가. 청구인은 2003.2.6. OOO O OOOOOO OOO OOO OOO OOOOOO 대지 580.2㎡ 중 580.2분의 103.2855 지분(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하기로 매매계약을 체결하고, 2003.4.16. 소유권이전등기를 경료한 후 2008.8.19. 쟁점토지를 OOO에게 양도하고 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 경기도 OO시장이 쟁점토지를 종합합산과세대상토지로 보아 청구인에게 재산세 추가분을 고지하자 「소득세법」제104조의3 제1항 제4호 나목에 따라 종합합산과세대상토지인 비사업용토지로 보아 60% 중과세율을 적용하여 2010.6.14. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 72,101,620원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.9.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 쟁점토지를 취득할 당시(2003년 2월)의 관련 법규정에 의하면, 현재의 「지방세법 시행령」제131조의2 제1항의 “「건축법」등 관계법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지를 제외한다”는 단서규정은 2006.12.30. 개정된 것이므로 쟁점토지의 미등기건물이 무허가건물이라고 하더라도 OO시장이 별도합산과세대상토지로 재산세를 부과한 처분은 적법하다.

또한, 청구인은 쟁점토지를 취득할 당시 관할관청인 OO시장이 별도합산과세대상토지로 분류하여 재산세를 부과하여 왔고, 「지방세법 시행령」제131조의2 제1항의 규정이 개정된 이후에도 계속하여 재산세를 부과하여 온 점을 감안한다면 그에 따른 보호가치가 있어야 할 것임에도 OO시장이 2010년 6월 2005년 귀속분 재산세를 추가로 부과하는 것은 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아 들여진 후에는 그것에 위반하여 과세를 할 수 없는 것이므로 OO시장의 재산세 부과처분은 취소되어야 하고 이에 따라 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상토지로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 당초 지방세 별도합산과세대상토지로서 사업용토지로 결정되었으나, 중부지방국세청의 종합감사 결과, 쟁점토지 위에 미등기 상태의 건물이 있었고, 이는「건축법」상 허가 내지는 사용승인을 받지 아니한 무허가 건물에 해당하며, 이에 따라 관할시장인 OO시장이 「지방세법 시행령」제131조의2에 의거 쟁점토지에 대하여 종합합산과세대상토지로 경정처분이 이루어진 상태이다.

한편, 「소득세법」제104조의3 제1항 제4호 나목의 비사업용토지의 규정에 의하면, 지방세인 재산세가 별도합산과세대상 또는 분리과세대상토지의 기준에 적합한 토지는 비사업용 토지의 범위에서 제외되지만, 그러하지 못한 경우 종합합산과세대상토지로서 「소득세법 시행령」제168조의6에 정한 기간계산을 통하여 비사업용 토지에 해당하는지의 여부를 판단하게 되어 있으므로 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 중과세율(60%)을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 종합합산과세대상토지인 비사업용토지로 보아 양도소득세(60%)를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 지방세법(2008.2.29. 법률 제8864호로 개정되기 전의 것)

제30조의4【부과의 제척기간】① 지방세는 부과할 수 있는 날부터 다음 각호에 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

1. 납세자가 사기 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년

2. 납세자가 법정신고기한내에 소득세 또는 법인세의 과세표준신고서를 제출하지 아니하여 해당 주민세 소득세할 또는 법인세할을 부과할 수 없는 경우에는 7년

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 5년

제182조【과세대상의 구분】① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각목의 1에 해당하는 토지

가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중소유 임야로서 대통령령이 정하는 임야

다. 제112조 제2항의 규정에 의한 골프장(동조 동항 각호외의 부분 후단의 규정을 적용하지 아니한다)용 토지와 동조 동항의 규정에 의한 고급오락장용 토지로서 대통령령이 정하는 토지

라. 가목 내지 다목의 규정에 의한 토지와 유사한 토지로서 분리과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지

제190조【과세기준일】재산세의 과세기준일은 매년 6월 1일로 한다.

제191조【납기】① 재산세의 납기는 다음 각호와 같다.

1. 토지 : 매년 9월 16일부터 9월 30일까지

② 시장ㆍ군수는 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 이미 부과한 세액을 변경하거나 수시 부과하여야 할 사유가 발생한 때에는 수시로 부과징수할 수 있다.

(2) 지방세법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것)

제14조의2【제척기간의 기산일】① 법 제30조의 4 제1항 단서의 규정에 의한 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 1에 해당하는 날을 말한다.

1. 법령에서 신고납부하도록 규정된 지방세에 있어서는 당해 지방세에 대한 신고납부기한의 다음날. 이 경우 중간예납기한 및 수정신고기한은 신고납부기한에 포함되지 아니한다.

2. 제1호의 규정에 의한 지방세외의 지방세에 있어서는 당해 지방세의 납세의무성립일

② 다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다.

1. 특별징수의무자 또는 납세조합에 대하여 부과하는 지방세에 있어서는 당해 특별징수세액 또는 납세조합징수세액의 납입기한의 다음 날

2. 신고납부기한이 연장된 경우에는 그 연장된 납기한의 다음 날

3. 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음 날

제131조의2【별도합산과세대상토지의 범위】① 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 건축물의 부속토지”라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만,「건축법」등 관계 법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지를 제외한다.

(3)소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것)

제104조의3【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가.「지방세법」또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지

(4)소득세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것)

제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의 3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

3.토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 경기도 OO시장 청구인에 대한 재산세 과세자료에 의하면, 2005년부터 2008년까지 쟁점토지에 대하여 당초 별도합산과세대상토지로 부과하다가 2010.6.1. 쟁점토지 지상에「건축법」상 허가 내지는사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니한 건축물의 부속토지임을 확인하고, 이를 종합합산과세대상토지로 구분하여 2008년까지정당세액보다 과소부과된 재산세 추가분을 결정고지한 사실이 나타난다.

(2) 처분청의 경정결의서에 의하면, 처분청은 2005년부터 2008년까지 쟁점토지를 재산세 분리과세대상으로 구분하여 부과하다가 중부지방국세청의 감사결과 그 동안 재산세의 부과처분에 오류가 있었음을확인하고 이를 종합합산과세대상토지로 구분하여 쟁점토지를 「소득세법」제104조의3 제1항 제4호 나목에 따라 비사업용토지로 보아 중과세율(60%)을 적용하여 과세한 사실이 나타나고, 쟁점토지가 무허가건축물의 부속토지인 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(3) 「지방세법」제30조의4 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제14조의2 제1항 제2호에서 신고납부세목이 아닌 재산세는 당해 지방세의 납세의무 성립일부터 5년이 되는 날 때까지 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없고, 같은 법 제191조 제2항에서 시장·군수는 착오 등으로 이미 부과한 세액을 변경할 사유가 발생한 때에는 수시로 부과징수할 수 있다고 규정하고 있으며, 「지방세법」제182조 제1항 및 같은 법 시행령 제131조의2 제1항 단서에 의하면,「건축법」등 관계법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용중인 건축물의 부속토지는 별도합산과세대상 토지에서 제외하여 종합합산과세대상 토지로 구분하도록 규정하고 있다.

또한, 「소득세법」제104조의3 제1항 제4호 나목에서 「지방세법」제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 종합합산과세대상토지는 비사업용토지에 해당한다고 규정하고 있다.

(4) 위 법령 등을 종합하여 보면, 처분청은 부과제척기간이 경과하지 아니한 이상 그 기간 이내에는 과세권을 행사할 수 있는 것이고, 쟁점토지는 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니한 건축물의 부속토지이므로 종합합산과세대상토지에 해당하는 것으로 보아야 할 것이며, 그렇다면 쟁점토지는 경기도 OO시장이 별도합산과세대상토지에 해당하지 아니함에도 그 동안 별도합산과세대상으로 구분하여 잘못 과세된 것을 사후에 정정하여 종합합산과세대상으로 구분한 다음 그 동안 과소 부과되었던 재산세 추가분을 결정·고지한 것이므로 처분청이 이에 근거하여 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 중과세율(60%)을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.