 특별세액감면 및 연구·인력개발비 세액공제를 적용한 세액을 신고하였다.

바. 피고는 구 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되어 2013. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 ‘개정 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제2조 제1항 제3호 에 따라 원고가 관계기업 기준에 의해 중소기업에 해당하지 않고 유예기간의 적용도 받을 수 없다고 판단하고, 2013. 11. 5. 원고에 대하여 법인세 206,817,180원(가산세 포함)을 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

사. 원고는 2013. 11. 19. 위 고지서를 송달받고, 2014. 2. 13. 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2014. 8. 14. 청구기각 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 2010 사업연도 매출액이 1,000억 원을 넘어 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 이미 발생했고, 다만 중소기업 유예기간 적용을 받아온 것일 뿐이어서 중소기업기본법 시행령 및 개정 조세특례제한법 시행령에 따른 관계기업 기준의 도입으로 비로소 중소기업에 해당하지 않게 된 것이 아니므로, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에서 유예기간 적용제외 사유로 규정한 ‘다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’에 해당하지 않는다. 그럼에도 이와 다른 전제에서 중소기업 유예기간을 적용하지 않은 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

2) 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서는 각 호에 정한 사유에 해당할 경우 유예기간의 개시를 제한하는 규정일 뿐 이미 개시된 유예기간의 실효규정이 아니고, 원고는 장래 한정된 기간 동안 중소기업 유예기간을 규정한 구 조세특례제한법 시행령에 따라 감면 및 세액공제를 받은 것으로, 조세특례제한법 시행령의 개정으로 원고에게 적용되던 중소기업 유예기간이 실효된 것이라고는 볼 수 없으므로, 원고에게 중소기업 유예기간을 적용하지 않은 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 ‘관계법령’ 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고가 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 의 ‘중소기업’에 해당하는지 여부

구 조세특례제한법 제7조 , 제10조 는 ‘중소기업’에 대한 특례로 특별세액감면 및 연구·인력개발비 세액공제를 규정하고, 같은 법 제5조 제1항 의 위임에 따라 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 는 중소기업의 범위를 구체화하여 제1항 에서 ‘제조업 등을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업’으로 규정하면서 제3호 로 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것’을 들고 있다. 그리고 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 단서, 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목 , 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 단서에 의하면, 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 ‘관계기업의 연간 매출액 합계가 1,000억 원을 초과하지 않을 것’을 중소기업에 해당하기 위한 요건으로 규정하고 있다.

그런데 위에서 본 바와 같이 원고는 매년 12. 31. 결산하는 법인으로, 원고의 2012 사업연도 법인세 납부의무가 2012. 12. 31. 성립하는 사실, 2012. 12. 31. 당시 원고, 필맥스홀딩스, 케이앤피인베스트먼트는 중소기업기본법 시행령이 정한 관계기업에 해당하는 사실, 원고, 필맥스홀딩스, 케이앤피인베스트먼트의 2012 사업연도 매출액 합계는 1,000억 원을 초과하는 사실이 인정된다. 또한 원고는 2010 사업연도 이전에도 원고와 필맥스홀딩스, 케이앤피인베스트먼트에 관계기업 규정을 적용하면 이미 매출액 합계가 1,000억 원을 초과하고 있었다는 사실을 자인하고 있다.

따라서 2012 사업연도 법인세 납부의무 성립 당시 원고는 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 이 정한 ‘중소기업’에 해당하지 않는다 할 것이다.

2) 원고가 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 따른 유예기간 적용제외 대상인지 여부

한편, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 은 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 제1항 단서의 중소기업 제외요건에 해당하거나 제1호 의 중소기업 규모기준에 해당하지 않게 된 경우에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보도록 규정하면서, 단서에서 제1항 제3호 의 실질적 독립성의 요건을 충족하지 못하는 사유로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있는바, 원고의 경우 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 의하여 유예기간의 적용을 받을 수 없는지 여부가 문제된다.

살피건대, 위 인정사실과 관계법령의 내용 및 형식 등에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고는 중소기업기본법 시행령 및 개정 조세특례제한법 시행령에서 중소기업 요건으로 관계회사 기준을 도입함에 따라 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 이 정한 ‘중소기업’에 해당하지 않는다 하더라도, 이미 2010 사업연도 매출액이 1,000억 원을 초과하여 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 에 따라 중소기업 유예기간을 적용받고 있던 기업이므로, 원고에게 부여된 기존의 유예기간은 실효되지 않는다고 봄이 타당하다.

가) 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 은 “ 제1항 의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호 의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항 의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다”라고 규정하고 있다. 그러므로 위 규정의 문언에 의하면, 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 유예기간 동안은 조세감면 요건인 중소기업에 해당하는지 여부를 별도로 판단하는 과정을 거치지 아니하고 중소기업으로 간주하는 것으로 해석함이 상당하고, 이러한 해석이 확장해석이나 유추해석에 해당한다고 볼 수 없다.

나) 또한 위 관계법령의 문언 및 2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정된 조세특례제한법 시행령은 관계회사 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 유예기간 적용 제한 사유에서 제외하고 있어, 관계회사 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 유예기간을 부여할 것인지 여부는 입법 정책의 문제인 것으로 보이는 점, 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정된 중소기업기본법 시행령은 중소기업의 실질적 독립성 요건으로 관계기업 기준을 도입하면서 부칙 제2조 에서 개정 시행령 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011. 12. 31.까지 중소기업으로 보되, 다만 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 유예기간의 적용대상에서 제외한다고 규정하고 있으나, 개정 조세특례제한법 시행령 부칙은 중소기업기본법 시행령의 관계기업 기준을 중소기업의 요건으로 규정하면서도 종전에 중소기업 유예기간의 적용을 받던 기업의 유예기간 실효 여부에 대하여 아무런 규정을 하지 않은 점을 고려하면, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호 는 “ 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문에 해당하는 중소기업이 관계기업에 속하는 기업이어서 관계기업의 연간 매출액 합계가 1,000억 원을 초과함에 따라 비로소 제2조 제1항 본문의 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 중소기업의 유예기간을 적용하지 않는다”는 의미로 해석함이 타당하고, 그 문언의 객관적인 의미를 벗어나서 “ 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문의 중소기업이 아닌 기업으로서 같은 조 제2항 본문에 따라 이미 중소기업 유예기간을 적용받고 있던 기업이 관계기업에 속하는 기업이어서 관계기업의 연간 매출액 합계가 1,000억 원을 초과하는 경우에도 중소기업의 유예기간을 적용하지 않는다”는 의미로 해석하여 이미 적용받고 있던 유예기간까지 실효시키는 규정으로 볼 것은 아니다.

다) 더욱이 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 후단은 “유예기간 중에 있는 기업과 합병하여 중소기업 요건을 충족하지 못하게 된 경우에 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다”고 명시적으로 규정하고 있는바, 이러한 규정에 비추어 보더라도 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 전단의 규정은 원고와 같이 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업에 부여된 유예기간을 실효시키는 규정으로 보기는 어렵다(설사 이와 달리 해석하더라도, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문 전단은 유예기간이 언제부터 실효되는지에 관하여 아무런 규정을 하고 있지 아니하므로, 언제부터 유예기간의 효과가 배제되는지에 관한 명문의 규정이 없는 상태에서 그 사유가 발생하는 즉시 그 효과가 배제된다고 해석하는 것은 무리인 것으로 보여, 이러한 점에서도 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 전단을 유예기간 실효규정으로 해석하기는 어렵다. 실제로 유예기간 실효규정인 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 후단은 “합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다”라고 규정하여 이미 부여된 유예기간이 실효되는 시점을 분명히 하고 있다).

3) 소결론

따라서 원고는 2012 사업연도에도 중소기업 유예기간의 적용을 받아 ‘중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업’에 해당하므로, 개정 조세특례제한법 시행령의 시행으로 원고에게 적용되던 중소기업 유예기간 규정이 실효되었음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고, 피고가 2013. 11. 5. 원고에 대하여 한 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계법령 생략]